genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27609993--27610081	9	9.2	10	78	15	98	64	0	5	30	1.17
27609965--27610094	29	4.5	30	82	12	114	65	0	4	30	1.13
27609992--27610101	48	2.3	46	87	7	166	62	0	4	32	1.15
27609992--27610144	48	3.2	46	83	11	150	62	1	5	30	1.27
27609998--27610095	19	5.2	19	83	11	89	65	0	5	29	1.14
27609968--27610168	9	21.1	9	67	21	83	62	1	4	30	1.25
27609971--27610168	106	1.9	104	80	10	235	62	1	5	31	1.26
27610004--27610162	48	3.4	45	76	14	142	62	1	5	30	1.29
27610518--27610744	92	2.5	93	85	5	304	33	8	20	37	1.84
27615833--27615919	46	1.9	45	83	2	111	26	4	11	57	1.53
27615945--27615970	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
27623950--27623992	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
27624341--27624383	23	1.9	23	85	4	61	58	2	6	32	1.38
27667124--27667149	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
27667855--27667898	15	3.1	15	83	9	56	36	2	9	52	1.46
27667860--27667899	13	2.9	13	88	7	53	37	2	10	50	1.50
27669943--27670027	20	4.3	20	72	8	75	36	14	31	17	1.90
27671169--27671365	41	4.8	41	84	4	252	26	26	9	37	1.87
27671169--27671365	82	2.4	83	88	5	283	26	26	9	37	1.87
27672165--27672212	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
27679291--27679327	15	2.4	16	78	13	51	13	48	13	24	1.78
27680595--27681239	38	16.8	39	71	12	284	27	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27680712--27680844	71	1.9	71	82	6	171	22	19	21	36	1.95
27680595--27680829	110	2.1	113	80	10	257	25	19	21	33	1.97
27680773--27681047	115	2.4	115	78	8	281	27	17	20	34	1.95
27680590--27681239	77	8.5	77	69	16	275	27	17	21	33	1.96
27680843--27681239	155	2.6	153	79	9	423	28	16	20	33	1.95
27686142--27686184	14	3.0	14	76	6	50	9	37	0	53	1.33
27686141--27686179	15	2.7	14	84	4	51	7	38	0	53	1.30
27695743--27695927	41	4.5	41	88	0	262	25	24	10	38	1.87
27695743--27695968	82	2.7	83	86	4	305	26	24	11	38	1.89
27697105--27697134	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
27697672--27697706	18	2.0	18	88	5	54	42	11	0	45	1.40
27700939--27701155	30	7.2	30	80	5	154	36	6	19	36	1.79
27700952--27701155	60	3.4	60	79	8	211	36	6	19	36	1.79
27701041--27701226	60	3.1	59	78	8	164	34	6	19	38	1.78
27701100--27701226	30	4.2	29	84	7	130	33	5	21	40	1.76
27701131--27701255	30	4.2	29	85	4	142	35	4	20	40	1.72
27701131--27701255	60	2.1	60	86	3	171	35	4	20	40	1.72
27703007--27703226	80	2.7	79	78	10	194	25	19	22	32	1.97
27703033--27703185	40	3.8	40	78	7	134	26	18	25	29	1.98
27703080--27703203	40	3.1	40	82	2	142	26	17	24	31	1.97
27714915--27715093	90	2.0	92	84	6	240	35	6	19	37	1.78
27714913--27715077	30	5.5	30	79	4	172	35	6	20	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27717230--27717593	181	2.0	181	99	0	719	29	23	15	31	1.95
27726014--27726067	17	3.2	17	86	0	72	25	33	22	18	1.97
27728446--27728620	51	3.4	50	92	5	280	32	25	13	29	1.93
27730840--27731033	43	4.5	43	85	1	230	38	11	23	26	1.88
27730863--27730932	22	3.2	22	63	25	58	47	8	18	25	1.77
27731014--27731128	42	2.7	42	95	1	203	33	10	25	30	1.89
27734744--27734973	101	2.3	101	77	1	228	27	20	17	33	1.95
27735108--27735262	50	3.1	51	86	1	206	20	24	20	34	1.96
27741379--27741605	62	3.8	61	85	6	281	33	21	13	31	1.92
27741501--27741638	53	2.6	52	87	2	213	34	22	14	28	1.93
27752902--27752953	21	2.5	21	75	6	52	32	26	11	28	1.91
27753621--27753968	52	6.7	52	89	2	500	36	21	11	30	1.89
27757142--27757174	13	2.6	13	90	4	50	69	6	12	12	1.35
27758832--27758880	25	2.0	25	87	0	71	61	10	2	26	1.39
27758832--27758888	25	2.3	25	84	0	69	61	10	3	24	1.44
27759721--27759798	38	2.1	37	80	7	86	67	1	2	28	1.11
