genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  2  of  135  ( 16099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
502311--502348	19	2.0	20	89	5	60	15	7	7	68	1.37
511058--511096	20	1.9	20	89	5	60	28	2	5	64	1.28
512679--512728	18	2.6	19	81	6	57	56	2	6	36	1.36
512674--512738	31	2.1	31	85	5	87	61	1	4	32	1.26
518355--518395	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
519505--519563	31	1.9	31	86	6	84	52	5	3	38	1.40
519525--519569	23	2.0	22	83	12	56	57	4	2	35	1.31
531103--531165	14	4.5	14	70	18	51	50	3	4	41	1.39
531104--531188	42	2.0	41	88	6	127	51	2	4	41	1.35
532440--532521	33	2.6	31	83	7	119	54	4	10	29	1.56
532565--532632	33	2.2	30	80	14	91	45	10	10	33	1.72
537534--537573	20	2.0	20	95	0	71	55	7	15	22	1.65
549592--549647	24	2.2	27	84	9	73	30	12	3	53	1.55
549636--550338	262	2.7	257	89	2	1034	42	9	6	41	1.64
550106--550569	229	2.0	229	90	0	741	41	7	6	44	1.58
549849--550814	491	2.0	483	88	2	1439	42	9	6	41	1.62
574990--575030	20	2.0	20	85	0	55	48	2	2	46	1.28
575108--575163	29	1.9	29	85	7	78	41	8	0	50	1.34
575498--575541	22	2.0	22	87	12	65	70	2	0	27	0.99
579502--579552	24	2.1	24	82	7	59	60	1	5	31	1.31
579561--579592	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
590504--590528	13	1.9	13	100	0	50	88	8	4	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605914--606000	44	2.0	43	82	10	108	32	1	19	47	1.57
608858--608992	43	3.2	41	78	9	112	47	19	0	32	1.55
614937--614979	22	2.0	22	81	9	52	44	4	0	51	1.22
616868--616923	26	2.2	26	87	6	78	12	1	16	69	1.27
616884--616925	13	3.2	13	74	12	50	7	0	19	73	1.05
616881--616939	26	2.2	26	87	6	82	15	3	13	67	1.35
617161--617198	14	2.7	15	84	12	53	44	0	0	55	0.99
632577--632617	3	13.7	3	94	0	73	31	2	0	65	1.05
634858--634897	21	2.0	21	85	5	55	0	17	5	77	0.94
637319--637374	28	2.0	29	86	6	80	42	0	0	57	0.99
639844--639877	17	2.0	17	100	0	68	52	11	23	11	1.70
652481--652511	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
665812--665854	16	2.7	17	82	13	56	55	4	6	32	1.47
667306--667330	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
671476--671531	29	1.9	29	85	0	76	32	19	14	33	1.92
681075--681157	41	2.0	41	83	4	105	34	26	1	37	1.65
688038--688063	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
693976--694009	12	2.8	12	90	4	50	82	0	14	2	0.79
711892--711930	10	3.7	10	86	10	51	0	10	2	87	0.65
719412--720075	221	3.0	221	98	0	1274	37	9	18	34	1.83
720566--720679	25	4.8	22	78	15	102	14	22	18	44	1.85
720566--720679	48	2.4	48	83	2	140	14	22	18	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731294--731425	65	2.0	65	92	0	219	31	17	8	42	1.79
738783--738818	18	2.0	18	94	0	63	50	13	0	36	1.43
742554--742603	2	25.0	2	91	0	82	54	0	0	46	1.00
743019--743066	25	1.9	25	82	0	60	27	2	2	68	1.11
749163--749374	39	5.4	39	84	3	257	22	18	20	38	1.94
749478--749676	72	2.7	72	82	3	238	23	27	21	28	1.99
762937--762996	29	2.0	30	84	12	79	36	5	1	56	1.31
762952--762995	23	1.9	23	85	0	61	34	4	0	61	1.16
763007--763040	17	2.0	17	88	11	52	47	20	0	32	1.51
763778--763811	13	2.5	14	85	4	52	35	0	0	64	0.94
764750--764780	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
767873--767903	16	1.9	16	93	0	53	16	3	0	80	0.83
774551--774577	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
778278--778327	26	1.9	26	83	0	64	52	6	4	38	1.45
789775--789811	19	1.9	19	88	0	56	16	5	24	54	1.63
