genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675589--675675	42	2.1	41	87	8	122	24	21	28	25	1.99
677304--677431	54	2.4	55	78	6	145	23	27	26	22	2.00
677569--678052	242	2.0	242	100	0	968	42	24	6	26	1.78
678575--678669	37	2.6	37	86	5	131	42	30	10	16	1.82
683349--683472	27	4.6	27	84	2	140	26	16	28	29	1.97
683349--683472	55	2.3	54	82	1	149	26	16	28	29	1.97
693087--693389	40	7.6	40	90	2	387	24	20	28	27	1.99
695218--695248	12	2.6	12	94	0	53	32	38	29	0	1.57
695787--695811	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
698484--698508	10	2.5	10	100	0	50	28	8	0	64	1.22
698811--698854	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
698899--698987	45	2.0	45	93	0	151	33	23	17	24	1.96
698998--699184	51	3.7	50	82	4	241	31	27	16	24	1.96
698994--699180	101	1.8	101	89	3	268	32	27	16	24	1.96
720856--721110	124	2.1	124	89	3	388	30	16	22	31	1.95
724101--724783	28	25.2	28	78	14	498	31	1	23	43	1.62
724122--724297	81	2.2	81	86	5	239	28	2	28	40	1.69
724184--724777	23	22.4	23	74	18	263	32	1	22	44	1.60
724607--724680	35	2.1	35	89	0	112	24	2	33	39	1.70
725029--725072	22	2.0	22	95	0	79	29	0	25	45	1.54
724996--725067	27	2.6	28	88	4	101	33	0	25	41	1.55
725630--725871	121	2.0	120	97	0	457	22	27	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726941--726982	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
726954--727012	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
726932--727034	52	2.0	51	84	5	136	33	0	32	33	1.65
726983--727053	22	3.2	22	90	7	108	36	1	28	33	1.66
733249--733311	23	2.6	25	85	10	94	0	33	19	47	1.49
733371--733455	41	2.1	41	97	0	161	8	30	14	47	1.73
735344--735406	23	2.6	25	85	10	94	0	33	19	47	1.49
735466--735550	41	2.1	41	97	0	161	8	30	14	47	1.73
738074--738113	13	3.1	13	96	0	71	40	25	7	27	1.82
744797--745242	102	4.4	102	89	2	585	28	15	25	30	1.95
744797--745232	51	8.6	50	74	7	333	29	14	25	30	1.95
748897--748983	43	2.0	43	88	0	129	25	21	3	49	1.65
751045--751078	18	1.9	17	88	5	50	58	20	0	20	1.39
751296--751404	55	2.0	55	85	0	146	20	28	26	24	1.99
751300--751421	55	2.2	55	83	0	145	19	28	26	25	1.99
753655--753680	9	2.9	9	100	0	52	11	30	11	46	1.76
755964--756034	29	2.4	29	86	4	90	26	29	15	28	1.96
762208--762254	21	2.2	21	96	0	85	44	21	8	25	1.80
762208--762263	21	2.7	21	88	5	69	37	25	8	28	1.86
771842--771897	21	2.7	21	85	0	76	26	7	37	28	1.83
772065--772183	35	3.5	34	76	14	97	52	4	1	42	1.31
772201--772234	17	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777149--777196	22	2.2	22	88	3	71	66	4	12	16	1.39
779021--780056	518	2.0	518	100	0	2072	41	15	13	29	1.85
780417--780489	26	2.8	26	80	12	80	54	1	10	32	1.44
780424--780476	24	2.2	24	86	6	72	54	0	11	33	1.36
782261--782469	50	4.2	50	72	2	150	24	25	20	29	1.99
782277--782474	100	2.0	100	90	0	315	24	24	21	29	1.99
784972--785018	23	2.0	23	95	0	85	29	29	12	27	1.93
790215--790254	20	2.0	20	95	0	71	30	12	25	32	1.92
798379--798427	25	2.0	24	88	4	71	57	4	8	30	1.47
798429--798495	25	2.6	25	83	6	82	55	0	10	34	1.34
799558--800359	401	2.0	401	99	0	1595	31	15	21	32	1.94
802813--802926	40	2.9	39	83	6	133	34	21	22	21	1.97
802971--803210	41	5.9	41	91	1	365	24	20	24	30	1.98
803561--803593	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
803632--803697	34	1.9	34	85	11	91	24	0	30	45	1.53
803666--803827	82	2.0	82	90	2	254	25	1	27	45	1.61
