genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27056445--27056502	30	1.9	30	85	0	80	18	36	0	44	1.50
27057257--27057292	5	7.2	5	100	0	72	19	19	19	41	1.90
27057344--27057378	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
27063427--27063464	17	2.2	17	100	0	76	34	21	5	39	1.76
27066900--27066941	19	2.1	20	86	8	59	71	4	4	19	1.22
27066918--27066967	14	3.6	14	81	7	50	66	4	2	28	1.21
27067304--27067724	110	3.9	109	92	2	659	34	19	14	31	1.92
27067304--27067724	221	1.9	216	90	2	662	34	19	14	31	1.92
27067833--27067871	18	2.2	17	90	4	60	74	7	5	12	1.20
27067859--27067932	28	2.7	26	76	17	71	64	5	5	24	1.36
27068239--27068271	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
27069921--27070249	126	2.6	129	88	5	470	31	22	17	28	1.96
27070011--27070085	38	2.0	38	83	0	96	30	21	17	30	1.96
27069910--27070249	131	2.6	132	86	6	496	31	22	17	29	1.96
27070049--27070232	44	4.2	45	63	15	107	32	23	17	26	1.97
27070240--27070367	66	1.9	66	85	3	177	22	18	24	34	1.96
27070302--27070703	99	4.1	100	90	2	573	20	19	24	34	1.96
27070302--27070663	50	7.3	50	72	8	299	21	19	24	33	1.97
27070703--27070993	132	2.2	132	86	1	395	26	21	18	32	1.97
27071002--27072666	88	19.1	87	78	9	1086	24	23	24	27	2.00
27070992--27072666	176	9.6	176	86	3	2197	24	23	24	27	2.00
27070992--27072666	264	6.4	264	85	3	2206	24	23	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27071855--27072605	44	17.1	44	61	17	148	24	23	24	26	2.00
27073887--27073923	19	1.9	19	94	0	65	0	24	0	75	0.80
27076290--27076332	19	2.3	17	78	21	50	41	13	23	20	1.88
27077747--27078272	111	4.9	110	89	4	768	35	18	14	31	1.91
27077747--27078272	215	2.4	218	89	5	791	35	18	14	31	1.91
27078382--27078420	18	2.2	17	90	4	60	74	7	5	12	1.20
27078788--27078819	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
27080024--27080076	18	2.9	17	75	10	52	9	1	32	56	1.42
27083257--27083286	15	2.0	15	93	0	51	43	20	6	30	1.77
27083894--27084018	49	2.7	47	77	5	128	24	36	22	17	1.95
27086084--27086149	30	2.1	32	86	5	91	31	12	22	33	1.91
27089136--27089252	57	2.1	58	87	4	168	44	6	20	28	1.77
27091489--27091523	18	2.0	17	88	5	52	77	0	22	0	0.78
27094532--27094890	27	13.3	27	77	6	212	40	18	18	22	1.92
27094532--27094871	54	6.3	54	77	4	238	40	19	18	22	1.92
27094532--27094728	81	2.4	80	88	3	277	42	19	16	21	1.89
27094582--27094898	81	3.9	81	80	8	272	39	18	18	23	1.93
27094689--27094898	80	2.6	80	84	6	255	37	19	20	23	1.94
27094795--27094910	54	2.1	54	82	0	133	37	16	23	23	1.94
27094931--27094979	24	2.0	24	88	0	71	30	8	18	42	1.79
27094963--27095017	24	2.3	24	93	0	92	20	9	23	47	1.78
27095132--27095185	26	2.1	26	85	0	72	18	22	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27095143--27095197	26	2.1	26	82	0	65	16	21	32	29	1.95
27095336--27095386	22	2.3	22	96	0	84	23	17	11	47	1.81
27101861--27101897	19	1.9	19	88	0	56	24	0	2	72	0.97
27105106--27105130	13	1.9	13	100	0	50	32	40	20	8	1.81
27105795--27105865	17	4.2	16	73	18	56	25	1	1	71	1.02
27105921--27105959	19	2.1	19	85	0	51	30	2	0	66	1.05
27107567--27107611	18	2.5	18	85	7	56	11	4	15	68	1.34
27114449--27114497	21	2.3	21	79	6	55	65	8	22	4	1.37
27118164--27118211	20	2.4	21	86	10	73	60	12	25	2	1.43
27136929--27136970	22	1.9	22	95	0	75	23	28	4	42	1.74
27139735--27139797	30	2.1	30	96	0	117	23	11	6	58	1.55
27139948--27140003	26	2.2	26	96	0	103	16	21	21	41	1.90
27141192--27141253	29	2.1	29	96	0	115	43	30	6	19	1.76
27141508--27141553	23	2.0	23	83	8	58	69	6	2	21	1.22
27147072--27147120	23	2.1	24	88	3	73	44	10	24	20	1.82
27148423--27148607	89	2.1	90	96	1	345	27	16	5	51	1.66
27150433--27150556	28	4.4	28	82	3	149	57	2	13	26	1.49
