genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  84  of  141  ( 16820 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24117096--24117124	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
24118833--24118957	41	3.0	41	89	1	160	34	15	25	24	1.94
24118983--24119153	7	24.0	7	73	7	85	18	0	31	50	1.47
24119018--24119071	15	3.7	15	95	2	92	11	0	33	55	1.35
24119097--24119137	15	2.7	15	84	0	55	24	0	26	48	1.51
24120013--24120770	121	6.1	124	82	6	882	36	17	22	24	1.95
24120013--24120778	371	2.1	370	88	1	1142	36	17	22	24	1.94
24122580--24122629	22	2.3	21	79	3	55	30	0	32	38	1.58
24122580--24122706	57	2.2	59	83	8	154	27	0	34	37	1.63
24122621--24122664	21	2.0	22	86	4	63	20	0	43	36	1.52
24122895--24122932	14	2.7	15	80	12	53	26	2	31	39	1.70
24122928--24122968	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
24122949--24122987	15	2.5	15	87	4	51	15	0	46	38	1.46
24122514--24123118	306	2.0	299	89	3	926	28	2	27	41	1.69
24124299--24124383	43	2.0	43	83	4	109	31	14	11	42	1.81
24124726--24124918	43	4.5	42	87	7	221	22	14	29	33	1.94
24124759--24124922	86	1.9	85	90	3	258	23	15	29	31	1.95
24125695--24125753	9	6.6	9	80	7	66	47	18	0	33	1.49
24125961--24126001	20	2.0	20	100	0	82	41	9	24	24	1.85
24126502--24126531	15	2.0	15	93	0	51	36	0	36	26	1.57
24126719--24126798	40	2.0	40	95	0	142	30	10	22	37	1.87
24131440--24131484	21	2.1	21	91	0	72	37	17	44	0	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24131882--24132093	42	5.1	43	78	4	202	26	17	27	28	1.98
24136494--24136573	27	3.4	23	69	20	58	48	5	8	37	1.56
24136490--24136557	27	2.5	28	76	9	77	48	4	7	39	1.51
24136494--24136562	23	2.8	23	74	19	59	50	4	7	37	1.50
24141909--24141953	17	2.6	17	96	0	81	53	15	0	31	1.43
24147388--24147458	35	2.0	35	97	0	133	32	32	11	23	1.90
24150920--24151271	113	3.1	115	85	5	462	34	15	19	30	1.93
24153590--24153943	60	6.0	60	85	3	441	32	15	17	34	1.91
24153590--24153943	121	3.0	118	84	6	468	32	15	17	34	1.91
24153913--24153968	25	2.2	26	87	6	80	35	14	17	32	1.90
24153952--24154035	24	3.5	24	83	4	98	27	22	9	40	1.85
24156590--24156622	16	2.1	16	88	11	50	69	6	6	18	1.30
24158877--24159006	10	13.2	10	71	22	80	69	0	30	0	0.94
24158877--24158992	4	30.0	4	75	19	81	70	0	28	0	0.93
24158876--24159006	20	6.7	20	72	18	96	68	0	30	0	0.95
24158876--24159020	38	3.7	38	76	17	154	68	0	30	0	0.94
24159633--24159820	60	3.1	60	61	14	143	51	9	13	26	1.70
24159602--24159857	120	2.1	120	99	0	503	51	9	12	26	1.70
24160502--24160531	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
24159344--24160773	323	4.4	322	85	6	1836	50	7	12	29	1.68
24162183--24162243	16	3.8	16	78	10	61	68	0	4	26	1.09
24164046--24164949	44	20.3	44	80	2	776	31	22	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24164015--24164924	89	10.2	89	84	4	948	30	23	13	32	1.93
24164046--24164951	88	10.2	88	84	5	925	31	22	13	31	1.93
24166241--24166282	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
24167212--24167252	20	2.0	20	90	9	66	65	4	14	14	1.42
24168918--24168964	24	2.0	24	83	8	60	17	29	12	40	1.86
24169140--24169181	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
24169627--24169662	17	2.1	17	89	0	54	44	16	16	22	1.86
24172796--24172829	13	2.6	13	85	0	50	32	0	14	52	1.42
24173147--24173344	98	2.0	98	82	5	240	52	7	13	26	1.67
24172988--24173485	258	1.9	257	89	1	766	51	7	11	30	1.65
24173485--24174324	325	2.6	325	94	1	1495	50	7	11	29	1.67
24173720--24174324	165	3.7	164	71	15	484	51	7	11	29	1.66
24173999--24174045	24	1.9	25	83	12	62	63	8	4	23	1.40
24177404--24177433	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
