genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  73  of  141  ( 16820 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20996641--20996868	48	4.7	48	86	4	309	31	0	14	53	1.44
20996672--20996815	27	5.8	26	80	17	180	31	0	13	54	1.43
20996737--20996794	22	2.9	19	71	14	53	34	1	12	51	1.49
20996505--20996697	19	9.5	19	72	18	131	32	0	11	55	1.40
20997011--20997092	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
20997129--20997170	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
20998501--20998631	66	2.0	66	92	0	217	22	22	29	25	1.99
20998739--20998818	6	13.3	6	90	5	126	35	33	30	1	1.66
21001782--21001826	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
21001892--21001967	27	2.8	28	90	4	113	19	38	25	17	1.93
21004874--21004899	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
21019063--21019115	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21021753--21021816	29	2.3	27	81	8	74	62	0	4	32	1.16
21022232--21022283	24	2.2	24	89	0	77	53	7	1	36	1.41
21028526--21028559	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21031360--21031400	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21033306--21033339	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21037253--21037292	20	2.0	20	85	0	53	25	10	15	50	1.74
21038500--21038533	11	3.1	11	100	0	68	44	8	11	35	1.72
21038792--21038849	18	3.2	18	81	13	82	48	24	6	20	1.74
21039439--21039472	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
21047944--21048014	24	3.0	23	76	14	72	42	21	32	4	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21047950--21048097	66	2.2	66	83	2	181	39	23	31	4	1.75
21048103--21048163	30	2.0	30	83	0	77	36	21	32	9	1.86
21048205--21048253	24	2.0	24	84	0	62	32	26	30	10	1.89
21051740--21051778	20	2.0	19	85	5	51	33	0	10	56	1.33
21057831--21057885	25	2.2	25	86	0	74	27	14	27	30	1.95
21061476--21061631	84	1.9	84	86	2	224	20	32	14	32	1.93
21061558--21061708	66	2.3	66	94	2	259	23	34	9	31	1.88
21064874--21064903	15	2.0	15	93	0	51	3	33	26	36	1.73
21067252--21067443	98	2.0	93	90	6	296	28	13	17	41	1.86
21071388--21071501	57	2.0	57	98	0	219	31	24	11	32	1.91
21075332--21075387	21	2.7	21	94	0	94	26	10	35	26	1.89
21076238--21076283	24	1.9	24	95	0	83	34	17	15	32	1.91
21080205--21080256	25	2.1	25	89	7	79	17	23	15	44	1.86
21081205--21081675	120	3.9	120	93	0	753	43	1	4	50	1.31
21081205--21081631	61	7.1	59	66	19	168	42	1	4	50	1.32
21081802--21081898	45	2.2	45	87	5	135	32	29	5	31	1.80
21081878--21081924	16	2.9	16	93	0	76	21	34	4	40	1.73
21082804--21083162	30	11.9	29	90	8	542	37	9	0	52	1.34
21082808--21083162	89	3.9	89	90	9	567	37	9	0	52	1.34
21085636--21085720	21	4.0	22	86	6	104	52	17	29	0	1.45
21088293--21088361	34	2.0	34	100	0	138	46	17	13	23	1.83
21088352--21088378	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21090777--21091378	204	3.0	204	87	1	843	36	18	22	22	1.95
21090777--21091414	68	9.4	68	84	2	710	35	18	22	23	1.96
21093627--21093695	21	3.3	21	70	8	59	44	21	20	13	1.85
21093637--21093754	42	2.8	41	78	10	121	44	17	20	16	1.86
21104113--21104159	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
21106733--21106763	4	7.8	4	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21110319--21110365	18	2.3	21	79	17	55	34	4	6	55	1.45
21117289--21117370	21	3.9	20	73	17	67	51	1	0	47	1.08
21117314--21117370	21	2.7	21	82	15	73	50	0	0	49	1.00
21121605--21121639	14	2.5	13	86	13	52	60	0	2	37	1.12
21135413--21135468	24	2.3	24	90	6	87	33	12	21	32	1.91
21135789--21136468	44	15.6	44	74	5	529	31	21	23	23	1.98
21135782--21136026	131	1.9	130	90	0	391	31	24	21	23	1.98
21135833--21136468	87	7.3	87	78	5	595	31	21	22	24	1.98
21135786--21136076	131	2.2	131	84	1	368	31	23	21	23	1.99
21136007--21136468	131	3.5	131	90	0	719	30	20	24	24	1.98
