genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1841816--1841875	30	2.0	30	87	9	88	58	1	6	33	1.34
1841839--1841924	26	3.4	25	70	25	72	62	2	4	30	1.28
1841829--1841932	50	2.1	51	87	1	147	64	1	4	28	1.25
1841824--1841933	51	2.1	51	83	5	141	64	1	5	28	1.26
1842952--1843060	46	2.4	46	77	9	114	44	0	0	53	1.13
1843014--1843092	36	2.2	36	82	11	90	44	2	1	51	1.23
1842952--1843090	22	6.1	22	75	8	109	45	1	0	52	1.14
1843998--1844028	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
1849739--1849773	18	1.9	18	88	0	52	25	0	17	57	1.40
1851435--1851503	36	1.9	36	81	0	84	59	7	5	27	1.47
1852325--1852373	23	2.1	23	85	7	64	63	2	2	32	1.17
1859005--1859047	21	2.0	22	86	4	61	32	0	4	62	1.15
1860791--1860829	4	9.8	4	88	0	60	51	0	28	20	1.48
1867319--1867563	121	2.1	118	90	5	386	44	8	10	37	1.69
1868455--1868529	19	3.9	19	74	16	66	48	1	2	48	1.24
1875507--1875540	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
1876210--1876253	17	2.6	17	75	10	54	59	0	2	38	1.10
1900188--1900311	11	10.6	11	68	11	50	65	5	4	25	1.32
1901234--1901295	28	2.2	28	86	11	83	46	0	1	51	1.10
1901325--1901367	21	2.0	21	100	0	86	41	13	11	32	1.81
1919555--1919589	18	1.9	18	100	0	70	40	17	0	42	1.49
1927670--1927715	24	1.9	24	86	8	67	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1939534--1939569	18	2.0	18	89	10	56	33	5	0	61	1.19
1939635--1940191	206	2.7	204	90	3	851	40	22	9	27	1.85
1948687--1948726	18	2.2	18	90	0	62	17	10	32	40	1.83
1955326--1955358	16	1.9	18	88	11	52	51	0	0	48	1.00
1956595--1956638	4	11.0	4	85	0	52	47	22	2	27	1.63
1958515--1958546	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1959265--1959317	21	2.4	22	78	12	54	64	0	1	33	1.05
1964020--1964056	15	2.4	16	86	8	51	43	21	16	18	1.88
1977108--1977150	21	2.2	18	84	12	50	30	2	6	60	1.35
1978781--1978808	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
1983909--1983936	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
1985819--1985856	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1994070--1994113	14	3.1	15	81	15	58	75	0	0	25	0.81
1994070--1994114	9	4.7	10	86	10	51	73	0	0	26	0.84
2000195--2000228	18	1.9	17	88	5	50	8	11	20	58	1.59
2001420--2001472	27	2.0	27	100	0	106	43	7	15	33	1.74
2010688--2010794	49	2.2	50	80	12	127	44	7	12	35	1.70
2016667--2016732	30	2.2	30	94	0	114	50	19	12	18	1.78
2016675--2016735	30	2.0	30	100	0	122	47	22	13	16	1.81
2028064--2028106	17	2.5	17	77	11	52	44	2	2	51	1.27
2029334--2029393	29	2.1	29	84	6	79	31	1	8	58	1.38
2031165--2031210	23	2.1	21	84	11	58	28	10	0	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032579--2032611	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
2032581--2032676	38	2.5	38	71	15	90	60	4	1	34	1.23
2036565--2036612	23	2.0	24	88	4	71	60	12	2	25	1.43
2041269--2041481	26	9.2	25	78	15	144	12	26	21	40	1.88
2041269--2041471	48	4.4	46	80	11	211	11	25	21	41	1.87
2041274--2041438	20	7.3	22	77	13	149	10	23	23	41	1.86
2042985--2043046	25	2.4	26	84	10	83	41	19	24	14	1.88
2043032--2043076	22	2.0	22	95	0	81	35	24	28	11	1.90
2043032--2043101	22	3.1	22	82	10	70	35	24	28	11	1.90
2044070--2044188	59	2.0	59	100	0	238	15	28	8	47	1.74
2046443--2046567	23	5.5	22	81	4	106	11	23	25	40	1.87
2046446--2046564	45	2.6	46	77	9	120	11	23	26	38	1.89
2049640--2049922	141	2.0	141	90	0	449	27	21	22	27	1.99
2054270--2054359	22	3.9	22	84	8	99	43	18	23	14	1.87
2066140--2066165	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
2079156--2079196	22	1.9	21	85	5	55	53	4	4	36	1.44
