genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  83  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27930131--27930182	27	2.0	26	88	3	77	36	7	3	51	1.49
27931479--27931667	94	2.0	94	95	0	342	25	7	8	58	1.53
27931783--27931821	18	2.2	18	90	4	62	43	5	7	43	1.55
27934960--27935154	96	2.0	96	98	0	381	39	15	20	24	1.91
27940122--27940184	27	2.3	27	86	0	81	17	30	31	20	1.96
27941367--27941394	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
27941403--27941466	27	2.4	27	78	5	76	15	21	37	25	1.93
27941553--27941609	26	2.2	25	81	6	78	56	5	22	15	1.60
27941560--27941611	26	2.0	26	92	0	86	53	3	26	15	1.59
27944757--27944829	33	2.2	33	90	0	110	32	9	35	21	1.86
27945014--27945040	6	4.5	6	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27947767--27947800	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
27950557--27950607	26	1.9	26	84	4	66	52	5	11	29	1.61
27950955--27950997	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
27962032--27962126	28	3.5	28	69	11	81	24	21	14	40	1.90
27962007--27962106	52	1.9	52	89	4	157	21	21	19	39	1.93
27962008--27962118	52	2.1	52	86	3	152	21	22	17	38	1.93
27962118--27962142	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27963493--27963547	24	2.2	24	93	3	92	27	16	7	49	1.72
27967995--27968053	29	2.0	29	96	0	109	28	8	40	22	1.83
27980689--27980721	16	2.1	16	100	0	66	12	36	6	45	1.66
27980648--27980785	74	1.9	74	90	6	226	21	26	4	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27980799--27980852	22	2.5	22	78	0	54	11	27	9	51	1.67
27986052--27986230	20	9.0	20	80	3	200	10	32	21	34	1.88
27988195--27988254	4	13.8	4	78	15	57	56	21	0	21	1.42
27988194--27988254	9	6.9	9	82	14	74	57	21	0	21	1.41
27988195--27988254	30	2.1	27	87	9	84	56	21	0	21	1.42
27988363--27988426	30	2.1	30	88	0	92	62	4	6	26	1.39
27989131--27989187	29	2.0	29	92	0	96	43	14	21	21	1.87
27989281--27989330	21	2.4	22	80	6	59	40	16	14	30	1.87
28009702--28009757	15	3.7	15	90	0	67	1	19	33	44	1.61
28009699--28009781	9	9.6	9	83	7	82	1	20	33	44	1.59
28009717--28009778	6	10.3	6	91	0	88	0	25	33	40	1.56
28009717--28009778	15	4.1	15	93	0	88	0	25	33	40	1.56
28021716--28021848	70	1.9	67	83	7	169	34	13	9	42	1.76
28022682--28022837	28	5.6	28	78	7	147	20	19	25	34	1.96
28022681--28022864	56	3.3	55	80	8	169	20	19	25	34	1.96
28022716--28022880	84	2.0	82	82	9	201	22	20	23	33	1.97
28022720--28022898	28	6.5	27	76	14	118	22	20	24	32	1.98
28022804--28022934	54	2.5	52	79	12	133	24	18	22	35	1.96
28022855--28022919	27	2.5	27	87	7	91	26	18	20	35	1.95
28035214--28035262	21	2.3	21	80	16	57	28	30	10	30	1.90
28041614--28041683	28	2.5	28	85	0	86	22	21	27	28	1.99
28041698--28041793	27	3.6	26	79	9	86	21	13	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28043748--28043820	26	2.8	26	87	2	94	39	10	19	30	1.86
28049178--28049242	24	2.7	24	90	0	94	16	29	18	35	1.93
28049103--28049248	75	2.0	74	87	4	213	21	26	14	36	1.92
28049256--28049837	50	11.3	50	81	7	522	21	24	17	37	1.94
28049315--28049408	24	3.8	24	69	8	82	18	25	19	37	1.94
28049256--28049837	106	5.6	101	80	6	519	21	24	17	37	1.94
28049422--28049507	24	3.5	24	67	6	73	19	31	17	31	1.95
28049201--28049837	156	4.0	156	83	5	703	21	24	17	37	1.94
28049578--28049668	24	3.7	24	72	8	85	17	28	20	32	1.96
28055519--28055559	20	2.0	20	85	0	55	41	9	2	46	1.50
28059604--28059655	26	2.0	26	88	0	77	36	21	11	30	1.89
28064938--28064977	17	2.4	17	87	8	55	55	17	15	12	1.70
28083812--28083839	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28084278--28084321	19	2.2	20	84	4	54	75	20	0	4	0.98
28100052--28100091	21	1.9	21	100	0	80	30	30	10	30	1.90
28117314--28117371	26	2.3	26	90	3	91	18	24	1	55	1.52
