genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24910580--24910967	90	4.3	89	77	5	320	36	2	25	36	1.69
24916673--24916880	41	5.1	41	81	2	222	38	12	23	25	1.90
24921758--24922013	82	3.1	82	87	2	336	36	10	26	26	1.89
24921758--24921975	41	5.3	41	90	0	337	37	11	25	26	1.90
24921758--24922013	123	2.1	123	84	3	327	36	10	26	26	1.89
24927007--24927355	52	6.7	52	92	0	545	35	23	14	27	1.93
24932406--24932527	50	2.4	50	81	5	131	34	18	22	24	1.96
24934316--24934801	157	3.1	158	83	2	584	20	23	25	30	1.98
24940341--24940827	158	3.1	158	89	1	735	20	25	25	28	1.99
24940809--24940903	38	2.5	38	98	0	181	25	17	24	32	1.97
24941125--24941192	13	5.3	13	70	18	54	42	1	19	36	1.60
24943936--24944060	30	4.2	30	82	4	128	36	21	7	34	1.81
24944035--24944162	30	4.3	30	79	4	132	35	21	7	36	1.80
24955543--24955579	12	3.1	12	100	0	74	35	8	16	40	1.78
24956526--24956589	13	4.9	13	71	21	53	35	6	20	37	1.78
24956526--24956589	26	2.5	25	73	16	67	35	6	20	37	1.78
24960028--24960083	18	3.1	18	72	10	51	44	7	33	14	1.72
24971763--24971790	11	2.5	11	100	0	56	39	10	7	42	1.67
24986066--24986104	17	2.2	18	90	4	62	46	15	2	35	1.60
24986141--24986183	17	2.4	19	76	15	54	60	11	0	27	1.31
24989014--24989049	18	2.0	18	89	10	56	61	5	0	33	1.19
24992220--24992244	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24995280--24995359	42	1.9	42	94	0	142	46	13	8	31	1.74
24995518--24995699	97	1.9	98	90	1	294	26	13	12	47	1.78
24996517--24996562	24	1.9	24	90	0	74	34	8	32	23	1.86
24998377--24998406	12	2.6	12	94	5	53	20	13	0	66	1.24
25000511--25000540	9	3.3	9	90	0	51	60	0	40	0	0.97
25007765--25007900	41	3.3	41	91	1	220	36	28	5	29	1.81
25015745--25015791	21	2.2	21	88	0	67	6	23	8	61	1.48
25051919--25051954	13	2.8	13	100	0	72	27	25	8	38	1.84
25076698--25077125	213	2.0	213	94	1	743	35	19	12	31	1.90
25080504--25080542	19	2.1	18	90	4	60	38	0	5	56	1.22
25088227--25088314	37	2.4	37	88	0	131	38	32	19	9	1.83
25088250--25088311	16	3.6	16	68	19	52	37	32	17	12	1.88
25093391--25093426	18	2.1	17	90	10	56	38	0	0	61	0.96
25093395--25093443	18	2.7	18	84	12	57	40	4	2	53	1.32
25098336--25098382	22	2.1	23	88	11	71	38	4	0	57	1.18
25104891--25105068	38	4.7	38	81	2	205	39	30	16	13	1.87
25105003--25105125	58	2.1	59	80	3	131	40	26	14	18	1.89
25107562--25107609	23	2.1	22	96	3	87	37	22	8	31	1.84
25111848--25111952	23	4.5	23	87	3	140	30	11	19	39	1.87
25111918--25111963	23	2.0	23	83	8	58	39	10	17	32	1.84
25113165--25113336	94	1.8	94	92	0	290	47	5	10	37	1.61
25113337--25113413	26	3.0	26	67	7	66	44	1	7	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25116136--25116196	30	2.0	30	96	0	113	16	26	29	27	1.97
25127166--25127213	24	2.0	24	84	8	62	47	4	8	39	1.53
25140027--25140058	13	2.4	14	94	5	57	59	0	40	0	0.97
25139999--25140061	24	2.8	21	75	15	63	60	0	39	0	0.97
25140472--25140512	17	2.4	17	83	0	55	24	17	7	51	1.70
25156424--25156489	34	1.9	34	84	6	89	24	18	9	48	1.76
25158048--25158095	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
25159667--25159710	18	2.4	18	96	0	79	45	9	36	9	1.68
25167135--25167197	30	2.1	30	96	0	117	25	12	9	52	1.69
25177980--25178033	25	2.2	24	84	15	67	72	5	11	11	1.28
25177980--25178033	24	2.2	25	83	9	67	72	5	11	11	1.28
25191842--25191875	15	2.4	15	90	9	54	82	0	17	0	0.67
25192185--25192498	112	2.8	110	82	6	344	28	21	11	37	1.89
25192960--25193323	147	2.5	146	81	3	415	33	17	29	19	1.95
25192936--25193344	49	8.3	49	72	4	230	34	16	29	19	1.94
25193144--25193323	99	1.8	99	82	0	234	31	16	32	20	1.94
25193144--25193344	99	2.0	99	81	1	233	31	15	31	20	1.94
