genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  37  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14192844--14193153	58	5.3	58	77	11	264	29	28	6	35	1.83
14195094--14195601	60	8.5	61	78	10	444	37	16	18	26	1.92
14195152--14195601	178	2.5	181	83	6	538	37	17	19	26	1.93
14201482--14201605	62	2.0	62	93	0	212	49	4	15	31	1.63
14204119--14204214	31	3.2	31	68	11	72	36	6	14	42	1.71
14204113--14204248	60	2.3	60	84	2	157	40	5	12	41	1.67
14207127--14207166	3	13.0	3	94	5	71	35	0	0	65	0.93
14207116--14207155	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
14211369--14211411	21	2.1	21	86	4	61	23	2	16	58	1.50
14211376--14211638	92	2.8	92	90	3	395	38	2	12	47	1.53
14211832--14211881	16	3.2	16	71	21	52	58	6	2	34	1.34
14213178--14213262	43	2.0	43	83	4	109	30	12	10	45	1.76
14213877--14213923	21	2.2	21	88	7	69	25	34	14	25	1.94
14216579--14216719	28	4.9	28	69	19	103	37	1	27	33	1.66
14216549--14216798	58	4.3	56	84	8	238	37	4	26	31	1.76
14216578--14216894	58	5.3	59	83	10	287	37	3	27	31	1.73
14216742--14216873	67	2.0	66	91	4	212	37	3	27	31	1.74
14216805--14216902	29	3.3	29	75	14	103	36	3	27	32	1.72
14218981--14219013	12	2.8	12	86	4	50	39	0	3	57	1.14
14219009--14219078	17	4.4	16	77	12	63	52	1	4	41	1.30
14219009--14219078	6	12.0	6	71	17	58	52	1	4	41	1.30
14219009--14219078	11	6.0	12	76	15	58	52	1	4	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14219058--14219089	11	2.9	11	95	0	55	59	3	0	37	1.13
14220100--14220126	10	2.7	10	100	0	54	88	0	0	11	0.50
14221274--14221350	14	5.1	15	72	18	61	46	0	1	51	1.09
14221537--14221573	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
14223047--14223097	19	2.6	21	79	17	56	33	7	1	56	1.39
14226284--14226439	43	3.7	43	87	4	226	24	18	27	29	1.98
14239303--14239346	21	2.1	21	83	8	54	38	2	2	56	1.24
14243836--14243878	14	3.1	14	76	6	52	30	0	6	62	1.21
14243831--14243892	27	2.3	27	78	8	65	35	1	8	54	1.39
14244140--14244182	22	2.0	22	90	0	68	55	16	0	27	1.41
14255825--14255873	19	2.6	19	83	0	62	71	2	4	22	1.13
14257977--14258085	57	1.9	57	80	1	128	22	13	13	49	1.78
14258477--14258647	58	2.9	59	87	1	254	49	13	14	23	1.78
14259849--14259885	12	3.1	12	92	0	65	21	27	0	51	1.48
14259849--14259881	6	5.5	6	92	0	57	21	30	0	48	1.50
14262716--14262777	17	3.6	17	76	8	63	41	4	3	50	1.40
14264579--14264934	30	12.1	30	72	15	219	34	23	2	38	1.70
14264582--14264983	88	4.5	89	84	8	351	35	23	3	38	1.72
14264584--14265071	59	8.3	60	76	12	279	34	24	4	36	1.76
14264622--14265066	29	15.1	29	74	13	261	34	24	4	35	1.77
14268189--14268243	26	2.1	26	83	6	67	25	7	0	67	1.16
14270295--14270394	50	2.0	50	98	0	191	40	13	6	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14277083--14277117	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14281204--14281240	17	2.2	17	90	0	56	59	2	0	37	1.12
14281234--14281280	20	2.4	20	85	3	60	59	10	4	25	1.49
14283015--14283234	29	7.6	28	70	23	120	32	28	3	35	1.73
14283001--14283260	58	4.5	58	85	5	321	32	29	3	34	1.76
14283110--14283258	29	5.2	27	72	16	113	31	31	2	34	1.69
14289786--14289822	19	1.9	19	100	0	74	43	18	5	32	1.73
14290969--14291021	21	2.5	22	79	17	58	24	1	9	64	1.34
14291030--14291076	20	2.3	20	85	3	58	38	0	2	59	1.09
14291259--14291304	22	2.2	20	84	7	56	39	4	2	54	1.32
14291697--14291766	23	3.0	23	85	2	86	42	17	12	27	1.85
14293255--14293289	18	1.9	18	94	0	61	60	17	8	14	1.58
14295115--14295379	29	8.9	30	68	18	117	34	29	2	34	1.70
14295111--14295248	30	4.7	29	76	16	133	36	28	1	33	1.67
14295240--14295404	29	5.5	31	66	21	111	32	29	3	35	1.73
14295273--14295425	29	5.2	28	71	22	118	33	29	2	34	1.71