28148352--28148440	43	2.1	43	93	0	151	39	14	3	42	1.62
28148429--28148486	23	2.5	23	100	0	116	41	22	10	25	1.85
28150201--28150257	19	3.0	19	81	0	60	42	26	5	26	1.76
28158319--28158356	15	2.5	16	79	12	53	71	7	13	7	1.31
28160336--28164831	216	20.9	216	82	5	5073	27	17	13	40	1.88
28161586--28161634	24	2.0	24	96	0	89	22	28	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28161610--28164831	424	7.5	425	83	4	3912	27	17	14	40	1.88
28187049--28187090	19	2.2	19	87	8	59	80	0	7	11	0.88
28196762--28196905	37	4.1	37	77	12	140	14	18	30	36	1.91
28196809--28196909	37	2.7	37	89	0	148	13	17	29	38	1.89
28197146--28197292	75	2.0	75	97	0	276	23	12	23	40	1.89
28198340--28198387	24	2.0	24	100	0	96	45	20	25	8	1.79
28203853--28203990	37	3.7	37	82	1	152	15	18	30	36	1.91
28211158--28211213	16	3.6	15	75	15	51	60	0	0	39	0.97
28211150--28211208	30	1.9	31	86	6	84	62	0	0	37	0.95
28212995--28213020	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
28214436--28214486	15	3.5	15	74	15	61	37	9	0	52	1.34
28218316--28218355	6	6.7	6	91	0	53	15	2	10	72	1.21
28219125--28219319	106	1.8	106	83	8	263	30	12	25	31	1.93
28225304--28225348	21	2.1	21	83	0	54	24	31	26	17	1.97
28225313--28225362	21	2.4	21	86	0	64	34	32	18	16	1.92
28225359--28225411	21	2.5	21	84	0	79	28	30	18	22	1.98
28229373--28229407	17	2.1	17	94	0	61	48	14	20	17	1.81
28229373--28229427	17	3.2	17	78	0	56	47	9	20	23	1.78
28238441--28238495	26	2.1	26	82	0	65	29	20	21	29	1.98
28240646--28240687	18	2.4	19	88	11	63	47	11	0	40	1.40
28241492--28241537	16	2.9	16	87	9	60	69	4	6	19	1.28
28245541--28245666	48	2.6	48	94	0	216	24	10	15	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28247747--28247817	20	3.4	21	72	16	58	66	1	25	7	1.25
28249283--28249345	31	2.0	31	84	9	83	25	11	15	47	1.79
28249411--28249552	48	2.9	48	90	1	203	24	8	14	52	1.68
28253572--28253866	147	2.0	149	89	2	452	42	11	4	41	1.60
28254385--28254419	15	2.3	15	100	0	70	28	22	22	25	1.99
28255110--28255150	20	2.0	20	85	4	55	46	7	0	46	1.30
28255066--28255360	146	2.0	150	88	4	447	42	11	4	41	1.60
28255763--28255794	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
28256375--28256409	4	8.8	4	87	0	52	45	0	31	22	1.53
28257813--28257887	37	2.0	37	97	0	141	36	17	21	25	1.95
28263198--28263243	18	2.6	18	100	0	92	36	10	17	34	1.85
28265758--28265878	58	2.1	58	98	0	233	31	14	19	34	1.92
28269734--28269760	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28282193--28282277	37	2.3	37	83	4	109	16	16	27	40	1.90
28297176--28297223	13	3.7	13	85	0	60	20	22	2	54	1.55
28314543--28314571	10	2.9	10	100	0	58	51	17	0	31	1.45
28335778--28335812	12	2.9	12	95	0	61	0	20	0	80	0.72
28335778--28335812	18	1.9	18	94	0	61	0	20	0	80	0.72
28336408--28336460	19	2.8	19	91	2	90	66	7	11	15	1.44
28349239--28349288	20	2.3	20	83	10	64	56	12	6	26	1.58
28350167--28350208	16	2.6	16	88	7	59	69	4	7	19	1.31
28353743--28353784	22	2.0	22	85	4	59	35	16	9	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28355464--28355602	69	2.0	69	91	0	224	25	7	18	48	1.74
28356591--28356701	21	5.3	21	85	0	123	27	22	36	13	1.92
28359450--28359644	52	3.8	52	90	0	309	26	14	23	34	1.94
28360546--28360596	21	2.4	21	83	6	68	29	15	27	27	1.96
28365874--28365903	13	2.2	14	94	5	53	76	3	6	13	1.11
28386706--28386763	26	2.2	26	78	0	62	31	17	18	32	1.94
28388337--28388383	18	2.7	18	86	3	60	19	34	17	29	1.94
28394279--28394321	20	2.2	20	100	0	86	32	16	20	30	1.95
28396770--28396826	26	2.2	26	83	0	69	29	19	19	31	1.96
28434205--28434247	22	2.0	22	86	9	61	32	0	13	53	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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