genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28439864--28439917	25	2.2	25	93	0	90	42	18	14	24	1.88
28447256--28447288	9	3.7	9	84	15	50	33	0	0	66	0.92
28447390--28447420	16	2.0	16	93	6	55	41	6	0	51	1.27
28447506--28447580	34	2.3	33	88	4	107	32	0	18	49	1.48
28448079--28448126	18	2.8	18	81	15	57	64	0	0	35	0.94
28448097--28448142	22	2.1	22	88	8	67	65	0	0	34	0.93
28451130--28451162	16	2.1	16	94	0	57	54	3	18	24	1.57
28452096--28452342	52	4.8	52	89	2	388	26	14	24	34	1.93
28452180--28452261	26	3.2	26	62	25	64	28	12	23	36	1.90
28454928--28454965	20	1.9	20	88	0	58	65	2	5	26	1.27
28455033--28455074	15	2.7	16	88	3	59	47	2	0	50	1.14
28461131--28461164	18	1.9	17	94	5	59	35	2	0	61	1.11
28461376--28461449	34	2.2	32	83	6	94	37	2	14	44	1.60
28461995--28462032	18	2.2	17	86	13	51	68	0	0	31	0.90
28462003--28462048	22	2.1	22	84	15	60	67	2	0	30	1.03
28466227--28466268	20	2.1	21	86	8	61	57	4	0	38	1.20
28466362--28466441	19	4.5	17	77	17	74	40	2	0	57	1.12
28468894--28468927	18	1.9	18	88	5	52	55	8	29	5	1.54
28475375--28475407	17	1.9	17	88	11	50	39	0	12	48	1.40
28483897--28483921	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
28485608--28485772	84	2.0	82	87	4	235	20	17	15	46	1.84
28489566--28489595	15	2.0	15	93	0	51	40	6	23	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28496117--28496157	21	1.9	22	90	5	66	17	34	24	24	1.96
28498862--28498909	17	2.8	17	81	6	62	50	14	16	18	1.79
28501691--28501782	45	2.0	45	100	0	184	31	26	14	28	1.94
28518153--28518207	25	2.2	26	83	9	69	18	5	12	63	1.47
28520621--28520659	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
28527748--28527781	16	2.1	17	94	5	61	32	0	0	67	0.91
28534067--28534121	25	2.2	26	90	9	87	18	5	10	65	1.42
28543455--28543497	21	2.0	21	90	0	68	39	27	9	23	1.85
28543459--28543505	21	2.2	21	84	0	58	48	21	10	19	1.78
28563677--28563738	29	2.1	30	93	3	108	35	6	8	50	1.58
28571532--28571585	22	2.5	22	81	6	65	44	16	0	38	1.48
28588602--28588803	108	1.9	108	84	0	269	22	18	23	36	1.95
28591381--28591410	15	2.0	15	93	0	51	53	10	6	30	1.60
28591593--28591823	96	2.4	96	88	1	338	40	19	8	31	1.81
28595947--28595989	22	2.0	21	86	4	59	74	0	0	25	0.82
28600771--28600832	31	2.0	31	100	0	124	38	16	29	16	1.90
28603182--28603227	19	2.4	19	89	10	67	17	8	0	73	1.07
28607106--28607140	15	2.2	16	90	5	54	54	11	5	28	1.59
28610529--28610574	24	1.9	24	82	8	58	65	13	2	19	1.37
28617544--28617600	30	1.9	29	82	10	71	3	24	0	71	1.01
28626160--28626197	19	2.1	19	85	5	51	36	0	18	44	1.50
28630533--28630639	20	5.2	20	72	5	81	47	12	7	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28630779--28630821	22	2.0	22	86	8	63	46	16	6	30	1.73
28634546--28634968	191	2.2	191	96	0	783	29	24	17	28	1.97
28653149--28653196	17	2.8	17	76	17	55	52	14	16	16	1.76
28671054--28671108	25	2.2	26	87	9	78	20	5	10	63	1.46
28686318--28686348	16	2.0	15	93	6	53	9	0	6	83	0.79
28686961--28687013	25	2.1	25	89	6	81	15	5	15	64	1.47
28686969--28687023	25	2.2	26	90	9	87	18	5	10	65	1.42
28688189--28688223	14	2.5	14	85	0	52	42	8	20	28	1.81
28691569--28691644	37	2.1	36	85	11	102	40	1	2	55	1.22
28691569--28691644	12	6.8	11	72	19	52	40	1	2	55	1.22
28691570--28691729	20	8.8	18	69	19	75	40	1	5	51	1.36
28691587--28691721	68	2.0	69	89	1	209	40	2	5	51	1.36
28706624--28706656	17	1.9	18	88	11	52	15	6	12	66	1.42
28707232--28707287	18	2.9	18	76	7	58	71	0	21	7	1.09
28713298--28713541	43	5.7	43	82	2	294	32	19	25	23	1.97
28713298--28713541	86	2.8	86	87	0	328	32	19	25	23	1.97
28720805--28720845	12	3.3	12	86	3	55	0	29	0	70	0.87
28720805--28720850	24	1.9	24	82	8	58	0	28	2	69	1.00
