genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  88  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29904490--29905623	431	2.6	428	79	6	1115	39	15	17	27	1.90
29905560--29905747	62	3.0	62	86	0	261	39	15	17	27	1.90
29905899--29906086	62	3.0	61	86	2	268	37	16	18	27	1.92
29905354--29906365	339	3.0	337	90	3	1552	39	15	17	26	1.90
29906239--29906365	62	2.0	62	90	0	200	38	14	18	28	1.90
29905961--29906644	279	2.5	279	90	2	1045	38	15	18	27	1.91
29906518--29906826	62	5.0	62	93	0	476	36	17	19	25	1.94
29906761--29907202	216	2.0	217	84	5	583	38	13	19	28	1.90
29906981--29907466	268	1.8	268	84	3	665	37	14	18	29	1.90
29907249--29908389	214	5.3	216	81	3	1305	39	15	17	27	1.91
29907255--29908389	432	2.6	428	80	4	1291	39	15	17	27	1.90
29908325--29908513	62	3.0	62	84	3	254	38	16	18	26	1.92
29908665--29908853	62	3.0	62	90	0	297	37	16	19	27	1.93
29908119--29909532	339	4.2	340	90	1	2102	39	16	18	26	1.91
29909004--29909192	62	3.0	62	85	0	252	39	16	17	26	1.91
29908119--29909532	680	2.1	678	89	1	2143	39	16	18	26	1.91
29909345--29909592	62	4.0	62	91	0	379	37	16	19	26	1.92
29909004--29909811	402	2.0	403	86	2	1140	38	15	18	27	1.91
29909531--29910028	216	2.3	215	81	6	580	38	14	18	28	1.90
29909966--29910089	62	2.0	62	85	3	169	39	18	15	26	1.90
29910030--29911161	216	5.3	216	79	3	1129	39	15	17	27	1.90
29911098--29911285	62	3.0	62	87	0	261	39	15	18	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29911436--29911624	62	3.0	61	83	6	245	37	16	17	28	1.92
29911774--29911962	62	3.0	62	88	0	279	39	15	17	27	1.90
29910891--29913321	677	3.6	678	90	1	3707	39	15	17	27	1.90
29912113--29912301	62	3.0	62	87	0	261	38	17	17	26	1.92
29910891--29913321	340	7.2	340	90	1	3702	39	15	17	27	1.90
29912453--29912641	62	3.0	61	83	4	236	34	16	19	29	1.93
29912793--29912981	62	3.0	62	82	3	236	40	16	16	25	1.89
29913134--29913372	62	3.9	62	90	0	343	35	17	20	26	1.94
29913323--29914663	215	6.3	216	79	4	1364	39	15	17	27	1.90
29913326--29914663	431	3.1	425	78	8	1367	39	15	17	27	1.90
29913889--29914663	214	3.6	213	79	5	819	40	14	17	27	1.89
29914599--29914784	62	3.0	62	87	0	255	37	17	18	26	1.93
29914175--29915219	555	1.9	556	84	2	1409	39	14	17	27	1.90
29914730--29915432	216	3.3	215	84	4	868	39	14	17	28	1.90
29915369--29915556	62	3.0	62	85	2	245	39	16	17	26	1.90
29915709--29915959	62	4.0	63	89	2	348	37	15	18	28	1.91
29915375--29916575	403	3.0	400	88	1	1697	39	15	17	27	1.90
29916112--29916359	62	4.0	62	92	0	397	37	16	18	26	1.93
29916298--29916791	215	2.3	215	83	3	611	38	14	17	29	1.90
29916729--29916913	62	3.0	62	88	0	255	36	18	18	25	1.94
29917068--29917256	62	3.0	62	85	1	236	33	17	19	29	1.94
29916514--29917471	339	2.8	338	85	3	1230	37	15	17	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29917192--29918127	216	4.3	217	80	5	994	38	14	17	29	1.89
29917192--29918127	440	2.1	430	84	4	1173	38	14	17	29	1.89
29918063--29918309	62	4.0	62	87	3	345	38	17	17	26	1.91
29918087--29918309	123	1.8	123	91	0	365	40	17	17	25	1.90
29918481--29918712	62	3.7	62	88	0	329	40	16	17	25	1.91
29917921--29918931	403	2.5	401	88	2	1476	38	15	17	28	1.90
29918651--29920223	216	7.3	216	83	2	1860	39	15	17	27	1.89
29918662--29920223	646	2.4	646	83	2	1985	39	15	17	27	1.89
29920159--29920308	62	2.4	62	86	0	210	39	15	17	28	1.90
29920508--29920680	62	2.8	62	90	0	274	40	17	16	25	1.90
29919956--29921016	336	3.2	336	87	4	1439	40	15	17	26	1.89
29920828--29921075	62	4.0	62	85	3	320	38	16	18	25	1.92
29921230--29921476	62	4.0	62	84	4	302	38	15	19	27	1.92
29920492--29921695	402	3.0	399	88	2	1736	39	15	17	27	1.90
29921416--29922341	216	4.3	216	82	2	1089	38	15	17	28	1.90
29921416--29922341	430	2.1	430	86	1	1246	38	15	17	28	1.90