2082249--2082288	7	5.7	7	100	0	80	27	30	0	42	1.56
2083899--2083932	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
2083912--2083954	21	2.0	21	86	8	61	65	0	2	32	1.06
2086988--2087032	17	2.4	19	73	26	51	55	13	2	28	1.50
2095280--2095325	15	2.9	16	75	12	58	69	0	2	28	1.00
2095598--2095645	24	2.0	25	87	4	71	37	4	0	58	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106491--2106516	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2114287--2114362	31	2.5	31	80	6	75	53	7	5	32	1.52
2114305--2114362	31	1.9	31	86	10	84	55	10	5	29	1.55
2119648--2119674	7	3.9	7	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2134077--2135028	117	8.0	117	87	4	1277	20	28	13	38	1.90
2153005--2153031	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2156756--2156796	20	2.0	20	100	0	82	24	14	14	46	1.82
2157650--2157687	12	3.0	13	80	7	51	34	0	5	60	1.19
2159478--2159511	16	2.0	16	88	11	50	41	2	0	55	1.15
2171110--2171142	17	1.9	17	93	0	57	33	3	6	57	1.38
2173459--2173534	30	2.5	30	76	6	73	32	5	5	56	1.44
2174028--2174115	31	2.9	30	85	8	99	39	10	3	46	1.55
2178884--2179025	71	2.0	71	98	0	275	45	17	16	20	1.86
2189022--2189097	2	38.0	2	97	0	143	0	51	0	48	1.00
2201438--2201472	17	2.1	17	89	10	54	22	2	0	74	0.95
2202466--2202509	23	1.9	23	81	9	54	43	4	9	43	1.56
2202631--2202680	25	2.0	25	84	0	64	68	0	32	0	0.90
2213429--2213472	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
2213508--2213563	22	2.5	22	70	13	53	16	25	0	58	1.37
2215227--2215287	28	2.2	28	88	8	90	59	4	9	26	1.50
2221195--2221236	22	1.9	22	90	0	66	40	4	4	50	1.45
2229033--2229107	2	37.5	2	100	0	150	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245449--2245497	22	2.2	23	82	10	57	65	16	6	12	1.45
2246194--2246255	13	4.5	14	72	10	56	35	0	3	61	1.12
2246192--2246255	27	2.3	28	84	7	78	35	0	4	59	1.18
2253787--2253886	38	2.5	41	73	14	102	23	19	28	30	1.98
2253812--2253890	37	2.1	37	81	6	88	22	18	26	31	1.97
2256397--2256448	18	2.9	18	94	2	88	40	0	5	53	1.25
2260457--2260487	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
2261078--2261135	29	2.0	29	87	9	84	56	5	1	36	1.32
2261465--2261666	67	3.1	66	91	6	331	32	6	5	54	1.51
2263830--2263892	31	2.0	31	87	0	90	36	14	3	46	1.61
2266346--2266428	43	2.0	42	81	11	98	46	2	2	48	1.28
2270444--2270480	18	2.0	19	89	5	58	56	0	0	43	0.99
2270497--2270531	9	3.8	9	85	7	52	65	0	8	25	1.21
2273363--2273397	6	5.8	6	93	0	52	2	8	68	20	1.29
2274023--2274061	19	2.1	19	85	0	51	33	2	5	58	1.33
2275247--2275322	20	3.5	20	72	20	64	44	9	2	43	1.50
2279150--2279196	18	2.7	17	78	18	60	17	6	4	72	1.22
2281216--2281310	48	2.0	48	100	0	190	37	12	12	36	1.82
2281710--2281777	29	2.3	28	80	9	91	32	10	1	55	1.42
2303356--2303405	22	2.3	23	74	22	54	22	14	4	60	1.51
2309210--2309275	31	2.1	31	97	0	123	46	4	3	45	1.38
2309212--2309262	16	3.2	16	69	5	50	43	5	1	49	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312944--2312989	20	2.3	20	80	0	56	45	0	0	54	0.99
2325856--2325892	19	1.9	19	100	0	74	27	2	16	54	1.56
2329554--2329636	36	2.3	37	93	2	141	46	8	13	31	1.72
2345989--2346018	6	5.2	6	92	8	53	16	0	0	83	0.65
2367015--2367098	42	2.0	42	86	4	116	47	17	0	34	1.48
2370699--2370779	28	3.0	27	83	10	103	39	7	1	51	1.38
2375709--2375789	38	2.1	38	95	0	144	46	9	6	37	1.62
2385902--2385960	31	1.9	31	89	6	93	44	10	20	25	1.83
2385831--2386019	90	2.1	90	83	3	227	47	14	13	24	1.81
2385916--2386019	31	3.5	31	69	26	80	48	12	13	25	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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