genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689701--2689761	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
2690636--2690746	55	2.0	55	96	0	204	43	17	27	11	1.84
2696148--2696198	21	2.4	21	86	3	66	0	29	0	70	0.87
2710877--2710916	20	1.9	20	85	10	53	40	5	35	20	1.74
2732642--2732734	46	2.0	46	97	0	177	40	15	20	23	1.90
2734629--2734711	28	3.2	28	62	19	70	24	15	26	33	1.95
2734570--2734743	50	3.6	48	84	8	214	24	15	25	33	1.95
2737037--2737070	15	2.3	15	94	0	59	55	8	0	35	1.31
2747058--2747115	25	2.3	25	76	5	64	43	12	17	27	1.84
2750215--2750706	246	2.0	246	99	0	975	25	17	24	32	1.97
2751111--2751177	20	3.3	20	71	8	64	37	11	26	23	1.90
2770101--2770152	27	1.9	27	96	0	95	23	17	25	34	1.96
2772167--2772202	18	2.0	18	89	10	56	55	13	11	19	1.68
2780332--2780373	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
2780375--2780466	22	4.2	23	80	13	104	41	0	28	30	1.56
2780323--2780425	52	2.0	51	81	12	122	33	0	33	33	1.58
2780375--2780466	44	2.1	44	84	8	116	41	0	28	30	1.56
2781655--2781694	20	2.0	20	95	0	71	37	10	17	35	1.83
2781860--2781907	11	4.4	11	78	19	55	45	4	0	50	1.21
2786010--2786043	16	2.1	16	94	0	59	70	2	17	8	1.25
2787212--2787278	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
2790057--2790081	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798692--2798727	17	2.1	18	89	5	56	63	5	22	8	1.43
2811349--2811397	25	2.0	25	95	0	89	20	6	20	53	1.67
2811446--2811503	9	6.4	9	81	15	75	41	20	8	29	1.82
2811606--2811649	18	2.4	18	88	0	61	13	0	45	40	1.44
2812656--2812726	36	2.0	36	83	5	90	33	14	1	50	1.51
2813420--2813470	24	2.1	24	85	7	68	64	1	1	31	1.15
2819418--2819478	15	3.9	15	76	19	54	70	4	4	19	1.24
2819427--2819494	32	2.1	32	86	5	93	70	7	4	17	1.27
2823251--2823324	39	1.9	38	83	2	94	25	9	24	40	1.85
2824893--2826472	790	2.0	790	99	0	3151	31	10	24	32	1.90
2829006--2829115	55	2.0	55	94	0	193	37	10	11	40	1.75
2830735--2830781	16	2.8	17	80	9	60	40	2	2	55	1.24
2833875--2833984	55	2.0	55	90	0	175	37	10	10	40	1.76
2837686--2838053	46	8.5	46	75	15	263	34	14	22	28	1.94
2837784--2837836	26	2.0	26	100	0	106	41	9	30	18	1.82
2837810--2838053	45	5.4	45	92	3	395	35	15	21	27	1.94
2837738--2837881	71	2.0	72	93	1	245	36	13	25	25	1.92
2837810--2838053	91	2.7	91	89	5	388	35	15	21	27	1.94
2838802--2838850	22	2.2	21	86	13	64	63	0	2	34	1.06
2838802--2838850	21	2.2	22	86	13	66	63	0	2	34	1.06
2850170--2850242	27	2.7	27	76	21	82	50	5	2	41	1.40
2850333--2850502	61	2.7	63	80	13	199	51	8	6	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2852184--2852399	117	1.8	117	91	0	360	28	23	20	27	1.99
2852290--2852889	132	4.6	132	93	1	1015	28	24	18	28	1.98
2852485--2852825	44	7.8	44	69	10	214	28	24	17	29	1.98
2852333--2852691	88	4.1	87	67	13	214	28	23	18	29	1.98
2852290--2852889	263	2.3	264	92	0	1015	28	24	18	28	1.98
2854093--2854185	42	2.2	42	92	3	161	30	27	11	30	1.92
2854269--2854318	7	7.0	7	80	15	50	14	18	0	68	1.22
2854279--2854318	21	1.9	21	90	10	64	12	17	0	70	1.18
2854272--2854324	21	2.5	21	81	9	63	11	15	0	73	1.09
2854741--2854780	20	2.0	20	90	4	64	5	7	12	75	1.18
2854744--2854793	26	1.9	26	84	8	66	8	4	14	74	1.20
2859539--2859579	13	3.1	14	82	10	59	58	0	0	41	0.98
2859795--2859871	22	3.7	21	75	16	70	51	2	7	37	1.45
2860369--2860405	13	2.6	15	79	16	51	2	18	2	75	1.04
2862635--2862679	7	6.4	7	82	17	58	68	0	15	15	1.21
2862635--2862661	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
2862635--2862679	15	3.2	14	87	9	58	68	0	15	15	1.21
2863928--2864610	128	5.3	128	93	0	1073	32	20	22	24	1.98
