genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23814417--23814459	21	2.0	21	90	0	68	32	44	0	23	1.54
23814653--23814714	20	3.1	20	82	15	67	37	45	0	17	1.49
23814653--23814701	13	3.7	13	83	5	62	36	46	0	16	1.47
23814575--23814797	103	2.2	103	100	0	446	40	32	0	26	1.57
23814650--23814714	7	9.6	7	78	6	53	36	44	0	18	1.50
23814675--23814844	83	2.1	80	82	13	204	40	29	1	28	1.64
23814756--23814797	13	3.2	13	80	16	50	38	45	0	16	1.48
23815361--23815637	41	6.8	41	86	0	356	29	26	20	23	1.99
23818491--23818559	29	2.5	28	73	17	72	49	1	1	47	1.19
23821138--23821263	43	3.0	42	74	12	130	32	28	17	21	1.96
23825430--23825564	42	3.2	42	82	4	164	17	35	22	23	1.95
23826832--23826897	32	2.1	32	100	0	132	36	18	15	30	1.91
23827344--23827423	33	2.4	33	79	8	92	43	2	0	53	1.14
23830182--23830225	18	2.3	19	85	14	56	70	2	4	22	1.17
23830201--23830234	11	3.1	11	82	0	50	67	2	5	23	1.26
23830192--23830263	29	2.4	29	81	2	81	63	2	4	29	1.27
23830125--23830214	9	9.9	9	71	10	67	64	1	3	31	1.17
23830446--23830501	19	2.8	20	78	5	60	26	8	0	64	1.23
23830513--23830558	18	2.5	19	82	13	60	28	4	2	65	1.23
23830508--23830562	28	2.0	28	85	0	74	30	3	1	63	1.22
23835757--23835863	41	2.6	41	93	0	169	35	22	18	23	1.96
23835952--23836105	76	2.0	76	98	0	299	44	18	6	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23836055--23836235	64	2.9	63	88	8	253	42	17	7	32	1.78
23837302--23837361	29	2.0	28	84	9	75	38	5	1	55	1.32
23838963--23839035	34	2.0	34	87	10	101	30	16	6	46	1.73
23841934--23841998	27	2.4	27	92	0	103	53	4	3	38	1.37
23845881--23845966	45	1.9	45	85	0	118	41	12	22	23	1.88
23848931--23849080	81	1.9	81	87	2	221	26	18	22	32	1.97
23850848--23850878	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
23851035--23851073	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
23851815--23851844	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
23855206--23855236	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
23855393--23855431	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
23856173--23856202	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
23859736--23859774	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
23882246--23882280	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23882428--23882532	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
23882426--23882535	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
23882514--23882583	16	4.4	16	92	0	104	34	34	0	31	1.58
23890997--23891049	25	2.2	24	86	3	70	16	20	22	39	1.92
23896204--23896368	21	8.0	21	71	10	106	42	20	21	16	1.89
23896166--23896347	81	2.2	81	85	1	231	41	21	20	15	1.90
23896204--23896395	103	1.9	103	88	2	296	41	22	20	15	1.90
23897780--23897944	21	8.0	21	71	10	106	42	20	21	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23897742--23897923	81	2.2	81	85	1	231	41	21	20	15	1.90
23897780--23897971	103	1.9	103	88	2	296	41	22	20	15	1.90
23900735--23900761	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
23908442--23908524	27	3.1	27	96	0	157	53	12	3	31	1.55
23909640--23909707	30	2.3	30	81	0	82	23	4	19	52	1.63
23911847--23911889	21	2.0	21	100	0	86	32	13	16	37	1.88
23916880--23917394	257	2.0	257	100	0	1030	31	16	25	26	1.97
23918816--23918990	86	2.0	86	88	1	262	48	12	4	35	1.60
23925176--23925200	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23926134--23926181	22	2.2	22	96	0	87	39	6	16	37	1.74
23935532--23935567	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
23936209--23936270	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
23946156--23946207	11	4.6	11	77	17	54	26	3	0	69	1.06
23949202--23949226	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
23952539--23952596	20	2.9	19	77	10	62	60	5	5	29	1.40
