genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26008444--26008552	40	2.7	40	79	0	128	23	34	22	19	1.96
26009092--26009121	11	2.7	11	89	0	51	76	0	3	20	0.92
26017381--26017414	18	1.9	17	88	5	50	52	0	14	32	1.42
26018013--26018127	43	2.7	43	79	4	133	27	20	24	27	1.99
26025210--26025299	40	2.2	40	88	0	135	27	42	17	12	1.85
26025733--26025764	16	2.1	15	94	5	55	71	6	15	6	1.26
26025825--26025854	11	2.7	11	89	0	51	76	0	3	20	0.92
26034056--26034122	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
26034471--26034539	23	2.8	25	77	16	72	53	0	0	46	1.00
26041145--26041175	12	2.6	12	100	0	62	64	6	0	29	1.18
26042053--26042085	13	2.5	13	90	9	50	48	12	3	36	1.56
26042803--26042953	76	2.0	76	97	0	284	54	9	4	31	1.54
26051231--26051307	13	5.6	13	71	15	57	72	2	5	19	1.15
26052145--26052192	23	2.1	23	96	0	87	47	10	0	41	1.37
26058419--26058478	31	1.9	31	86	6	86	36	16	21	25	1.94
26060145--26060276	63	2.1	63	89	0	201	12	15	29	41	1.85
26060229--26060327	51	1.9	51	85	4	137	13	21	20	45	1.84
26060363--26060562	27	7.4	27	63	16	92	11	23	22	42	1.86
26060347--26060744	54	7.4	54	84	2	444	12	23	22	41	1.88
26064658--26064812	10	16.0	9	67	21	57	36	0	1	61	1.07
26064708--26064755	18	2.6	19	83	6	64	29	0	0	70	0.87
26064658--26064781	10	12.7	10	72	12	62	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26066121--26066163	22	1.9	22	95	4	77	60	0	0	39	0.97
26067648--26067699	21	2.5	20	81	9	59	32	11	1	53	1.48
26068219--26068472	124	2.0	125	94	1	449	40	16	7	35	1.76
26068343--26070017	497	3.4	497	99	0	3325	36	21	8	34	1.83
26070118--26070383	37	7.0	37	90	7	392	25	20	16	37	1.93
26070301--26070713	46	8.6	46	84	9	520	28	21	14	35	1.93
26070301--26070713	98	4.3	98	94	1	667	28	21	14	35	1.93
26073466--26073499	16	2.1	17	89	10	54	55	0	0	44	0.99
26077420--26077652	114	2.0	114	100	0	466	41	14	20	23	1.89
26084474--26084570	47	2.1	46	92	3	160	35	6	22	36	1.79
26087694--26087767	32	2.3	32	97	0	139	52	12	12	22	1.71
26091166--26091267	39	2.4	43	82	14	149	39	29	2	28	1.71
26091281--26091316	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
26101452--26101509	29	2.0	29	83	12	75	43	25	0	31	1.55
26101655--26101706	25	2.1	25	82	7	61	1	28	1	67	1.12
26101892--26101972	41	2.0	40	83	7	101	56	4	0	38	1.21
26102050--26102119	31	2.3	30	80	11	79	52	5	0	41	1.25
26107828--26107883	25	2.2	25	78	12	62	48	3	0	48	1.19
26107981--26108032	23	2.3	20	79	20	59	44	0	7	48	1.31
26109872--26109942	21	3.3	21	74	2	70	18	11	12	57	1.64
26117686--26117743	20	2.9	21	90	10	86	29	5	0	65	1.14
26121074--26121131	20	2.9	21	90	10	86	29	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26125195--26125993	143	5.6	143	87	1	1100	30	20	21	27	1.98
26132295--26132382	36	2.4	36	84	0	122	31	20	21	26	1.98
26132731--26132787	18	3.4	17	74	11	55	28	5	7	59	1.45
26140254--26140278	11	2.3	11	100	0	50	52	0	16	32	1.44
26153802--26153860	9	6.4	9	77	22	61	77	0	18	3	0.90
26153802--26153860	18	3.2	17	82	15	73	77	0	18	3	0.90
26153805--26153869	5	13.6	5	72	25	52	76	0	18	4	0.95
26153804--26153864	14	4.3	14	76	14	54	78	0	18	3	0.88
26154789--26154842	24	2.2	24	83	6	65	40	12	14	31	1.84
26155216--26155452	89	2.7	89	84	1	307	29	25	21	24	1.99
26155439--26155601	87	1.9	87	88	2	247	30	22	23	23	1.99
26155467--26155592	43	2.9	44	67	11	114	29	21	23	25	1.99
26155844--26156030	44	4.2	45	74	14	136	31	17	20	30	1.96
26155886--26156086	95	2.1	94	89	2	305	31	18	18	31	1.95
26156880--26156912	13	2.6	13	85	4	50	12	6	0	81	0.85
26157781--26157824	4	11.0	4	100	0	88	50	25	0	25	1.50
26166380--26166432	16	3.3	16	86	0	70	39	5	30	24	1.78
