genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  64  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21386390--21386510	23	5.3	23	91	0	206	47	10	4	37	1.57
21386905--21387090	36	5.2	36	87	0	264	37	22	9	31	1.85
21393158--21393185	13	2.2	13	100	0	56	60	0	32	7	1.24
21400773--21401240	23	20.4	23	86	0	614	47	13	4	34	1.64
21413840--21414017	72	2.5	72	91	0	284	56	14	5	24	1.58
21417066--21417099	12	3.0	12	91	8	54	67	0	23	8	1.18
21418867--21418898	17	1.9	16	93	6	55	9	37	0	53	1.34
21421908--21422088	49	3.7	49	74	7	143	21	24	13	39	1.90
21421908--21422088	98	1.8	98	80	6	215	21	24	13	39	1.90
21422062--21422889	49	17.1	49	82	5	833	22	28	13	35	1.92
21422145--21422265	48	2.7	44	80	9	152	18	30	13	38	1.89
21424054--21424289	26	9.0	26	77	9	212	30	15	28	24	1.96
21424059--21424292	78	3.0	78	83	6	242	30	15	28	24	1.96
21426383--21426439	10	5.5	11	79	8	66	1	15	1	80	0.87
21426390--21426429	11	3.5	11	89	3	53	2	17	2	77	0.99
21426383--21426439	21	2.7	22	83	5	73	1	15	1	80	0.87
21427236--21427383	66	2.2	68	82	10	180	6	20	14	58	1.58
21437364--21437751	60	6.4	60	89	2	528	37	20	11	31	1.87
21456430--21456541	56	2.0	57	87	5	165	26	18	7	47	1.74
21458182--21458221	17	2.4	17	87	8	55	40	17	20	22	1.92
21460504--21460545	18	2.3	18	88	8	59	26	9	42	21	1.83
21464146--21464180	17	1.9	19	88	11	56	74	2	0	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21464143--21464200	26	2.4	25	83	13	68	70	5	0	24	1.07
21467422--21467564	57	2.6	55	84	14	195	54	2	8	34	1.45
21467426--21467576	56	2.7	55	84	14	200	52	3	8	35	1.49
21471297--21471379	26	3.2	25	66	19	62	53	1	7	38	1.37
21471291--21471389	52	1.9	51	89	2	153	51	1	7	40	1.36
21471350--21471470	38	3.1	38	78	7	118	55	0	9	35	1.32
21471420--21471522	49	2.1	47	81	8	118	49	0	9	40	1.36
21471293--21471534	129	1.8	131	90	6	391	50	0	9	39	1.38
21471653--21471682	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
21472276--21472335	25	2.3	26	91	5	95	63	8	10	18	1.50
21472201--21472419	109	2.0	109	86	1	305	53	10	11	23	1.68
21472311--21472593	84	3.4	85	80	6	310	54	12	10	23	1.68
21472303--21472606	168	1.8	166	83	6	400	55	11	10	22	1.66
21473719--21473840	39	3.2	39	73	9	97	53	4	9	31	1.55
21473577--21473801	36	6.1	38	69	15	96	54	4	8	32	1.51
21479094--21479153	28	2.1	28	82	11	70	46	26	0	26	1.53
21479170--21479198	13	2.1	14	93	6	51	55	20	0	24	1.44
21480852--21480887	6	6.0	6	96	0	54	77	5	0	16	0.94
21486181--21486206	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
21489583--21489841	120	2.2	120	85	2	358	27	25	16	31	1.96
21498071--21498105	17	2.1	17	94	0	61	40	25	0	34	1.56
21500189--21500243	27	2.0	27	96	0	101	21	25	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21501052--21501416	120	3.0	120	89	0	516	29	24	15	30	1.96
21502894--21502974	39	2.0	40	90	2	128	38	13	11	37	1.80
21513814--21513848	6	5.8	6	87	12	54	80	0	20	0	0.72
21513816--21513846	13	2.5	13	94	5	55	80	0	19	0	0.71
21520815--21520894	29	2.8	30	81	7	85	18	6	20	55	1.64
21522543--21522593	21	2.4	21	86	0	66	23	11	19	45	1.83
21522554--21522609	21	2.7	21	85	0	67	21	8	21	48	1.77
21523229--21523303	31	2.4	31	86	2	105	24	17	29	29	1.97
21523278--21523451	75	2.3	76	80	4	199	27	17	25	29	1.97
21523503--21523605	43	2.4	43	88	3	145	24	23	25	27	2.00
21523742--21523914	29	5.9	29	84	2	213	28	9	19	42	1.82
21523742--21523914	59	3.0	59	86	1	224	28	9	19	42	1.82
21523737--21523912	88	2.0	88	86	2	246	28	9	18	43	1.81
21523750--21523933	88	2.1	88	83	2	226	27	10	19	42	1.84
21529712--21529739	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
21531698--21531804	50	2.1	50	100	0	214	44	13	11	30	1.78
21540006--21540099	41	2.3	41	90	0	152	36	26	6	30	1.82
