genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27231643--27236509	431	11.3	431	87	2	6408	40	14	17	27	1.88
27231441--27236509	863	5.9	864	88	2	6855	40	14	17	27	1.89
27236865--27236919	24	2.3	24	87	0	74	20	23	7	49	1.74
27236889--27237030	39	3.6	39	91	1	239	23	25	5	45	1.74
27237188--27237226	20	2.0	20	84	0	51	46	2	7	43	1.46
27238555--27238600	23	1.9	23	82	8	56	32	4	32	30	1.77
27242932--27242970	15	2.6	15	100	0	78	30	0	20	48	1.50
27244391--27244419	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
27245326--27245380	11	4.9	11	79	18	51	81	1	12	3	0.89
27245347--27245380	7	4.7	7	92	7	59	88	0	11	0	0.52
27245347--27245380	15	2.3	15	95	5	61	88	0	11	0	0.52
27245603--27245676	36	2.1	36	92	0	121	28	12	17	41	1.85
27246907--27246941	2	17.5	2	87	0	52	0	45	5	48	1.26
27246907--27246940	10	3.4	10	95	0	59	0	44	5	50	1.26
27254252--27254356	52	2.0	52	100	0	210	29	15	7	47	1.73
27262017--27262057	20	2.0	20	100	0	82	58	0	9	31	1.31
27265612--27265646	18	1.9	18	88	0	52	34	22	25	17	1.96
27271737--27271769	17	1.9	17	93	0	57	18	18	12	51	1.76
27275400--27275473	31	2.7	26	78	21	89	52	10	16	20	1.73
27275408--27275471	31	2.1	31	100	0	128	53	9	18	18	1.71
27276506--27276561	24	2.3	24	96	0	103	7	19	5	67	1.34
27284246--27284289	18	2.4	18	96	0	79	50	9	29	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27285547--27285591	22	2.1	21	84	12	56	55	11	11	22	1.66
27285557--27285600	21	2.0	22	86	4	63	54	11	13	20	1.69
27285599--27285627	14	2.1	14	100	0	58	75	0	24	0	0.80
27288643--27288689	16	2.9	16	78	15	51	2	40	0	57	1.11
27300010--27300095	20	4.3	20	75	8	77	48	13	8	29	1.71
27309159--27309228	20	3.4	20	82	4	77	50	10	7	32	1.63
27315545--27315584	21	1.9	21	85	10	55	67	5	27	0	1.11
27315554--27315592	18	2.1	19	85	4	53	69	7	23	0	1.14
27315676--27315734	21	2.8	21	80	14	52	20	13	15	50	1.77
27321153--27321276	35	3.6	35	82	6	146	25	16	18	38	1.92
27323137--27323190	15	3.7	14	85	9	72	22	12	5	59	1.54
27323242--27323322	37	2.2	37	84	2	101	28	11	2	58	1.46
27326019--27326062	22	2.0	23	86	4	63	31	15	9	43	1.79
27375700--27375739	18	2.3	18	91	4	64	57	12	12	17	1.65
27379277--27379381	51	2.1	50	80	10	115	37	11	18	33	1.86
27379576--27379608	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
27393357--27393381	7	3.6	7	100	0	50	28	44	0	28	1.55
27395097--27395134	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
27405526--27405572	19	2.5	19	96	0	85	63	8	10	17	1.49
27411405--27411543	20	6.9	20	82	6	165	35	24	17	21	1.95
27415389--27415447	3	19.7	3	100	0	118	0	0	32	67	0.91
27415446--27415522	3	25.7	3	100	0	154	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27418958--27419030	31	2.5	29	79	14	78	17	9	4	68	1.33
27419025--27419295	147	1.9	145	92	1	461	20	14	7	57	1.60
27419339--27419405	28	2.4	28	84	2	89	25	11	1	61	1.39
27422083--27422112	16	1.9	15	93	6	51	53	6	13	26	1.64
27422865--27422962	41	2.4	41	84	3	117	23	28	25	22	1.99
27424069--27424217	44	3.4	44	84	3	194	12	48	9	29	1.73
27424133--27424204	23	3.2	23	64	28	55	11	55	4	29	1.53
27426815--27427933	18	63.3	18	64	18	261	46	2	4	46	1.36
27426978--27427055	32	2.4	34	75	16	83	44	1	2	51	1.23
27427030--27427176	48	3.0	48	95	2	267	49	0	3	46	1.23
27426756--27427914	209	5.5	215	87	8	1225	46	2	4	46	1.36
27427023--27427384	49	7.1	49	78	14	360	48	1	4	46	1.31
27426757--27427814	321	3.3	318	87	5	1323	46	2	4	46	1.37
27427508--27427585	32	2.4	34	75	16	83	44	1	2	51	1.23
27427013--27427176	22	7.2	22	68	19	88	50	0	3	46	1.21
27427553--27427911	49	7.1	49	81	11	402	47	1	4	46	1.35
27426799--27427914	530	2.1	531	96	0	2092	46	2	4	46	1.36