26166413--26166508	44	2.2	44	84	5	122	31	5	28	35	1.79
26166671--26166705	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26166661--26167058	120	3.3	120	98	0	760	52	4	1	42	1.28
26167001--26167041	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
26167417--26167604	93	2.0	93	98	0	367	38	18	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26186612--26186657	21	2.2	21	84	7	58	54	2	4	39	1.32
26186597--26186752	24	6.8	24	74	15	98	53	5	7	34	1.50
26186607--26186728	45	2.7	45	80	12	117	54	3	6	36	1.43
26186665--26186728	22	2.9	21	77	11	65	51	3	9	35	1.50
26186633--26186802	24	7.1	23	68	19	91	54	4	6	35	1.45
26187588--26187632	22	2.0	22	86	4	63	33	17	6	42	1.76
26188457--26188498	21	2.1	19	86	8	57	73	4	2	19	1.12
26203356--26203418	31	2.1	31	93	3	110	47	12	7	31	1.70
26234311--26234554	46	5.6	45	82	10	294	34	14	22	28	1.94
26234347--26234419	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
26234311--26234554	82	2.8	85	82	11	302	34	14	22	28	1.94
26238990--26239149	41	3.9	41	90	1	241	23	18	25	32	1.97
26241225--26241270	23	2.0	23	95	0	83	39	15	13	32	1.85
26245691--26245917	110	2.1	110	94	3	404	29	15	15	39	1.89
26248336--26248408	36	2.0	36	86	0	101	28	16	23	31	1.96
26251277--26251316	14	2.9	14	88	0	62	32	5	17	45	1.70
26251300--26251339	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
26251285--26251351	34	1.9	35	93	3	118	31	7	13	47	1.70
26251279--26251355	14	5.0	15	72	20	61	32	7	15	44	1.75
26264609--26264680	27	2.6	28	89	8	103	38	9	1	50	1.44
26264681--26264713	17	2.0	17	88	5	50	84	3	3	9	0.82
26264745--26264829	27	3.1	27	98	0	161	30	27	31	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26265652--26265680	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
26268058--26268095	18	2.1	18	90	0	58	15	44	5	34	1.69
26268061--26268102	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
26268987--26269059	24	3.0	24	88	4	103	12	45	4	38	1.61
26273868--26273942	27	2.8	27	91	0	114	16	30	28	25	1.96
26273974--26274010	19	2.0	19	89	5	58	8	2	2	86	0.76
26274012--26274074	27	2.4	27	89	10	96	52	1	6	39	1.37
26274012--26274066	26	2.1	25	93	6	92	56	0	5	38	1.23
26275305--26275387	29	2.8	30	76	12	82	33	0	12	54	1.38
26276202--26276237	16	2.2	16	90	0	54	50	5	5	38	1.49
26276394--26276430	7	5.4	7	96	3	67	75	0	24	0	0.80
26279789--26279869	39	2.1	39	97	0	153	23	17	25	33	1.96
26294892--26296138	89	14.1	89	91	2	1784	30	25	14	28	1.95
26296056--26296133	37	2.1	38	87	2	113	33	25	14	26	1.94
26296985--26297033	26	1.9	26	88	12	75	61	8	14	16	1.56
26315727--26315766	19	2.0	20	86	13	57	35	0	15	50	1.44
26316048--26316157	25	4.4	25	72	11	82	18	26	20	34	1.96
26316166--26316213	25	1.9	25	86	0	69	20	22	18	37	1.94
26318531--26318574	20	2.2	20	91	0	70	36	2	2	59	1.23
26326358--26326405	21	2.3	21	96	0	87	45	20	6	27	1.75
26327656--26327739	29	2.8	30	78	10	100	29	14	21	34	1.93
26353394--26353535	5	28.4	5	100	0	284	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26353558--26353606	6	7.8	6	86	8	71	0	4	14	81	0.83
26353534--26353606	18	3.9	19	81	10	71	4	8	10	76	1.13
26353564--26353607	14	3.4	14	84	15	67	0	4	13	81	0.83
26353558--26353606	20	2.6	18	90	6	71	0	4	14	81	0.83
26353558--26353608	26	2.0	26	92	0	84	0	3	13	82	0.81
26366049--26366104	23	2.6	21	78	13	60	41	10	0	48	1.38
26366063--26366118	21	2.5	22	82	11	69	41	12	0	46	1.42
26366862--26366919	27	2.2	27	84	9	75	43	5	3	48	1.42
26366900--26366956	20	2.8	21	76	7	55	45	8	1	43	1.45
26372698--26372730	9	3.6	9	95	4	57	24	0	18	57	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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