genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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This is table  66  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22113258--22113355	49	2.0	49	95	0	178	34	15	21	28	1.94
22116354--22116405	26	2.0	26	88	3	79	28	7	7	55	1.56
22116346--22116503	60	2.7	58	81	3	165	27	14	9	48	1.74
22120578--22120632	21	2.6	21	88	0	83	32	23	16	27	1.96
22121280--22121369	40	2.3	40	96	1	164	25	23	8	42	1.83
22121346--22121446	41	2.5	40	80	4	114	17	27	12	41	1.86
22130583--22130649	29	2.4	28	87	5	91	8	16	19	55	1.67
22132480--22132580	42	2.4	42	93	0	175	43	2	6	46	1.45
22146046--22146076	3	10.3	3	92	0	53	67	0	32	0	0.91
22148512--22148577	24	2.7	24	97	2	123	13	6	13	66	1.42
22149820--22149862	21	2.0	21	95	0	77	41	13	16	27	1.86
22157403--22157458	9	6.3	9	75	2	51	73	7	1	17	1.15
22157502--22157564	29	2.2	29	82	0	72	52	1	7	38	1.40
22158327--22158367	9	4.8	9	76	11	50	31	2	0	65	1.05
22158279--22158350	34	2.1	35	82	7	85	45	2	1	50	1.25
22158325--22158388	17	3.7	16	75	17	56	28	4	1	65	1.21
22158347--22158399	18	2.9	18	81	10	63	24	5	3	66	1.31
22160074--22160118	15	2.9	16	78	18	51	51	4	6	37	1.49
22164049--22164084	18	1.9	18	88	5	54	22	27	0	50	1.50
22171591--22171629	21	1.9	20	89	5	60	41	2	2	53	1.28
22174346--22174556	30	7.2	29	76	8	160	34	24	3	37	1.72
22174408--22174556	59	2.5	58	76	7	147	35	23	2	38	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22180808--22180935	49	2.6	49	74	6	125	34	16	33	15	1.90
22181236--22181603	41	8.8	41	82	6	407	31	18	17	31	1.95
22181396--22181576	90	2.0	89	93	1	308	29	18	17	34	1.94
22182861--22182895	11	3.3	10	88	11	52	65	2	2	28	1.21
22183778--22183977	59	3.4	60	80	6	205	34	24	2	39	1.69
22183747--22183978	30	7.8	29	78	11	184	33	23	3	39	1.72
22183747--22183978	59	3.9	59	79	6	202	33	23	3	39	1.72
22188157--22188238	26	3.1	27	71	16	73	32	26	17	23	1.96
22188483--22188518	19	2.0	19	89	10	58	36	8	11	44	1.70
22190643--22190667	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
22191015--22191110	49	2.0	49	83	4	122	46	8	14	30	1.74
22193097--22193135	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
22198066--22198130	31	2.1	31	88	5	96	44	4	4	46	1.44
22200028--22200053	4	6.5	4	100	0	52	53	23	0	23	1.46
22201105--22201152	16	2.9	16	84	3	60	27	0	18	54	1.44
22203307--22203336	15	1.9	16	93	6	53	56	3	6	33	1.42
22206229--22206276	17	2.8	17	83	0	60	35	2	2	60	1.20
22206785--22206812	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22207488--22207870	30	13.0	29	75	13	191	33	25	2	37	1.71
22207479--22207852	59	6.3	59	72	13	223	34	25	2	37	1.71
22207620--22207867	89	2.8	89	79	10	249	33	27	3	35	1.73
22207703--22207905	59	3.5	58	72	14	143	32	26	3	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216844--22217182	39	8.7	39	74	8	215	25	31	17	24	1.97
22216824--22217096	78	3.5	77	80	4	300	25	31	19	23	1.98
22216961--22217262	117	2.6	115	77	4	298	24	27	20	27	1.99
22217078--22217221	78	1.8	78	82	5	184	25	27	18	27	1.98
22216961--22217260	39	7.7	39	74	7	151	24	27	20	28	1.99
22217804--22217854	17	3.0	17	88	0	75	37	1	1	58	1.20
22219026--22219507	30	16.4	29	72	14	208	35	24	3	36	1.73
22219003--22219120	60	2.0	60	81	6	141	35	22	4	37	1.74
22219068--22219507	59	7.5	58	72	14	235	35	24	3	36	1.73
22219008--22219194	90	2.1	91	95	2	342	36	22	4	36	1.74
22219254--22219478	58	3.9	57	73	9	154	33	25	4	36	1.76
22219003--22219506	119	4.3	117	74	11	302	34	24	3	36	1.74
22219307--22219521	87	2.5	87	81	6	240	34	24	5	35	1.78
22219629--22219680	14	3.5	15	82	10	63	21	7	5	65	1.40
22221190--22221224	16	2.2	16	89	0	52	51	14	5	28	1.65
22228156--22228197	16	2.7	15	82	17	50	69	0	2	28	1.01
