genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21469241--21469586	173	2.0	173	94	0	611	20	18	18	42	1.90
21470356--21470402	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
21472300--21472355	27	2.1	27	96	0	103	19	16	3	60	1.49
21473149--21473266	51	2.3	48	80	13	130	70	0	1	27	0.97
21473143--21473297	41	3.5	42	74	18	143	65	0	2	31	1.11
21474139--21474229	1	91.0	1	68	0	56	84	0	15	0	0.62
21474142--21474229	9	9.8	9	75	9	74	84	0	15	0	0.63
21474139--21474227	13	6.7	13	82	12	110	84	0	15	0	0.63
21474139--21474229	15	5.8	17	81	12	83	84	0	15	0	0.62
21474139--21474229	42	2.2	42	84	9	123	84	0	15	0	0.62
21475520--21476153	49	12.8	48	68	8	302	30	22	22	23	1.99
21475520--21476195	297	2.3	299	85	4	925	30	22	22	23	1.99
21475520--21476220	100	7.0	100	85	3	887	30	23	22	23	1.99
21476067--21476392	172	1.9	172	80	3	379	29	23	21	26	1.99
21478063--21478138	3	25.3	3	74	5	64	26	2	6	64	1.31
21478066--21478133	12	5.7	12	81	6	75	26	2	5	64	1.30
21478378--21478414	19	1.9	19	88	0	56	24	5	0	70	1.08
21478420--21478454	18	1.9	18	88	0	52	25	17	5	51	1.67
21484989--21485167	45	4.0	45	89	2	245	20	18	19	41	1.90
21485680--21485711	15	2.3	15	89	10	50	40	0	18	40	1.51
21487143--21487208	26	2.5	26	79	11	64	34	22	25	16	1.95
21491221--21491331	24	4.6	24	78	6	125	28	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21491269--21491356	25	3.6	25	76	11	101	31	19	26	22	1.98
21491247--21491358	49	2.3	49	93	3	190	31	20	25	23	1.98
21503308--21503357	12	4.2	12	71	19	50	10	12	28	50	1.71
21503517--21503744	62	3.7	62	80	1	244	27	27	26	18	1.98
21510517--21510747	62	3.7	62	77	2	230	24	25	28	22	1.99
21516462--21516755	69	4.3	69	87	0	392	42	13	16	27	1.86
21516766--21516866	35	2.9	33	81	8	112	44	19	9	25	1.82
21517617--21517713	43	2.3	43	83	3	115	24	26	17	30	1.97
21527635--21527676	21	2.0	21	95	0	75	35	19	26	19	1.95
21531782--21532268	242	2.0	242	97	0	920	34	16	9	39	1.81
21540709--21540749	6	7.0	6	88	5	66	65	0	2	31	1.05
21540712--21540745	17	2.0	17	94	0	59	67	0	2	29	1.05
21549678--21549768	44	2.1	44	95	0	164	46	9	12	31	1.74
21586047--21586089	20	2.2	20	87	4	61	46	16	13	23	1.83
21591446--21591488	13	3.5	13	75	18	56	34	2	16	46	1.60
21591446--21591490	23	2.0	23	100	0	90	35	2	17	44	1.62
21606902--21606954	24	2.2	24	86	0	70	54	11	1	32	1.47
21609192--21609266	39	1.9	39	100	0	150	32	21	24	22	1.98
21617384--21617427	23	1.9	23	90	0	70	29	18	25	27	1.98
21618337--21618378	11	3.8	11	87	0	57	7	2	50	40	1.43
21620701--21620812	54	2.1	54	86	0	152	24	29	24	22	1.99
21622576--21622609	17	1.9	17	88	5	50	47	14	5	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21652467--21652524	3	18.7	3	76	13	55	58	5	0	36	1.20
21652471--21652522	27	2.0	26	88	3	77	57	5	0	36	1.23
21653571--21653603	6	5.5	6	92	0	57	84	3	12	0	0.72
21655796--21655836	18	2.3	18	95	0	73	4	43	29	21	1.73
21655796--21655845	18	2.8	18	87	6	57	6	42	30	22	1.77
21655808--21655864	24	2.4	24	81	0	69	12	40	24	22	1.88
21655871--21655905	18	1.9	18	88	11	54	8	40	34	17	1.80
21664568--21664638	7	10.1	7	95	0	115	14	0	9	76	1.03
21669300--21669345	24	1.9	24	90	0	74	26	26	4	43	1.73
21669303--21669356	24	2.2	24	80	0	63	27	25	3	42	1.72
21670107--21670165	28	2.1	27	96	3	109	37	27	16	18	1.93
21674068--21674266	51	4.1	50	86	10	286	29	13	24	32	1.94
21674124--21674273	44	3.2	44	87	6	183	30	13	25	31	1.94
21674564--21674596	11	2.7	13	90	9	52	45	12	6	36	1.66
21675280--21675336	30	1.9	30	85	0	78	40	7	19	33	1.78
21675668--21675903	33	6.8	33	74	18	178	20	20	27	31	1.97
21675728--21675864	42	3.5	42	78	17	193	21	18	27	32	1.97
21675691--21675901	75	2.8	75	97	0	395	20	19	27	31	1.97