28723156--28723190	18	1.9	18	88	0	52	25	11	22	40	1.88
28732761--28732796	6	5.8	6	90	3	54	80	2	13	2	0.93
28737569--28737616	22	2.2	22	81	7	53	43	18	0	37	1.51
28757564--28757598	15	2.2	16	90	5	54	54	11	5	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28757774--28758003	96	2.4	96	95	0	406	39	20	9	31	1.83
28758371--28758396	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
28762084--28762127	16	2.8	17	83	12	51	75	2	0	22	0.92
28771830--28771863	16	2.2	15	89	5	50	58	5	2	32	1.37
28782415--28782464	22	2.3	21	80	10	55	4	20	2	74	1.08
28791071--28791108	19	2.1	19	85	5	51	36	0	18	44	1.50
28795482--28795588	20	5.2	20	71	7	65	47	13	6	32	1.68
28798342--28798387	22	2.0	25	87	12	71	67	0	8	23	1.18
28800514--28800563	21	2.4	21	86	0	64	34	28	12	26	1.92
28802121--28802147	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
28802813--28802922	50	2.2	50	90	0	166	31	28	13	26	1.94
28804866--28804905	20	2.0	20	100	0	80	30	10	10	50	1.69
28822158--28822246	43	2.1	43	93	0	151	39	14	3	42	1.62
28822235--28822292	23	2.5	23	100	0	116	41	22	10	25	1.85
28824010--28824066	19	3.0	19	81	0	60	42	26	5	26	1.76
28830910--28830998	43	2.1	43	93	0	151	39	14	3	42	1.62
28830987--28831044	23	2.5	23	100	0	116	41	22	10	25	1.85
28832759--28832815	19	3.0	19	81	0	60	42	26	5	26	1.76
28840863--28840900	15	2.5	16	79	12	53	71	7	13	7	1.31
28842880--28847378	216	20.9	216	82	4	5082	27	17	13	40	1.88
28844131--28844179	24	2.0	24	96	0	89	22	28	16	32	1.95
28856973--28857030	17	3.4	17	80	0	62	48	12	15	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28856973--28857038	34	1.9	34	85	11	91	46	12	18	22	1.81
28856973--28857038	17	3.9	17	77	0	60	46	12	18	22	1.81
28863108--28863147	22	1.9	21	85	10	55	35	12	0	52	1.39
28869364--28871493	216	10.0	214	80	6	2039	27	17	14	40	1.88
28871330--28871654	160	2.0	161	85	4	442	28	17	14	40	1.89
28871489--28884791	216	61.9	216	82	3	14661	27	17	14	40	1.89
28882421--28882457	17	2.1	18	90	5	58	21	16	16	45	1.84
28883870--28884792	215	4.3	214	83	3	1138	27	17	14	39	1.89
28885027--28885285	144	1.8	141	84	5	351	43	14	15	26	1.86
28885169--28889873	216	21.9	214	79	4	4426	40	14	18	27	1.89
28885169--28889873	432	11.0	432	82	3	4984	40	14	18	27	1.89
28888925--28889281	194	1.8	194	81	3	450	40	13	19	27	1.88
28889871--28897175	216	33.9	214	80	3	6988	27	18	13	40	1.88
28898489--28898707	26	8.5	26	76	5	203	32	29	16	21	1.95
28898489--28898707	51	4.3	50	83	4	242	32	29	16	21	1.95
28898489--28898707	102	2.1	102	84	4	280	32	29	16	21	1.95
28900633--28900667	6	5.8	6	100	0	70	17	48	0	34	1.47
28902237--28902286	3	16.7	3	95	0	91	32	34	0	34	1.58
28902285--28902338	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
28902337--28902397	3	20.7	3	89	3	97	1	1	29	67	1.10
28902931--28902974	19	2.3	20	80	11	56	36	2	6	54	1.40
28902829--28903086	140	1.8	141	91	4	434	41	3	10	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28902950--28903192	121	2.0	118	85	7	321	41	3	9	45	1.53
28903206--28903417	51	4.2	51	66	13	130	42	3	11	42	1.57
28903149--28903442	152	1.9	150	89	1	453	43	3	11	41	1.57
28903079--28903481	152	2.7	147	79	8	418	43	3	10	42	1.56
28907951--28907984	4	8.5	4	86	0	50	23	29	0	47	1.52
28907951--28907984	16	2.1	16	100	0	68	23	29	0	47	1.52
28915994--28916018	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
28916253--28916303	12	4.0	12	75	22	50	78	1	9	9	1.04
28919109--28919611	42	11.9	42	85	3	643	21	18	24	35	1.95
28919955--28920026	3	24.0	3	91	0	117	33	1	1	63	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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