27150420--27150573	57	2.7	57	82	7	161	57	3	14	25	1.52
27150418--27150573	29	5.5	28	78	7	127	56	3	14	26	1.53
27150418--27150574	28	5.5	29	76	8	126	56	3	14	26	1.53
27152138--27152347	24	8.6	24	70	14	96	33	21	26	18	1.96
27152137--27152347	48	4.3	49	72	17	134	33	21	26	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152274--27152347	26	2.8	26	87	4	96	36	22	24	16	1.94
27153765--27155176	618	2.3	618	92	1	2386	40	9	19	30	1.83
27156286--27156314	15	1.9	15	100	0	58	6	13	20	58	1.58
27164046--27164087	22	1.9	22	95	0	75	23	28	4	42	1.74
27168602--27168688	44	2.0	44	86	0	120	37	10	3	48	1.54
27175510--27175568	31	1.9	31	93	6	102	18	44	0	37	1.50
27175728--27175753	7	3.7	7	100	0	52	15	69	0	15	1.20
27176932--27176960	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
27177110--27177164	28	2.0	28	89	7	85	56	0	5	38	1.23
27178048--27178203	42	3.7	41	73	14	138	25	17	25	31	1.97
27178332--27178376	17	2.6	18	76	16	51	44	0	20	35	1.51
27185281--27185327	23	2.0	23	84	8	60	53	8	4	34	1.51
27188806--27188857	28	1.9	26	92	7	86	46	0	7	46	1.31
27190481--27190570	41	2.2	41	85	0	117	24	20	24	31	1.98
27196776--27196813	10	3.9	10	82	6	51	52	2	0	44	1.14
27198288--27198316	12	2.4	12	100	0	58	17	34	31	17	1.93
27202634--27202664	13	2.4	13	94	0	53	58	12	6	22	1.58
27207469--27207635	60	2.9	56	80	12	169	41	1	4	52	1.28
27216468--27216497	14	2.1	14	100	0	60	20	0	36	43	1.52
27218199--27218259	24	2.5	25	91	2	97	34	8	14	42	1.76
27220659--27220684	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
27223919--27224015	42	2.3	42	87	1	133	46	4	3	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27223895--27224096	103	2.0	103	87	2	289	47	5	3	43	1.43
27228437--27228488	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
27230343--27230393	21	2.5	21	83	3	68	25	29	9	35	1.88
27230343--27230402	21	2.9	21	78	7	61	26	26	13	33	1.93
27232849--27232882	15	2.4	14	90	9	52	61	0	8	29	1.26
27235423--27235452	6	5.0	6	100	0	60	0	33	0	66	0.92
27238690--27238717	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27239960--27240727	5	153.6	5	99	0	1527	39	0	0	60	0.98
27247373--27247397	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
27248888--27249005	58	2.0	58	98	0	227	10	29	43	16	1.81
27260509--27260570	29	2.1	29	100	0	124	35	29	22	12	1.91
27261680--27262480	44	18.2	44	61	15	120	29	19	25	25	1.99
27261679--27262176	132	3.8	132	92	0	816	28	19	25	25	1.99
27261950--27262396	220	2.0	220	93	0	768	29	21	24	24	1.99
27262082--27262281	88	2.3	88	90	0	328	29	22	26	22	1.99
27262170--27262510	132	2.6	132	91	0	547	29	19	26	24	1.98
27261818--27262504	352	2.0	352	91	0	1122	29	19	26	24	1.99
27277871--27277899	7	4.1	7	100	0	58	31	0	55	13	1.39
27299543--27299579	12	3.0	12	88	4	56	78	0	2	18	0.87
27299530--27299579	24	2.1	24	85	7	66	72	0	6	22	1.07
27306382--27306453	20	3.5	20	79	3	81	43	25	18	13	1.86
27306446--27306501	24	2.3	24	87	0	85	46	25	16	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27310653--27311444	395	2.0	395	100	0	1584	39	17	14	29	1.89
27313281--27313532	89	2.9	88	77	5	249	38	16	9	36	1.80
27313659--27313778	10	12.6	9	72	16	82	61	0	1	36	1.06
27313660--27313779	19	6.3	19	75	12	93	60	0	1	37	1.07
27313650--27313751	29	3.6	28	71	7	80	64	0	0	33	1.07
27313639--27313771	39	3.4	38	79	8	124	63	0	1	34	1.09
27313692--27313751	27	2.2	25	83	16	68	66	0	1	31	1.01
27314106--27314174	29	2.6	25	76	17	68	30	1	0	68	0.99
27314098--27314161	19	3.4	19	79	10	60	31	3	0	65	1.08
27314087--27314162	9	7.9	10	71	17	63	31	2	0	65	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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