genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22367923--22368183	112	2.3	115	87	5	377	29	20	16	33	1.95
22368138--22368230	48	2.0	45	87	6	132	27	19	13	38	1.90
22369061--22369115	17	3.5	16	71	19	53	61	3	12	21	1.46
22369054--22369158	30	3.5	30	83	5	106	62	4	7	24	1.41
22370464--22370507	22	2.1	21	84	12	56	72	0	4	22	1.02
22370485--22370517	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
22371393--22371452	22	2.8	22	82	7	70	23	6	35	35	1.81
22371543--22371880	89	3.9	89	90	5	550	52	3	5	38	1.43
22371561--22371880	172	1.9	170	94	2	561	52	3	5	38	1.42
22371892--22371939	12	3.7	12	77	20	51	41	10	0	47	1.37
22371902--22371936	17	2.1	16	89	5	52	48	8	0	42	1.33
22371892--22371949	28	2.1	28	83	0	71	43	12	0	44	1.41
22375769--22376074	114	3.0	96	76	16	265	35	16	18	28	1.93
22375908--22376110	54	3.6	54	77	10	219	32	18	22	26	1.97
22375864--22376123	114	2.3	113	92	3	430	33	16	20	29	1.94
22376046--22376221	99	1.8	97	87	4	266	36	17	15	30	1.91
22377337--22377398	27	2.3	27	80	5	72	53	3	11	32	1.53
22377860--22377907	9	5.1	10	76	19	50	27	2	2	68	1.11
22377948--22377995	25	2.0	24	88	12	71	29	0	4	66	1.10
22377967--22378022	20	2.8	21	77	17	57	23	1	5	69	1.18
22381131--22381243	42	2.7	41	75	5	120	37	10	27	24	1.88
22381120--22381264	41	3.4	41	77	4	130	37	11	27	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22386344--22386423	19	4.2	19	82	3	90	35	17	23	23	1.96
22386345--22386419	38	2.0	38	86	0	105	34	16	25	24	1.95
22409596--22409643	17	2.8	17	81	12	62	54	12	14	18	1.71
22410046--22410080	6	5.8	6	89	0	52	0	22	0	77	0.78
22417128--22417375	40	6.1	40	82	2	298	31	16	25	25	1.97
22418281--22418335	21	2.6	21	88	5	76	40	9	25	25	1.85
22423200--22423240	22	2.0	20	90	9	64	34	0	0	65	0.93
22423393--22423741	183	1.9	182	95	0	626	27	9	19	43	1.81
22423951--22423991	22	2.0	20	90	9	64	34	0	0	65	0.93
22424701--22424739	18	2.2	18	85	0	51	46	0	2	51	1.14
22428579--22428611	18	1.9	17	88	11	50	36	6	0	57	1.23
22436683--22436736	22	2.5	22	93	0	99	46	7	0	46	1.31
22437079--22437118	21	1.9	21	85	10	55	17	25	32	25	1.97
22437303--22437486	102	1.8	102	96	0	341	39	14	20	26	1.91
22442863--22443191	30	11.0	29	74	11	215	34	25	3	37	1.74
22442855--22443059	91	2.3	91	82	7	249	33	23	3	40	1.71
22447463--22447502	21	2.0	20	95	5	71	37	20	10	32	1.85
22457224--22457307	41	2.1	40	86	2	114	67	9	3	19	1.33
22457500--22457547	23	2.1	22	84	3	60	60	18	8	12	1.57
22461103--22461164	20	3.1	20	92	0	97	33	16	29	20	1.94
22461191--22461229	7	5.6	7	90	0	60	35	0	41	23	1.55
22470943--22470994	22	2.4	22	100	0	104	42	3	30	23	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22471374--22471414	21	1.9	22	85	5	57	65	2	17	14	1.37
22474269--22474439	55	3.1	55	76	6	184	23	18	23	34	1.96
22477622--22478177	42	13.3	42	85	2	638	20	17	24	37	1.93
22479001--22479414	96	4.3	94	66	19	228	44	3	7	43	1.50
22478993--22479652	290	2.2	296	86	6	941	44	3	8	43	1.53
22480232--22480272	21	2.0	21	90	0	64	24	4	0	70	1.06
22480239--22480302	10	6.1	10	75	13	58	20	6	3	70	1.23
22482382--22482480	50	2.0	50	95	0	180	32	17	15	35	1.91
22485975--22486021	17	2.8	17	86	0	67	17	21	8	53	1.70
22486009--22486055	17	2.8	17	80	0	58	25	21	6	46	1.74
22486423--22486518	39	2.5	39	91	0	156	33	17	27	21	1.96
22492388--22492495	12	9.3	12	71	8	71	68	18	3	9	1.32
22492444--22492515	24	3.0	24	81	2	83	68	20	5	5	1.31
22492416--22492495	21	3.7	20	71	19	54	70	17	3	8	1.29
22492387--22492503	56	2.1	56	85	3	155	68	18	4	8	1.33
22492558--22492598	20	2.0	20	85	9	55	70	17	7	4	1.28
22493025--22493093	34	2.1	34	89	5	106	47	18	7	26	1.74
22493165--22493219	24	2.3	24	84	3	76	29	1	0	69	0.99
