genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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This is table  58  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19954149--19954174	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
19954152--19954207	18	3.3	17	76	13	53	69	1	1	26	1.08
19954281--19954325	20	2.2	21	84	4	56	75	6	2	15	1.11
19954453--19954491	5	7.6	5	88	5	60	76	2	0	20	0.90
19954597--19954656	31	1.9	31	89	0	93	68	3	8	20	1.30
19956090--19956727	100	6.2	101	79	7	606	25	18	18	38	1.93
19956370--19956398	14	2.1	14	100	0	58	27	6	6	58	1.50
19956270--19956495	114	2.0	114	83	3	285	27	18	14	39	1.90
19956170--19956594	214	2.0	214	82	1	521	25	19	17	38	1.93
19956087--19956694	314	1.9	316	85	3	830	25	18	17	38	1.93
19957314--19957359	20	2.3	20	84	0	56	50	4	17	28	1.65
19957664--19957787	6	20.7	6	85	12	118	0	18	0	81	0.69
19957663--19957781	5	23.6	5	85	12	124	0	19	0	80	0.71
19957664--19957786	42	2.9	42	91	7	189	0	18	0	81	0.70
19957664--19957769	1	106.0	1	65	0	50	0	16	0	83	0.66
19959007--19959186	75	2.5	70	78	9	195	11	17	12	58	1.63
19959007--19959203	67	2.8	67	77	9	196	12	16	11	59	1.60
19959062--19959222	67	2.4	64	78	10	160	11	14	9	63	1.52
19963624--19963653	6	4.8	6	92	8	51	80	0	0	20	0.72
19963798--19963864	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
19963880--19964078	86	2.3	87	97	1	373	69	8	4	18	1.30
19963934--19963986	24	2.2	25	86	3	72	75	7	1	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19964231--19964276	5	8.8	5	86	9	65	76	2	2	19	1.00
19964231--19964276	16	2.9	15	84	9	65	76	2	2	19	1.00
19964229--19964278	11	4.6	11	78	12	59	74	2	2	22	1.03
19968613--19968639	14	1.9	14	100	0	54	0	33	7	59	1.25
19974447--19974502	26	2.2	26	87	9	80	42	10	10	35	1.74
19974834--19974870	19	1.9	19	88	0	56	16	0	5	78	0.93
19974698--19974877	99	1.8	99	85	12	257	21	5	7	65	1.38
19975010--19975071	31	2.1	29	84	6	79	30	9	17	41	1.82
19975276--19975342	31	2.2	30	86	5	91	44	11	8	34	1.73
19978457--19979208	375	2.0	375	100	0	1504	40	14	26	19	1.89
19980663--19980718	21	2.5	24	85	8	73	41	30	5	23	1.76
19981241--19981512	102	2.7	102	92	1	429	34	25	15	24	1.95
19981241--19981582	52	6.7	52	75	6	293	33	24	14	26	1.95
19988564--19988852	52	5.5	52	77	1	283	32	23	14	29	1.95
19992026--19992074	11	4.5	11	80	19	66	81	0	16	2	0.78
19992034--19992077	9	4.6	9	78	15	52	79	0	18	2	0.83
19992031--19992081	17	2.8	19	76	11	61	78	0	19	1	0.85
19992029--19992080	21	2.6	19	82	14	61	80	0	17	1	0.80
19993099--19993588	49	10.0	49	72	10	250	44	18	19	17	1.87
19993101--19993583	98	4.9	98	75	5	388	44	19	19	16	1.87
19993099--19993535	147	3.0	143	76	8	423	44	18	19	17	1.87
19993444--19993605	49	3.3	48	75	11	141	45	20	17	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19994210--19994259	23	2.1	24	85	10	68	54	10	2	34	1.45
19994444--19994487	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
19994598--19994698	11	9.2	11	69	20	50	19	4	3	71	1.21
19994599--19994651	15	3.6	14	80	12	61	16	1	3	77	1.01
19995219--19995244	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
20000497--20000545	25	2.0	25	83	0	62	30	24	4	40	1.74
20002649--20002691	21	2.0	21	90	0	68	39	11	11	37	1.78
20011639--20012669	517	2.0	517	99	0	2017	35	20	9	34	1.85
20014781--20014836	20	2.8	20	78	13	62	53	0	0	46	1.00
20015807--20015854	16	3.0	16	80	16	55	45	0	0	54	0.99
20026019--20026102	43	2.0	43	80	4	98	52	17	17	11	1.74
20037069--20037128	33	1.9	33	86	10	90	58	3	31	6	1.40
20038215--20038259	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
20041636--20041705	23	3.0	23	78	2	86	37	15	20	27	1.93
20041617--20041694	23	3.4	23	78	5	95	38	19	17	24	1.93