21676587--21676626	20	2.0	20	95	0	71	32	15	25	27	1.95
21676762--21676813	27	1.9	27	96	0	95	15	25	30	28	1.96
21680948--21681068	43	2.9	42	85	4	154	28	15	27	28	1.96
21681601--21681637	15	2.5	15	95	0	65	18	8	18	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21683332--21683485	50	3.1	50	89	0	227	20	31	23	25	1.98
21690408--21690448	22	2.0	21	86	13	59	39	0	2	58	1.11
21691074--21691152	35	2.4	33	83	10	92	27	1	7	63	1.29
21691161--21691311	10	15.4	9	71	15	79	60	1	4	32	1.28
21691157--21691256	30	3.4	28	77	15	96	59	2	4	35	1.28
21691240--21691311	19	3.7	19	77	7	65	66	1	4	27	1.18
21691625--21691671	19	2.5	18	83	16	60	55	0	8	36	1.31
21691724--21691794	30	2.4	30	83	2	90	57	11	2	28	1.47
21695403--21695504	51	2.0	51	100	0	204	43	17	11	27	1.84
21698264--21698382	40	3.0	40	63	18	93	36	4	10	47	1.58
21698264--21698415	80	1.9	80	91	0	250	36	4	11	47	1.61
21698953--21699008	20	2.9	21	84	10	66	71	3	0	25	1.02
21699389--21699420	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21701966--21701999	18	1.9	18	88	5	52	29	2	5	61	1.34
21709233--21709278	15	3.1	14	90	6	65	43	0	2	54	1.12
21709233--21709273	5	8.4	5	89	5	66	43	0	0	56	0.99
21716924--21717025	48	2.1	48	81	3	116	59	11	1	26	1.43
21729320--21729905	294	2.0	294	97	0	1100	32	21	10	35	1.88
21732605--21732823	111	2.0	111	82	3	271	34	11	11	42	1.78
21733463--21733487	7	3.6	7	100	0	50	0	12	12	76	1.04
21736885--21736909	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
21737316--21737355	21	1.9	21	84	0	53	15	7	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21738040--21738065	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
21741625--21741650	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21743960--21744067	52	2.1	51	93	5	182	30	10	22	37	1.87
21745818--21745903	28	3.1	28	84	1	120	33	23	13	29	1.93
21752830--21752870	19	2.2	18	86	4	55	41	0	9	48	1.36
21754784--21754839	28	2.0	28	92	0	94	62	1	12	23	1.39
21764641--21764689	18	2.5	20	83	9	66	24	0	6	69	1.11
21764642--21764695	14	3.9	13	80	17	56	22	0	5	72	1.05
21764641--21764699	23	2.6	25	80	19	67	23	0	6	69	1.12
21766782--21766845	20	3.2	20	86	2	83	14	37	17	31	1.89
21771526--21771584	29	2.0	29	93	0	100	52	6	6	33	1.54
21772925--21772987	30	2.1	30	82	5	83	31	19	14	34	1.91
21774886--21775101	45	4.8	46	82	3	210	32	22	14	30	1.94
21778262--21778334	29	2.4	30	81	4	76	49	6	12	31	1.67
21784435--21784459	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
21792106--21792154	9	5.4	9	95	0	89	42	22	10	24	1.84
21792194--21792222	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
21792194--21792235	18	2.2	20	87	8	61	21	0	11	66	1.23
21792263--21792306	18	2.4	18	85	7	54	15	2	40	40	1.60
21792593--21793003	27	15.2	27	81	3	416	44	18	19	17	1.87
21792593--21793005	108	3.8	107	83	4	472	44	18	19	18	1.88
21793375--21793477	28	3.7	28	90	2	154	26	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21795438--21795674	23	10.2	23	75	3	206	40	17	13	28	1.88
21795455--21795676	47	4.8	47	88	2	306	40	17	13	27	1.88
21795754--21796382	311	2.0	311	98	0	1204	39	17	8	33	1.81
21796393--21796507	44	2.7	43	84	9	144	30	29	16	23	1.96
21796820--21796849	15	2.0	15	93	0	51	50	20	0	30	1.49
21801686--21801761	33	2.3	33	83	0	98	36	18	23	21	1.95
21803996--21804054	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
21804036--21804153	11	11.4	11	73	21	87	58	0	4	37	1.18
21804057--21804090	17	2.0	17	88	0	50	61	0	2	35	1.11
21804027--21804153	51	2.5	49	86	10	159	59	0	3	36	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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