25193671--25194550	78	11.3	77	84	6	1008	31	23	18	25	1.98
25193670--25194497	234	3.6	234	89	1	1184	31	23	18	25	1.97
25193696--25194442	40	19.2	38	70	13	340	32	23	18	26	1.97
25196460--25196484	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25218545--25218577	17	1.9	17	93	0	57	51	12	18	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25224994--25225037	21	2.1	21	86	0	61	15	6	29	47	1.72
25264848--25264886	19	2.1	19	85	0	51	56	15	10	17	1.66
25267238--25267271	18	1.9	18	88	5	52	38	20	2	38	1.68
25270221--25270274	17	3.2	17	81	0	63	31	22	11	35	1.89
25270261--25270317	17	3.4	17	75	0	60	26	22	14	36	1.92
25272741--25272929	52	3.6	52	69	3	146	38	20	12	29	1.89
25275952--25276053	29	3.5	29	82	0	132	45	25	10	18	1.82
25277269--25277304	15	2.4	15	90	9	56	19	2	2	75	1.06
25285426--25285515	29	3.1	28	68	9	81	27	16	12	43	1.84
25285505--25285553	24	2.0	24	100	0	98	32	24	4	38	1.74
25285698--25285745	18	2.4	21	76	13	57	64	0	2	33	1.05
25285705--25285745	18	2.2	20	86	8	59	63	0	2	34	1.08
25286446--25286490	25	2.0	22	83	16	56	35	0	2	62	1.08
25286451--25286515	28	2.3	30	76	17	75	35	0	1	63	1.04
25286534--25286593	23	2.8	22	77	10	70	28	0	3	68	1.05
25292000--25292055	16	3.5	16	92	0	94	37	5	30	26	1.79
25292225--25292379	58	2.6	59	84	9	192	51	1	1	45	1.17
25292344--25292394	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
25296337--25297748	325	4.3	325	97	0	2637	38	20	12	28	1.89
25299510--25299572	27	2.3	26	84	10	74	31	0	6	61	1.21
25299999--25300061	28	2.2	29	81	13	78	61	11	4	22	1.47
25300420--25300455	16	2.3	15	90	9	54	80	0	2	16	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25300503--25300545	15	2.7	16	78	10	52	34	2	0	62	1.08
25302520--25302569	11	4.7	11	73	9	50	18	0	18	64	1.30
25302530--25302568	20	2.0	20	84	0	51	15	0	17	66	1.25
25310970--25311007	17	2.2	18	90	9	62	50	15	0	34	1.45
25314412--25314471	21	2.9	21	76	0	66	40	26	6	26	1.81
25326955--25327189	43	5.5	43	83	1	256	28	25	19	27	1.98
25326955--25327189	129	1.8	129	83	3	312	28	25	19	27	1.98
25333135--25333232	26	3.5	26	75	16	88	34	1	13	51	1.48
25333239--25333307	34	2.0	34	86	5	95	44	5	2	46	1.42
25334582--25334667	40	2.1	40	82	2	100	38	18	20	22	1.94
25334594--25334702	40	2.7	40	88	0	155	42	19	18	20	1.90
25334705--25334954	41	6.1	41	81	3	263	36	16	24	22	1.94
25334722--25334947	81	2.8	82	84	2	276	37	17	24	20	1.94
25334684--25334954	122	2.2	123	80	5	305	37	15	25	21	1.93
25337549--25337648	43	2.3	43	92	0	173	29	19	24	28	1.98
25337574--25337707	43	3.2	43	82	5	132	33	17	26	22	1.96
25337633--25337722	40	2.2	41	84	2	119	34	15	27	22	1.94
25340396--25340441	23	2.0	23	86	4	65	21	10	6	60	1.52
25340726--25340810	43	2.0	43	90	0	134	29	17	24	28	1.97
25340806--25340834	13	2.2	13	100	0	58	6	20	31	41	1.79
25340821--25340997	43	4.1	43	80	1	167	27	18	24	29	1.98
25340725--25340920	99	2.0	99	84	4	261	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25340819--25340997	86	2.1	85	81	8	202	27	17	25	29	1.98
25342454--25342546	49	1.9	48	86	6	134	32	0	40	26	1.56
25342667--25342762	41	2.3	41	80	10	106	21	19	12	45	1.83
25350350--25350448	31	3.2	30	69	15	85	34	9	13	43	1.75
25350722--25350957	41	5.8	41	77	4	183	21	23	17	37	1.94
25350722--25350957	82	2.9	81	79	6	235	21	23	17	37	1.94
25351202--25351338	72	1.9	72	89	0	211	36	18	14	29	1.91
25359897--25359943	7	6.7	7	82	0	58	19	25	21	34	1.96
25359894--25359943	14	3.6	14	80	0	64	20	28	20	32	1.97
25360565--25360612	6	8.2	6	95	4	89	31	0	33	35	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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