genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  35  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13541445--13541473	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
13545376--13545408	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
13547478--13547515	18	2.1	18	95	0	67	34	5	18	42	1.73
13555908--13555971	11	5.8	11	79	0	74	21	29	28	20	1.98
13555908--13555971	33	1.9	33	90	0	101	21	29	28	20	1.98
13556047--13556096	16	3.1	16	74	5	55	30	2	32	36	1.69
13558638--13558680	11	3.9	11	81	0	50	37	0	6	55	1.27
13562149--13562220	35	2.1	35	97	0	135	37	18	18	26	1.93
13564121--13564198	29	2.7	28	77	18	79	29	30	3	35	1.75
13564098--13564202	30	3.5	30	75	14	101	29	31	4	34	1.78
13564094--13564219	59	2.1	57	81	11	139	31	30	4	33	1.78
13567803--13567879	29	2.7	27	77	16	75	66	5	1	27	1.21
13567856--13567901	20	2.3	20	85	7	58	60	4	0	34	1.16
13568143--13568179	19	1.9	19	89	10	58	64	0	5	29	1.15
13568142--13568227	10	8.6	10	71	12	52	61	1	3	33	1.20
13569285--13569321	18	2.1	18	90	5	58	37	0	0	62	0.96
13569317--13569347	13	2.3	14	94	5	55	19	6	12	61	1.53
13577996--13578049	24	2.2	24	83	6	65	29	3	29	37	1.75
13583189--13583258	9	7.5	10	75	20	55	64	0	2	32	1.08
13583212--13583268	18	3.1	18	74	16	53	68	0	3	28	1.06
13583362--13583412	20	2.5	20	80	0	57	43	1	0	54	1.11
13583851--13583907	27	2.2	26	81	9	62	35	3	1	59	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13586724--13586749	7	3.7	7	100	0	52	30	0	69	0	0.89
13586719--13586756	14	2.7	14	84	8	51	31	0	68	0	0.90
13597328--13597352	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13599192--13599604	209	2.0	209	99	0	817	34	11	20	33	1.89
13604994--13605018	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
13605083--13605127	23	2.0	23	86	0	63	11	35	20	33	1.88
13605088--13605132	23	2.0	22	83	8	56	11	37	15	35	1.83
13612601--13612641	21	1.9	22	90	5	66	51	39	0	9	1.35
13613833--13613890	3	20.0	3	89	7	93	31	0	1	67	1.01
13619555--13619608	23	2.4	22	87	3	72	20	20	27	31	1.97
13628576--13628646	29	2.4	30	88	4	99	43	14	11	30	1.80
13639162--13639274	24	4.7	24	88	0	163	43	18	15	23	1.87
13639181--13639269	12	7.4	12	66	0	61	44	19	14	21	1.86
13639521--13639552	12	2.7	12	95	0	55	34	0	25	40	1.56
13639943--13639967	12	2.1	12	100	0	50	36	8	24	32	1.84
13640212--13640336	47	2.7	46	83	6	162	20	3	20	56	1.56
13640386--13640412	14	1.9	14	100	0	54	25	7	14	51	1.68
13652506--13652601	43	2.2	43	94	3	167	16	11	13	58	1.63
13655224--13655256	15	2.3	15	89	5	50	21	3	6	69	1.24
13660618--13660695	41	1.9	41	86	5	113	26	16	16	39	1.90
13663148--13663197	2	25.0	2	91	0	82	0	54	0	46	1.00
13674933--13674978	24	1.9	23	86	8	65	54	4	4	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13681036--13681070	17	1.9	18	88	11	54	60	2	2	34	1.26
13681214--13681277	24	2.5	25	82	7	67	68	6	3	21	1.26
13681447--13681601	58	2.6	59	78	3	170	50	10	13	24	1.73
13698703--13698748	16	2.8	16	86	3	56	41	0	2	56	1.11
13702204--13702242	18	2.2	18	86	4	53	30	0	0	69	0.89
13706007--13706074	29	2.3	31	80	10	79	36	0	5	57	1.23
13707467--13707515	20	2.4	20	79	3	53	28	18	8	44	1.78
13707571--13707705	20	6.7	20	71	10	69	40	5	11	43	1.62
13713428--13713532	3	35.0	3	77	3	95	29	30	4	35	1.78
13717849--13717881	10	3.3	10	95	0	57	51	0	0	48	1.00
13732829--13732867	12	3.2	12	81	0	51	33	5	20	41	1.74
13741666--13741909	120	2.1	118	83	6	305	30	20	8	41	1.81
13744740--13744779	19	2.1	19	86	9	55	30	12	2	55	1.50
13745766--13745799	15	2.3	15	89	0	50	35	23	2	38	1.70
13751992--13752062	13	5.5	13	82	11	83	38	1	19	40	1.61
13751992--13752064	27	2.8	26	85	8	94	38	1	20	39	1.61
