genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  65  of  135  ( 16099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21698502--21698526	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
21702552--21702674	37	3.3	37	82	7	151	29	30	17	23	1.97
21702570--21702685	37	3.1	37	87	2	171	29	31	16	22	1.96
21707124--21707207	37	2.3	37	85	2	107	29	30	17	21	1.96
21707315--21707368	26	2.1	26	89	0	81	24	20	25	29	1.99
21724873--21724921	17	2.9	17	81	0	53	46	12	22	18	1.82
21727079--21727109	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
21727560--21727599	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
21727928--21727985	26	2.3	26	90	3	91	25	25	18	29	1.98
21736848--21736877	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
21741980--21742081	37	2.8	37	87	3	143	34	30	11	23	1.91
21742110--21742183	38	2.0	38	83	2	96	35	24	9	31	1.87
21743661--21743736	40	1.9	40	83	5	100	26	13	28	31	1.93
21754139--21754172	15	2.2	16	89	5	52	70	11	8	8	1.34
21762362--21762418	21	2.6	20	75	21	60	19	10	28	42	1.84
21774743--21774981	75	3.2	75	67	15	193	39	20	18	21	1.92
21774898--21775260	160	2.3	160	84	1	469	39	18	19	23	1.93
21775143--21775299	85	1.8	85	84	2	217	37	15	22	24	1.93
21775058--21775588	207	2.6	207	83	3	658	38	18	19	23	1.93
21775340--21775496	85	1.8	85	85	5	219	37	15	21	25	1.93
21775425--21775516	48	1.9	47	82	8	114	41	14	20	23	1.89
21774742--21776308	367	4.3	363	71	14	1075	38	17	20	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21775058--21775656	207	2.9	207	82	4	566	38	18	19	23	1.94
21775480--21775994	160	3.2	160	82	2	579	38	17	21	23	1.93
21776122--21776193	37	1.9	37	94	0	126	34	18	22	25	1.96
21775793--21776516	208	3.5	207	86	3	891	38	16	20	24	1.92
21774898--21776391	735	2.0	735	84	2	1980	38	17	20	23	1.93
21776284--21776611	85	4.0	84	71	11	257	38	15	20	24	1.92
21776336--21776675	160	2.1	161	87	0	484	39	17	20	22	1.92
21775793--21776616	416	2.0	409	80	5	940	38	16	20	24	1.92
21776525--21776617	48	1.9	48	86	0	132	38	16	20	24	1.92
21778792--21778930	30	4.6	30	78	7	156	34	24	4	36	1.75
21778792--21778930	60	2.3	60	85	7	185	34	24	4	36	1.75
21778896--21779232	170	2.0	171	94	2	590	26	19	5	48	1.71
21784140--21784191	18	2.9	18	91	0	86	40	11	9	38	1.74
21785619--21785644	7	3.7	7	100	0	52	76	11	11	0	1.01
21799685--21799709	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
21801309--21801588	43	6.6	43	85	3	334	29	25	10	35	1.88
21801351--21801588	127	1.9	129	91	1	399	28	25	10	35	1.89
21803925--21803965	15	2.7	15	88	0	64	24	14	26	34	1.94
21814058--21814321	132	2.0	129	96	2	485	31	8	13	46	1.73
21819689--21819744	28	2.0	28	100	0	112	35	3	35	25	1.73
21827594--21827662	29	2.3	29	85	5	84	49	13	11	26	1.75
21834574--21834605	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21847427--21847469	18	2.3	18	88	4	59	13	16	11	58	1.64
21848052--21848086	15	2.3	15	86	13	54	82	0	17	0	0.66
21861576--21861609	18	1.9	18	88	5	52	23	14	5	55	1.61
21869690--21869723	11	3.0	11	86	4	50	76	5	8	8	1.15
21890957--21891024	21	3.2	21	72	12	59	27	25	16	30	1.96
21894449--21894683	52	4.5	52	86	0	317	25	14	23	37	1.92
21908548--21908815	134	2.0	134	100	0	536	26	26	11	35	1.90
21931190--21931227	19	1.9	19	89	5	58	84	0	15	0	0.63
21958350--21958379	13	2.2	14	94	5	53	3	30	0	66	1.07
21984766--21984803	18	2.2	18	85	4	51	15	31	5	47	1.68
21989110--21989160	19	2.7	20	81	9	61	56	3	3	35	1.36
21993627--21993702	40	1.9	40	83	0	98	28	17	22	31	1.96
21994260--21994298	21	1.9	21	89	5	62	69	5	7	17	1.32
22005187--22005223	16	2.3	16	90	9	58	67	8	18	5	1.36
22005912--22005960	24	2.0	26	84	15	68	77	0	18	4	0.92
