genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25162679--25162972	44	6.8	44	69	15	184	27	22	21	29	1.99
25162558--25163015	129	3.6	129	87	2	611	27	22	20	29	1.98
25162601--25163010	85	4.8	85	69	12	264	27	22	20	29	1.99
25163745--25163799	21	2.5	21	85	8	65	29	1	10	58	1.43
25167489--25167581	44	2.1	44	88	6	134	32	5	26	35	1.79
25167720--25167959	121	2.0	121	90	2	387	53	4	0	41	1.26
25172373--25172432	27	2.2	27	82	8	68	61	1	3	33	1.22
25173211--25173244	17	1.9	18	88	5	52	79	2	11	5	1.02
25174969--25175086	39	3.1	40	80	8	104	16	8	24	50	1.72
25174997--25175122	39	3.3	37	83	5	137	16	11	24	46	1.81
25175036--25175122	37	2.3	37	82	5	104	17	13	24	44	1.85
25177694--25177731	20	1.9	20	88	0	58	44	5	10	39	1.61
25185967--25186006	3	13.3	3	100	0	80	35	32	0	32	1.58
25189431--25189461	14	2.2	14	100	0	62	32	0	0	67	0.91
25189858--25189900	11	3.9	11	82	8	52	23	2	0	74	0.93
25189858--25189901	12	3.9	12	82	11	58	22	2	0	75	0.92
25201352--25201401	24	2.1	24	100	0	100	32	16	18	34	1.92
25218764--25218812	23	2.0	25	84	7	66	16	4	20	59	1.53
25223822--25223949	42	3.0	41	86	4	157	20	14	23	42	1.88
25228083--25228123	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
25231807--25231852	24	1.9	24	100	0	92	47	8	8	34	1.65
25239851--25239919	26	2.7	26	95	0	120	17	21	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25240084--25240146	25	2.4	27	76	5	67	20	26	25	26	1.99
25248724--25248797	26	2.7	27	70	6	69	25	29	17	27	1.97
25250258--25250364	20	5.8	18	70	22	62	53	3	2	40	1.33
25251821--25251888	21	3.2	21	62	25	52	57	5	20	16	1.60
25251821--25251889	22	3.2	22	61	19	54	57	5	20	15	1.58
25251794--25251890	43	2.3	43	96	0	176	55	8	21	14	1.65
25252029--25252061	13	2.7	13	90	9	52	9	6	3	81	0.95
25252725--25252764	21	1.9	21	89	0	62	25	12	2	60	1.45
25255131--25255163	14	2.4	14	90	5	50	0	27	0	72	0.85
25263392--25263482	28	3.2	27	69	19	76	24	12	12	51	1.72
25264078--25264139	31	2.0	31	83	0	79	56	12	1	29	1.46
25265008--25265052	7	6.7	7	94	5	76	84	0	0	15	0.62
25265010--25265058	7	7.8	6	93	6	64	85	0	0	14	0.59
25265380--25265412	16	2.0	17	88	5	50	84	9	0	6	0.76
25279005--25279055	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
25279177--25279323	3	49.0	3	100	0	294	33	0	0	66	0.92
25300104--25300242	73	1.9	73	100	0	278	33	17	7	42	1.76
25300437--25300518	27	3.0	27	100	0	164	56	10	0	32	1.35
25304092--25304656	125	4.5	126	83	5	702	29	17	23	29	1.97
25304095--25304656	252	2.3	250	88	1	826	29	17	22	30	1.97
25307862--25307894	15	2.1	16	88	5	50	18	0	24	57	1.40
25307863--25307916	22	2.5	22	87	6	74	18	0	27	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25307884--25307952	29	2.4	29	76	13	70	15	0	33	50	1.45
25307868--25308104	43	5.1	51	79	12	157	18	0	29	51	1.46
25307919--25308119	22	9.2	22	74	8	187	18	0	29	51	1.47
25307919--25308125	43	4.8	44	85	2	274	18	0	29	51	1.47
25307919--25308119	87	2.3	86	87	5	278	18	0	29	51	1.47
25308082--25308156	29	2.6	30	81	10	93	18	0	28	53	1.45
25308116--25308170	22	2.5	21	77	8	56	21	0	29	49	1.50
25311407--25311464	26	2.2	26	93	0	98	41	10	12	36	1.76
25314249--25314292	11	3.8	12	80	19	58	43	0	31	25	1.55
25315126--25315352	102	2.2	101	82	3	285	23	21	12	42	1.87
25315507--25315652	57	2.6	56	79	4	150	41	19	17	21	1.90
25331180--25331284	25	4.3	24	73	8	77	19	25	23	31	1.98
25331217--25331295	25	3.1	25	80	8	88	20	22	24	32	1.97
25347974--25348029	22	2.5	22	88	5	87	71	0	19	8	1.12
25348093--25348176	41	2.0	41	97	0	159	45	17	11	25	1.83
25348999--25349048	21	2.3	21	89	3	73	32	14	34	20	1.92
25354398--25354656	140	1.9	140	82	8	330	30	17	15	36	1.90