803803--803857	28	1.9	29	85	3	76	16	0	41	41	1.48
804421--804473	14	3.8	14	82	0	52	26	0	39	33	1.57
804449--804478	14	2.1	14	93	0	51	36	0	30	33	1.58
804739--804774	7	5.1	7	89	0	54	22	0	44	33	1.53
804741--804849	7	15.4	7	72	9	51	22	0	33	44	1.53
804756--804870	50	2.3	50	84	3	160	22	0	33	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805714--805757	21	2.0	21	86	8	61	45	38	0	15	1.47
806631--806941	43	7.3	43	85	5	398	25	18	30	24	1.98
806637--806941	128	2.4	129	85	6	404	25	19	30	24	1.98
807202--807241	19	2.1	19	86	9	55	60	12	5	22	1.52
821951--821987	17	2.2	17	100	0	74	45	0	16	37	1.47
823356--823553	88	2.2	88	83	3	238	31	25	25	17	1.97
825993--826044	21	2.5	21	96	0	95	36	25	19	19	1.95
826974--827028	26	2.1	26	86	6	76	30	0	9	60	1.28
828754--828820	29	2.5	27	84	13	93	47	4	0	47	1.22
828977--829041	22	2.9	22	83	4	67	64	1	33	0	1.03
829012--829194	10	17.6	10	72	12	68	69	0	29	0	0.92
829067--829195	36	3.4	36	80	12	168	69	0	30	0	0.88
829011--829199	24	7.7	24	67	18	95	69	0	30	0	0.93
829145--829227	28	2.8	30	80	8	82	71	0	28	0	0.87
829040--829208	36	4.5	36	76	12	162	68	0	31	0	0.95
829021--829227	36	5.6	36	71	18	142	69	0	30	0	0.93
829961--830016	27	2.1	27	93	0	94	44	14	32	8	1.76
835015--835049	18	1.9	18	94	0	61	14	42	5	37	1.69
835837--835865	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
835918--835966	23	2.1	23	85	14	66	73	8	0	18	1.07
835991--836021	13	2.5	13	94	5	55	0	25	0	74	0.82
836213--836283	30	2.5	29	84	13	94	46	0	9	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836213--836283	27	2.6	27	88	8	99	46	0	9	43	1.37
840536--840561	9	2.9	9	100	0	52	46	11	11	30	1.76
840640--840711	20	3.7	19	81	7	74	55	5	0	38	1.23
840641--840717	19	4.1	19	80	14	79	53	5	0	41	1.23
844965--845123	25	6.4	24	82	11	103	32	20	23	23	1.98
844965--845124	50	3.2	49	82	4	153	31	20	24	23	1.98
845008--845124	50	2.3	50	88	0	162	34	19	25	20	1.96
854739--854763	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
860355--860430	28	2.7	28	85	0	107	36	5	9	48	1.58
865548--865578	15	2.1	15	94	5	55	32	9	6	51	1.60
868772--869120	27	12.9	27	88	1	466	38	18	16	25	1.92
883812--883888	39	2.0	39	100	0	154	32	12	20	33	1.91
885264--885443	50	3.6	50	82	3	186	28	21	28	22	1.99
885645--885693	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
890345--890378	11	3.2	10	88	12	50	67	2	2	26	1.19
894551--894597	24	2.0	24	100	0	94	25	17	12	44	1.84
900973--901012	6	7.0	6	86	8	57	65	2	0	32	1.06
900973--901012	11	3.5	11	86	6	62	65	2	0	32	1.06
900973--901058	17	4.8	17	72	13	66	68	4	3	23	1.24
907663--907767	36	2.9	36	82	1	140	23	24	14	37	1.92
909157--909187	16	1.9	16	100	0	62	32	29	0	38	1.57
913918--913948	14	2.2	14	100	0	62	41	29	0	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915626--915944	80	4.0	80	99	0	620	26	14	17	41	1.87
919248--919376	63	2.0	63	86	2	179	26	31	17	25	1.97
920592--920627	16	2.2	17	90	5	56	47	0	36	16	1.47
920796--920838	22	2.0	22	86	9	61	6	30	0	62	1.21
923153--923201	24	2.0	24	84	7	64	22	8	0	69	1.14
924428--924488	31	1.9	32	83	6	79	36	11	13	39	1.80
924891--924928	18	2.1	18	90	0	58	44	0	5	50	1.24
930321--930718	40	9.9	40	89	1	296	34	18	30	16	1.93
930372--930718	80	4.3	80	90	0	496	34	17	30	16	1.93
930372--930718	120	2.9	120	92	0	550	34	17	30	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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