genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24190823--24190853	15	2.0	16	93	6	55	0	32	0	67	0.91
24190828--24190860	3	11.0	3	87	12	50	0	33	0	66	0.92
24206012--24206055	9	4.9	9	78	10	54	0	22	0	77	0.77
24208764--24208801	20	1.9	20	84	10	51	76	10	0	13	1.02
24218888--24218912	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
24224686--24224753	33	2.1	34	83	10	88	1	26	16	55	1.49
24230445--24230496	26	2.0	26	85	7	70	32	19	19	28	1.96
24240438--24240473	15	2.3	16	90	4	56	2	0	41	55	1.14
24246431--24246530	3	32.7	3	79	6	94	28	3	1	68	1.11
24250548--24250587	19	2.1	19	100	0	80	35	10	17	37	1.83
24254281--24254313	15	2.1	16	88	5	50	60	21	12	6	1.53
24255956--24256000	22	2.0	22	83	8	56	26	4	24	44	1.72
24258842--24258878	2	18.5	2	88	0	56	43	2	0	54	1.14
24260011--24260102	39	2.4	39	88	0	130	26	16	32	25	1.96
24259999--24260349	40	9.0	38	74	10	206	25	16	26	31	1.97
24260089--24260344	78	3.3	78	85	3	291	25	16	25	32	1.96
24260042--24260344	40	7.7	39	75	7	249	24	17	26	32	1.97
24260576--24261013	49	8.9	48	70	5	275	18	23	18	39	1.93
24260562--24261032	98	4.8	98	87	0	640	18	23	17	39	1.92
24260609--24261098	196	2.5	195	82	2	471	18	25	17	38	1.93
24261086--24261212	50	2.6	50	96	1	229	22	30	14	33	1.93
24266943--24266971	13	2.2	13	100	0	58	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24267718--24267778	32	1.9	32	83	6	79	26	8	4	60	1.45
24277928--24277975	18	2.6	17	81	18	53	37	2	2	58	1.22
24281140--24281864	365	2.0	368	86	3	1032	32	11	22	33	1.89
24289634--24289750	40	2.9	40	84	0	144	35	25	18	19	1.95
24292365--24292475	20	5.6	20	78	4	125	8	33	23	35	1.84
24298496--24298547	26	2.0	25	81	3	59	75	0	21	3	0.97
24313999--24314042	22	2.0	22	100	0	88	50	13	13	22	1.77
24330266--24330349	44	1.9	44	92	0	141	32	23	9	34	1.87
24334428--24334468	20	2.2	19	91	8	66	68	9	9	12	1.40
24334736--24334767	10	3.0	11	90	9	57	71	0	0	28	0.86
24335156--24335196	19	2.1	20	82	13	50	31	2	9	56	1.45
24335710--24335753	21	2.0	21	82	13	52	63	0	0	36	0.95
24335700--24335802	20	4.8	21	72	20	81	61	0	1	36	1.07
24335700--24335802	10	9.6	11	72	23	62	61	0	1	36	1.07
24335817--24335865	15	3.4	15	77	11	57	36	4	4	55	1.38
24341370--24341423	25	2.1	26	93	3	92	18	16	3	61	1.49
24343119--24343166	20	2.4	20	82	0	69	37	25	14	22	1.92
24343317--24343363	21	2.2	22	88	11	71	53	19	10	17	1.72
24362270--24362318	18	2.7	18	77	0	53	40	22	18	18	1.91
24362938--24364532	532	3.0	532	98	0	3075	31	17	20	30	1.96
24367701--24367748	24	2.0	24	84	12	62	14	8	6	70	1.31
24369516--24369574	3	20.0	3	77	16	61	66	0	32	1	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24375674--24375784	55	2.0	55	82	3	134	27	28	24	18	1.98
24375703--24375837	55	2.5	55	82	2	155	25	31	24	18	1.97
24375790--24375819	12	2.5	12	94	0	51	23	36	36	3	1.71
24376466--24376516	25	2.0	25	88	3	75	21	7	0	70	1.12
24380855--24380881	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
24387402--24387455	18	3.1	18	78	5	56	20	11	11	57	1.63
24387402--24387455	17	3.1	17	81	2	54	20	11	11	57	1.63
24397235--24397292	24	2.4	25	86	11	77	17	3	3	75	1.07
24400504--24400536	16	2.1	16	94	0	57	78	0	0	21	0.75
24400912--24400977	23	2.9	23	86	0	87	59	3	19	18	1.51
24401502--24401749	101	2.5	101	74	11	245	27	22	18	31	1.97
24401886--24402029	50	2.9	50	82	4	139	22	24	18	35	1.95
24401913--24402035	50	2.5	49	82	6	140	23	23	17	34	1.96
24402588--24403063	238	2.0	238	91	0	765	40	14	7	36	1.74
24409837--24409882	24	2.0	23	83	12	58	39	8	4	47	1.54
24410030--24410257	111	2.0	112	88	3	343	44	10	3	41	1.56
24410088--24410339	133	1.9	134	81	9	311	46	9	4	39	1.55
