genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419108--2419582	249	1.9	247	95	0	851	31	34	9	25	1.87
2421301--2421409	33	3.3	33	78	5	130	29	24	14	31	1.95
2423597--2423631	13	2.6	13	90	4	52	42	0	0	57	0.99
2424104--2424222	61	1.9	62	94	1	213	46	15	9	28	1.77
2424104--2424244	61	2.3	61	86	4	178	44	19	9	26	1.80
2425182--2425228	13	3.2	14	83	16	60	76	2	0	21	0.89
2433159--2433183	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2433312--2433365	28	1.9	28	81	7	65	46	3	0	50	1.19
2433418--2433469	17	3.0	17	76	21	54	28	1	3	65	1.21
2434120--2434148	14	2.0	15	93	6	51	31	0	34	34	1.58
2438311--2438393	15	5.5	15	73	13	71	40	9	12	37	1.75
2439023--2439090	9	7.6	9	94	0	100	42	25	8	23	1.82
2439258--2439287	13	2.3	13	94	0	51	20	0	40	40	1.52
2445267--2445299	16	1.9	18	88	11	52	27	0	15	57	1.38
2447421--2447584	41	3.9	40	86	10	222	32	21	21	24	1.98
2447422--2447587	86	2.0	83	89	8	255	31	21	21	25	1.98
2447421--2447649	44	5.4	43	78	11	231	32	21	19	25	1.97
2447422--2447649	86	2.7	84	80	9	248	32	21	19	25	1.97
2448021--2448069	12	4.3	12	70	15	50	2	42	20	34	1.64
2448033--2448101	21	3.3	21	87	0	93	2	42	20	34	1.67
2452946--2453363	9	48.7	9	68	17	248	31	1	20	46	1.61
2452975--2453330	71	4.9	73	71	16	283	32	1	20	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453044--2453087	22	2.0	22	100	0	88	27	0	22	50	1.50
2453068--2453170	42	2.4	43	83	4	127	31	0	22	45	1.59
2453120--2453393	53	5.2	53	71	16	153	30	2	20	46	1.64
2453022--2453426	220	1.8	218	78	12	443	31	2	20	46	1.63
2453471--2453500	9	3.3	9	95	0	51	43	0	20	36	1.52
2453481--2453564	33	2.6	31	83	9	107	47	3	13	35	1.60
2453583--2453748	13	12.5	13	73	8	129	45	4	9	40	1.56
2453606--2453692	23	3.4	23	70	22	75	47	5	8	39	1.57
2453574--2453724	54	2.8	53	95	2	275	45	3	9	41	1.56
2453574--2453705	27	4.9	27	71	12	119	45	4	9	40	1.58
2453636--2453775	66	2.1	67	82	1	165	45	2	10	41	1.52
2454008--2454049	21	2.0	21	100	0	84	23	23	19	33	1.97
2454364--2454399	11	3.2	12	85	14	51	66	0	0	33	0.92
2454658--2454687	6	5.0	6	100	0	60	50	33	0	16	1.46
2455411--2455789	147	2.6	146	77	6	365	36	22	16	25	1.94
2457641--2457826	73	2.5	73	97	0	345	27	22	22	27	1.99
2457785--2458365	224	2.6	223	85	5	751	26	24	22	26	2.00
2457732--2458365	114	5.6	113	84	5	753	27	24	22	25	2.00
2458643--2458757	40	2.9	40	85	2	162	31	20	24	24	1.98
2458811--2458960	41	3.7	41	86	1	194	19	18	31	31	1.95
2458938--2459013	40	1.9	40	81	5	91	25	22	19	32	1.97
2459170--2459271	14	7.1	14	69	12	64	19	2	31	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459225--2459277	22	2.4	21	78	6	61	20	0	32	47	1.51
2459259--2459298	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
2459562--2459599	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
2459622--2459681	22	2.8	22	79	2	68	23	0	43	33	1.54
2460171--2460201	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
2463336--2463434	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
2463391--2463424	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
2463396--2463443	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
2463440--2463618	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
2463436--2463623	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
2463484--2463518	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
2463433--2463655	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
2463604--2463638	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2463467--2463652	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
2463592--2463863	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
2463748--2463782	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2463943--2464037	45	2.1	44	84	9	122	33	26	4	35	1.76
