genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  69  of  135  ( 16099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873097--22873621	264	2.0	258	94	2	924	22	29	11	36	1.89
22879328--22879352	11	2.3	11	100	0	50	52	8	16	24	1.70
22881027--22881094	26	2.6	25	81	4	73	23	16	26	33	1.95
22884128--22884164	17	2.1	17	90	5	56	16	18	16	48	1.81
22893364--22893403	21	1.9	21	89	0	62	42	27	10	20	1.83
22898595--22898631	17	2.1	17	90	5	56	16	18	16	48	1.81
22907410--22907443	14	2.6	14	90	9	54	35	20	8	35	1.84
22913446--22913484	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
22919886--22920483	297	2.0	297	98	0	1151	26	21	15	36	1.93
22922129--22922158	15	2.1	14	93	6	51	0	36	0	63	0.95
22930796--22930846	20	2.5	20	90	0	84	49	11	17	21	1.79
22947253--22947357	25	4.2	25	83	1	111	27	21	21	28	1.99
22952300--22952377	36	2.2	36	85	0	102	37	26	10	25	1.88
22958983--22959015	12	2.8	12	86	4	50	0	36	0	63	0.95
22958992--22959026	15	2.3	15	90	9	54	0	31	2	65	1.07
22966753--22966777	7	3.6	7	100	0	50	16	0	44	40	1.47
22988684--22988715	11	3.1	11	86	13	50	84	0	15	0	0.63
22988700--22988777	7	11.6	7	90	6	117	74	0	25	0	0.82
22988684--22988791	7	17.7	6	79	12	82	75	0	25	0	0.81
22996645--22996684	21	1.9	21	85	10	55	57	5	35	2	1.34
22997118--22997172	17	3.2	17	73	0	56	23	21	9	45	1.80
22998702--22999289	45	13.3	45	79	5	456	30	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22998702--22999396	90	7.9	89	77	8	423	30	23	18	27	1.97
22998728--22999185	134	3.4	134	79	6	439	31	23	18	26	1.97
22998702--22999124	224	1.9	222	83	3	546	31	22	18	27	1.97
22999105--22999384	43	6.5	43	76	10	184	30	25	16	28	1.96
22999141--22999389	86	2.9	85	83	7	308	29	24	16	28	1.97
22999140--22999383	129	1.9	129	84	5	332	29	25	15	29	1.96
23009184--23009223	21	1.9	21	85	10	55	55	7	35	2	1.42
23009665--23009719	17	3.2	17	75	10	58	23	21	9	45	1.80
23011250--23011296	17	2.8	17	86	0	67	17	21	8	53	1.70
23011284--23011330	17	2.8	17	80	0	58	25	21	6	46	1.74
23011698--23011793	39	2.5	39	91	0	156	33	17	27	21	1.96
23017665--23017772	12	9.3	12	71	8	71	68	18	3	9	1.32
23017721--23017792	24	3.0	24	81	2	83	68	20	5	5	1.31
23017693--23017772	21	3.7	20	71	19	54	70	17	3	8	1.29
23017664--23017780	56	2.1	56	85	3	155	68	18	4	8	1.33
23017835--23017875	20	2.0	20	85	9	55	70	17	7	4	1.28
23018302--23018370	34	2.1	34	89	5	106	47	18	7	26	1.74
23018461--23018491	15	2.1	15	93	0	53	22	0	0	77	0.77
23018442--23018497	23	2.3	23	81	6	67	28	1	0	69	0.98
23018461--23018513	17	3.2	16	82	12	63	24	0	1	73	0.93
23018446--23018527	19	4.4	18	72	17	53	26	2	1	69	1.08
23018800--23018831	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23018831--23018858	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
23023242--23023360	29	4.1	29	79	4	134	38	22	12	26	1.90
23023497--23023624	54	2.4	54	86	0	175	24	23	13	39	1.90
23028802--23028833	16	1.9	16	93	6	55	62	0	12	25	1.30
23029643--23029696	26	2.1	26	85	0	72	35	24	14	25	1.94
23029686--23029771	38	2.3	38	75	13	88	41	13	16	27	1.86
23029805--23029912	37	2.9	37	90	2	155	22	17	30	29	1.97
23031107--23031265	27	5.9	27	77	5	133	31	18	17	32	1.94
23031104--23031243	55	2.6	55	83	3	158	34	16	16	32	1.91
23031246--23031282	18	2.1	18	100	0	74	18	32	21	27	1.97
23035900--23035945	18	2.6	18	86	3	58	36	6	13	43	1.69
23038333--23038779	194	2.3	194	87	0	687	29	18	26	25	1.98
23039538--23039593	21	2.7	21	75	5	60	26	8	26	37	1.86
23042896--23042924	15	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
23044135--23044180	18	2.6	18	89	0	65	41	6	10	41	1.66
23044140--23044181	18	2.3	18	91	0	66	45	7	11	35	1.69