23954090--23954122	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
23957020--23957068	22	2.2	23	82	10	66	42	18	8	30	1.79
23959367--23959400	3	11.0	3	87	6	50	29	0	2	67	1.05
23959451--23959505	21	2.6	21	71	21	60	29	0	5	65	1.15
23964635--23964669	9	3.7	9	88	11	52	85	0	14	0	0.59
23964667--23964729	6	10.8	6	76	6	58	66	12	6	14	1.42
23967793--23967835	6	7.0	6	92	5	68	62	0	20	16	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23972829--23972866	12	3.2	12	96	0	67	10	7	44	36	1.68
23978436--23978469	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
23979218--23980232	507	2.0	507	100	0	2030	18	26	26	28	1.98
23980528--23980572	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
23986438--23986471	16	2.2	16	89	5	52	41	2	0	55	1.15
23987597--23987835	120	2.0	120	96	0	442	32	10	17	39	1.83
23988987--23989140	80	1.9	80	100	0	308	30	19	9	40	1.82
23994778--23994847	14	5.2	14	74	3	56	57	1	1	40	1.17
24000961--24001047	43	2.0	43	97	0	165	32	18	24	25	1.97
24017390--24017686	50	5.8	50	83	3	301	27	20	28	23	1.99
24017401--24017686	149	1.9	153	81	6	348	27	20	28	23	1.99
24025801--24026026	77	3.0	77	64	21	208	36	14	14	34	1.86
24025747--24026026	146	1.9	146	99	0	551	38	13	13	34	1.84
24032575--24032607	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
24032588--24032913	163	2.0	163	100	0	652	34	19	17	29	1.94
24033011--24033049	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
24036010--24036062	26	2.0	26	100	0	106	45	15	3	35	1.64
24036467--24036656	25	7.7	25	70	8	122	35	19	26	18	1.95
24042019--24042069	24	2.1	24	96	0	93	21	27	5	45	1.75
24042075--24042232	33	4.7	33	70	9	113	28	24	15	31	1.96
24042063--24042302	101	2.4	101	91	0	381	30	24	14	30	1.95
24045842--24046003	43	3.8	42	76	4	146	25	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24049694--24049939	68	3.6	68	91	1	359	27	25	16	30	1.96
24049762--24049939	33	5.3	33	67	14	121	26	25	16	31	1.97
24054410--24054461	26	2.0	26	100	0	104	61	19	11	7	1.53
24055570--24055625	14	3.9	14	76	19	53	3	30	3	62	1.29
24061403--24061438	13	2.8	13	95	0	63	75	5	2	16	1.12
24061592--24061640	23	2.1	23	84	0	62	42	12	18	26	1.85
24065621--24065656	13	2.8	13	95	0	63	75	5	2	16	1.12
24067342--24067378	17	2.2	17	95	0	65	56	5	2	35	1.36
24067404--24067433	12	2.6	11	90	10	51	40	0	3	56	1.16
24068679--24068744	29	2.3	29	94	0	114	18	33	33	15	1.92
24077365--24077434	35	2.0	35	94	0	122	30	11	37	21	1.89
24080561--24080701	56	2.6	55	80	6	144	43	21	15	19	1.88
24080561--24080701	27	5.1	27	81	5	140	43	21	15	19	1.88
24080749--24080812	24	2.7	24	90	0	92	29	7	18	43	1.78
24081066--24081098	18	1.9	17	88	11	50	36	12	21	30	1.90
24084181--24084330	72	2.1	68	85	4	192	18	32	11	38	1.86
24084181--24084353	72	2.4	68	79	11	186	16	30	11	41	1.84
24086599--24086639	21	2.0	20	85	4	55	21	31	12	34	1.91
24087368--24087481	56	2.0	56	86	3	158	52	13	8	25	1.68
24094267--24094301	18	1.9	18	88	0	52	62	0	5	31	1.18
24094797--24094843	19	2.5	19	96	0	85	53	8	17	21	1.70
24099939--24099992	28	1.9	28	88	0	81	7	24	25	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24101648--24101687	20	2.0	20	95	0	71	20	37	25	17	1.94
24101647--24101724	27	3.2	26	79	15	87	23	30	26	19	1.98
24102208--24102268	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
24102768--24102825	27	2.2	26	90	3	89	20	27	27	24	1.99
24102854--24102909	28	2.0	28	89	6	87	39	0	7	53	1.28
24104598--24104636	19	2.1	18	85	4	51	38	7	23	30	1.83
24106813--24106841	14	2.1	14	100	0	58	34	37	6	20	1.80
24110322--24110403	41	2.0	41	100	0	164	41	14	14	29	1.86
24114383--24114448	34	1.9	34	90	0	105	48	9	9	33	1.66
24117034--24117070	17	2.2	17	95	0	65	56	5	2	35	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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