genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056106--2056214	38	2.9	38	88	0	164	35	19	16	28	1.93
2060502--2060622	57	2.1	58	81	9	149	45	8	19	27	1.78
2063612--2063655	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
2069888--2069916	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2074080--2074104	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
2090888--2091367	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95
2090888--2091367	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
2090888--2091367	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
2111933--2112123	29	6.6	29	73	5	95	36	10	27	25	1.89
2111952--2112136	58	3.2	58	79	5	194	36	12	26	24	1.91
2111984--2112134	59	2.6	58	81	2	167	36	13	27	22	1.91
2111984--2112132	29	5.1	29	76	8	158	36	13	28	22	1.92
2113270--2113334	30	2.2	30	91	0	103	15	23	32	29	1.95
2115757--2116146	195	2.0	195	100	0	780	31	20	9	38	1.84
2120184--2120333	76	2.0	75	86	2	210	48	9	12	29	1.72
2120309--2120671	125	2.8	125	80	13	405	41	8	4	45	1.55
2120403--2120718	137	2.3	137	90	1	499	42	8	4	44	1.55
2120767--2120810	17	2.6	18	82	7	56	50	9	0	40	1.34
2125748--2126109	49	7.6	47	89	4	519	30	30	7	32	1.85
2125748--2126109	96	3.8	96	90	4	536	30	30	7	32	1.85
2136722--2136830	41	2.7	41	91	1	166	33	15	29	22	1.95
2136762--2136825	21	3.1	21	67	13	60	34	17	26	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141988--2142081	41	2.3	41	81	7	102	38	17	26	18	1.92
2142023--2142113	41	2.2	41	82	0	101	41	14	21	21	1.89
2149572--2149675	52	2.1	50	87	5	147	48	10	9	31	1.70
2152666--2152930	28	9.5	28	90	1	399	34	26	12	27	1.92
2166765--2166809	13	3.0	16	81	18	69	44	13	6	35	1.70
2168397--2168429	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
2168505--2168589	17	4.9	17	71	16	59	54	5	1	38	1.33
2168505--2168607	34	3.0	33	85	7	118	55	4	0	38	1.28
2168598--2169109	249	2.1	251	82	4	626	44	7	10	37	1.67
2168611--2169168	249	2.3	241	80	6	580	44	7	10	37	1.67
2171838--2171864	13	2.1	13	100	0	54	44	7	18	29	1.77
2175263--2175368	41	2.6	41	89	0	158	23	18	22	34	1.96
2175822--2175972	71	2.2	70	84	3	189	28	9	17	45	1.79
2182578--2182669	42	2.2	43	94	2	159	33	7	20	38	1.81
2182835--2182951	41	2.9	41	93	0	198	23	17	23	34	1.96
2182835--2183009	82	2.1	81	81	4	190	24	17	25	32	1.97
2183385--2183519	70	1.9	69	80	8	157	31	8	16	43	1.78
2196545--2196722	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2196566--2196721	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2212030--2212056	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2214003--2214047	22	2.0	22	83	8	56	40	8	0	51	1.33
2221991--2222029	20	2.0	20	89	0	60	48	2	2	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222127--2222167	20	2.0	20	90	0	64	43	12	12	31	1.79
2223351--2223444	46	2.0	46	91	0	152	28	26	9	35	1.88
2225885--2226126	50	4.7	50	80	6	220	23	26	20	28	1.99
2229916--2230013	27	3.5	28	90	5	137	26	13	29	30	1.94
2235791--2235923	46	2.9	46	87	4	187	31	25	6	36	1.80
2237209--2239060	926	2.0	925	99	0	3677	32	11	15	40	1.83
2245546--2245594	24	2.0	24	100	0	98	48	4	16	30	1.64
2247426--2247482	19	2.9	19	84	7	62	50	5	3	40	1.42
2247442--2247490	18	2.6	19	87	9	66	53	4	2	40	1.32
2247851--2247890	21	1.9	21	94	0	71	52	12	12	22	1.72
2251770--2251947	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2251791--2251946	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2262455--2262604	74	2.0	74	94	0	264	34	7	23	35	1.83
2262789--2262931	50	2.8	49	83	7	171	26	13	27	32	1.94
2266992--2267120	46	2.8	46	84	0	141	29	20	19	31	1.97
2272691--2272788	46	2.2	45	81	3	115	32	23	16	27	1.96