24410050--24410263	113	1.9	110	88	4	297	46	9	3	40	1.54
24411177--24411741	42	13.4	41	89	0	671	33	23	21	20	1.97
24411177--24411741	126	4.5	126	87	0	743	33	23	21	20	1.97
24412143--24412194	10	5.7	9	80	15	54	3	11	1	82	0.88
24412149--24412180	8	3.9	8	95	4	55	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24412137--24412194	28	2.1	28	84	6	75	3	13	1	81	0.91
24415285--24415322	17	2.2	17	100	0	76	21	18	21	39	1.93
24420277--24420326	8	6.2	8	88	0	64	44	4	30	22	1.71
24420284--24420326	4	10.8	4	84	0	59	44	2	30	23	1.66
24423621--24424090	237	2.0	233	90	1	742	42	15	5	36	1.71
24425374--24425763	137	2.9	137	89	3	608	44	11	3	41	1.57
24426061--24426098	14	2.8	14	84	15	53	10	7	15	65	1.45
24426238--24426262	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
24440117--24440156	16	2.7	15	88	11	64	75	0	0	25	0.81
24440519--24440570	24	2.2	23	82	3	59	46	7	21	25	1.77
24442354--24442392	18	2.2	18	90	0	60	51	12	15	20	1.76
24442962--24443015	24	2.2	24	83	6	65	31	16	9	42	1.80
24442987--24443336	24	14.6	24	75	3	274	23	23	14	39	1.91
24443007--24443326	96	3.3	96	79	0	316	22	24	14	38	1.92
24445461--24445501	17	2.7	15	88	11	57	36	0	4	58	1.20
24457279--24457329	17	2.8	18	82	14	61	76	0	19	3	0.94
24457277--24457330	24	2.2	24	83	9	65	77	0	18	3	0.91
24458831--24458876	22	2.1	22	84	8	58	28	21	8	41	1.83
24462148--24462200	24	2.2	25	86	3	72	39	0	3	56	1.17
24462188--24462244	20	3.0	20	84	7	82	38	1	3	56	1.27
24462464--24462520	20	3.0	20	84	7	82	38	1	3	56	1.27
24462055--24462596	276	2.0	276	98	0	1048	39	5	7	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463946--24463986	22	1.9	22	90	5	66	46	0	0	53	1.00
24463951--24464021	29	2.4	30	92	2	126	53	1	0	45	1.09
24463971--24464021	16	3.4	16	68	15	54	56	1	0	41	1.10
24465669--24465713	18	2.4	18	85	3	54	33	24	20	22	1.97
24471790--24471843	24	2.2	25	78	15	60	50	7	1	40	1.41
24473523--24473579	19	2.7	21	84	10	73	42	3	0	54	1.17
24496306--24496349	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
24528532--24528649	29	4.1	29	84	0	137	22	12	25	38	1.90
24530315--24530452	56	2.5	57	84	2	181	29	10	23	36	1.89
24530315--24530473	28	5.7	28	77	6	135	28	11	24	35	1.90
24533146--24533185	21	1.9	21	85	10	55	67	12	12	7	1.41
24533220--24533246	12	2.2	12	100	0	54	29	11	29	29	1.91
24537531--24537566	17	2.1	17	100	0	72	52	5	5	36	1.48
24540186--24540226	11	3.5	11	93	6	64	9	43	2	43	1.50
24543202--24543268	34	2.0	34	87	0	98	28	14	23	32	1.95
24568192--24568217	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
24569194--24569240	19	2.4	19	82	10	51	27	10	0	61	1.29
24575145--24575209	30	2.2	30	86	5	98	61	10	4	23	1.47
24575462--24575494	17	1.9	18	88	11	52	63	3	0	33	1.10
24580982--24581013	6	5.3	6	100	0	64	0	15	0	84	0.63
24581374--24581414	19	2.2	18	86	4	55	0	29	0	70	0.87
24586075--24586136	31	2.0	31	100	0	124	29	19	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24604474--24604515	16	2.6	16	82	17	59	64	0	0	35	0.94
24605137--24605174	19	2.0	19	89	0	58	18	18	0	63	1.32
24611116--24611146	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
24614591--24614630	18	2.2	18	90	0	62	12	30	10	47	1.74
24615517--24615576	26	2.4	26	83	5	79	61	1	0	36	1.06
24615535--24615588	25	2.2	25	83	12	67	64	0	1	33	1.04
24638379--24638462	37	2.3	37	93	4	143	28	28	17	25	1.98
24639950--24639994	22	2.1	22	83	4	56	40	15	6	37	1.74
24644984--24645071	44	2.0	44	91	2	142	29	9	23	37	1.86
24646379--24646445	33	2.0	33	88	5	100	37	5	23	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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