genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  19  of  135  ( 16099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8012850--8013094	59	4.2	59	80	7	250	38	13	20	27	1.91
8013125--8013159	17	2.0	17	88	5	52	54	2	5	37	1.39
8018909--8018952	22	2.0	21	95	4	79	18	4	38	38	1.71
8040591--8040657	35	1.9	35	87	0	98	43	8	17	29	1.80
8045545--8045594	19	2.7	19	84	3	66	40	2	0	58	1.10
8049460--8049490	15	2.1	15	93	0	53	54	3	0	41	1.16
8050075--8050099	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
8056561--8056626	27	2.4	27	73	11	64	36	6	3	54	1.41
8067996--8068029	15	2.3	15	90	10	52	11	11	5	70	1.32
8068184--8068256	31	2.4	31	86	4	94	53	8	10	27	1.64
8068237--8068289	27	2.0	26	85	10	72	64	5	3	26	1.33
8070494--8070535	21	2.0	20	82	13	50	21	0	33	45	1.52
8072189--8072263	6	13.0	6	77	17	79	45	4	0	50	1.20
8072189--8072263	17	4.4	16	85	11	96	45	4	0	50	1.20
8072190--8072259	23	3.1	23	76	11	83	44	4	0	51	1.21
8072695--8072749	28	2.0	28	85	0	74	41	27	3	27	1.72
8073880--8074377	162	3.1	161	92	0	773	26	17	12	43	1.85
8074451--8074668	29	7.5	29	74	21	172	31	30	5	33	1.79
8074448--8074640	59	3.3	59	94	1	334	32	31	4	32	1.77
8074448--8074668	117	1.9	116	88	5	338	31	30	4	32	1.79
8074448--8074668	59	3.8	57	90	3	309	31	30	4	32	1.79
8076880--8076974	23	4.0	23	78	10	111	12	23	23	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8076973--8077066	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
8083293--8083390	23	4.2	23	81	10	126	11	25	22	40	1.87
8083294--8083370	25	3.2	25	75	14	70	10	27	20	41	1.85
8085093--8085135	19	2.3	20	84	15	65	65	4	2	27	1.25
8091446--8091478	17	1.9	17	93	0	57	57	0	0	42	0.98
8093673--8093703	14	2.2	14	100	0	62	45	29	0	25	1.54
8097819--8097856	18	2.0	20	85	10	53	36	18	10	34	1.85
8098050--8098091	13	3.0	15	80	16	54	26	16	9	47	1.77
8112219--8112334	58	2.0	58	88	5	173	43	6	6	42	1.58
8119361--8119389	7	4.1	7	100	0	58	27	0	72	0	0.85
8120317--8120365	24	2.0	24	92	0	80	57	16	6	20	1.60
8122069--8122093	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8122704--8123039	167	2.0	168	99	0	665	42	5	8	43	1.59
8131203--8131308	32	3.3	31	74	10	79	63	21	7	7	1.46
8133381--8133413	16	2.1	16	94	0	57	24	6	33	36	1.80
8136533--8136564	15	2.1	15	100	0	64	31	21	34	12	1.91
8157844--8157889	24	2.0	24	87	8	69	23	10	0	65	1.24
8158306--8158342	14	2.5	15	86	4	58	62	0	0	37	0.96
8163369--8163482	23	5.0	23	81	4	124	11	24	23	40	1.88
8176685--8176727	22	2.0	23	86	9	63	11	23	0	65	1.25
8177008--8177111	55	1.9	55	91	0	172	50	12	7	28	1.67
8181598--8181666	24	2.9	23	74	8	66	28	5	31	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8185101--8185139	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
8185129--8185224	41	2.3	41	90	0	156	29	6	28	36	1.81
8185820--8185914	20	4.8	20	77	2	102	34	2	16	46	1.59
8187942--8187975	17	2.0	17	88	0	50	64	8	0	26	1.22
8189179--8189211	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
8191598--8191656	6	9.8	6	89	7	93	16	1	15	66	1.34
8194583--8194657	25	2.9	26	84	9	84	22	22	1	53	1.54
8194615--8194664	25	2.0	25	96	0	91	26	20	6	48	1.72
8194699--8194759	27	2.3	27	94	0	104	21	39	24	14	1.91
8195110--8195190	27	3.0	27	90	0	99	20	32	30	16	1.95
8201557--8201809	125	2.0	125	98	0	488	35	16	20	26	1.95
8222656--8222837	59	3.1	59	80	5	226	32	17	15	33	1.92
8222785--8222991	67	2.9	70	85	7	276	28	14	14	42	1.85
8222925--8223075	60	2.5	59	81	8	182	25	17	17	39	1.92
8223882--8223935	17	3.5	17	71	23	64	59	3	12	24	1.50