22235242--22235337	43	2.2	43	94	0	165	22	13	29	34	1.93
22239150--22239210	9	7.0	9	78	14	65	24	4	18	52	1.65
22239174--22239203	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
22239165--22239210	24	1.9	24	86	0	65	28	4	15	52	1.61
22239528--22239566	18	2.2	18	86	9	53	15	28	0	56	1.40
22241373--22241799	30	14.5	29	76	7	276	37	25	1	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22241374--22241698	89	3.7	87	77	6	298	36	26	1	35	1.65
22241761--22241828	29	2.3	29	82	12	77	36	22	4	36	1.74
22250519--22250544	13	2.0	13	100	0	52	46	23	30	0	1.53
22253886--22254297	78	5.3	78	81	2	425	25	32	18	23	1.97
22253965--22254297	39	8.6	39	77	3	287	25	33	18	22	1.97
22253886--22254300	156	2.7	155	85	2	535	25	32	19	23	1.97
22253949--22254319	39	9.5	40	72	4	240	25	33	18	22	1.97
22256287--22256683	30	13.4	30	73	10	259	37	23	2	37	1.67
22256287--22256683	59	6.7	58	74	11	251	37	23	2	37	1.67
22256660--22256732	29	2.5	29	81	14	80	36	21	5	35	1.77
22257024--22257628	318	1.9	317	81	9	721	32	18	15	33	1.93
22262355--22262402	25	1.9	25	86	0	69	58	0	2	39	1.10
22262351--22262399	13	3.8	13	78	5	55	57	0	2	40	1.10
22264289--22264327	20	2.0	20	89	0	60	28	2	5	64	1.28
22264779--22264812	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
22270132--22270257	67	1.9	66	88	1	189	41	15	15	28	1.87
22302273--22302299	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
22306032--22306128	46	2.1	46	82	3	115	42	26	11	19	1.85
22306061--22306128	23	3.0	23	84	0	100	39	26	13	20	1.89
22318020--22318044	12	2.1	12	100	0	50	64	0	24	12	1.27
22318084--22318122	19	2.1	18	85	4	51	76	0	20	2	0.90
22319892--22319949	29	2.0	29	89	0	89	36	10	32	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22319921--22320084	50	3.3	50	90	1	240	38	17	22	21	1.93
22320214--22320664	100	4.5	101	70	13	261	36	19	18	26	1.94
22320313--22320582	50	5.4	50	66	15	146	35	19	18	25	1.95
22320187--22320676	199	2.5	198	86	2	669	36	19	18	25	1.94
22320308--22320663	99	3.6	99	72	11	307	36	19	17	26	1.94
22324760--22325109	176	2.0	176	96	0	646	28	18	16	37	1.92
22326323--22326381	18	3.3	18	80	17	70	79	0	20	0	0.73
22326323--22326379	6	9.8	6	78	14	57	80	0	19	0	0.71
22326324--22326378	29	1.9	28	85	10	76	80	0	20	0	0.72
22327157--22327367	98	2.2	98	84	3	273	34	16	28	20	1.94
22327193--22327363	49	3.5	48	76	9	159	32	18	29	19	1.95
22327185--22327394	98	2.1	98	82	1	251	33	20	26	19	1.96
22327665--22327743	40	2.0	40	92	0	131	36	20	13	29	1.91
22327761--22328883	40	28.5	40	77	7	1023	32	25	17	24	1.97
22327766--22328883	79	14.2	79	84	4	1077	32	25	17	24	1.97
22332464--22332590	31	4.2	31	68	15	95	46	13	15	24	1.82
22332464--22332632	90	1.9	89	84	6	225	49	12	15	23	1.78
22345144--22345304	31	5.4	30	74	15	122	45	10	16	26	1.80
22345113--22345304	59	3.2	58	87	5	242	46	10	16	26	1.79
22346075--22346105	16	1.9	16	100	0	62	38	6	9	45	1.63
22346954--22346983	15	2.0	15	100	0	60	53	13	6	26	1.64
22347910--22347945	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22351643--22352255	204	3.0	203	91	2	962	35	11	19	34	1.88
22352705--22352782	38	2.1	38	85	0	102	37	20	20	21	1.95
22352705--22352782	19	4.1	19	81	0	84	37	20	20	21	1.95
22352788--22352824	19	1.9	19	100	0	74	27	16	32	24	1.96
22353268--22353306	11	3.5	11	82	6	51	79	5	0	15	0.90
22354683--22354720	10	3.9	10	79	6	51	36	2	0	60	1.11
22354779--22354835	26	2.2	26	81	6	62	26	7	5	61	1.43
22366406--22366873	93	5.1	93	85	3	547	32	18	24	24	1.97
22366395--22366859	181	2.5	183	86	2	632	33	18	24	24	1.97
22367884--22368183	57	5.2	57	74	9	227	28	20	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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