21543672--21543725	23	2.3	24	81	9	67	18	3	37	40	1.69
21544371--21544467	37	2.6	38	91	4	153	47	2	1	49	1.20
21544413--21544467	9	6.9	9	71	24	52	47	1	0	50	1.11
21552702--21552754	22	2.5	20	75	6	52	37	3	16	41	1.67
21552981--21553013	15	2.3	15	89	5	50	27	6	15	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21565460--21565570	55	2.0	55	87	0	159	30	27	16	26	1.96
21567031--21567079	23	2.1	23	92	0	80	20	34	16	28	1.94
21568929--21568974	18	2.4	19	86	13	60	58	10	15	15	1.63
21571146--21571197	24	2.1	25	82	3	61	69	7	9	13	1.37
21575065--21575113	18	2.7	18	90	0	71	18	18	34	28	1.94
21591918--21592166	124	2.0	124	100	0	498	30	16	25	27	1.97
21613419--21613941	189	2.8	188	82	4	624	35	17	22	24	1.95
21614663--21614695	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
21632427--21632452	10	2.6	10	100	0	52	19	7	0	73	1.07
21634369--21634454	42	2.0	42	97	0	163	38	13	15	32	1.87
21634936--21634972	19	1.9	19	88	0	56	35	24	21	18	1.96
21634946--21634992	19	2.5	19	89	0	67	36	19	19	25	1.95
21635239--21635277	21	1.9	20	89	5	60	33	33	0	33	1.58
21640115--21640148	17	2.1	16	94	5	59	55	5	2	35	1.39
21641160--21641213	20	2.7	20	88	0	72	38	1	37	22	1.65
21641110--21641264	74	2.2	70	88	4	220	39	1	34	25	1.64
21642409--21642455	19	2.5	18	80	16	51	55	0	4	40	1.19
21644549--21644598	20	2.5	21	81	18	63	46	0	6	48	1.27
21644627--21644656	16	1.9	16	93	6	53	50	0	6	43	1.28
21644750--21644794	17	2.7	17	89	3	65	37	11	2	48	1.51
21649691--21649729	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
21659828--21659858	10	3.0	10	90	9	53	38	0	19	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21660133--21660211	31	2.6	31	90	4	117	39	2	6	51	1.41
21663404--21663549	58	2.5	58	81	11	174	45	2	1	50	1.21
21663719--21663790	16	4.5	16	91	0	117	26	29	5	38	1.79
21663719--21663789	32	2.2	32	97	0	133	26	28	5	39	1.79
21664020--21664046	10	2.7	10	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21664059--21664117	30	2.0	30	82	0	73	47	1	1	49	1.21
21665591--21665659	33	2.1	33	81	5	77	37	5	11	44	1.65
21666006--21666031	10	2.6	10	100	0	52	46	23	11	19	1.82
21666458--21666494	18	2.1	18	89	0	56	62	10	2	24	1.41
21671529--21672049	257	2.0	257	95	0	936	45	10	10	33	1.73
21672594--21672632	19	2.1	19	85	0	51	48	2	17	30	1.61
21672750--21672934	92	2.1	85	90	7	282	58	5	12	22	1.56
21672953--21673176	29	7.6	29	81	5	166	36	2	25	35	1.70
21673099--21673206	30	3.6	30	80	7	130	43	0	18	37	1.50
21672948--21673198	59	4.3	57	74	8	173	38	2	23	35	1.68
21672922--21673197	29	9.4	30	77	9	142	38	2	25	34	1.68
21675079--21675242	85	1.9	85	87	0	238	23	24	13	38	1.91
21675287--21675452	85	2.0	85	86	0	233	24	23	16	36	1.94
21675087--21675616	209	2.5	209	89	2	789	24	21	16	38	1.93
21675429--21675779	162	2.2	162	90	1	544	24	19	18	37	1.94
21675657--21675819	85	1.9	85	83	5	213	24	23	14	37	1.92
21675590--21676246	210	3.1	208	88	2	992	25	21	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21675079--21676197	581	1.9	580	88	1	1704	24	21	16	37	1.93
21676173--21676293	48	2.5	48	95	0	215	24	23	14	37	1.93
21676221--21676523	161	1.9	161	90	0	480	22	20	18	38	1.93
21675590--21676571	209	4.7	208	79	8	995	23	21	16	37	1.93
21676370--21676654	124	2.3	124	89	1	428	21	20	18	39	1.92
21678277--21678301	11	2.3	11	100	0	50	28	20	24	28	1.99
21686640--21686702	23	2.6	24	77	7	65	61	0	12	25	1.31
21687849--21687895	23	2.0	23	87	0	67	4	27	12	55	1.56
21688681--21688714	14	2.4	14	100	0	68	58	11	8	20	1.59
21689846--21689921	30	2.6	30	81	6	93	42	3	19	34	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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