24178921--24179289	132	2.8	132	93	0	612	28	24	17	28	1.98
24179264--24179817	89	6.2	89	93	1	819	27	24	18	29	1.98
24180982--24181016	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
24180974--24181016	14	3.1	13	83	10	50	16	16	0	67	1.24
24180982--24181028	21	2.2	21	77	7	51	14	19	0	65	1.26
24185951--24186001	3	17.0	3	95	0	93	64	0	1	33	1.05
24190589--24190641	24	2.2	24	89	0	79	35	3	7	52	1.48
24194167--24194204	20	1.9	20	89	10	60	39	5	13	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24212301--24212457	64	2.5	64	84	0	197	24	22	29	23	1.99
24215141--24215247	50	2.1	50	82	0	133	21	31	21	25	1.98
24224299--24224338	13	3.1	13	81	0	53	35	25	7	32	1.84
24228067--24228147	33	2.6	30	81	13	92	55	2	1	40	1.21
24228094--24228153	29	2.0	30	83	3	77	56	1	0	41	1.09
24228121--24228159	19	2.0	20	85	5	53	56	0	0	43	0.99
24230984--24231013	12	2.4	13	94	5	53	73	0	26	0	0.84
24231500--24231542	22	2.0	22	86	9	61	55	2	0	41	1.12
24239772--24239907	73	1.9	73	87	6	204	34	15	19	30	1.93
24239766--24239922	73	2.1	74	78	9	187	33	14	21	31	1.92
24240523--24240564	20	2.0	21	86	4	59	50	0	11	38	1.40
24242074--24242101	14	2.0	14	100	0	56	7	28	35	28	1.84
24244175--24244399	104	2.2	104	100	0	450	38	16	17	27	1.92
24244931--24245008	37	2.1	37	82	2	93	57	5	7	29	1.48
24245129--24245153	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
24246179--24246203	11	2.3	11	100	0	50	24	16	16	44	1.86
24246986--24247273	44	6.7	42	73	11	158	29	19	20	30	1.97
24247074--24247273	44	4.7	41	75	9	177	29	20	22	28	1.98
24246938--24247280	129	2.6	128	83	5	420	28	20	20	30	1.97
24247432--24247737	44	7.0	44	72	9	203	21	23	25	29	1.99
24247432--24247998	89	6.6	87	76	9	453	23	22	23	30	1.99
24247695--24247835	76	1.9	76	86	3	203	24	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24247775--24247998	45	5.0	45	78	1	225	26	22	20	30	1.98
24248267--24248324	24	2.4	24	82	5	73	31	24	10	34	1.89
24249264--24249325	12	5.1	12	78	9	72	1	12	0	85	0.67
24249266--24249316	21	2.6	19	82	17	61	1	13	0	84	0.71
24249264--24249334	34	2.1	34	84	2	90	4	11	0	84	0.75
24267075--24267128	27	2.0	28	82	10	67	31	1	1	64	1.14
24267075--24267128	28	1.9	28	85	7	74	31	1	1	64	1.14
24267074--24267135	28	2.2	28	80	5	72	32	1	1	64	1.13
24270109--24270261	41	3.7	41	92	3	245	15	16	28	39	1.89
24270100--24270288	82	2.3	82	83	10	242	14	17	29	38	1.89
24270699--24270768	16	4.4	16	67	16	56	27	1	21	50	1.57
24270701--24270781	23	3.5	23	72	22	80	23	1	24	50	1.56
24270792--24270832	22	1.9	21	85	14	57	19	0	24	56	1.42
24274945--24275002	29	2.0	29	100	0	116	31	24	3	41	1.71
24275132--24275188	9	6.7	9	76	9	57	42	12	1	43	1.52
24275155--24275186	16	2.0	16	93	0	55	46	12	0	40	1.42
24275281--24275350	12	6.0	12	80	6	81	48	17	2	31	1.61
24275298--24275350	22	2.3	24	87	6	74	52	16	0	30	1.44
24275404--24275930	9	58.0	9	78	5	542	47	17	3	31	1.65
24275404--24275916	100	5.1	100	85	5	405	47	17	3	31	1.64
24281294--24281429	66	2.1	66	92	0	227	40	18	27	13	1.89
24281782--24282007	43	5.0	43	81	11	256	28	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24281887--24281988	52	2.0	52	96	0	186	30	18	26	24	1.98
24281843--24282027	95	1.9	96	85	6	259	29	19	23	27	1.98
24282300--24282444	67	2.2	67	96	0	263	35	11	10	42	1.76
24285901--24285936	19	1.9	18	88	5	54	58	11	8	22	1.59
24286143--24286170	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
24286597--24286639	14	3.3	13	90	6	61	30	13	25	30	1.94
24288428--24288500	17	4.2	17	78	18	71	6	16	1	75	1.09
24288428--24288497	6	11.0	6	71	17	52	7	15	1	75	1.08
24288442--24288497	24	2.4	23	88	5	85	8	12	1	76	1.08
24292851--24292875	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141