2464029--2464071	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
2465850--2467235	691	2.0	692	98	0	2693	27	14	17	39	1.90
2467469--2467555	43	2.0	43	86	4	122	34	11	10	43	1.75
2467831--2468049	43	5.1	43	88	0	267	25	17	29	27	1.98
2471744--2471810	34	2.0	34	94	5	118	47	4	23	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473981--2474353	202	1.8	202	91	0	611	34	22	14	28	1.93
2477005--2477061	2	28.5	2	89	0	87	1	3	47	47	1.29
2482519--2482685	50	3.4	50	83	4	187	20	29	22	26	1.99
2491739--2491979	49	4.7	50	79	7	213	23	26	21	28	1.99
2496642--2496786	75	1.9	75	100	0	290	31	17	13	38	1.88
2512965--2513093	64	2.1	63	84	5	165	43	3	6	45	1.49
2514713--2514751	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
2514950--2515046	21	4.7	21	92	5	162	37	12	10	40	1.77
2516525--2516553	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
2521447--2521491	18	2.5	18	85	7	65	44	17	0	37	1.49
2524170--2524787	138	4.5	138	89	2	958	39	9	6	44	1.61
2526604--2526837	84	2.8	84	88	0	324	36	26	14	22	1.93
2526609--2526834	43	5.4	41	73	12	183	37	26	14	22	1.92
2526811--2526863	26	2.0	26	88	0	79	24	33	22	18	1.97
2541459--2541496	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
2547928--2547969	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2549935--2550523	285	2.1	286	96	0	1090	37	16	16	28	1.91
2550288--2550740	235	1.9	235	96	0	843	36	17	16	29	1.92
2561378--2561438	31	1.9	33	83	6	81	34	9	14	40	1.79
2567785--2567822	19	2.1	19	90	5	60	50	0	7	42	1.31
2572453--2572499	19	2.5	19	86	6	60	59	4	2	34	1.29
2572878--2572985	37	2.9	37	76	17	109	42	2	2	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584560--2584737	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
2584561--2584716	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
2584557--2584737	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
2593465--2593511	20	2.4	20	80	16	62	12	25	6	55	1.61
2593715--2593956	49	4.8	49	79	7	225	23	26	19	30	1.98
2602508--2602554	20	2.4	20	80	16	62	12	25	6	55	1.61
2602758--2602999	49	4.8	49	79	7	225	23	26	19	30	1.98
2610012--2610050	20	2.0	20	94	0	69	15	23	2	58	1.49
2610299--2610444	50	2.9	50	80	6	152	20	28	21	29	1.98
2615060--2615154	44	2.2	44	88	0	145	44	11	20	24	1.84
2615175--2615351	50	3.6	47	76	8	167	28	17	31	22	1.97
2615182--2615361	97	1.8	99	85	5	258	28	18	31	22	1.97
2617984--2618039	25	2.2	25	84	6	78	32	10	26	30	1.90
2628947--2628975	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
2629837--2629947	57	1.9	57	90	0	177	36	18	17	27	1.93
2640169--2640431	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
2640169--2640431	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
2640363--2640440	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2648116--2648458	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
2648390--2648467	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2656695--2656781	37	2.3	37	86	5	113	44	12	19	22	1.84
2656912--2657022	40	2.8	40	88	1	168	36	16	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661024--2661069	20	2.3	20	88	0	65	21	13	26	39	1.90
2661012--2661167	60	2.6	60	83	5	174	26	18	18	35	1.94
2665909--2666007	35	2.9	34	83	4	126	38	20	18	23	1.93
2668010--2668272	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
2674607--2674789	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
2674643--2674824	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
2679119--2679156	19	2.0	19	94	0	67	34	10	28	26	1.90
2682530--2682739	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
2682477--2682739	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
2682478--2682774	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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