2273574--2273611	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
2273576--2273611	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
2274487--2274543	29	2.0	29	92	0	96	22	8	24	43	1.81
2276725--2276923	59	3.3	58	71	12	195	41	1	3	53	1.24
2276703--2276945	120	2.0	120	96	0	450	43	1	4	50	1.31
2276703--2276873	59	2.8	59	71	12	159	43	1	5	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276845--2276979	18	8.0	17	69	19	77	41	0	2	55	1.17
2276860--2276918	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
2276873--2276927	15	3.9	15	72	18	55	45	0	0	54	0.99
2277143--2277196	21	2.5	22	79	8	67	31	35	9	24	1.87
2277574--2277639	26	2.5	26	95	0	114	21	27	27	24	1.99
2291740--2291768	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
2297005--2297063	30	2.0	30	83	3	75	49	13	5	32	1.64
2301999--2302026	12	2.3	12	100	0	56	17	35	0	46	1.49
2303131--2303200	26	2.7	26	97	0	131	32	22	17	27	1.96
2320504--2320607	25	4.2	25	82	1	102	30	18	25	25	1.98
2322639--2322816	51	3.5	50	76	9	182	32	25	16	25	1.97
2322637--2322821	101	1.8	102	88	3	284	32	24	17	25	1.97
2325386--2325471	42	2.0	42	84	4	111	31	15	22	31	1.94
2336029--2336103	25	3.2	25	60	21	61	33	25	4	37	1.75
2336029--2336122	46	2.0	46	100	0	188	30	25	6	37	1.81
2345505--2345548	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
2355721--2355765	23	1.9	24	90	4	74	66	11	13	8	1.44
2357132--2357202	29	2.4	29	90	4	108	57	8	32	1	1.37
2357429--2357504	7	10.3	7	73	19	57	47	0	0	52	1.00
2357471--2357514	23	1.9	23	86	9	63	43	0	2	54	1.12
2367152--2367220	29	2.4	29	90	0	111	43	5	24	26	1.76
2367295--2367342	23	2.1	23	100	0	96	45	0	8	45	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2368553--2368593	22	1.9	22	85	5	57	56	4	12	26	1.56
2368783--2368867	21	4.2	21	74	17	74	31	2	5	60	1.34
2369856--2369927	31	2.3	31	95	2	126	38	0	4	56	1.18
2374135--2374250	41	2.8	41	88	2	153	32	27	16	23	1.96
2374135--2374224	41	2.2	41	97	0	171	34	26	16	22	1.95
2378847--2379059	85	2.5	86	86	3	277	33	26	15	24	1.95
2378847--2379063	43	5.1	43	82	2	249	32	27	16	23	1.96
2378847--2379112	86	3.1	85	82	3	230	34	25	14	26	1.94
2381068--2381549	241	2.0	241	100	0	964	39	19	12	28	1.88
2383497--2383529	17	2.0	17	88	5	50	15	12	6	66	1.42
2383538--2383715	7	25.3	7	72	5	90	46	29	1	21	1.61
2383908--2383954	21	2.2	21	88	0	67	48	36	0	14	1.44
2383916--2383959	14	3.1	14	80	0	52	50	31	0	18	1.47
2384048--2384156	40	2.7	39	76	12	112	23	22	22	32	1.98
2384059--2384156	40	2.4	40	83	5	126	25	21	21	31	1.98
2384225--2384301	41	1.9	41	84	7	104	24	20	23	31	1.98
2386725--2386760	13	2.8	13	91	0	54	38	19	2	38	1.66
2387265--2387303	17	2.3	17	95	0	69	10	28	7	53	1.62
2401112--2401167	27	2.0	28	83	10	71	25	21	16	37	1.93
2407802--2408159	58	6.4	57	80	8	349	35	11	28	24	1.91
2408015--2408127	51	2.2	51	80	0	127	36	10	27	25	1.89
2408286--2408346	31	2.0	31	86	0	86	47	19	18	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410307--2410345	20	2.0	20	90	10	62	51	7	0	41	1.31
2417413--2417645	32	7.3	31	75	10	168	35	24	21	18	1.96
2417407--2417645	64	3.7	64	84	3	250	36	23	21	18	1.95
2417411--2417645	96	2.4	96	82	2	276	35	23	21	18	1.95
2417815--2417887	24	3.1	23	82	5	83	49	24	6	19	1.72
2417937--2418088	27	5.6	27	93	0	259	22	21	21	34	1.96
2417934--2418088	54	2.9	54	98	0	292	21	21	21	34	1.97
2418208--2418502	27	11.1	26	83	7	237	20	20	20	38	1.93
2418208--2418502	54	5.5	53	80	8	275	20	20	20	38	1.93
2418303--2418500	81	2.4	80	84	8	274	20	20	19	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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