13752169--13752228	25	2.4	25	94	0	102	35	0	20	45	1.51
13752927--13752997	34	2.1	34	89	0	106	18	29	2	49	1.62
13753676--13753711	18	2.0	18	88	0	54	50	13	5	30	1.65
13761801--13761835	17	2.1	17	88	0	52	45	25	11	17	1.81
13762448--13762488	21	2.0	21	100	0	82	53	12	9	24	1.68
13763930--13763988	30	2.0	29	83	12	75	49	3	0	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13778060--13778162	32	3.4	30	74	15	95	50	7	17	24	1.72
13778049--13778162	60	1.9	60	88	0	174	51	7	16	23	1.70
13784013--13784046	17	1.9	18	88	5	52	11	2	32	52	1.53
13787453--13787548	42	2.3	42	98	0	183	35	2	7	55	1.40
13791126--13791151	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
13791727--13791771	20	2.2	20	96	0	81	33	11	17	37	1.85
13796512--13796667	78	2.0	79	96	1	287	26	16	14	42	1.86
13801825--13801856	3	10.7	3	93	0	55	62	0	37	0	0.95
13801811--13801857	9	5.3	9	79	5	51	53	0	42	4	1.20
13803766--13803884	32	3.9	32	69	15	83	49	11	13	25	1.76
13804345--13804390	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
13805912--13805955	20	2.2	20	88	8	63	61	0	0	38	0.96
13805912--13805972	20	3.3	18	74	21	54	60	0	1	37	1.07
13816137--13816227	11	7.9	11	71	16	60	30	3	3	62	1.27
13816145--13816179	14	2.5	14	90	0	52	31	2	0	65	1.07
13816195--13816227	12	2.9	11	91	8	57	30	0	0	69	0.88
13817794--13817835	18	2.4	18	88	4	59	21	11	19	47	1.81
13826875--13826936	32	1.9	33	87	9	92	29	19	4	46	1.70
13827161--13827341	58	3.1	58	80	3	211	49	13	12	24	1.77
13830054--13830078	13	1.9	13	100	0	50	56	0	28	16	1.41
13838190--13838291	34	3.0	35	87	4	129	40	15	7	36	1.77
13839826--13839910	31	2.7	31	81	3	100	41	14	9	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13840076--13840111	18	2.0	18	88	0	54	50	13	5	30	1.65
13840906--13840976	34	2.1	34	89	0	106	18	29	2	49	1.62
13846415--13846462	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
13858767--13858880	58	2.0	58	96	0	210	21	28	26	23	1.99
13860086--13860125	19	2.0	20	90	4	64	47	7	0	45	1.31
13875770--13875822	20	2.7	20	88	2	81	32	0	9	58	1.30
13877618--13877689	30	2.4	30	83	6	83	47	18	12	22	1.81
13878591--13878824	29	8.2	28	73	14	140	35	3	27	33	1.74
13878757--13878832	29	2.6	28	78	10	82	39	3	21	35	1.72
13880582--13880683	6	17.8	6	67	13	63	53	4	1	39	1.33
13880583--13880691	17	6.4	17	84	1	137	55	4	1	38	1.31
13880570--13880664	34	2.8	33	77	6	100	51	3	2	43	1.29
13880583--13880691	51	2.1	51	87	1	155	55	4	1	38	1.31
13881161--13881567	39	10.4	38	70	15	126	26	21	29	22	1.99
13881120--13881959	78	10.9	78	76	9	638	26	19	30	23	1.98
13881120--13881891	117	6.7	116	73	13	497	26	19	30	23	1.98
13881675--13881879	39	5.3	38	72	14	159	26	17	32	24	1.97
13881406--13881748	185	1.9	185	86	2	501	25	20	30	23	1.98
13884212--13884238	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
13885639--13885665	13	2.1	13	100	0	54	29	11	14	44	1.80
13885726--13885934	103	2.0	103	96	0	382	28	19	17	34	1.95
13888762--13888810	22	2.5	18	77	22	62	40	4	20	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13888770--13888815	22	2.1	22	100	0	92	45	4	17	32	1.68
13896554--13896803	29	8.6	29	72	8	143	32	4	27	36	1.75
13896573--13896768	58	3.4	58	78	4	162	35	4	25	35	1.75
13896568--13896768	87	2.3	88	77	7	194	34	3	25	35	1.75
13898092--13898138	23	2.0	24	88	12	71	23	6	17	53	1.66
13898536--13898619	17	4.9	17	76	4	80	53	4	3	38	1.39
13898522--13898619	34	2.9	34	74	8	92	50	4	3	42	1.37
13905529--13905624	30	3.1	30	95	3	165	42	9	7	40	1.65
13906296--13906464	83	2.0	83	100	0	338	31	19	20	28	1.97
13917040--13917085	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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