21135917--21136468	175	3.2	175	79	5	503	31	21	23	24	1.98
21137183--21137214	15	2.1	15	94	0	55	3	9	0	87	0.64
21137183--21137215	8	4.2	8	84	7	50	3	9	0	87	0.63
21138422--21138843	107	4.0	107	95	1	715	28	18	19	33	1.96
21148720--21148792	36	2.0	36	89	10	114	20	23	19	36	1.95
21151105--21151134	15	2.0	15	93	0	51	33	50	0	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21156155--21156181	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
21156266--21156492	97	2.3	97	99	0	445	40	14	8	36	1.77
21158759--21158810	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21158792--21158989	66	3.2	66	68	21	208	42	3	6	47	1.44
21158674--21159046	120	3.1	120	98	0	719	42	2	5	49	1.40
21158879--21158930	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21159008--21159049	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21158999--21159040	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21158674--21159129	240	1.9	237	83	8	595	44	3	5	47	1.42
21158983--21159295	153	2.0	156	92	2	524	46	5	4	43	1.45
21159418--21159453	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
21160561--21160627	35	1.9	35	87	3	100	32	10	13	43	1.78
21167686--21167717	15	2.1	15	100	0	64	25	6	18	50	1.70
21172717--21172754	6	6.3	6	100	0	76	31	0	0	68	0.90
21175513--21175555	16	2.6	16	77	3	50	41	20	4	32	1.73
21176815--21176860	21	2.3	19	85	7	56	26	2	2	69	1.11
21203604--21203656	27	2.0	27	92	3	90	52	22	20	3	1.62
21204328--21204406	11	7.2	11	84	9	90	22	34	0	43	1.54
21204328--21204406	33	2.4	34	85	8	101	22	34	0	43	1.54
21206218--21206260	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
21209864--21210279	126	3.3	126	89	0	607	27	19	18	33	1.96
21213005--21213074	30	2.3	31	80	7	81	32	18	4	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21219134--21219312	71	2.5	71	100	0	358	35	6	21	37	1.78
21219391--21219425	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21219538--21219572	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21219734--21219828	45	2.1	44	84	1	118	33	25	6	34	1.81
21219809--21219860	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
21221897--21221966	35	2.0	35	97	0	131	30	2	7	60	1.38
21222034--21222094	23	2.7	23	95	5	108	36	0	8	55	1.30
21222118--21222284	31	5.5	30	66	22	82	43	0	2	53	1.20
21222135--21222290	18	8.9	18	66	18	87	41	0	3	55	1.21
21222074--21222429	122	3.0	120	94	2	615	42	0	3	52	1.25
21222598--21222646	16	3.1	16	93	0	89	20	34	6	38	1.77
21240945--21241054	45	2.5	45	86	1	141	44	8	20	27	1.79
21241784--21241835	23	2.3	23	90	6	79	23	17	13	46	1.83
21244365--21244402	16	2.3	17	86	4	60	34	5	10	50	1.59
21244766--21244795	15	2.0	15	93	0	51	26	23	6	43	1.78
21260899--21260932	5	7.0	5	86	6	52	14	2	0	82	0.79
21261518--21261577	3	19.7	3	76	10	50	28	3	1	66	1.17
21261518--21261580	21	3.1	21	75	11	69	28	3	1	66	1.16
21261518--21261581	9	6.8	9	76	13	58	28	3	1	67	1.15
21264318--21264368	25	2.1	23	89	7	75	23	1	1	72	1.05
21267950--21267994	22	2.0	22	83	8	56	35	2	2	60	1.22
21268659--21268702	14	3.1	14	83	0	61	45	2	11	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21269542--21269570	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
21274631--21274655	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21274673--21274712	7	5.7	7	100	0	80	72	0	0	27	0.85
21275309--21275373	28	2.3	28	77	15	71	58	9	7	24	1.55
21279643--21279732	26	3.5	25	71	7	81	51	4	1	43	1.29
21281148--21281587	219	2.0	219	100	0	880	35	14	27	23	1.93
21282019--21282070	10	5.1	10	82	11	52	59	9	0	30	1.29
21291550--21291787	125	1.9	125	87	1	352	30	15	22	31	1.95
21291541--21291819	125	2.2	125	82	3	346	28	17	22	31	1.97
21293510--21294947	720	2.0	717	96	1	2648	28	18	23	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141