23044897--23044943	22	2.1	23	84	7	62	34	2	0	63	1.06
23054613--23054699	27	3.2	27	88	0	102	28	14	18	37	1.91
23054631--23054806	50	3.4	50	83	10	187	26	15	22	35	1.94
23054651--23054811	25	6.3	25	82	5	164	24	18	22	34	1.96
23055506--23055582	21	3.7	21	80	3	84	28	12	25	32	1.93
23056067--23056124	28	2.0	28	86	3	80	39	5	17	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23056362--23056410	18	2.7	18	93	0	80	20	20	24	34	1.96
23057888--23057994	37	2.9	37	87	1	142	24	18	28	28	1.98
23058658--23058775	58	2.0	58	90	0	182	24	25	16	33	1.95
23061181--23061623	220	2.0	220	95	0	805	37	17	20	24	1.94
23062393--23062437	19	2.4	19	81	7	56	37	0	6	55	1.26
23063241--23063270	16	1.9	16	93	6	53	13	13	3	70	1.30
23063236--23063296	22	2.8	22	85	7	72	13	11	3	72	1.24
23068858--23068904	8	5.6	8	80	9	58	14	4	0	80	0.85
23070539--23070593	26	2.1	26	86	0	74	29	21	20	29	1.98
23070661--23070783	37	3.3	35	77	7	111	21	16	31	30	1.95
23070674--23070783	37	2.9	37	83	1	139	20	16	32	30	1.95
23071245--23071302	21	2.7	23	74	15	61	27	13	22	36	1.92
23073878--23073910	15	2.2	15	94	0	57	33	0	0	66	0.92
23074299--23074340	21	1.9	21	85	9	57	54	0	14	30	1.40
23074603--23074661	23	2.7	22	82	7	75	5	5	20	69	1.27
23074603--23074672	23	3.1	22	73	15	63	5	4	18	71	1.23
23074702--23074756	12	4.6	12	82	8	67	9	5	16	69	1.34
23074696--23074804	24	4.7	23	72	11	89	10	6	18	65	1.44
23074782--23074806	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
23074717--23074820	44	2.4	44	80	6	104	10	4	18	66	1.39
23080608--23080662	27	2.0	27	100	0	110	25	18	9	47	1.78
23081332--23081358	13	2.1	13	100	0	54	48	29	7	14	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23083811--23083847	17	2.2	17	90	9	58	45	2	0	51	1.15
23087026--23087087	29	2.1	29	88	11	90	38	0	3	58	1.15
23087068--23087119	20	2.7	20	74	14	54	44	0	0	55	0.99
23088205--23088249	20	2.2	20	88	7	65	46	13	4	35	1.63
23088323--23088364	22	1.9	22	85	0	57	50	4	4	40	1.45
23089136--23089391	30	8.6	30	85	6	306	35	23	1	39	1.66
23092804--23092854	24	2.1	24	100	0	102	29	21	19	29	1.98
23096905--23096965	22	2.8	21	82	7	61	16	11	1	70	1.24
23100136--23100964	78	10.6	78	77	6	551	24	30	18	26	1.98
23100601--23100890	117	2.5	117	81	4	282	24	31	18	26	1.97
23100434--23101061	195	3.2	192	83	4	672	24	31	18	25	1.98
23100643--23100927	117	2.4	117	82	0	282	22	29	19	27	1.98
23100136--23101059	78	11.8	76	76	7	272	24	30	18	25	1.98
23100523--23101059	39	13.8	39	70	4	168	24	30	18	25	1.98
23102152--23102196	10	4.5	10	81	10	56	46	11	6	35	1.66
23102356--23102416	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
23102482--23102525	22	2.0	23	90	4	72	68	4	2	25	1.20
23106586--23106624	4	9.8	4	94	0	69	23	2	23	51	1.61
23112172--23112239	24	2.8	23	78	12	66	26	25	22	26	2.00
23113308--23113348	16	2.3	18	80	20	50	24	7	4	63	1.40
23114506--23114563	25	2.2	26	76	17	66	36	24	3	36	1.72
23116796--23117017	82	2.7	81	88	3	324	34	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23122585--23123211	312	2.0	312	94	0	1092	24	19	19	36	1.94
23130647--23130759	28	4.0	28	79	13	99	35	23	17	23	1.95
23130705--23130995	28	10.4	29	72	7	208	34	23	19	21	1.97
23130705--23130990	56	5.1	56	86	0	367	33	24	19	22	1.97
23130930--23131017	28	3.1	28	79	9	74	32	22	20	23	1.98
23146007--23146045	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
23153733--23153768	14	2.4	15	90	9	56	8	16	0	75	1.04
23158975--23159011	15	2.5	15	91	8	58	10	21	13	54	1.69
23159033--23159288	90	2.9	89	85	2	300	30	21	13	35	1.92
23159034--23159288	45	5.7	44	80	9	241	30	21	12	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135