genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22615446--22615490	14	3.1	15	73	20	51	17	6	4	71	1.25
22615439--22615478	16	2.6	15	84	7	53	17	7	2	72	1.19
22615610--22615799	97	2.0	97	89	2	292	30	17	15	36	1.91
22616262--22616286	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
22618214--22618268	13	4.2	13	86	4	83	40	23	21	14	1.90
22618217--22618275	7	8.7	7	81	7	77	35	25	23	15	1.94
22618214--22618275	20	3.1	20	81	6	81	38	24	22	14	1.91
22618217--22618275	27	2.2	27	96	0	109	35	25	23	15	1.94
22618262--22618310	21	2.3	21	85	0	62	32	32	20	14	1.92
22624339--22624372	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
22627822--22627864	22	2.0	22	85	0	59	55	13	18	11	1.68
22628177--22628229	21	2.5	21	79	8	54	33	3	3	58	1.34
22631643--22631706	27	2.4	27	79	7	69	67	1	1	29	1.09
22632062--22632153	26	3.3	26	69	19	78	55	2	0	42	1.12
22632060--22632192	57	2.3	56	87	5	178	52	3	0	43	1.19
22639953--22639988	16	2.2	16	90	0	54	38	0	25	36	1.56
22640001--22640091	44	2.1	44	97	0	173	31	4	21	41	1.73
22640268--22640310	22	2.0	22	90	0	68	44	0	4	51	1.22
22651948--22651992	5	8.6	5	88	9	63	35	2	0	62	1.08
22654984--22655296	128	2.4	128	93	1	538	33	18	20	27	1.96
22655324--22655354	13	2.3	13	94	5	53	80	6	6	6	1.02
22666596--22667250	329	2.0	329	97	0	1229	23	27	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22667237--22667272	18	2.0	18	100	0	72	22	27	33	16	1.95
22679201--22679235	15	2.3	15	90	0	52	37	11	25	25	1.90
22688291--22688327	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
22689657--22689725	26	2.6	26	76	21	63	47	17	0	34	1.48
22689831--22689871	19	2.3	19	79	8	50	68	2	4	24	1.22
22689824--22689890	27	2.5	27	79	11	68	70	1	5	22	1.18
22693825--22693890	29	2.3	29	78	5	71	45	1	10	42	1.48
22694345--22694502	72	2.2	72	85	2	210	35	27	27	9	1.88
22694347--22694502	36	4.3	36	84	3	179	35	26	27	9	1.88
22695396--22695439	21	2.3	19	84	11	54	61	0	2	36	1.09
22695396--22695440	20	2.2	20	84	7	56	62	0	2	35	1.08
22700587--22700635	23	2.0	26	84	11	68	36	14	8	40	1.75
22700855--22700909	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
22700849--22700951	37	2.8	39	75	21	105	53	3	1	40	1.30
22706489--22706554	19	3.5	19	87	4	89	62	1	1	34	1.14
22706492--22706566	19	4.2	18	80	11	73	62	1	4	32	1.22
22706489--22706566	37	2.1	37	83	4	95	62	1	3	32	1.21
22708163--22708193	15	2.1	15	100	0	62	35	12	19	32	1.90
22709079--22709471	52	7.6	52	87	4	562	27	14	23	35	1.93
22709085--22709471	154	2.5	155	93	0	650	27	14	23	35	1.93
22710210--22710259	21	2.4	21	86	0	64	26	14	28	32	1.94
22717096--22717140	10	4.3	10	83	10	63	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22717096--22717139	16	2.8	16	80	19	56	0	22	0	77	0.77
22721724--22721882	24	6.6	24	84	4	178	32	24	18	25	1.97
22721724--22721878	72	2.2	72	87	0	220	31	25	18	25	1.97
22721724--22721882	48	3.3	47	84	1	201	32	24	18	25	1.97
22721864--22721966	27	3.8	27	85	2	136	33	21	18	26	1.96
22727108--22727253	36	4.1	35	91	5	224	34	12	28	24	1.91
22727108--22727253	72	2.1	70	93	2	247	34	12	28	24	1.91
22727929--22727983	21	2.6	21	79	0	65	27	16	23	32	1.96
22729911--22730015	36	2.9	36	88	1	156	36	13	27	22	1.92
22730504--22730754	116	2.2	115	89	3	380	26	8	27	37	1.86
22732563--22732606	22	2.0	23	86	4	63	31	15	9	43	1.79
22757316--22757421	36	2.9	36	85	1	149	36	16	29	17	1.92
22757914--22758135	116	1.9	115	90	0	354	22	7	31	38	1.82
22763791--22763909	15	7.9	15	74	12	75	68	0	0	30	1.02
22764217--22764319	45	2.2	46	84	8	129	35	0	3	60	1.15
22764268--22764330	28	2.2	29	75	16	69	36	0	6	57	1.24
22768239--22768295	15	3.5	15	76	17	60	49	1	1	47	1.22
