genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21804021--21804171	40	3.7	40	86	11	200	59	0	3	37	1.14
21804138--21804183	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
21828536--21828569	1	34.0	1	93	0	59	0	0	97	2	0.19
21844355--21844379	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21845600--21845676	29	2.6	29	83	4	91	46	14	14	24	1.81
21845738--21845801	23	2.7	23	75	17	69	37	0	4	57	1.19
21848008--21848098	21	4.3	21	71	0	65	17	21	17	42	1.89
21847947--21848082	42	3.2	42	76	4	130	19	22	16	42	1.89
21848008--21848098	42	2.2	42	81	0	101	17	21	17	42	1.89
21852815--21852848	14	2.6	14	90	9	54	26	0	5	67	1.13
21853157--21853183	7	3.9	7	100	0	54	0	44	11	44	1.39
21855187--21855226	20	2.1	19	86	13	55	45	0	2	52	1.14
21855920--21855971	6	8.3	6	75	8	50	48	32	0	19	1.49
21856597--21856627	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
21864139--21864189	20	2.5	20	87	6	68	45	17	1	35	1.60
21866089--21866128	13	3.1	13	77	0	53	42	20	5	32	1.73
21867127--21867160	17	1.9	18	88	5	52	23	0	8	67	1.18
21874485--21874523	17	2.4	16	84	16	53	30	0	2	66	1.05
21889822--21889859	18	2.1	18	90	9	60	2	28	0	68	1.03
21889908--21889946	14	2.9	14	88	3	62	25	5	0	69	1.09
21889911--21889950	19	2.2	18	90	4	62	30	2	0	67	1.04
21889927--21889966	21	2.0	21	85	9	57	37	5	0	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21890996--21891048	27	2.0	27	84	0	70	58	13	0	28	1.35
21892317--21892511	98	2.0	98	92	0	327	35	25	11	27	1.90
21893103--21893202	19	5.3	19	92	0	173	37	15	10	38	1.80
21893491--21894086	44	13.6	44	65	16	216	29	23	17	29	1.97
21893406--21894437	132	7.8	132	94	1	1489	29	24	17	28	1.98
21895686--21895719	13	2.7	12	86	13	50	2	0	8	88	0.62
21898979--21899271	98	3.0	98	97	0	541	36	24	10	28	1.89
21900011--21900102	19	4.8	19	91	0	157	35	15	10	38	1.82
21899988--21900102	38	2.9	38	88	5	158	38	14	9	37	1.79
21902394--21902523	23	5.7	23	88	5	192	30	25	21	23	1.99
21902394--21902523	46	2.8	47	90	4	212	30	25	21	23	1.99
21903684--21903723	21	1.9	21	89	0	62	25	20	25	30	1.99
21918259--21918297	18	2.2	18	100	0	78	15	17	33	33	1.92
21918365--21918419	26	2.1	26	100	0	110	29	14	27	29	1.95
21927366--21927568	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
21927300--21927568	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
21927532--21927677	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
21932781--21932848	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
21932781--21932848	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
21942233--21942282	16	2.9	17	77	11	57	60	2	0	38	1.09
21942240--21942331	28	3.4	26	80	14	98	60	1	1	36	1.11
21942311--21942396	24	3.8	23	73	21	67	60	3	2	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21942298--21942457	10	15.4	10	72	18	87	62	3	2	31	1.24
21942209--21942441	9	24.0	9	68	19	89	60	1	3	35	1.22
21949037--21949083	23	2.0	23	87	8	67	44	2	0	53	1.12
21949573--21949621	22	2.2	22	85	0	71	57	8	14	20	1.63
21951017--21951063	16	2.9	16	81	6	60	40	2	25	31	1.68
21951695--21951723	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
21955439--21955466	6	4.7	6	100	0	56	50	14	0	35	1.43
21957435--21957461	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
21959735--21959769	18	1.9	18	100	0	70	34	2	5	57	1.37
21959774--21959848	23	3.3	23	86	0	96	32	1	16	50	1.53
21959783--21959848	13	5.5	13	71	20	63	31	1	16	50	1.55
21961586--21961969	113	3.4	111	71	11	289	32	16	20	29	1.95
21961464--21962060	227	2.6	225	87	3	831	33	17	20	29	1.95
21961459--21962042	114	5.1	113	71	11	469	33	16	20	29	1.95
21961977--21962116	74	1.9	74	86	7	203	30	18	22	28	1.97
