genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19464166--19464772	76	7.8	78	78	10	552	33	19	16	30	1.94
19464154--19464749	241	2.5	234	82	6	681	32	19	16	30	1.95
19464167--19464749	154	3.7	152	81	10	624	32	19	16	31	1.94
19476631--19476697	17	3.9	17	82	9	91	49	11	11	26	1.74
19477192--19477252	28	2.2	28	85	5	79	0	22	0	77	0.78
19477516--19477580	13	5.0	14	68	22	52	3	27	0	69	1.03
19477704--19477758	27	2.1	26	83	12	69	1	12	10	74	1.15
19481222--19481263	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
19486266--19486298	6	5.7	6	92	7	59	48	15	0	36	1.45
19488474--19488534	27	2.3	26	80	2	68	21	14	18	45	1.84
19491930--19491961	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
19499347--19499508	81	2.0	81	89	2	245	32	17	16	33	1.92
19502065--19502103	16	2.4	17	86	8	62	30	17	5	46	1.70
19511317--19511378	30	2.1	30	100	0	124	37	30	9	22	1.86
19512184--19512214	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
19523924--19523972	24	2.0	24	96	0	89	53	12	18	16	1.73
19527818--19527843	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
19528175--19528238	27	2.4	27	82	10	85	60	1	0	37	1.06
19534639--19534695	30	1.9	30	89	7	89	35	3	3	57	1.33
19538066--19538108	19	2.2	19	84	12	52	39	4	0	55	1.20
19542542--19542974	117	3.9	107	87	9	586	38	20	15	25	1.92
19542645--19543000	117	3.0	117	96	0	649	38	20	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19543767--19543798	6	5.3	6	100	0	64	15	0	0	84	0.63
19544771--19544841	9	7.7	9	83	10	81	63	1	4	30	1.22
19544771--19544841	19	3.8	18	82	10	81	63	1	4	30	1.22
19544772--19544841	29	2.5	28	84	6	88	64	1	4	30	1.21
19545645--19545748	40	2.6	40	86	3	138	19	24	20	36	1.95
19545661--19545726	20	3.3	19	72	8	60	19	24	16	39	1.92
19552074--19552102	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
19557875--19557979	52	2.0	52	98	0	201	20	29	17	32	1.96
19558773--19558810	19	2.0	19	100	0	76	26	21	26	26	1.99
19562747--19562788	20	2.0	21	86	4	59	40	0	2	57	1.12
19565819--19565843	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
19567988--19568055	20	3.3	20	85	2	73	54	2	7	35	1.43
19568017--19568059	21	2.0	21	100	0	86	51	9	11	27	1.69
19572986--19573186	23	8.8	23	85	6	275	38	16	12	31	1.87
19572986--19573186	67	2.9	68	84	8	273	38	16	12	31	1.87
19572998--19573178	90	2.0	90	87	4	258	40	17	12	29	1.86
19573968--19574059	40	2.3	40	88	3	132	34	28	15	21	1.94
19577305--19577611	40	7.7	40	98	0	573	39	12	14	33	1.84
19578853--19579049	98	2.0	98	93	0	340	27	9	24	37	1.87
19583747--19583788	20	2.1	20	90	0	66	73	0	23	2	0.94
19585003--19585561	44	12.7	44	64	15	190	30	19	24	24	1.98
19584991--19585605	132	4.7	131	93	0	973	31	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19585598--19586473	44	20.2	44	70	14	414	30	20	22	26	1.98
19585615--19586259	84	7.4	85	67	17	251	31	20	21	27	1.98
19585701--19586465	89	8.8	87	69	14	355	30	20	22	27	1.98
19585598--19586478	217	4.1	217	92	1	1435	30	20	22	26	1.98
19586681--19586831	19	7.8	19	77	11	164	38	9	15	36	1.81
19586682--19586788	40	2.7	40	92	2	173	39	11	14	34	1.82
19586774--19586849	38	2.0	38	100	0	152	36	7	13	42	1.73
19587688--19587955	134	2.0	134	97	0	509	25	10	24	39	1.87
19594252--19594298	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
19600032--19600075	20	2.3	19	80	7	54	40	2	4	52	1.34
19605086--19605162	38	2.0	38	92	5	129	37	11	15	35	1.84
19609120--19609297	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
19609121--19609276	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
19609117--19609297	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
19609202--19609308	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
19614598--19614649	24	2.2	24	86	6	70	40	3	7	48	1.50
