genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8431168--8431220	15	3.4	16	70	19	58	56	1	1	39	1.21
8434767--8434817	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
8437375--8437422	21	2.3	22	78	10	64	56	10	6	27	1.57
8439162--8439194	3	10.7	3	93	6	57	0	36	0	63	0.95
8440770--8440800	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8457864--8457902	17	2.6	14	78	21	51	28	0	7	64	1.21
8457870--8457902	17	2.0	16	94	5	57	30	0	6	63	1.18
8458966--8459056	39	2.2	41	81	9	98	35	4	6	53	1.47
8460722--8460760	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8462431--8462475	23	2.0	23	86	0	63	31	13	20	35	1.91
8468310--8468528	29	7.5	28	67	18	110	32	1	30	35	1.68
8468331--8468645	59	5.4	59	90	3	467	34	2	30	33	1.70
8468332--8468645	117	2.7	117	91	3	481	34	2	29	33	1.70
8469813--8469882	13	5.6	11	75	18	50	41	4	1	52	1.30
8470587--8470628	17	2.5	17	88	0	57	47	0	2	50	1.14
8472702--8472735	17	2.1	16	88	5	50	50	0	2	47	1.16
8473784--8473827	22	2.0	22	86	0	61	65	4	9	20	1.38
8478599--8478632	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
8478899--8478930	16	2.0	16	93	0	55	15	6	21	56	1.62
8485307--8485376	29	2.3	30	82	4	88	41	14	10	34	1.79
8495330--8495366	19	1.9	19	88	0	56	37	40	5	16	1.71
8498004--8498033	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8502189--8502226	15	2.6	15	87	4	51	42	0	21	36	1.53
8502350--8502400	6	8.5	6	91	0	75	47	0	31	21	1.51
8503436--8503512	40	1.9	41	89	2	120	31	22	22	24	1.98
8503435--8503521	40	2.2	40	83	8	113	29	24	21	24	1.99
8504146--8504177	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
8510744--8510768	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8511219--8511249	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
8511822--8511852	5	6.2	5	100	0	62	38	41	0	19	1.51
8512337--8512441	50	2.1	50	92	0	174	26	23	9	40	1.85
8520949--8520988	7	5.7	7	87	0	62	70	2	0	27	1.01
8520949--8520987	14	2.8	14	96	0	69	69	2	0	28	1.02
8527918--8527949	6	5.3	6	96	0	55	0	34	46	18	1.49
8533763--8533810	24	2.0	24	91	0	78	20	29	0	50	1.49
8539831--8539859	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8542336--8542381	16	2.9	17	81	15	55	28	0	4	67	1.10
8547757--8547794	18	2.1	19	85	5	51	50	0	5	44	1.24
8565672--8566230	183	3.0	180	86	6	682	25	22	17	34	1.96
8581369--8581422	23	2.4	22	76	11	56	55	9	1	33	1.42
8583908--8583963	25	2.3	23	84	6	67	67	5	3	23	1.27
8590282--8590324	21	2.0	21	82	13	52	51	0	2	46	1.13
8594952--8594992	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
8598560--8598604	22	2.0	22	84	16	58	42	0	15	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8612243--8612284	21	2.0	21	85	0	57	59	0	0	40	0.97
8620475--8620544	35	2.0	35	100	0	140	31	8	22	37	1.85
8623704--8623777	29	2.6	28	78	6	76	47	0	35	17	1.48
8628962--8628999	9	4.6	8	87	12	51	26	2	0	71	1.00
8628960--8628997	16	2.4	15	91	8	58	26	2	0	71	1.00
8630035--8630082	24	2.0	23	84	4	60	35	14	10	39	1.80
8631612--8631688	38	2.0	38	100	0	154	35	15	15	33	1.89
8634205--8634272	31	2.3	29	83	14	79	44	7	2	45	1.46
8634332--8634366	18	1.9	18	88	11	54	48	0	0	51	1.00
8634328--8634390	28	2.2	28	83	5	74	52	1	0	46	1.10
8636728--8636798	24	3.0	24	89	0	106	36	42	14	7	1.72
8641875--8641924	21	2.3	21	82	3	55	34	6	4	56	1.43
8642022--8642150	62	2.1	60	84	5	161	41	13	5	39	1.68
8652919--8653146	116	2.0	117	95	0	413	35	9	15	39	1.80
8660350--8660484	69	2.0	68	81	8	157	53	2	21	22	1.57
8660596--8660657	6	11.0	6	73	23	55	46	3	0	50	1.17