21961848--21962242	188	2.1	188	90	0	621	31	16	21	30	1.95
21961977--21962135	74	2.1	74	82	6	196	33	18	20	27	1.96
21962052--21962269	114	1.9	113	79	8	246	31	15	22	29	1.95
21962654--21962692	7	5.6	7	93	0	69	15	0	51	33	1.44
21962647--21962691	21	2.1	21	95	0	81	17	0	46	35	1.49
21962751--21962847	7	13.9	7	79	4	88	22	1	46	29	1.59
21962776--21962847	14	5.2	13	87	11	99	22	0	48	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962776--21962871	21	4.7	21	76	15	94	21	0	44	33	1.53
21962814--21963002	95	2.0	96	81	4	220	28	1	29	41	1.65
21965021--21965107	43	2.0	43	97	0	165	40	13	31	14	1.86
21974296--21974436	44	3.2	44	78	4	160	30	21	22	25	1.99
21974362--21975309	74	12.8	74	99	0	1878	33	20	23	22	1.97
21976797--21976861	28	2.7	23	75	17	60	36	10	3	49	1.53
21977271--21977301	5	6.4	5	96	3	55	19	0	0	80	0.71
21980416--21980504	43	2.1	43	97	0	169	34	15	31	17	1.92
21989449--21989777	46	7.6	44	74	11	211	30	21	21	26	1.98
21989449--21989802	44	8.2	43	72	12	199	31	20	21	26	1.98
21989449--21989802	87	4.1	88	74	11	239	31	20	21	26	1.98
21989728--21990601	74	11.8	74	99	0	1739	33	20	23	22	1.97
21996909--21996942	17	2.0	17	94	0	59	26	0	5	67	1.13
22002302--22002344	9	4.6	9	88	11	68	79	0	0	20	0.74
22002301--22002344	10	4.5	10	88	5	72	79	0	0	20	0.73
22012638--22012761	25	5.2	23	80	10	101	39	20	22	17	1.92
22012679--22012761	25	3.3	26	89	3	118	38	21	22	16	1.93
22013108--22013136	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
22013792--22013829	11	3.5	11	96	0	67	0	36	7	55	1.29
22013863--22013899	10	3.9	10	82	10	51	51	0	0	48	1.00
22016222--22016255	18	1.9	17	88	5	50	29	0	14	55	1.40
22022348--22022391	19	2.5	17	85	10	54	61	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22036062--22036121	20	3.0	21	73	11	63	61	1	3	33	1.22
22037491--22037528	12	2.9	13	77	14	51	31	5	0	63	1.17
22037491--22037529	14	2.9	14	81	11	55	30	5	0	64	1.15
22053304--22053338	11	3.1	11	91	4	52	20	31	0	48	1.50
22053304--22053357	23	2.4	23	79	17	60	24	29	0	46	1.53
22053304--22053357	11	4.8	11	77	22	51	24	29	0	46	1.53
22053327--22053404	40	2.0	40	87	5	113	26	23	0	50	1.50
22059557--22059592	7	4.8	8	90	10	58	50	0	0	50	1.00
22059557--22059592	15	2.4	15	90	9	56	50	0	0	50	1.00
22059656--22059970	44	7.2	44	75	15	221	50	27	0	21	1.53
22059747--22059906	22	7.2	22	80	6	146	51	27	0	20	1.47
22059814--22059944	37	3.3	38	74	20	126	51	28	0	20	1.48
22059873--22059932	7	8.4	7	80	8	50	53	30	0	16	1.44
22059916--22059970	22	2.5	22	73	5	58	49	25	0	25	1.51
22059880--22060003	37	3.3	38	84	7	139	49	29	0	21	1.50
22059967--22060088	43	2.8	42	80	13	131	48	27	0	23	1.51
22059967--22060090	22	5.6	22	78	15	116	48	28	0	23	1.51
22060058--22060121	29	2.2	29	86	8	87	42	32	0	25	1.55
22060630--22060656	14	1.9	14	100	0	54	44	18	7	29	1.77
22062775--22063304	251	2.1	250	91	0	844	30	22	17	29	1.97
22062775--22063342	125	4.5	126	84	3	725	29	22	17	29	1.97
22066806--22066859	12	4.7	11	76	15	56	55	7	0	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22069311--22069394	42	2.0	42	100	0	168	26	23	11	38	1.90
22072468--22072505	19	2.0	19	85	10	51	28	5	0	65	1.14
22075538--22075577	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
22075819--22075865	21	2.2	21	85	7	60	34	34	23	8	1.85
22076118--22076789	22	28.4	22	71	19	398	42	35	0	21	1.57
22076118--22076783	49	13.9	48	84	9	734	42	35	0	21	1.57
22076516--22076563	15	3.4	15	71	26	50	41	37	0	20	1.53
22076694--22076789	48	2.0	48	93	4	167	39	37	0	22	1.55
22077517--22078034	127	4.1	126	89	2	704	30	22	16	30	1.96
22099559--22099592	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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