20041617--20041705	47	1.9	46	88	4	135	39	17	17	24	1.92
20042495--20042561	32	2.1	32	91	0	107	35	14	23	25	1.94
20050568--20050606	12	3.4	12	86	13	64	41	7	0	51	1.31
20050564--20050606	22	2.0	22	100	0	86	39	9	0	51	1.34
20050564--20050610	10	4.5	10	89	10	76	38	10	0	51	1.37
20050662--20050704	9	4.9	9	85	2	61	32	9	0	58	1.30
20051554--20051899	162	2.1	161	88	4	525	27	17	10	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20051959--20052094	30	4.6	30	81	6	172	39	20	2	37	1.65
20051973--20052119	60	2.5	60	82	2	170	40	19	2	38	1.66
20051963--20052144	30	6.1	29	79	7	141	40	21	2	36	1.66
20051959--20052147	90	2.1	88	81	7	220	38	22	2	36	1.66
20052122--20052252	58	2.2	58	83	1	163	32	29	2	35	1.70
20063984--20064111	38	3.3	38	71	15	111	34	16	17	31	1.93
20064129--20064318	31	5.7	30	69	23	114	34	16	20	28	1.94
20064092--20064433	69	4.9	69	90	3	490	34	15	20	29	1.94
20063941--20064433	144	3.4	144	85	7	603	33	15	20	30	1.94
20063944--20064433	213	2.3	218	83	9	596	33	15	20	30	1.93
20064769--20064839	11	5.9	11	71	18	52	42	1	1	54	1.17
20065485--20065509	10	2.5	10	100	0	50	36	12	0	52	1.39
20065561--20065603	9	4.9	9	85	2	61	32	9	0	58	1.30
20066440--20066785	162	2.1	162	86	4	491	26	17	11	45	1.81
20066855--20067154	30	10.0	30	79	6	270	38	22	4	35	1.73
20066889--20067135	90	2.7	91	83	3	304	39	19	4	36	1.71
20067129--20067258	58	2.2	58	93	1	215	32	35	1	30	1.67
20067136--20067227	28	3.2	27	68	17	78	30	38	1	30	1.65
20069739--20070208	238	2.0	237	85	3	633	32	19	9	38	1.84
20074067--20074115	20	2.4	21	83	10	66	32	12	26	28	1.92
20077104--20077150	20	2.3	21	82	10	62	34	10	25	29	1.90
20077116--20077157	20	2.1	20	86	0	57	30	7	28	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20082993--20083024	15	2.1	15	94	0	55	53	37	3	6	1.42
20084630--20084760	30	4.4	30	82	12	130	35	28	1	34	1.67
20084675--20084785	30	3.6	31	77	12	88	36	27	1	33	1.68
20086823--20086925	51	2.0	51	100	0	206	38	13	23	24	1.91
20088736--20088772	7	5.1	7	90	3	56	81	0	16	2	0.81
20089705--20089758	4	13.8	4	80	18	51	81	0	3	14	0.82
20089703--20089758	12	4.8	11	77	12	58	82	0	3	14	0.81
20089703--20089759	7	7.4	7	81	14	60	82	0	3	14	0.80
20089700--20089764	28	2.2	30	84	10	91	81	0	6	12	0.86
20090607--20090810	49	4.1	48	78	3	219	32	17	31	18	1.94
20090616--20090827	99	2.2	99	86	2	284	33	15	33	18	1.92
20091196--20091373	40	4.4	40	84	1	221	28	22	23	25	1.99
20091196--20091391	80	2.4	81	83	6	263	28	23	20	27	1.99
20091361--20091459	43	2.3	43	84	5	121	34	18	20	27	1.95
20091836--20092001	85	2.0	85	81	9	196	37	16	20	25	1.93
20092251--20092417	85	2.0	85	85	2	228	36	16	21	25	1.94
20091505--20092655	208	5.5	207	80	6	1125	37	17	20	24	1.93
20094805--20094832	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
20095177--20095225	16	3.1	16	78	18	57	53	0	2	44	1.12
20096327--20096368	18	2.4	17	88	8	57	64	2	0	33	1.07
20096840--20096906	30	2.2	31	79	12	77	46	10	4	38	1.59
20096891--20096928	16	2.4	16	87	12	60	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20100020--20100305	59	4.8	58	74	11	217	35	4	25	34	1.76
20100040--20100118	30	2.7	29	75	7	79	31	7	29	31	1.85
20100140--20100304	89	1.8	89	86	1	240	39	3	23	33	1.72
20100143--20100296	30	5.2	30	85	1	193	39	3	24	32	1.71
20100943--20100995	27	2.0	27	85	7	72	24	5	5	64	1.38
20101368--20101433	29	2.3	29	86	5	89	59	1	1	37	1.16
20102513--20102639	48	2.6	48	85	2	139	27	25	11	35	1.91
20102679--20102847	85	2.0	85	84	2	223	26	20	14	39	1.91
20102556--20103762	209	5.8	208	87	1	1502	24	21	16	37	1.93
20102899--20103054	85	1.8	85	86	5	226	27	22	12	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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