8660596--8660652	16	3.5	16	88	4	87	43	3	0	52	1.18
8660586--8660649	10	5.9	11	73	8	51	43	3	1	51	1.26
8662308--8662349	16	2.7	15	75	17	50	23	11	2	61	1.42
8662243--8662554	163	1.9	162	93	0	534	23	17	13	45	1.84
8662243--8662611	163	2.3	163	86	3	451	22	18	15	43	1.88
8662655--8662733	30	2.6	30	93	0	131	36	25	3	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8662722--8662997	59	4.7	58	87	1	356	29	28	6	35	1.82
8662898--8662990	29	3.2	29	76	10	100	32	30	2	35	1.70
8662679--8662997	30	11.0	29	66	14	133	30	28	5	35	1.80
8672181--8672282	52	2.0	52	92	0	168	32	24	11	31	1.91
8674829--8674877	21	2.3	20	82	6	53	30	0	6	63	1.19
8682555--8682593	18	2.2	18	85	0	51	53	17	0	28	1.44
8684540--8684583	19	2.2	20	84	11	56	29	0	13	56	1.38
8694360--8694404	19	2.3	21	81	14	60	35	0	2	62	1.08
8696329--8696366	16	2.2	17	86	9	51	36	2	13	47	1.56
8703820--8703886	28	2.4	28	85	5	91	32	5	0	61	1.20
8705085--8705291	111	1.9	112	94	1	371	25	13	12	48	1.77
8705265--8705328	20	3.2	19	68	24	51	32	12	1	53	1.48
8717811--8717845	16	2.2	16	94	0	61	37	14	0	48	1.44
8734368--8734406	5	7.8	5	97	0	60	25	12	61	0	1.31
8736658--8736727	16	4.3	16	81	1	77	25	0	0	74	0.82
8736658--8736727	23	3.2	23	76	11	67	25	0	0	74	0.82
8736660--8736727	25	2.8	25	77	4	77	25	0	0	75	0.81
8736668--8736727	7	7.4	8	79	20	63	25	0	0	75	0.81
8744977--8745029	20	2.6	21	87	6	81	64	11	1	22	1.36
8750377--8750506	23	5.6	23	78	11	131	45	21	22	10	1.82
8750377--8750527	71	2.2	69	84	7	189	44	20	23	11	1.84
8755838--8755969	65	2.0	65	100	0	264	40	12	3	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8756069--8756128	21	2.9	21	85	9	79	63	3	0	33	1.11
8756069--8756127	20	2.9	21	85	9	77	62	3	0	33	1.12
8757317--8757367	22	2.3	21	81	15	59	58	11	3	25	1.50
8757330--8757382	22	2.4	22	81	6	54	66	7	3	22	1.34
8757650--8757712	23	2.6	23	85	7	72	39	0	3	57	1.15
8758465--8758897	100	4.3	100	95	0	740	25	14	22	37	1.92
8770189--8770228	21	2.0	21	90	5	64	30	7	27	35	1.84
8778623--8778670	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
8780082--8780133	25	2.1	24	82	10	61	57	1	3	36	1.28
8781563--8781611	16	2.9	18	77	20	52	48	0	0	51	1.00
8782585--8782628	22	2.0	23	86	4	63	4	31	0	63	1.14
8782614--8782648	18	1.9	18	94	0	61	8	31	0	60	1.27
8793117--8793155	20	2.0	20	85	10	53	12	25	2	58	1.47
8811080--8811122	21	2.0	21	86	9	59	41	4	0	53	1.21
8811093--8811140	23	2.2	23	85	7	64	43	4	0	52	1.20
8820130--8820257	63	2.0	63	100	0	256	34	14	4	46	1.65
8825075--8825110	19	1.9	19	88	5	56	63	2	0	33	1.08
8826449--8826483	16	2.2	16	90	10	54	42	2	2	51	1.31
8835390--8835452	22	2.9	22	78	7	74	44	4	0	50	1.23
8836785--8836828	15	2.9	15	86	3	52	25	0	4	70	1.06
8837639--8837692	23	2.3	23	81	6	65	44	5	11	38	1.63
8843636--8843678	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8849053--8849096	20	2.1	21	83	4	54	36	11	2	50	1.51
8849758--8849791	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
8856777--8856847	36	2.0	36	91	0	115	43	11	11	33	1.76
8867715--8867747	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8889044--8889098	26	2.1	26	100	0	110	21	10	16	50	1.75
8893360--8893390	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8901038--8901300	132	2.0	131	84	2	348	28	11	20	39	1.87
8908826--8908885	29	2.1	29	83	0	75	31	20	31	16	1.95
8911008--8911052	19	2.2	21	84	11	67	53	4	0	42	1.21
8935696--8935791	50	1.9	50	84	0	129	30	17	23	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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