2864746--2864843	44	2.2	44	85	3	126	32	18	21	27	1.96
2871376--2871575	59	3.3	62	80	11	186	43	15	16	25	1.86
2874837--2874883	17	2.8	17	87	6	60	44	14	6	34	1.71
2875178--2875417	80	3.0	80	98	0	455	36	20	18	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875709--2875783	36	2.1	36	87	5	107	37	20	10	32	1.87
2878928--2879367	87	5.0	87	87	0	619	22	23	22	30	1.99
2878930--2879140	43	4.9	43	65	1	134	22	25	23	29	1.99
2879180--2879317	43	3.2	43	65	2	105	21	21	26	29	1.99
2878930--2879367	175	2.5	174	86	1	608	23	23	22	30	1.99
2886710--2886744	7	4.7	7	86	13	52	0	11	2	85	0.69
2886712--2886741	16	1.9	16	93	6	53	0	13	3	83	0.77
2889597--2889785	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
2889624--2889822	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
2889586--2889883	120	2.5	120	91	2	483	42	3	4	50	1.38
2889659--2889846	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
2889711--2889762	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2890097--2890164	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
2895136--2895174	20	2.0	20	85	10	53	66	7	2	23	1.30
2895356--2895406	25	2.0	25	81	7	59	54	1	5	37	1.36
2896321--2896353	12	2.8	12	90	9	50	75	0	9	15	1.03
2896764--2896830	26	2.6	25	80	2	71	49	8	7	34	1.62
2903938--2904200	45	5.8	45	81	4	275	42	14	20	22	1.89
2903937--2904196	135	1.9	135	82	6	321	42	14	20	22	1.88
2903947--2904229	90	3.2	86	80	7	287	40	15	20	24	1.90
2903947--2904229	45	6.3	45	75	8	211	40	15	20	24	1.90
2911562--2911613	21	2.5	21	87	0	77	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2911548--2911658	23	5.0	23	82	7	106	38	20	19	20	1.93
2914699--2914738	17	2.3	18	87	12	57	75	2	2	20	1.04
2915745--2916071	44	7.4	43	67	12	198	24	27	23	24	2.00
2915716--2916129	88	4.7	88	93	0	677	23	27	22	26	2.00
2916124--2916547	44	9.6	44	85	0	542	19	26	21	31	1.98
2916124--2916555	88	4.9	88	92	0	677	19	26	21	31	1.98
2918746--2918848	31	3.4	31	68	10	86	29	25	10	34	1.89
2921076--2921135	30	2.0	30	96	0	111	38	26	15	20	1.91
2925162--2925676	257	2.0	257	100	0	1030	48	12	10	28	1.72
2928741--2928771	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2928823--2928859	9	4.1	9	89	0	56	45	16	8	29	1.76
2929073--2929132	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
2930742--2930821	26	3.1	26	83	1	99	20	20	22	37	1.94
2938252--2938301	26	1.9	26	100	0	100	22	20	26	32	1.98
2943301--2943346	23	2.0	23	95	0	83	39	17	19	23	1.92
2944390--2944452	2	31.5	2	93	0	99	47	3	47	1	1.27
2944459--2944676	84	2.6	82	86	4	292	55	3	17	23	1.58
2944675--2944853	84	2.1	84	86	2	252	25	18	1	54	1.50
2946166--2946191	13	2.0	13	100	0	52	7	15	15	61	1.55
2949622--2949676	9	6.1	9	89	0	83	25	10	20	43	1.84
2950426--2950597	88	2.0	87	83	2	220	37	19	9	33	1.84
2950759--2950802	19	2.3	19	84	7	54	63	2	9	25	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2950892--2950937	20	2.3	21	82	14	62	60	2	10	26	1.41
2951119--2951228	28	3.8	28	75	10	105	28	0	1	69	1.05
2951130--2951260	9	13.7	9	70	14	66	25	1	1	70	1.04
2951135--2951228	30	3.2	30	82	11	115	27	1	1	70	1.01
2951197--2951258	19	3.2	19	77	13	65	27	1	1	69	1.07
2951194--2951260	10	6.7	10	70	23	52	26	1	1	70	1.05
2953940--2954058	33	3.6	33	82	6	152	42	9	8	40	1.67
2953940--2954065	65	1.9	65	95	0	225	42	10	7	39	1.68
2954800--2954824	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2956469--2956498	14	2.1	14	100	0	60	16	40	23	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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