19615837--19615958	43	2.8	43	80	4	131	27	26	20	25	1.99
19617968--19618011	21	2.1	21	83	8	54	36	2	15	45	1.59
19617955--19618068	59	1.9	60	84	8	153	35	2	14	47	1.59
19618120--19618149	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
19618151--19618196	24	2.0	22	83	8	56	45	0	8	45	1.34
19619544--19619979	240	1.8	239	91	2	732	39	17	14	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19620638--19620676	20	2.0	20	85	5	53	35	43	0	20	1.52
19621086--19621286	41	4.9	39	78	10	179	32	28	16	22	1.96
19621083--19621282	82	2.4	81	83	4	251	33	26	18	22	1.97
19625116--19625177	31	2.0	31	96	0	115	41	14	9	33	1.79
19635760--19636028	42	6.4	42	99	0	520	34	21	21	22	1.97
19641077--19641129	19	2.8	19	100	0	106	28	16	7	47	1.74
19641940--19642004	20	3.1	21	75	18	64	60	4	15	20	1.53
19641950--19642004	22	2.6	21	78	16	60	60	5	14	20	1.54
19642066--19642106	21	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
19642057--19642128	23	3.1	22	74	9	56	47	1	2	48	1.25
19642043--19642110	19	3.6	18	72	20	50	42	1	2	52	1.25
19642183--19642228	21	2.4	19	82	13	58	54	15	6	23	1.64
19642588--19642632	18	2.4	18	85	7	54	66	6	0	26	1.16
19642546--19642659	10	12.0	9	71	14	70	59	3	1	35	1.25
19642546--19642624	40	2.0	40	80	14	92	58	2	2	36	1.25
19642578--19642637	19	3.1	19	80	9	59	60	5	1	33	1.29
19642600--19642660	28	2.2	28	88	5	88	63	4	0	31	1.15
19642609--19642651	19	2.3	19	80	8	52	62	4	0	32	1.15
19646396--19646461	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
19650722--19650997	27	10.2	26	82	6	291	43	19	17	20	1.89
19651371--19651476	28	3.8	28	85	6	135	24	24	23	27	2.00
19651371--19651475	55	1.9	56	88	5	160	23	24	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19651421--19651578	79	2.0	78	98	1	307	27	21	22	29	1.99
19658764--19658796	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
19658805--19658843	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
19658775--19658924	61	2.5	61	80	4	178	41	4	8	46	1.52
19659147--19659192	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
19659068--19659272	95	2.2	95	88	1	295	47	14	3	34	1.63
19659147--19659192	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
19659188--19659245	21	2.8	20	77	15	64	43	15	3	37	1.64
19659180--19659305	38	3.2	35	76	21	117	43	15	3	37	1.65
19659406--19659941	9	60.4	9	71	10	345	45	17	2	33	1.63
19659406--19659809	55	7.3	54	73	10	267	47	16	2	33	1.61
19659512--19659677	43	4.0	43	72	16	159	47	16	1	34	1.55
19659883--19659932	16	3.0	16	80	16	57	44	20	2	34	1.63
19665843--19666172	42	7.8	42	91	2	536	36	20	20	22	1.95
19665843--19666172	127	2.6	127	98	0	635	36	20	20	22	1.95
19667400--19667708	42	7.2	43	74	5	200	27	29	20	22	1.99
19667523--19667750	86	2.7	86	80	4	219	30	29	17	22	1.96
19667543--19667727	43	4.3	42	75	6	138	28	31	18	21	1.97
19668053--19668145	21	4.4	21	84	0	123	5	44	17	33	1.71
19668093--19668165	21	3.5	21	75	7	67	6	41	17	34	1.76
19668136--19668282	66	2.2	66	83	7	183	14	29	16	40	1.88
19668175--19668298	66	1.9	66	86	3	178	14	27	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19673707--19673906	9	23.9	9	68	19	121	31	1	20	46	1.60
19673713--19673857	16	9.0	16	68	22	90	31	1	20	46	1.59
19673729--19673879	25	6.2	25	74	12	125	32	1	19	46	1.59
19673840--19673900	20	2.8	21	75	22	70	31	0	19	49	1.49
19674111--19674199	43	2.1	43	97	0	169	48	8	6	35	1.61
19674190--19674302	23	5.3	23	72	21	77	46	0	8	44	1.34
19674223--19674310	18	4.5	18	71	25	72	44	0	12	43	1.42
19674222--19674354	44	3.0	43	72	21	132	42	0	11	45	1.45
19674225--19674298	22	3.4	22	75	17	82	44	0	13	41	1.44
19674269--19674310	17	2.4	18	88	11	61	47	0	11	40	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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