genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24783804--24783861	6	8.8	6	77	20	55	18	3	1	75	1.03
24789940--24789984	22	2.0	22	82	4	54	37	0	2	60	1.09
24802743--24802767	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
24810678--24810714	20	2.0	20	89	10	60	43	5	10	40	1.63
24813248--24813366	57	2.1	58	88	1	177	43	3	4	48	1.38
24813253--24813386	57	2.4	56	81	8	155	43	2	5	48	1.40
24819146--24819174	14	2.0	15	93	6	51	20	13	3	62	1.46
24819292--24819325	14	2.4	14	90	0	50	14	0	2	82	0.79
24823174--24823226	17	3.1	17	75	24	58	67	0	32	0	0.91
24823306--24823357	17	3.2	16	82	17	63	78	0	21	0	0.74
24823287--24823359	26	2.8	25	86	12	94	76	0	23	0	0.78
24823425--24823473	19	2.5	20	80	12	57	30	42	26	0	1.55
24828962--24829015	27	2.0	27	100	0	108	25	3	29	40	1.73
24829090--24829119	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
24830801--24830842	18	2.5	17	85	11	59	76	2	4	16	1.07
24830801--24830858	16	3.5	16	81	11	64	72	3	5	18	1.18
24830928--24830971	12	3.6	12	84	12	54	72	0	2	25	0.96
24830920--24830983	13	5.0	13	83	12	64	71	3	1	23	1.08
24831078--24831109	14	2.3	14	94	0	55	75	3	0	21	0.95
24834905--24834931	14	1.9	14	100	0	54	22	3	14	59	1.51
24843400--24843426	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24844536--24844840	101	3.0	101	94	0	520	36	11	25	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24846608--24846652	19	2.4	19	85	7	56	35	2	6	55	1.38
24846663--24846729	18	3.6	18	72	23	57	34	4	8	52	1.53
24852821--24853189	88	4.2	88	85	2	472	30	26	22	20	1.98
24853143--24853472	44	7.6	44	69	7	242	27	22	23	26	1.99
24853123--24853480	87	4.1	87	91	0	563	28	22	23	25	1.99
24853186--24853414	43	5.3	43	69	6	183	24	24	23	26	2.00
24853489--24853592	44	2.4	44	80	3	111	29	21	20	28	1.98
24853976--24854009	14	2.5	14	85	4	52	29	35	14	20	1.93
24854860--24854904	24	1.9	24	90	4	74	26	6	0	66	1.16
24854860--24854902	11	3.7	11	79	11	50	25	4	0	69	1.07
24859498--24859542	24	1.9	24	90	4	74	26	6	0	66	1.16
24859498--24859540	11	3.7	11	79	11	50	25	4	0	69	1.07
24864944--24864982	19	2.1	19	90	4	62	35	15	15	33	1.89
24865365--24865409	21	2.3	19	84	7	54	55	28	0	15	1.41
24865384--24865421	13	2.8	14	88	4	51	50	28	0	21	1.49
24865445--24865597	7	21.9	7	71	12	82	47	33	0	18	1.50
24865446--24865597	14	10.9	14	74	10	96	47	33	0	19	1.50
24865445--24865500	29	1.9	29	85	0	76	42	39	0	17	1.50
24865545--24865600	20	2.8	20	91	2	85	57	25	0	17	1.41
24865453--24865597	63	2.3	62	77	13	136	47	33	0	19	1.50
24866225--24866558	50	6.6	50	89	1	488	20	31	21	26	1.98
24866225--24866558	151	2.2	151	91	1	526	20	31	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870801--24871024	50	4.5	50	89	0	331	21	31	21	25	1.98
24874808--24874836	13	2.3	13	94	5	51	31	3	20	44	1.68
24874790--24874818	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
24875913--24876044	41	3.2	41	91	2	203	25	16	25	33	1.96
24875913--24876139	41	5.5	42	85	6	161	26	17	26	29	1.98
24881895--24881923	13	2.3	13	94	5	51	31	3	20	44	1.68
24881877--24881905	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
24885971--24886020	25	2.0	25	92	0	82	46	2	0	52	1.12
24886184--24886212	12	2.4	12	100	0	58	58	0	6	34	1.25
24896064--24896116	20	2.8	18	78	18	54	58	0	0	41	0.98
24896063--24896122	32	1.9	31	90	6	95	58	0	0	41	0.98
24896112--24896163	18	2.9	17	75	11	50	61	3	1	32	1.25
24896063--24896161	37	2.9	33	80	15	89	58	2	1	38	1.16
24897256--24897318	30	2.1	31	93	3	110	28	26	6	38	1.81
24897268--24897313	15	3.0	16	68	12	51	26	28	6	39	1.81
24901652--24901705	27	2.0	27	85	0	72	24	24	16	35	1.95