29922277--29922524	62	4.0	62	85	3	320	37	16	19	26	1.92
29922679--29922924	62	4.0	62	82	10	281	36	15	19	27	1.92
29922730--29922924	61	3.2	62	90	4	306	37	15	20	26	1.93
29922081--29923143	402	2.6	399	87	2	1474	38	15	18	28	1.90
29922864--29923790	216	4.3	215	81	4	1050	38	15	18	28	1.91
29922864--29923790	432	2.2	432	85	3	1217	38	15	18	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29923727--29923976	62	4.0	62	85	0	331	38	17	18	25	1.92
29924128--29924253	61	2.0	62	92	1	209	38	16	17	27	1.91
29923850--29924467	277	2.2	277	85	3	816	38	14	17	28	1.90
29924190--29924899	216	3.3	212	80	6	725	39	14	16	30	1.88
29924835--29925082	62	4.0	62	88	1	345	39	16	18	25	1.91
29925237--29925484	62	4.0	62	89	0	361	35	17	19	26	1.94
29924639--29925703	402	2.6	402	88	1	1481	39	15	17	27	1.90
29925423--29926351	216	4.3	215	82	4	1082	38	14	17	29	1.90
29925423--29926351	432	2.2	432	87	1	1288	38	14	17	29	1.90
29926287--29926534	62	4.0	62	91	0	388	37	17	19	25	1.93
29926487--29926945	216	2.1	216	86	2	627	40	15	17	26	1.90
29926922--29927150	61	3.7	62	84	5	286	37	15	19	26	1.92
29925855--29927581	618	2.8	618	89	1	2558	38	15	18	27	1.91
29927090--29928015	216	4.3	214	82	4	1058	38	15	17	29	1.90
29927090--29928005	430	2.1	430	86	1	1253	38	15	17	28	1.90
29927952--29928198	62	4.0	62	89	0	368	38	17	19	24	1.93
29928353--29928602	62	4.0	62	84	3	324	35	16	20	28	1.94
29928754--29929001	62	4.0	62	92	0	406	37	17	19	25	1.94
29927755--29929213	402	3.6	402	85	2	1989	38	16	18	27	1.92
29928944--29929433	216	2.3	216	84	3	655	39	16	17	27	1.90
29929389--29929557	62	2.7	62	84	0	221	39	15	17	27	1.90
29929496--29929993	217	2.3	214	82	4	570	38	13	16	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29929929--29930114	62	3.0	62	87	0	237	36	16	18	29	1.93
29928834--29930311	556	2.7	555	90	2	2284	38	15	17	28	1.89
29930291--29930326	18	2.0	18	94	0	63	58	16	22	2	1.51
29930014--29930607	296	2.0	295	86	1	830	40	15	17	26	1.89
29929712--29930947	636	1.9	637	87	1	1818	39	14	17	28	1.89
29930564--29930752	62	3.0	62	96	0	342	37	15	18	28	1.92
29930309--29930968	340	1.9	340	87	0	969	39	15	17	27	1.90
29930688--29931616	216	4.3	215	84	3	1132	40	14	17	27	1.88
29931360--29931924	286	2.0	286	86	3	789	41	14	17	27	1.88
29931838--29932001	62	2.6	62	84	0	220	37	14	19	28	1.91
29931839--29932023	62	3.0	62	82	0	217	38	14	18	28	1.90
29935002--29935043	22	2.0	22	81	13	52	69	21	2	7	1.25
29935504--29935541	20	1.9	19	89	5	58	10	13	0	76	1.02
29937711--29937862	62	2.5	62	91	0	232	25	19	17	37	1.93
29937798--29938728	215	4.3	216	79	7	1013	27	16	15	41	1.88
29937798--29938691	422	2.1	426	82	5	1076	27	16	15	41	1.88
29937771--29939603	912	2.0	906	90	3	2843	26	16	15	41	1.88
29938920--29939829	216	4.2	216	81	3	1014	27	16	15	40	1.89
29938932--29939842	430	2.1	433	81	5	1083	27	16	15	40	1.89
29939563--29940119	277	2.0	277	85	2	762	29	17	13	38	1.88
29939840--29940334	215	2.3	215	88	2	717	30	17	13	38	1.88
29939348--29940396	492	2.1	493	88	2	1554	29	16	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29940273--29940520	62	4.0	62	95	0	433	25	18	17	38	1.92
29940982--29941162	62	3.0	60	85	4	236	37	16	18	28	1.92
29941315--29941500	62	3.0	62	91	0	300	37	15	19	27	1.92
29940810--29941719	341	2.7	340	89	2	1323	39	14	17	28	1.90
29941439--29941943	216	2.3	223	79	8	555	40	15	16	27	1.89
29941879--29942005	62	2.0	62	89	0	191	37	18	16	26	1.92
29942157--29942346	63	3.0	63	82	1	229	38	15	17	27	1.90
29942157--29942346	62	3.0	62	82	0	227	38	15	17	27	1.90
29941879--29942901	341	3.0	341	89	1	1543	39	16	17	27	1.90
29942498--29942685	62	3.0	62	90	1	306	37	14	20	27	1.92

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