794020--794095	33	2.3	33	90	0	116	35	10	28	25	1.89
806954--806999	22	2.0	23	84	12	60	43	6	0	50	1.28
810742--810787	25	1.9	24	83	16	60	47	0	0	52	1.00
812130--812181	19	2.6	21	82	14	65	57	1	0	40	1.10
812163--812231	31	2.3	30	85	9	88	69	1	2	26	1.11
812701--812835	68	2.0	68	91	2	218	35	19	6	38	1.78
813152--813213	29	2.1	29	82	5	72	56	8	6	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815179--815229	24	2.2	23	89	3	75	74	17	3	3	1.12
815190--815229	12	3.3	12	78	0	53	75	17	5	2	1.10
815190--815246	24	2.4	24	87	0	78	68	19	8	3	1.31
815190--815246	12	4.8	12	73	0	51	68	19	8	3	1.31
816138--816206	31	2.2	31	78	0	75	31	2	10	55	1.48
816148--816218	31	2.3	31	82	0	88	30	4	9	54	1.52
821161--821187	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
835519--835577	31	1.9	31	83	10	77	52	6	6	33	1.54
836480--837096	205	3.0	204	89	2	923	26	13	18	41	1.87
842998--843045	23	2.0	24	88	4	71	60	4	0	35	1.16
843000--843051	23	2.2	24	82	6	61	63	5	0	30	1.18
845533--845600	33	2.1	33	100	0	136	30	23	27	17	1.97
858022--858083	23	2.6	24	79	7	63	48	3	1	46	1.28
859075--859113	19	2.1	19	100	0	78	33	5	15	46	1.68
859613--859664	26	2.0	27	84	3	70	42	21	3	32	1.71
861318--861699	78	5.0	78	90	3	621	35	18	9	36	1.84
861318--861699	151	2.5	153	91	2	624	35	18	9	36	1.84
867987--868034	20	2.4	20	80	10	53	64	14	0	20	1.28
868005--868056	23	2.3	23	89	0	77	67	15	0	17	1.24
878775--878859	31	2.8	30	79	15	86	42	12	3	41	1.60
878686--878876	93	2.0	94	80	7	210	39	14	6	39	1.72
884052--884095	18	2.5	18	81	3	54	47	2	15	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887255--887343	32	2.9	31	82	9	103	28	14	7	49	1.71
887211--887397	32	6.4	30	67	20	101	26	13	11	48	1.77
887294--887417	58	2.2	57	79	4	133	28	12	11	48	1.75
888983--889022	19	2.1	19	100	0	80	57	17	15	10	1.64
896292--896352	31	2.0	31	87	6	88	32	14	14	37	1.87
897686--897718	15	2.1	16	88	5	50	36	3	3	57	1.29
898729--898783	29	1.9	28	85	3	74	30	1	5	61	1.29
907048--907120	29	2.4	29	84	4	83	56	13	2	27	1.51
920556--920602	21	2.4	19	85	7	58	61	0	2	36	1.08
928685--928713	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
929826--929854	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
932170--932233	33	2.0	32	87	6	94	25	6	18	50	1.70
932372--932406	16	2.1	18	89	10	56	68	2	0	28	1.04
941652--941714	22	3.0	22	75	22	64	47	4	41	6	1.50
945866--945985	59	2.0	59	83	3	152	34	7	6	51	1.56
946266--946292	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
952371--952409	20	2.0	20	94	0	69	58	2	12	25	1.47
952373--952417	20	2.2	20	84	0	54	66	2	11	20	1.33
960221--960379	61	2.6	61	84	5	187	30	14	13	41	1.85
960401--960546	77	1.9	77	85	2	206	28	26	14	30	1.95
964309--964356	12	3.7	12	77	20	51	47	0	10	41	1.37
964377--964441	25	2.4	29	85	10	84	44	4	6	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964439--964478	11	3.7	11	90	3	55	52	2	2	42	1.28
964486--965086	83	7.3	83	85	6	796	38	5	4	51	1.45
964486--965086	252	2.4	246	86	6	828	38	5	4	51	1.45
964922--965071	73	2.0	74	96	1	275	40	4	4	51	1.41
966969--967015	24	2.0	24	83	8	60	21	34	31	12	1.91
968461--968622	61	2.8	58	81	11	179	37	16	19	27	1.92
970961--970985	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
976203--976268	29	2.2	30	94	2	116	34	22	4	37	1.75
976220--976463	29	8.4	28	77	11	179	33	26	4	34	1.78
976241--976463	58	3.8	58	77	6	200	34	26	4	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135