genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24646498--24646629	67	2.0	67	92	0	219	40	6	12	40	1.68
24646880--24646905	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24647914--24647993	38	2.1	37	90	2	124	50	2	0	47	1.14
24648408--24648470	21	3.0	21	88	0	99	36	20	9	33	1.85
24652664--24652909	40	6.1	40	85	0	267	22	25	20	31	1.98
24655176--24655261	22	4.0	21	82	5	109	38	17	8	36	1.79
24669883--24669915	15	2.3	15	89	5	50	21	12	6	60	1.53
24672193--24672232	18	2.3	18	86	4	55	20	17	10	52	1.72
24674613--24674731	45	2.6	44	84	4	130	46	9	21	22	1.80
24674650--24674742	46	2.0	45	87	2	132	43	9	22	24	1.83
24674666--24675070	183	2.2	183	96	0	756	36	14	22	26	1.93
24682200--24682261	18	3.4	18	86	4	81	11	29	6	53	1.61
24683106--24683156	7	6.7	7	79	20	50	66	0	3	29	1.09
24683091--24683140	25	2.0	25	88	4	73	64	2	2	32	1.16
24683103--24683149	16	2.9	16	84	9	60	65	0	4	29	1.11
24683102--24683138	9	4.3	9	80	13	51	67	0	2	29	1.04
24683100--24683153	25	2.2	25	83	9	76	68	0	3	27	1.06
24683881--24683937	28	2.0	29	83	10	73	50	14	3	31	1.59
24686662--24686734	31	2.4	29	82	8	92	52	0	1	46	1.09
24687485--24687511	14	1.9	14	100	0	54	74	22	3	0	0.98
24687450--24687604	60	2.5	62	85	4	215	60	10	25	3	1.46
24687655--24687696	11	4.1	10	80	17	50	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24687654--24687696	22	2.0	20	86	8	59	51	2	0	46	1.13
24687636--24687696	20	3.0	20	77	17	63	49	1	0	49	1.10
24691447--24691483	13	2.6	15	87	8	51	48	10	2	37	1.52
24693699--24697082	216	15.7	216	85	1	4208	41	14	17	27	1.88
24693706--24697082	849	3.9	850	85	3	4234	41	14	17	27	1.88
24703521--24703591	23	3.0	23	81	4	88	43	18	12	25	1.85
24704252--24704291	21	2.0	21	85	5	55	5	47	7	40	1.54
24705442--24705509	31	2.2	29	78	12	73	41	14	10	33	1.80
24706136--24706173	18	2.3	16	86	13	51	68	2	0	28	1.03
24710005--24710293	152	1.9	151	91	0	470	29	20	18	31	1.96
24711022--24711062	22	1.9	21	85	5	55	63	7	7	21	1.45
24711647--24711688	21	2.0	22	85	4	59	9	38	0	52	1.34
24736812--24736856	17	2.6	17	78	0	54	48	11	20	20	1.79
24740967--24741039	37	2.0	37	91	0	119	28	31	17	21	1.97
24741015--24741128	38	3.0	38	78	15	103	32	25	14	28	1.94
24741131--24741188	26	2.2	26	87	3	80	29	18	24	27	1.98
24743577--24743601	12	2.1	12	100	0	50	64	0	28	8	1.22
24744546--24744586	22	2.0	20	85	9	55	85	2	12	0	0.70
24749309--24749494	89	2.1	88	87	4	268	33	9	19	37	1.83
24750157--24750319	58	2.8	57	79	5	164	25	21	17	35	1.95
24750365--24750528	59	2.7	59	80	5	168	37	16	14	32	1.88
24752279--24752324	19	2.5	19	89	3	76	60	4	6	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24752298--24752423	31	4.3	30	68	25	81	58	2	5	33	1.34
24752299--24752426	54	2.4	55	83	9	156	59	2	5	32	1.33
24752355--24752426	25	2.6	27	77	14	76	58	1	4	36	1.26
24753744--24753792	25	2.0	25	91	0	80	53	0	6	40	1.26
24753772--24753842	18	3.8	18	70	14	54	45	1	0	53	1.09
24753772--24753885	37	3.0	37	84	3	120	42	1	0	55	1.10
24753950--24754012	32	1.9	33	87	3	92	20	46	19	14	1.84
24754158--24754217	11	5.3	11	82	6	66	35	6	0	58	1.24
24754279--24754357	16	4.7	16	71	22	63	39	3	5	51	1.42
24754243--24754354	52	2.2	52	100	0	224	38	3	3	54	1.35
24754464--24754522	11	5.2	11	80	10	57	30	8	1	59	1.37
24754466--24754545	34	2.3	34	85	8	117	32	10	1	56	1.41
24754493--24754554	11	5.5	11	79	12	63	33	11	0	54	1.36
24754473--24754545	17	4.3	17	77	16	71	32	10	0	56	1.34
24754540--24754577	19	2.0	19	85	10	51	44	10	0	44	1.38
24754464--24754570	6	18.2	6	67	9	51	34	9	0	55	1.39
24754548--24754593	19	2.5	19	86	10	60	41	8	2	47	1.46
24754622--24754665	23	1.9	23	85	0	61	34	11	2	52	1.50