27759887--27759911	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
27762676--27762769	23	4.0	23	81	4	100	27	11	19	41	1.86
27764206--27764243	15	2.4	17	86	8	53	60	0	5	34	1.19
27766859--27767026	84	2.0	84	89	2	257	35	14	19	30	1.92
27767346--27767386	19	2.2	18	91	4	64	56	0	2	41	1.13
27768056--27768112	11	5.2	11	79	8	62	24	12	0	63	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27769972--27770022	14	3.7	14	77	15	52	9	13	1	74	1.15
27770125--27770199	30	2.5	30	82	8	82	42	1	2	53	1.23
27770198--27770231	17	2.0	17	88	0	50	61	0	2	35	1.11
27770661--27770727	9	7.3	9	81	8	64	62	0	0	37	0.95
27770661--27770727	18	3.6	18	82	6	80	62	0	0	37	0.95
27770661--27770766	9	11.4	10	75	14	59	61	2	0	34	1.17
27770661--27770764	17	5.7	17	69	21	50	61	2	0	34	1.17
27770661--27770768	19	5.9	18	71	12	67	61	2	0	35	1.17
27777073--27777185	29	3.9	29	76	2	109	19	19	38	23	1.94
27782715--27782842	51	2.5	52	87	6	181	29	13	22	34	1.92
27796213--27796326	52	2.2	52	96	0	210	27	14	23	35	1.93
27799156--27799238	28	3.0	28	87	0	121	9	18	19	53	1.71
27800874--27800915	14	3.1	14	77	16	52	50	2	0	47	1.14
27802627--27802876	72	3.5	72	93	0	419	53	16	6	24	1.67
27803306--27803375	18	3.9	18	83	7	97	37	11	11	40	1.77
27815230--27815308	28	2.8	28	84	0	113	11	18	21	48	1.80
27817415--27817587	39	4.4	39	80	5	188	38	21	15	24	1.92
27825183--27825299	60	2.0	60	83	6	148	27	16	29	27	1.97
27825494--27825682	39	4.8	39	85	5	229	37	20	16	25	1.93
27830636--27830681	23	2.0	23	87	8	67	47	26	17	8	1.76
27830677--27830756	25	3.2	25	89	0	124	41	16	20	22	1.90
27837912--27837972	29	2.1	29	81	6	70	21	18	34	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27838938--27839083	47	3.1	47	88	0	193	13	19	23	44	1.85
27838938--27839055	23	5.0	23	72	4	101	12	17	24	44	1.84
27838944--27839076	24	5.6	24	73	3	108	12	19	24	44	1.84
27839065--27839122	23	2.5	24	81	13	68	12	13	20	53	1.72
27839407--27839648	122	2.0	122	90	0	385	29	9	26	34	1.89
27854764--27854846	30	2.8	30	100	0	166	53	16	6	24	1.66
27859032--27859095	29	2.2	29	88	2	94	29	3	10	56	1.49
27859314--27859486	61	2.9	60	83	10	212	46	10	17	24	1.80
27859377--27859474	31	3.2	31	72	13	94	47	7	18	26	1.74
27859390--27859486	31	3.2	30	73	16	92	49	10	16	23	1.76
27862128--27862440	68	4.6	68	80	4	326	27	19	16	36	1.93
27862128--27862440	136	2.3	136	83	3	389	27	19	16	36	1.93
27866156--27866200	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27868601--27868650	21	2.4	21	82	0	55	44	16	14	26	1.85
27868612--27868651	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
27872344--27872398	26	2.2	25	87	9	76	18	3	0	78	0.90
27872338--27872397	4	14.8	4	80	16	70	18	3	0	78	0.89
27873086--27873276	103	1.9	102	87	3	285	34	13	25	26	1.93
27873841--27873885	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27880499--27880823	146	2.2	144	84	4	411	31	21	22	24	1.98
27886276--27886305	8	3.8	8	90	0	51	53	10	36	0	1.35
27915643--27915875	51	4.6	51	90	1	342	29	22	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27918150--27918322	49	3.5	49	77	4	161	39	14	25	20	1.90
27918151--27918329	98	1.8	98	83	0	241	40	13	25	19	1.89
27918194--27918352	49	3.2	49	78	7	135	40	16	22	20	1.91
27918143--27918352	98	2.1	98	78	6	228	39	15	24	20	1.91
27918602--27919340	114	6.6	114	82	5	812	35	17	24	21	1.95
27918619--27919266	223	2.9	221	85	3	820	34	18	24	22	1.96
27918602--27919340	337	2.2	335	83	3	968	35	17	24	21	1.95
27920421--27920463	17	2.4	18	81	14	54	51	0	25	23	1.49
27922712--27922773	24	2.5	26	73	21	60	22	4	9	62	1.44
27927531--27927634	35	3.0	35	100	0	208	27	11	23	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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