genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22104177--22104201	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
22106555--22106595	14	2.9	14	85	7	55	41	4	4	48	1.46
22109169--22109227	30	2.0	30	82	0	73	49	6	8	35	1.60
22109475--22109504	11	2.7	11	94	0	51	33	0	30	36	1.58
22110461--22110499	20	2.0	19	90	5	60	53	7	7	30	1.57
22113802--22113841	19	2.0	21	85	9	57	60	2	0	37	1.11
22116188--22116248	13	4.7	13	76	8	52	45	16	0	37	1.47
22117913--22117964	20	2.5	21	75	12	54	63	3	0	32	1.12
22119951--22119994	23	2.0	22	86	4	61	31	4	0	63	1.14
22125535--22125574	21	1.9	21	89	0	62	45	7	2	45	1.45
22131485--22131641	43	3.7	42	80	7	158	31	26	17	24	1.97
22136449--22136518	16	4.4	16	90	0	113	31	1	35	31	1.67
22136497--22136587	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
22136730--22136767	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
22136713--22136999	22	14.0	21	65	21	92	53	3	1	41	1.25
22136813--22136853	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
22136841--22136876	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22136964--22136998	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
22136768--22137059	59	4.8	60	69	15	192	52	4	1	41	1.33
22136768--22137075	121	2.6	120	94	1	528	52	4	1	40	1.32
22138560--22138589	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
22142316--22142673	119	3.0	120	96	1	659	43	0	4	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22142620--22142654	17	2.0	18	94	5	63	40	0	0	60	0.97
22142810--22142906	45	2.2	45	87	5	135	32	29	5	31	1.80
22142886--22142934	16	3.1	16	93	0	89	20	34	6	38	1.77
22144349--22144733	109	3.5	109	84	7	492	31	13	17	37	1.89
22144330--22144732	221	1.8	219	84	5	546	34	13	16	35	1.88
22144695--22144774	40	2.0	40	95	0	142	26	18	21	33	1.96
22144587--22144880	148	2.0	149	93	0	500	34	14	17	34	1.90
22144365--22145040	371	1.8	370	85	4	961	35	13	15	34	1.88
22144735--22145040	115	2.8	107	84	7	364	38	14	15	32	1.87
22145203--22145473	109	2.5	108	88	4	395	27	16	15	40	1.89
22147824--22147850	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
22151576--22151616	15	2.6	16	84	11	57	48	2	7	41	1.44
22153559--22153606	15	3.2	15	77	11	53	81	2	8	8	0.96
22153989--22154046	23	2.6	21	86	8	71	15	6	39	37	1.74
22154623--22155392	73	10.6	73	91	3	1182	33	18	17	31	1.94
22154623--22155392	145	5.3	145	92	2	1228	33	18	17	31	1.94
22154623--22155392	218	3.5	218	91	3	1194	33	18	17	31	1.94
22175568--22175753	43	4.3	43	80	3	196	32	27	16	23	1.95
22177813--22177897	40	2.1	40	84	4	109	49	14	5	30	1.66
22177973--22178160	86	2.2	85	83	6	252	42	15	9	32	1.79
22178256--22178425	86	2.0	87	82	1	207	45	16	6	31	1.73
22181326--22181377	19	2.7	19	78	21	56	51	0	7	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22181632--22181692	10	5.8	10	78	7	59	42	4	0	52	1.23
22181661--22181693	12	2.9	12	86	13	52	42	6	0	51	1.26
22181626--22181698	30	2.4	29	80	14	85	45	4	1	49	1.29
22185947--22186007	10	5.8	10	79	14	61	40	4	0	54	1.22
22186916--22187010	7	13.3	7	76	8	66	37	41	1	20	1.59
22187112--22187162	25	2.0	25	96	0	93	27	45	3	23	1.70
22187635--22187828	41	4.7	41	77	8	162	29	27	23	19	1.98
22187924--22188000	38	2.0	38	87	5	109	16	23	24	35	1.95
22188979--22189178	78	2.6	76	76	10	194	37	4	16	41	1.69
22189571--22189722	41	3.7	41	90	0	241	28	19	28	23	1.98
22189893--22189988	34	2.7	36	76	15	101	31	9	19	39	1.84
22191184--22191244	10	5.8	10	79	14	61	40	4	0	54	1.22
22192201--22192251	14	3.6	14	78	0	57	37	47	1	13	1.55
22193615--22193814	78	2.6	76	76	10	194	37	4	16	41	1.69
22194207--22194358	41	3.7	41	90	0	241	28	19	28	23	1.98
22194529--22194624	34	2.7	36	76	15	101	31	9	19	39	1.84
22196621--22196647	14	1.9	14	100	0	54	81	0	7	11	0.87