24901907--24901966	30	2.0	31	90	3	95	25	20	6	48	1.73
24905764--24906147	45	8.4	45	71	9	220	31	18	21	28	1.97
24906351--24906390	21	2.0	19	90	9	62	70	17	0	12	1.18
24908450--24908492	21	2.0	21	86	0	59	51	6	25	16	1.69
24911077--24911223	57	2.5	57	83	8	179	29	22	25	22	1.99
24911345--24911470	66	1.9	66	100	0	252	18	18	37	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24914545--24914614	16	4.4	16	74	3	61	41	2	22	32	1.69
24914759--24914810	25	2.0	26	88	3	79	38	0	7	53	1.30
24914776--24914912	61	2.3	57	82	6	157	50	3	1	44	1.28
24914863--24914937	12	6.8	11	70	22	52	52	2	0	45	1.15
24914875--24914937	12	5.4	12	73	21	55	49	3	0	47	1.17
24915556--24915594	20	2.0	20	100	0	78	56	10	12	20	1.65
24918784--24918952	43	3.9	43	83	3	214	33	23	15	26	1.95
24918785--24919004	86	2.6	86	85	2	280	32	22	15	29	1.95
24918797--24919004	43	4.8	43	79	4	197	31	23	15	29	1.95
24925011--24925059	22	2.1	23	92	7	82	44	4	20	30	1.70
24925021--24925068	22	2.2	22	88	3	71	52	4	12	31	1.58
24926745--24926781	15	2.5	15	90	0	56	51	0	16	32	1.45
24931436--24931517	38	2.2	36	85	8	103	48	4	1	45	1.31
24935882--24936160	27	10.3	27	81	3	274	45	20	16	17	1.85
24936334--24936410	26	3.0	26	84	0	100	15	22	23	38	1.92
24936516--24936609	28	3.4	28	83	0	107	19	22	27	30	1.98
24937526--24937555	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
24938100--24938339	23	10.7	23	72	10	183	37	25	3	33	1.72
24938100--24938427	46	7.3	46	73	9	174	38	25	3	32	1.73
24938235--24938353	23	5.2	22	81	9	132	36	23	5	35	1.77
24938238--24938372	69	2.0	69	88	2	200	35	22	4	37	1.75
24938234--24938384	69	2.2	69	84	2	187	35	23	4	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24944895--24944937	22	2.0	22	85	0	59	9	11	27	51	1.69
24945016--24945237	43	5.2	43	87	4	290	31	22	19	25	1.98
24945016--24945237	85	2.6	85	86	5	297	31	22	19	25	1.98
24945656--24945695	12	3.3	12	92	0	53	2	37	17	42	1.63
24945680--24945748	21	3.3	21	83	4	86	2	42	18	36	1.66
24951249--24951302	7	7.1	7	87	8	63	27	1	16	53	1.53
24951256--24951539	9	31.9	9	71	10	140	35	4	14	45	1.66
24951325--24951539	27	7.6	27	79	13	218	37	3	12	46	1.60
24951346--24951470	63	2.0	63	90	3	198	37	3	10	48	1.53
24951429--24951534	55	1.9	56	92	1	178	36	5	12	45	1.65
24952170--24952206	13	2.9	13	92	4	58	35	8	2	54	1.44
24954806--24954844	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
24957788--24957827	3	13.3	3	89	10	64	65	0	0	35	0.93
24957787--24957827	21	2.0	21	95	4	75	63	0	0	36	0.95
24957788--24957843	24	2.4	24	85	8	71	66	1	0	32	1.03
24958248--24958306	22	2.7	22	82	7	66	42	18	3	35	1.67
24958262--24958399	19	6.8	19	85	6	132	39	17	7	35	1.77
24958262--24958397	61	2.2	60	83	7	150	40	16	7	35	1.77
24958315--24958398	21	4.1	21	90	6	145	38	15	8	38	1.78
24958262--24958399	40	3.4	38	79	11	132	39	17	7	35	1.77
24959247--24959570	44	7.5	44	83	6	394	28	25	18	28	1.98
24959247--24959568	170	1.9	169	88	1	484	28	25	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959277--24959569	126	2.3	129	86	4	423	29	24	17	29	1.97
24959570--24959980	88	4.7	88	91	0	644	18	24	28	27	1.98
24959608--24959922	44	7.2	44	63	5	161	20	26	27	25	1.99
24962679--24963026	174	2.0	174	100	0	696	20	23	12	43	1.86
24965958--24966062	51	2.0	51	81	5	122	55	6	6	31	1.52
24966329--24966368	3	13.3	3	89	10	64	65	0	0	35	0.93
24966328--24966368	21	2.0	21	95	4	75	63	0	0	36	0.95
24966329--24966384	24	2.4	24	85	8	71	66	1	0	32	1.03
24966780--24966837	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
24966809--24966861	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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