22493184--22493235	17	3.2	16	86	7	70	25	0	1	73	0.94
22493522--22493553	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22493553--22493580	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
22497964--22498082	29	4.1	29	79	4	134	38	22	12	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498219--22498346	54	2.4	54	86	0	175	24	23	13	39	1.90
22503524--22503555	16	1.9	16	93	6	55	62	0	12	25	1.30
22503794--22503928	62	2.2	62	90	0	207	31	19	15	34	1.93
22504083--22504330	62	4.0	62	90	1	363	25	18	16	39	1.92
22508589--22508627	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
22509849--22509902	17	3.5	17	72	27	66	29	29	29	11	1.91
22509844--22509899	28	2.0	28	100	0	112	28	32	28	10	1.90
22515057--22515654	297	2.0	297	98	0	1142	26	21	15	36	1.93
22517300--22517329	15	2.1	14	93	6	51	0	36	0	63	0.95
22525966--22526016	20	2.5	20	90	0	84	49	11	17	21	1.79
22529083--22529141	22	2.5	23	81	13	68	23	18	6	50	1.70
22529097--22529141	22	2.0	22	91	8	74	22	17	4	55	1.60
22537279--22537328	23	2.2	23	100	0	100	26	20	14	40	1.90
22539527--22539564	19	2.0	20	84	5	51	44	0	13	42	1.43
22542712--22542826	48	2.4	48	86	1	160	21	10	22	45	1.82
22542733--22542850	48	2.5	48	83	5	123	21	11	22	45	1.82
22548389--22548457	29	2.4	29	100	0	138	18	20	36	24	1.95
22548542--22548621	30	2.7	29	88	3	115	47	0	1	51	1.08
22548640--22548664	12	2.1	12	100	0	50	8	36	0	56	1.29
22549693--22549731	11	3.4	11	85	7	51	48	2	0	48	1.15
22551099--22551157	17	3.8	16	77	20	54	38	0	5	55	1.22
22552939--22553044	30	3.6	30	81	8	119	35	25	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22552946--22553044	29	3.4	30	82	12	116	34	27	3	35	1.72
22553026--22553308	29	9.7	28	65	23	97	35	26	2	36	1.68
22552998--22553331	59	5.7	59	86	3	451	35	26	1	36	1.67
22552998--22553331	117	2.8	118	85	4	460	35	26	1	36	1.67
22552998--22553331	176	1.9	176	88	2	510	35	26	1	36	1.67
22553055--22553393	88	3.9	87	71	15	252	33	27	2	36	1.69
22565492--22566269	76	10.3	76	93	1	1240	33	15	18	32	1.92
22565492--22566269	227	3.4	228	90	1	1242	33	15	18	32	1.92
22565492--22566269	303	2.6	302	94	0	1360	33	15	18	32	1.92
22566765--22566823	17	3.8	16	77	20	54	38	0	5	55	1.22
22567524--22567568	18	2.6	18	82	3	56	53	2	2	42	1.25
22568192--22568233	15	2.7	15	88	3	66	23	50	21	4	1.68
22568611--22568938	29	11.2	29	70	22	145	36	27	2	33	1.69
22568619--22569048	117	3.7	116	84	7	516	34	28	2	33	1.71
22568619--22569048	58	7.4	58	85	6	498	34	28	2	33	1.71
22568679--22569087	175	2.3	175	88	3	565	32	29	3	33	1.75
22570752--22570801	21	2.3	22	83	10	59	2	24	0	74	0.93
22571078--22571112	16	2.2	16	89	0	52	51	5	14	28	1.65
22572814--22572858	12	4.3	11	75	18	51	55	0	2	42	1.12
22587309--22587411	52	2.0	52	96	0	188	43	22	21	12	1.86
22595515--22595568	26	2.1	26	100	0	108	24	22	22	31	1.98
22597877--22597935	30	1.9	31	89	3	93	30	23	1	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22597876--22597945	30	2.3	31	82	7	90	32	21	2	42	1.67
22612261--22612456	78	2.5	78	75	3	196	25	27	18	28	1.98
22612383--22612828	39	11.7	39	70	12	185	24	28	19	27	1.99
22612343--22612554	117	1.8	117	86	0	307	24	28	18	28	1.98
22612506--22612699	107	1.8	107	87	2	291	26	30	18	25	1.98
22612367--22612814	224	2.0	223	82	6	541	25	29	18	26	1.98
22612685--22612829	77	1.9	78	84	7	197	22	29	22	24	1.99
22612645--22612840	78	2.5	78	78	10	206	23	28	22	25	2.00
22615020--22615340	30	11.0	30	79	8	279	34	25	5	34	1.79
22615028--22615339	59	5.3	58	80	6	308	34	25	4	34	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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