25355526--25355562	18	2.1	17	90	5	56	51	8	5	35	1.55
25378715--25378766	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
25379464--25379515	24	2.2	24	89	0	77	38	3	7	50	1.50
25379941--25379994	29	1.9	27	81	7	63	25	3	11	59	1.48
25380173--25380217	24	1.9	23	86	4	63	68	8	4	17	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25381366--25381446	31	2.6	31	88	0	117	34	9	11	44	1.73
25384030--25384088	31	1.9	32	83	13	79	28	6	8	55	1.55
25384933--25384968	17	2.1	18	94	5	65	55	5	0	38	1.23
25384924--25385012	47	2.0	43	84	8	115	48	4	3	43	1.39
25385234--25385276	1	43.0	1	95	0	77	97	0	2	0	0.16
25387454--25387490	2	18.5	2	94	0	65	2	0	45	51	1.15
25393627--25393972	88	3.9	88	99	0	683	25	14	20	39	1.91
25397174--25397231	29	2.0	29	87	12	84	25	20	5	48	1.70
25401079--25401109	12	2.6	12	94	0	53	54	19	16	9	1.68
25410807--25410862	25	2.3	24	75	12	60	41	0	8	50	1.34
25414380--25414425	21	2.1	21	84	4	56	56	4	4	34	1.39
25418619--25418677	30	2.0	30	83	6	75	64	0	16	18	1.29
25420090--25420160	27	2.7	25	78	22	74	45	1	1	52	1.18
25420176--25420258	4	20.5	4	68	24	50	71	3	21	3	1.17
25420182--25420246	29	2.2	29	91	0	103	72	4	18	4	1.20
25421135--25421273	40	3.5	40	77	8	151	29	17	23	29	1.97
25422449--25422603	26	6.2	26	68	17	96	20	21	19	38	1.93
25425713--25425759	22	2.1	22	84	7	60	36	2	4	57	1.30
25425806--25425974	83	2.0	86	93	3	290	48	6	4	40	1.50
25425888--25425966	35	2.3	35	89	6	117	49	5	3	41	1.43
25425856--25425983	35	3.0	42	70	23	108	49	5	4	40	1.47
25426019--25426059	16	2.6	16	88	0	64	43	4	4	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25431237--25431300	22	2.9	22	70	6	58	43	6	0	50	1.27
25431603--25431720	19	6.1	19	70	14	80	55	5	0	39	1.22
25431622--25431720	20	5.0	20	68	7	76	53	6	0	40	1.26
25431593--25431710	59	2.0	59	100	0	236	54	8	0	37	1.31
25431602--25431730	28	4.5	26	70	20	80	55	4	0	40	1.21
25436644--25436712	16	4.2	16	88	3	111	26	1	36	36	1.66
25436644--25436712	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
25436698--25436783	44	1.9	45	85	2	120	27	6	29	36	1.83
25436948--25436982	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25436931--25437193	120	2.2	120	98	0	508	48	6	1	43	1.37
25440620--25440650	13	2.4	13	100	0	62	51	6	35	6	1.53
25442357--25442391	18	1.9	18	88	11	54	31	5	0	62	1.18
25446169--25446208	21	2.0	20	95	5	71	27	0	10	62	1.27
25446762--25446828	9	7.4	9	91	0	107	25	7	22	44	1.78
25448649--25448758	41	2.7	41	91	0	175	20	20	30	29	1.98
25449343--25449391	20	2.4	21	79	3	55	14	4	48	32	1.62
25449345--25449447	21	4.9	21	69	7	57	21	1	40	35	1.64
25449352--25449459	50	2.2	50	80	8	114	21	1	38	37	1.64
25449413--25449464	21	2.5	22	78	9	54	26	0	38	34	1.57
25450083--25450107	13	1.9	13	100	0	50	0	44	0	56	0.99
25450276--25450318	21	2.0	21	86	9	59	41	39	2	16	1.61
25454543--25454833	43	6.8	43	86	4	349	24	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25456963--25457026	30	2.1	30	97	0	119	31	18	6	43	1.75
25459505--25459571	22	3.0	23	97	2	127	31	26	23	17	1.97
25459659--25459687	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
25459813--25459849	18	2.1	18	90	10	58	45	10	0	43	1.39
25461023--25461070	23	2.0	24	92	4	80	16	4	14	64	1.43
25461291--25461334	22	2.0	22	100	0	88	45	13	9	31	1.75
25464290--25464352	31	2.0	31	100	0	126	15	3	23	57	1.53
25469025--25469113	8	11.0	8	74	13	58	57	0	0	42	0.98
25469032--25469113	30	2.9	28	75	21	82	58	0	0	41	0.98
25469042--25469083	20	2.0	20	90	4	66	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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