27427852--27428055	30	6.2	30	67	23	108	43	2	4	50	1.35
27427962--27428055	8	11.8	8	71	22	65	43	1	3	52	1.24
27433113--27433267	64	2.4	65	85	3	215	43	17	25	14	1.86
27433485--27433513	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
27439109--27439143	3	11.7	3	93	0	61	28	34	2	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27442212--27442856	325	2.0	325	96	1	1186	30	14	17	37	1.89
27458580--27458629	26	1.9	26	88	8	75	68	0	18	14	1.22
27462128--27462152	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27467529--27467606	28	2.8	28	76	0	84	42	21	19	16	1.89
27467671--27467767	29	3.4	28	83	7	108	46	25	11	16	1.80
27469018--27469060	12	3.4	12	78	9	50	18	23	2	55	1.54
27479003--27479027	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27501434--27501475	18	2.2	19	83	8	50	30	4	33	30	1.78
27510622--27510652	12	2.6	12	94	0	53	16	25	9	48	1.76
27510586--27510629	3	14.7	3	100	0	88	0	34	0	65	0.93
27511555--27511604	25	2.0	26	92	4	84	60	4	2	34	1.27
27523476--27523559	38	2.2	38	80	4	98	28	20	16	34	1.94
27530959--27531006	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
27531038--27531093	24	2.2	27	75	18	66	42	3	1	51	1.29
27531083--27531365	104	2.7	104	84	9	382	39	5	5	49	1.49
27532039--27532096	29	2.0	29	96	0	107	22	6	18	51	1.70
27532915--27532972	18	3.2	19	80	9	59	46	6	32	13	1.70
27546669--27547500	47	17.7	47	80	5	759	36	25	14	23	1.93
27551871--27551919	26	1.9	25	88	12	73	67	4	4	24	1.26
27551875--27551940	26	2.6	25	75	13	64	66	3	3	27	1.21
27553345--27553377	17	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
27556329--27556371	22	2.0	22	81	9	52	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27561287--27561354	16	4.2	16	78	14	77	25	7	1	66	1.26
27561247--27561319	25	2.9	25	72	8	67	28	9	0	61	1.27
27561271--27561347	32	2.4	33	84	6	95	27	6	1	64	1.25
27561308--27561374	17	3.9	17	75	13	66	26	8	1	62	1.33
27561325--27561407	35	2.4	34	86	6	105	28	9	0	61	1.27
27565718--27565752	15	2.3	15	90	0	52	45	8	31	14	1.75
27569466--27569521	24	2.3	24	93	0	94	5	19	5	69	1.28
27571116--27571154	10	3.9	10	87	9	53	7	15	2	74	1.15
27571116--27571154	21	1.9	20	89	5	60	7	15	2	74	1.15
27573092--27573147	24	2.3	24	93	0	94	5	19	5	69	1.28
27574742--27574780	21	1.9	21	89	5	62	12	10	0	76	1.01
27576719--27576774	24	2.3	24	90	0	85	3	19	5	71	1.21
27576719--27576774	12	4.7	12	71	8	51	3	19	5	71	1.21
27578371--27578409	20	2.0	20	90	5	62	12	12	0	74	1.08
27582621--27582734	57	2.0	57	91	0	183	30	23	18	27	1.98
27583404--27583473	25	2.7	26	84	4	97	32	27	15	24	1.95
27583404--27583484	26	3.2	26	83	3	101	33	24	16	25	1.96
27585558--27585590	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
27585785--27585940	50	3.1	50	79	8	172	36	14	12	36	1.84
27587132--27587213	26	3.0	26	75	12	76	68	6	10	14	1.38
27587174--27587241	25	2.5	26	79	13	75	66	5	16	11	1.42
27588275--27588316	21	2.0	21	81	9	50	64	0	26	9	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27589477--27589538	27	2.3	27	97	0	115	29	19	22	29	1.98
27589639--27589671	17	1.9	17	88	11	50	30	0	3	66	1.06
27589767--27589831	33	1.9	34	84	3	87	32	12	9	46	1.73
27589864--27590000	50	2.7	50	81	5	150	36	15	11	36	1.84
27595243--27595319	25	3.1	25	82	0	91	23	19	24	32	1.97
27607574--27607623	3	16.7	3	100	0	100	34	0	66	0	0.92
27609684--27609724	21	2.0	21	85	0	55	24	19	2	53	1.57
27609720--27609908	91	2.0	93	82	5	231	38	19	8	32	1.83
27609951--27610066	30	3.9	30	82	12	98	62	0	4	33	1.15
27609964--27610094	19	7.1	18	72	18	76	65	0	4	29	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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