14295273--14295463	29	6.5	28	71	20	115	32	27	3	37	1.73
14295111--14295462	59	6.0	60	86	5	344	33	28	2	35	1.72
14299853--14299925	17	4.3	16	80	15	76	41	1	0	57	1.07
14299870--14299923	11	4.8	11	76	13	56	40	0	0	59	0.98
14299863--14299905	12	3.7	12	87	6	61	34	2	0	62	1.08
14300746--14300807	29	2.1	29	85	5	81	40	24	8	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14300746--14300827	29	2.8	28	80	7	74	41	24	7	26	1.81
14300792--14301007	88	2.5	87	89	4	312	33	30	4	31	1.77
14300879--14301037	58	2.7	56	83	9	194	33	30	3	32	1.76
14300809--14301037	29	7.8	30	71	16	151	33	31	3	31	1.76
14303660--14303735	26	2.7	27	71	17	66	31	2	2	63	1.22
14304816--14304853	14	2.7	14	84	12	51	50	5	10	34	1.59
14305710--14305736	14	1.9	14	100	0	54	70	0	22	7	1.12
14306513--14306564	27	2.0	26	85	11	70	23	13	36	26	1.92
14306951--14306981	12	2.6	12	94	0	53	38	0	3	58	1.15
14308750--14308834	43	2.0	43	83	4	109	31	12	9	45	1.74
14309190--14309285	17	5.6	17	76	2	93	34	2	7	56	1.39
14309190--14309289	35	2.9	34	75	5	103	36	2	8	54	1.42
14311048--14311328	29	9.6	29	78	8	212	38	25	1	35	1.65
14311048--14311328	58	4.8	57	82	9	273	38	25	1	35	1.65
14311078--14311326	87	2.9	87	82	7	258	37	26	1	34	1.64
14313051--14313103	21	2.5	21	81	9	63	52	28	0	18	1.46
14320292--14320339	25	1.9	25	84	16	64	8	29	2	60	1.37
14321695--14321745	19	2.8	17	74	23	50	49	0	1	49	1.12
14321703--14321770	27	3.0	20	72	27	64	45	0	0	54	0.99
14321706--14321842	31	4.7	31	88	7	182	47	0	1	51	1.09
14322772--14322839	32	2.1	33	83	2	84	51	23	2	22	1.61
14323772--14323811	6	6.7	6	100	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14326122--14326201	40	2.0	40	97	0	151	32	6	27	33	1.82
14331350--14331392	20	2.0	22	91	8	72	48	20	9	20	1.77
14331725--14331770	13	3.5	13	75	18	51	63	8	0	28	1.24
14336539--14336579	17	2.3	18	91	4	66	43	2	0	53	1.13
14336614--14336713	14	7.3	14	73	12	73	47	23	13	17	1.82
14336649--14336713	12	4.9	13	77	19	64	43	24	16	15	1.87
14336635--14336713	27	3.0	27	92	1	124	43	25	15	16	1.87
14337458--14337503	25	1.9	23	83	16	58	54	0	2	43	1.12
14338593--14338695	30	3.6	29	71	23	83	33	25	2	37	1.71
14338561--14338727	58	2.9	57	85	4	228	32	26	1	38	1.67
14338559--14338751	58	3.3	57	79	9	212	32	25	2	39	1.70
14350448--14350785	169	2.0	169	98	0	658	31	24	18	25	1.97
14350877--14351585	200	3.5	200	87	2	956	36	19	21	21	1.95
14351946--14351986	17	2.3	18	91	4	66	43	2	0	53	1.13
14352055--14352106	13	3.9	13	85	10	70	42	25	17	15	1.88
14352056--14352106	26	1.9	27	88	11	79	41	25	17	15	1.89
14353862--14353943	29	2.8	29	84	3	101	46	19	2	31	1.63
14353867--14353983	29	4.0	29	78	6	92	41	23	1	34	1.65
14353936--14354103	59	2.9	59	84	6	227	33	27	1	37	1.65
14353951--14354124	29	5.9	28	65	16	84	32	27	1	37	1.67
14356911--14357129	29	7.5	28	72	18	153	36	3	27	32	1.74
14356893--14357189	58	5.1	58	85	4	382	35	4	27	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14356912--14357189	59	4.7	58	86	6	364	36	3	27	32	1.75
14356893--14357189	117	2.5	117	90	3	465	35	4	27	32	1.77
14358249--14358299	3	16.7	3	76	11	50	33	1	1	62	1.17
14358249--14358299	12	4.5	11	81	13	59	33	1	1	62	1.17
14360284--14360336	20	2.7	20	80	13	65	64	0	1	33	1.05
14360335--14360363	15	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
14362867--14362905	19	2.0	21	85	10	55	28	7	0	64	1.21
14365520--14365951	59	7.4	59	87	3	604	31	1	32	34	1.68
14367781--14367839	6	9.8	6	75	14	59	57	0	1	40	1.09
14367782--14367839	17	3.6	17	81	13	86	58	0	1	39	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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