24754712--24754753	17	2.5	17	96	0	75	28	19	0	52	1.46
24754792--24754834	16	2.6	18	85	10	56	37	11	0	51	1.39
24754806--24754860	22	2.5	22	96	0	101	34	9	0	56	1.31
24754745--24754903	85	1.9	85	90	0	255	37	10	1	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24754755--24754869	22	4.1	28	65	26	71	38	9	1	50	1.45
24757698--24757744	21	2.2	21	88	0	67	38	27	17	17	1.91
24757764--24757814	22	2.3	22	86	10	68	17	1	35	45	1.60
24763584--24763624	19	2.0	21	86	9	59	68	4	0	26	1.10
24764793--24764844	7	7.4	7	80	0	59	32	25	23	19	1.97
24766880--24766904	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
24766973--24767229	112	2.3	110	79	7	264	35	17	21	25	1.95
24767674--24767712	20	2.0	19	85	5	51	35	5	7	51	1.53
24776304--24776359	20	2.8	20	83	0	58	32	8	25	33	1.87
24781074--24781222	81	1.9	81	84	6	207	25	17	12	44	1.83
24783440--24783474	18	1.9	18	94	0	61	20	0	2	77	0.90
24785213--24785340	66	1.9	66	88	0	193	28	15	18	37	1.92
24786506--24786708	59	3.4	60	78	11	199	35	2	25	35	1.70
24786506--24786716	30	7.1	30	79	9	177	35	2	25	37	1.69
24788400--24788484	6	14.7	6	78	7	86	56	2	0	41	1.12
24788386--24788490	17	6.1	17	86	3	147	55	1	0	41	1.17
24788855--24789834	39	25.1	39	71	11	403	24	20	31	22	1.98
24788859--24789821	78	12.4	77	77	6	513	24	20	31	22	1.98
24788858--24789782	156	5.9	155	79	7	695	24	20	31	22	1.98
24788993--24789821	117	7.1	116	74	9	560	24	20	31	22	1.98
24791992--24792030	3	13.0	3	94	0	69	0	33	2	64	1.08
24801197--24801390	97	2.0	97	85	2	264	37	14	19	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24801688--24801764	29	2.7	29	89	4	111	37	3	25	32	1.75
24801747--24801809	30	2.1	30	85	5	83	41	3	19	36	1.67
24803384--24803438	22	2.5	22	93	0	92	14	5	38	41	1.69
24803547--24803582	18	2.0	18	88	0	54	58	2	0	38	1.13
24807593--24807644	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
24813851--24814069	37	5.9	37	88	0	321	27	13	27	31	1.94
24817146--24817191	21	2.1	21	84	4	56	63	13	8	15	1.52
24821292--24821349	26	2.1	28	84	9	75	70	6	3	18	1.24
24824889--24824933	22	2.0	23	87	8	67	71	0	17	11	1.14
24824911--24824971	16	3.6	16	76	10	50	67	1	19	11	1.30
24825073--24825118	21	2.2	21	88	0	65	50	6	34	8	1.59
24825731--24826456	244	3.0	245	96	1	1346	30	15	14	40	1.87
24833020--24833117	38	2.6	38	80	7	119	30	12	24	32	1.92
24833020--24833186	37	4.5	37	72	11	119	27	14	25	31	1.95
24833139--24833209	37	1.9	37	91	0	115	23	19	30	25	1.98
24833139--24833230	37	2.5	37	82	3	87	23	18	31	26	1.97
24833880--24833974	20	4.7	20	78	11	95	46	12	8	32	1.72
24858162--24858195	17	2.0	17	88	11	52	47	5	14	32	1.69
24862068--24862334	41	6.5	41	88	1	367	40	12	23	24	1.89
24862999--24863049	21	2.4	21	74	6	50	29	11	25	33	1.91
24877085--24877110	12	2.2	12	100	0	52	34	7	30	26	1.85
24877704--24877753	25	2.1	25	85	7	68	40	2	46	12	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24884945--24885177	52	4.5	52	82	5	267	29	15	22	33	1.94
24890239--24890303	31	2.1	31	97	0	121	35	7	23	33	1.83
24891267--24891527	130	2.0	129	93	3	443	46	9	14	28	1.77
24895418--24895610	93	2.0	95	85	4	257	29	25	13	31	1.94
24896347--24896371	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24906107--24906230	30	4.2	31	81	11	136	39	21	4	34	1.72
24906107--24906247	60	2.4	59	80	11	146	39	21	4	34	1.75
24906209--24906292	29	2.8	30	81	5	98	36	27	3	32	1.74
24910451--24910496	22	2.1	22	92	8	76	73	0	4	21	1.00
24910581--24910967	30	12.9	29	78	9	289	35	2	25	36	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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