8223874--8223936	29	2.1	31	94	5	112	61	3	11	23	1.43
8225146--8225204	32	1.9	32	86	6	86	67	5	5	22	1.30
8226311--8227463	168	6.8	169	88	5	1554	47	4	5	42	1.47
8226610--8226754	45	3.4	44	68	23	128	49	5	5	39	1.49
8226311--8227452	86	13.5	85	90	3	1604	47	4	5	42	1.47
8231312--8231606	120	2.5	120	79	9	300	40	16	16	26	1.90
8231312--8231583	61	4.6	60	76	9	261	39	18	16	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8231634--8231921	60	4.8	59	77	8	280	35	16	18	30	1.93
8231347--8231865	286	1.8	287	82	7	669	38	15	16	29	1.90
8231613--8231921	119	2.6	120	82	6	378	35	16	17	30	1.92
8237948--8237997	26	2.0	25	84	11	66	76	4	4	16	1.10
8237943--8237989	19	2.5	19	77	19	53	76	2	6	14	1.08
8240119--8240197	22	3.5	22	87	1	113	35	26	22	15	1.94
8240115--8240218	45	2.3	46	80	8	133	37	24	25	13	1.91
8249598--8249645	21	2.3	20	80	13	53	70	6	12	10	1.32
8265155--8265197	20	2.2	20	95	0	77	62	0	2	34	1.08
8267205--8267259	18	2.9	20	76	17	55	36	7	0	56	1.27
8268025--8268059	17	2.1	17	88	0	52	14	22	2	60	1.48
8271198--8271240	21	2.0	21	86	0	59	69	9	0	20	1.15
8276972--8277002	10	3.1	10	95	0	53	19	12	12	54	1.70
8283992--8284033	16	2.5	17	80	3	50	33	2	4	59	1.31
8284361--8284405	17	2.6	18	74	19	51	44	0	0	55	0.99
8293762--8293805	22	2.0	23	81	4	54	29	2	6	61	1.34
8294130--8294179	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
8294675--8294741	34	2.0	34	85	5	91	22	25	4	47	1.70
8299351--8299409	17	3.5	17	78	17	77	23	30	1	44	1.64
8299345--8299441	34	2.9	34	92	0	149	22	31	3	42	1.69
8299764--8299808	17	2.6	17	100	0	90	24	11	6	57	1.57
8312699--8312725	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8319794--8319945	82	1.9	82	84	5	209	38	5	9	45	1.62
8327536--8327573	19	2.0	19	85	10	51	26	21	5	47	1.71
8329750--8329809	23	2.4	25	81	10	70	40	0	1	58	1.08
8329744--8329809	26	2.6	26	81	13	75	39	1	1	57	1.17
8333880--8333910	14	2.3	14	94	5	55	54	3	0	41	1.16
8335860--8335911	23	2.2	24	83	6	63	46	3	0	50	1.20
8339286--8339323	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
8350836--8350860	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8351059--8351085	4	6.8	4	100	0	54	25	25	25	22	2.00
8351272--8351325	21	2.5	21	81	3	63	40	1	1	55	1.21
8355225--8355266	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
8357684--8357734	21	2.4	21	80	6	59	31	27	9	31	1.89
8358404--8358540	36	3.8	36	94	0	238	25	27	13	34	1.93
8363989--8364054	17	3.9	17	73	13	55	56	1	0	42	1.08
8379565--8379604	19	2.1	19	85	4	53	60	7	0	32	1.25
8384504--8384625	61	2.0	60	81	9	140	40	12	5	40	1.66
8387377--8387429	26	2.0	26	100	0	106	37	3	24	33	1.74
8391590--8391623	18	1.9	18	88	5	52	76	0	8	14	1.01
8392020--8392050	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8396817--8396852	6	6.0	6	100	0	72	33	0	66	0	0.92
8398276--8398317	21	2.0	20	86	4	57	52	2	4	40	1.35
8398460--8398530	33	2.3	31	79	13	74	47	1	2	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8404516--8404550	18	1.9	18	94	0	61	42	2	22	31	1.68
8408037--8408061	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
8408218--8408284	20	3.4	19	75	8	55	53	5	1	38	1.34
8416432--8416489	20	2.8	22	71	21	54	41	1	0	56	1.09
8417070--8417140	25	2.7	26	76	16	67	59	0	7	33	1.25
8428891--8428962	18	3.3	23	72	22	73	52	1	0	45	1.09
8429263--8429324	23	2.8	23	92	4	101	27	4	0	67	1.10
8429283--8429324	10	3.9	10	82	17	57	23	7	0	69	1.13
8429269--8429315	13	3.8	13	81	16	64	27	6	0	65	1.16
8429346--8429424	41	1.9	42	87	7	117	8	21	21	48	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135