22196941--22197216	75	3.7	75	100	0	552	27	11	11	48	1.74
22217897--22217922	12	2.2	12	100	0	52	34	15	19	30	1.93
22221320--22221392	21	3.5	21	75	7	67	16	24	17	41	1.90
22224825--22224877	25	2.1	25	100	0	106	43	7	11	37	1.69
22236042--22236066	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22236481--22236510	11	2.7	11	100	0	60	10	36	0	53	1.35
22239630--22240101	103	4.6	103	95	0	829	31	29	19	18	1.96
22252852--22252889	18	2.1	19	90	5	60	23	18	5	52	1.65
22259618--22259646	14	2.1	14	100	0	58	13	0	20	65	1.26
22263810--22264165	43	8.3	43	90	2	457	26	32	20	20	1.97
22264198--22264233	18	1.9	19	88	5	56	36	0	5	58	1.22
22265223--22265274	23	2.3	23	79	0	59	34	7	30	26	1.85
22265837--22266210	187	2.0	187	99	0	739	47	13	15	22	1.81
22270126--22270189	33	1.9	33	87	0	92	32	43	4	18	1.71
22272969--22273116	7	21.0	7	73	9	95	45	33	2	19	1.62
22272970--22273116	21	7.3	20	75	12	106	45	32	2	19	1.62
22273342--22273385	22	2.0	22	90	0	70	34	27	18	20	1.96
22273377--22273659	41	6.9	41	88	1	383	28	30	20	19	1.97
22273377--22273659	81	3.5	82	88	2	392	28	30	20	19	1.97
22273379--22273659	122	2.3	123	87	3	397	29	30	20	19	1.97
22280548--22280612	30	2.2	30	97	0	121	35	23	7	33	1.83
22292678--22292734	24	2.5	23	72	16	57	33	3	17	45	1.65
22299046--22299104	10	5.6	10	75	16	57	64	1	1	32	1.13
22299046--22299100	22	2.5	22	85	5	67	67	1	1	29	1.11
22299046--22299102	21	2.7	19	81	13	60	64	1	1	31	1.13
22300045--22300085	21	2.0	21	90	0	64	21	19	29	29	1.98
22303337--22303377	20	2.0	20	100	0	82	60	0	0	39	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22312083--22312129	24	1.9	25	83	12	62	46	6	4	42	1.48
22314195--22314240	21	2.3	21	81	7	60	52	8	6	32	1.58
22334380--22334426	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
22334646--22334722	40	1.9	40	83	0	100	29	18	20	31	1.96
22338295--22338325	14	2.2	14	94	0	53	70	3	0	25	1.02
22338927--22339990	180	5.9	180	99	0	2092	35	12	16	36	1.85
22340528--22340632	46	2.3	46	91	0	165	27	12	22	37	1.90
22342691--22342941	98	2.6	98	96	0	457	37	23	10	27	1.88
22345448--22345648	106	1.9	106	96	0	375	29	20	19	30	1.97
22351296--22351343	25	1.9	25	82	0	60	27	4	35	33	1.76
22352319--22352362	19	2.3	19	80	0	52	25	2	2	70	1.10
22352647--22352691	15	2.6	18	83	13	51	31	0	0	68	0.89
22352678--22352707	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
22354699--22354737	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22354964--22355037	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
22354965--22355030	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
22359180--22359231	23	2.3	23	100	0	104	21	21	26	30	1.98
22370717--22370766	25	2.0	25	100	0	100	36	16	4	44	1.66
22372177--22372289	57	2.0	57	89	0	172	38	28	11	22	1.89
22379315--22379589	149	1.8	151	85	3	385	21	16	21	40	1.91
22381017--22381042	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
22406039--22406124	43	2.0	43	88	0	127	46	18	0	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406712--22406742	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
22411126--22411161	15	2.5	15	95	4	65	61	0	11	27	1.30
22421640--22421712	32	2.2	33	81	13	89	30	4	13	52	1.59
22421728--22421767	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22421723--22421767	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
22421720--22421838	57	2.1	56	81	6	134	43	3	0	52	1.17
22422695--22422727	16	2.1	16	94	0	57	45	6	21	27	1.75
22423166--22423350	92	2.0	93	94	1	327	55	15	11	17	1.68
22428108--22428145	6	6.3	6	100	0	76	47	0	0	52	1.00
22428069--22428126	31	2.0	27	87	12	80	34	0	3	62	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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