genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  39  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14739310--14739351	14	2.9	15	82	13	61	42	4	0	52	1.22
14742765--14742802	20	1.9	20	94	0	67	50	0	2	47	1.15
14742765--14742802	11	3.6	11	82	13	53	50	0	2	47	1.15
14743460--14743509	23	2.2	23	85	0	64	46	34	2	18	1.60
14744690--14744829	59	2.4	59	83	5	169	33	5	28	32	1.81
14744734--14744895	59	2.8	58	81	12	172	35	3	25	35	1.74
14744779--14744926	30	5.0	29	76	14	115	34	2	25	37	1.68
14744802--14744926	30	4.2	29	77	11	121	32	1	25	40	1.65
14746850--14746891	17	2.5	17	92	0	66	57	2	0	40	1.12
14747232--14747951	198	3.6	198	89	2	1046	20	22	20	35	1.96
14748824--14748973	44	3.4	43	72	7	129	16	23	20	40	1.91
14748864--14749019	46	3.4	46	73	3	172	15	22	20	41	1.89
14748819--14749032	90	2.4	90	90	1	331	16	24	19	39	1.91
14760043--14760526	59	8.3	59	83	6	549	36	2	26	34	1.71
14760127--14760526	29	13.8	29	64	18	93	37	2	26	34	1.70
14760043--14760526	116	4.2	117	83	6	547	36	2	26	34	1.71
14771373--14771435	29	2.2	29	85	5	83	41	20	3	34	1.68
14771394--14771669	29	9.5	28	70	19	140	34	26	2	36	1.70
14771394--14771629	58	4.1	60	80	11	246	34	27	2	35	1.71
14771423--14771668	58	4.3	54	78	14	210	33	26	2	37	1.70
14771373--14771668	116	2.5	115	81	8	350	34	26	2	36	1.71
14778995--14779055	31	1.9	32	86	3	88	22	13	3	60	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14779322--14779407	29	3.0	28	75	8	82	45	22	2	30	1.65
14779398--14779628	29	7.9	27	67	22	105	31	28	3	36	1.73
14779387--14779729	59	5.9	59	77	8	299	32	27	2	37	1.72
14779415--14779729	58	5.4	58	77	7	298	31	28	3	36	1.73
14781245--14781286	21	1.9	22	85	9	59	21	7	28	42	1.79
14786516--14786576	22	2.8	22	87	7	81	70	1	11	16	1.24
14786542--14786571	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
14788003--14788200	107	1.9	107	81	7	242	24	25	11	38	1.89
14788886--14788934	13	3.8	13	75	8	55	77	0	4	18	0.92
14795361--14795403	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
14796165--14796267	31	3.4	31	73	17	108	42	9	20	27	1.83
14796080--14796267	58	3.2	58	80	2	214	44	11	18	25	1.84
14797839--14797865	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
14819405--14819432	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
14821118--14821152	18	1.9	18	88	0	52	17	14	0	68	1.21
14825838--14825890	17	3.2	17	78	10	56	54	1	5	37	1.35
14827024--14827048	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
14826999--14827046	19	2.5	19	75	0	51	33	2	2	62	1.18
14827063--14827102	20	2.0	20	90	4	64	45	0	2	52	1.14
14828060--14828114	27	2.0	27	85	3	74	58	9	5	27	1.51
14832810--14832874	6	10.8	6	76	12	62	40	3	1	55	1.25
14832810--14832867	11	4.8	12	84	12	75	39	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14834659--14834975	59	5.4	59	86	6	446	32	28	3	35	1.73
14834659--14834975	117	2.7	118	89	5	480	32	28	3	35	1.73
14834658--14834929	30	9.2	30	68	19	117	34	27	2	35	1.71
14836083--14836113	9	3.4	9	95	0	53	25	9	9	54	1.63
14847153--14847881	92	7.9	92	91	1	1072	36	19	17	27	1.94
14847264--14847414	40	3.5	41	67	25	112	35	19	18	25	1.95
14848165--14848223	6	9.8	6	73	14	50	38	5	1	54	1.33
14848181--14848207	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
14850013--14850298	29	9.7	27	70	19	173	34	31	2	32	1.71
14850010--14850385	59	6.4	59	88	3	508	33	30	3	32	1.75
14850018--14850371	178	2.0	180	89	4	556	33	29	3	33	1.75
14852516--14852543	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14853553--14853617	24	2.8	22	80	13	67	33	4	0	61	1.16
14872988--14873019	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
14874959--14875077	58	2.1	57	91	1	193	48	19	0	31	1.49