22010148--22010182	11	3.2	11	91	0	52	34	5	34	25	1.80
22010966--22011039	28	2.6	28	84	0	94	18	12	21	47	1.81
22015272--22015375	28	3.8	28	84	3	131	28	28	17	25	1.97
22022059--22022114	15	3.4	16	85	9	78	44	3	0	51	1.18
22025383--22025458	30	2.6	29	85	10	93	50	13	0	36	1.42
22025391--22025458	30	2.3	30	89	5	111	48	13	0	38	1.42
22038239--22038371	58	2.3	59	80	6	144	37	2	24	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038297--22038463	59	2.8	59	88	0	235	37	2	28	31	1.72
22038263--22038468	89	2.3	88	81	4	254	36	2	28	32	1.72
22038263--22038465	30	6.9	30	87	2	241	37	2	28	31	1.72
22038321--22038488	89	1.9	89	85	2	230	36	2	27	32	1.72
22039931--22039977	18	2.7	17	83	9	51	8	10	27	53	1.64
22039931--22039986	17	3.4	16	76	13	51	10	8	32	48	1.69
22049024--22049062	18	2.3	17	86	8	53	17	15	10	56	1.66
22049662--22049695	18	1.9	18	88	5	52	76	0	23	0	0.79
22067244--22067308	30	2.2	30	94	0	112	24	3	15	56	1.53
22067894--22067997	40	2.6	39	86	4	136	42	14	18	25	1.88
22068517--22068549	13	2.5	13	85	14	50	69	0	6	24	1.10
22069217--22069394	83	2.1	84	90	1	277	32	17	24	25	1.97
22069255--22069413	41	3.9	41	73	9	144	32	20	22	25	1.98
22070915--22071118	54	3.7	54	81	5	205	31	15	18	33	1.93
22072856--22072899	20	2.2	20	80	4	54	18	9	6	65	1.42
22072970--22073038	36	1.9	36	85	8	97	34	5	4	55	1.44
22074161--22074245	17	5.2	17	74	17	74	28	5	4	61	1.40
22074144--22074222	29	2.7	29	88	2	113	26	5	5	63	1.36
22074191--22074271	17	4.9	17	74	21	75	25	8	4	60	1.46
22074213--22074281	30	2.3	30	97	2	131	27	8	2	60	1.40
22074144--22074290	76	2.0	74	85	6	199	26	6	4	62	1.38
22075093--22075439	60	5.9	60	79	7	354	38	14	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22075256--22075360	53	2.0	53	90	3	167	34	17	17	31	1.93
22075424--22075453	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
22075485--22075690	54	3.8	53	75	7	164	34	18	15	31	1.92
22075438--22075722	55	5.2	54	78	8	231	33	17	15	32	1.92
22075445--22075722	110	2.6	107	82	7	296	33	17	16	32	1.93
22078105--22078192	8	10.5	8	68	13	52	45	2	0	52	1.13
22078088--22078195	16	7.2	15	70	21	75	49	1	0	49	1.11
22078122--22078232	42	2.7	42	84	8	140	50	4	0	45	1.22
22078083--22078240	56	2.7	59	72	16	161	48	5	0	46	1.24
22078141--22078255	48	2.6	44	84	8	135	52	6	0	40	1.28
22084573--22084620	19	2.5	19	100	0	96	27	22	18	31	1.97
22094581--22094684	27	3.8	27	89	1	154	23	16	25	34	1.95
22094666--22094735	24	2.9	24	93	4	115	24	22	25	27	2.00
22096721--22096754	14	2.3	15	85	5	52	50	20	8	20	1.75
22098169--22098385	29	7.4	28	72	14	136	35	25	2	35	1.71
22098277--22098368	28	3.2	28	82	13	107	38	26	1	34	1.64
22103592--22103659	20	3.4	19	78	17	75	80	0	8	10	0.89
22103596--22103659	30	2.1	31	80	8	78	81	0	7	10	0.88
22104706--22104845	49	2.9	49	80	0	163	35	16	29	19	1.93
22105177--22105440	39	6.6	39	73	8	181	28	26	14	29	1.95
22105174--22105500	39	7.9	44	70	15	175	28	26	15	28	1.96
22105216--22105479	123	2.1	123	96	0	492	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22105485--22105535	25	2.0	25	85	7	68	37	23	27	11	1.90
22105586--22105701	41	2.8	42	79	10	141	34	16	17	31	1.92
22105703--22105803	46	2.2	46	83	0	121	33	25	18	21	1.97
22105952--22106043	48	1.9	48	84	0	121	34	16	23	25	1.95
22106073--22106197	48	2.6	49	87	1	171	35	13	25	25	1.93
22106076--22106197	49	2.5	48	86	1	163	36	13	25	24	1.93
22105949--22106324	173	2.2	172	91	0	617	34	17	24	23	1.96
22106297--22106646	162	2.2	162	88	2	524	35	16	22	26	1.94
22108400--22108834	30	14.6	29	81	8	394	34	25	2	37	1.68
22108400--22108831	60	7.2	59	80	9	439	34	25	1	37	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135