22768255--22768293	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
22774873--22774939	18	3.7	18	73	15	57	34	22	25	17	1.96
22774877--22774957	36	2.2	36	78	4	92	37	22	24	16	1.93
22774936--22774975	18	2.2	18	95	0	71	40	27	25	7	1.82
22774936--22774988	18	2.9	18	85	0	61	39	22	28	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775013--22775097	28	3.0	30	79	6	88	32	15	29	22	1.94
22776018--22776103	43	2.0	43	97	0	163	54	9	5	30	1.56
22787934--22788121	94	2.0	92	90	2	295	23	20	9	46	1.79
22789456--22789491	16	2.1	18	90	10	58	55	33	0	11	1.35
22789495--22789542	24	2.0	24	92	8	80	29	39	14	16	1.88
22789495--22789534	13	3.2	13	74	25	50	32	40	12	15	1.84
22789542--22789586	21	2.1	21	87	0	63	28	17	17	35	1.93
22789543--22789630	7	12.6	7	71	13	56	27	19	17	36	1.94
22789598--22789652	21	2.6	21	88	0	74	25	14	21	38	1.92
22791994--22792296	151	2.0	150	92	0	498	21	15	31	31	1.94
22796560--22796595	16	2.1	18	90	10	58	55	33	0	11	1.35
22796660--22796698	14	2.8	14	84	0	51	23	15	23	38	1.92
22796643--22796733	21	4.3	21	77	2	94	24	17	21	36	1.95
22796645--22796742	35	2.8	36	84	3	128	24	16	22	36	1.94
22796680--22796741	28	2.2	28	80	5	72	24	19	22	33	1.97
22800180--22800365	40	4.7	40	79	6	171	30	27	17	24	1.97
22801402--22801430	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22807603--22808136	99	5.5	98	81	5	510	18	29	16	35	1.93
22807696--22807848	50	3.1	49	65	16	109	19	29	16	34	1.94
22807562--22808119	197	2.9	197	79	6	616	17	29	16	36	1.92
22818935--22819035	23	4.3	23	77	19	86	10	30	20	37	1.87
22818956--22819064	48	2.3	47	84	7	139	12	30	20	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818935--22819073	71	2.0	70	81	11	167	12	30	20	36	1.90
22824040--22824106	30	2.2	30	83	0	80	58	17	2	20	1.52
22825901--22825929	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
22826037--22826242	30	6.9	29	80	9	155	38	4	19	37	1.73
22826037--22826242	60	3.4	60	77	4	218	38	4	19	37	1.73
22826034--22826256	90	2.5	90	81	5	247	38	4	18	38	1.73
22826037--22826316	30	9.3	30	77	8	142	36	5	19	38	1.75
22826037--22826284	90	2.8	88	76	10	243	37	5	19	37	1.75
22828205--22828350	40	3.7	37	79	11	148	27	15	23	32	1.95
22828228--22828350	39	3.1	39	82	6	167	25	17	24	33	1.96
22828204--22828373	79	2.2	79	90	0	259	27	16	25	30	1.97
22828245--22828374	39	3.3	39	80	6	163	25	16	27	30	1.97
22828399--22828620	50	4.4	50	88	2	277	19	24	21	35	1.96
22831621--22831767	23	6.5	22	79	8	145	14	19	23	43	1.87
22831621--22831767	46	3.2	45	79	3	163	14	19	23	43	1.87
22835160--22835442	29	9.6	28	77	10	151	36	26	3	33	1.74
22835186--22835384	59	3.4	58	78	8	197	35	27	4	33	1.77
22836523--22836559	14	2.6	15	83	12	51	78	0	0	21	0.75
22836520--22836560	21	2.1	19	86	9	55	78	0	0	21	0.76
22836850--22836880	13	2.5	13	94	5	55	54	9	0	35	1.33
22838229--22838311	27	3.0	28	73	18	75	59	2	0	38	1.11
22840104--22840138	14	2.5	14	85	0	52	48	2	11	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22840395--22840478	14	5.7	15	68	19	52	53	2	0	44	1.13
22840383--22840561	62	2.9	61	85	8	206	54	1	1	43	1.17
22846145--22846210	2	32.5	2	96	3	123	50	0	1	48	1.10
22848147--22848197	20	2.5	20	81	6	59	56	1	19	21	1.51
22848588--22848614	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
22849728--22849816	42	2.1	42	85	0	115	24	19	28	28	1.98
22852297--22852350	15	3.7	15	78	9	51	50	3	3	42	1.38
22853950--22853989	7	5.7	7	90	0	62	55	0	45	0	0.99
22853950--22853989	14	2.9	14	92	0	71	55	0	45	0	0.99
22869282--22869332	21	2.4	21	86	0	75	31	11	27	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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