14875909--14875957	23	2.2	22	82	7	55	57	4	2	36	1.30
14882786--14882881	17	6.1	15	70	12	59	66	1	1	31	1.05
14882780--14882880	39	2.5	40	75	13	109	67	0	0	30	1.04
14885456--14885517	30	2.1	30	93	6	108	24	1	12	61	1.41
14885585--14885624	18	2.1	18	86	9	53	30	0	5	65	1.14
14887695--14887934	37	6.3	37	75	6	176	25	17	15	42	1.88
14887663--14887815	77	2.0	77	82	0	189	28	16	13	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14887695--14887929	114	2.1	114	83	0	290	25	17	14	42	1.88
14887769--14887953	77	2.4	77	82	4	198	24	18	15	41	1.89
14889207--14889252	23	2.0	23	95	0	83	36	4	19	39	1.72
14889224--14889254	16	1.9	16	93	0	53	38	3	19	38	1.68
14894692--14894775	44	1.9	44	95	0	150	54	7	3	34	1.45
14897874--14897913	19	2.2	19	86	4	64	35	0	2	62	1.09
14897848--14897907	9	6.6	9	74	16	52	36	1	1	60	1.17
14898040--14898074	18	2.0	18	88	5	54	48	0	20	31	1.50
14901968--14902158	23	8.5	23	71	16	132	42	21	24	11	1.86
14902061--14902158	23	4.2	23	83	10	135	40	23	24	11	1.87
14908371--14908561	23	8.5	23	71	16	132	42	21	24	11	1.86
14908464--14908561	23	4.2	23	83	10	135	40	23	24	11	1.87
14910741--14911021	118	2.4	118	87	1	402	29	23	19	27	1.98
14920327--14920388	6	10.5	6	79	10	56	27	22	0	50	1.50
14922646--14922776	58	2.3	58	84	5	167	38	1	20	38	1.62
14922684--14922926	30	8.2	29	76	13	212	37	1	20	41	1.60
14922761--14922925	90	1.8	91	90	1	269	38	1	18	42	1.58
14924733--14924791	6	10.3	6	71	10	52	50	1	0	47	1.11
14924743--14924800	17	3.4	17	87	0	71	53	1	0	44	1.10
14925668--14925793	23	5.4	23	82	5	110	11	22	20	45	1.84
14925667--14925792	46	2.7	47	79	6	139	12	22	20	44	1.85
14925691--14925840	69	2.1	69	84	11	191	13	22	19	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14928108--14928183	6	13.3	6	71	15	63	50	1	1	47	1.18
14928118--14928192	17	4.4	17	81	3	89	52	1	1	45	1.17
14928528--14929059	200	2.6	200	88	2	762	20	22	20	36	1.95
14940774--14940904	58	2.3	59	84	5	169	38	2	22	36	1.67
14940858--14941085	30	7.6	31	79	10	226	36	1	21	40	1.63
14942086--14942142	29	2.0	28	83	10	71	42	1	1	54	1.21
14942899--14942971	6	12.3	6	72	13	62	49	1	1	47	1.18
14942940--14942980	17	2.4	17	91	0	64	56	2	0	41	1.13
14943847--14943973	23	5.5	22	84	5	119	11	22	22	44	1.83
14943848--14943972	46	2.7	47	81	6	146	11	22	21	44	1.83
14943881--14944020	69	2.0	69	81	10	162	12	22	20	43	1.86
14946369--14946610	51	4.8	51	90	1	324	33	14	23	28	1.93
14946369--14946610	101	2.4	102	86	2	344	33	14	23	28	1.93
14950869--14950963	21	4.7	20	70	24	74	8	6	14	70	1.31
14950886--14950994	41	2.6	41	79	7	112	10	6	15	67	1.39
14950869--14950984	62	1.9	59	84	5	151	9	6	14	68	1.36
14950887--14950988	21	4.9	20	77	9	73	10	6	15	66	1.42
14950996--14951070	12	6.3	12	71	3	53	8	6	18	66	1.39
14951016--14951070	23	2.3	24	81	3	67	7	7	18	67	1.38
14951052--14951085	11	3.3	11	84	16	54	8	0	20	70	1.13
14952466--14952859	29	13.8	28	69	18	174	39	2	26	31	1.69
14952430--14952819	57	6.8	57	84	6	493	38	2	27	31	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14952519--14953071	29	19.1	28	72	15	225	40	2	24	32	1.70
14952838--14953057	30	7.4	30	79	14	224	42	2	18	36	1.64
14952435--14953071	57	10.9	58	78	9	284	40	2	24	32	1.70
14952853--14953057	90	2.3	89	85	5	263	41	2	18	36	1.66
14954888--14954926	20	2.0	20	100	0	78	61	0	0	38	0.96
14955346--14955802	50	9.1	49	67	13	223	14	25	21	39	1.90
14955359--14956021	51	13.1	51	67	9	304	14	25	20	40	1.90
14955344--14956021	101	6.7	101	88	0	901	14	25	20	39	1.90
14968095--14968131	3	12.0	3	94	5	65	32	0	0	67	0.91
14968886--14968936	6	8.5	6	79	16	61	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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