genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28920737--28920780	19	2.3	20	80	11	56	36	2	6	54	1.40
28920602--28921127	148	3.6	150	82	10	542	42	2	10	44	1.53
28920874--28921101	52	4.5	50	66	17	123	42	2	9	45	1.49
28921124--28921169	24	2.0	23	82	4	56	52	2	6	39	1.40
28920489--28921168	141	4.7	143	80	12	543	43	2	10	43	1.54
28922143--28922174	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
28923907--28924845	471	2.0	471	86	2	1312	31	15	20	31	1.94
28938657--28938725	27	2.6	27	85	0	102	23	24	14	37	1.92
28941208--28941239	17	1.9	17	93	6	57	37	18	3	40	1.67
28943204--28943454	41	6.2	40	77	5	209	17	17	29	35	1.93
28943595--28943670	13	5.7	13	74	13	66	46	1	15	36	1.55
28943572--28943670	40	2.5	40	88	6	155	44	3	16	36	1.63
28943596--28943668	27	2.7	27	79	8	78	45	1	16	36	1.56
28947335--28947391	3	20.0	3	74	16	50	66	0	29	3	1.08
28947337--28947391	16	3.5	15	73	26	51	67	0	29	3	1.08
28947680--28947762	3	28.7	3	81	11	102	65	1	32	1	1.08
28950738--28950866	64	2.0	64	100	0	258	37	4	17	41	1.70
28953195--28954126	465	2.0	466	99	0	1839	35	12	26	24	1.92
28959984--28960043	21	2.9	21	84	0	75	31	13	23	31	1.93
28961551--28961760	41	5.2	41	80	5	212	19	16	27	36	1.93
28961722--28961753	16	2.0	16	93	0	55	12	28	31	28	1.93
28961656--28961788	41	3.2	41	75	2	115	19	18	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28961574--28961781	82	2.5	82	78	5	199	20	18	26	35	1.95
28961931--28961987	13	4.3	13	78	12	62	42	0	17	40	1.49
28982490--28982545	25	2.2	26	84	6	71	30	19	21	28	1.98
28990373--28990401	12	2.4	12	100	0	58	31	17	10	41	1.83
29007150--29007182	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
29007377--29007532	50	3.1	50	76	11	140	35	16	11	36	1.85
29010248--29010282	14	2.5	14	86	13	54	74	0	20	5	1.02
29022409--29022533	47	2.7	47	83	0	160	40	23	12	23	1.89
29027220--29027595	71	5.3	71	83	1	441	32	17	23	26	1.96
29027254--29027580	35	9.2	35	69	9	180	32	16	24	26	1.96
29031079--29031161	38	2.2	38	84	4	105	14	21	27	36	1.93
29039767--29039841	37	2.0	37	94	0	132	41	14	17	26	1.88
29043806--29043830	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
29052021--29052066	22	2.2	20	88	11	67	19	34	17	28	1.94
29055261--29055304	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
29081519--29081561	9	4.9	9	85	5	61	0	13	0	86	0.58
29082619--29082670	24	2.1	25	82	10	63	1	36	1	59	1.19
29093921--29093952	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
29106888--29106918	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
29107047--29107127	12	6.8	12	81	2	83	70	18	2	8	1.24
29107066--29107150	23	3.7	23	78	13	102	70	14	4	10	1.30
29107051--29107164	35	3.3	35	75	4	88	67	18	4	9	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29107156--29107250	41	2.3	41	82	7	113	67	23	4	5	1.29
29107167--29107250	21	4.1	20	77	8	87	69	23	3	3	1.21
29108163--29108310	26	5.7	26	84	4	160	32	25	18	23	1.97
29118413--29118543	26	5.1	26	84	5	117	36	23	16	22	1.94
29118412--29118559	52	2.9	51	82	7	167	35	24	16	22	1.95
29118445--29118558	25	4.5	25	86	5	149	34	26	18	21	1.96
29126642--29126738	21	4.6	21	81	2	97	29	25	13	30	1.94
29133282--29133324	18	2.4	17	85	11	59	20	16	44	18	1.87
29140420--29140462	21	2.0	22	86	9	61	18	18	0	62	1.32
29141086--29141153	23	3.0	23	80	0	82	30	26	16	26	1.96
29144153--29144179	13	2.1	13	100	0	54	40	7	37	14	1.74
29149039--29149179	68	2.1	68	93	0	237	36	19	22	21	1.95
29151761--29152081	80	4.0	80	89	0	453	33	24	18	23	1.96
29152161--29152218	7	8.4	7	76	3	55	34	17	24	24	1.96
29152162--29152202	21	2.0	21	90	0	64	36	19	21	21	1.95
29152177--29152215	13	2.9	13	85	7	51	35	17	23	23	1.95
29165534--29165705	67	2.7	64	87	9	253	52	4	0	41	1.26
29166233--29166580	40	8.8	40	76	5	321	23	19	26	29	1.98
29166232--29166547	79	4.0	79	90	0	479	23	19	26	30	1.98
29166618--29166747	50	2.6	50	85	4	154	20	26	18	34	1.95
29171533--29171605	31	2.4	31	93	4	123	42	10	16	30	1.82
29174104--29174251	67	2.2	69	91	4	239	56	2	0	40	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29177101--29177158	29	2.0	29	86	0	80	15	5	22	56	1.58
29178697--29178729	10	3.3	10	100	0	66	45	0	33	21	1.52
29178784--29178809	12	2.2	12	100	0	52	34	0	42	23	1.54
29180389--29180728	51	6.6	50	85	4	387	32	14	22	30	1.93
29180389--29180728	102	3.3	102	88	3	452	32	14	22	30	1.93
29180389--29180728	153	2.2	154	86	2	459	32	14	22	30	1.93
29210646--29210687	18	2.4	17	81	18	50	76	2	16	4	1.07
29214664--29214834	94	1.8	94	92	2	290	46	3	9	39	1.54
29214804--29214886	26	3.2	25	68	13	69	53	0	7	39	1.29
29214867--29214902	15	2.3	16	90	4	56	66	0	0	33	0.92
29214798--29214900	52	2.0	52	88	3	154	52	0	5	41	1.25
29214854--29214976	38	3.2	37	72	16	104	55	0	8	36	1.30
29214927--29215028	48	2.1	47	82	7	125	49	0	9	41	1.36
29214800--29215040	128	1.8	133	89	5	384	51	0	9	39	1.34
29215167--29215206	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
29215799--29215858	25	2.3	26	88	5	86	61	8	11	18	1.54
29215715--29215942	109	2.1	109	87	4	325	53	10	11	23	1.68
29215834--29216116	84	3.4	85	83	5	353	54	12	10	23	1.68
29215826--29216129	168	1.8	167	84	8	422	54	11	10	22	1.67
29225307--29225355	26	1.9	25	88	12	73	57	0	0	42	0.99
29234334--29234369	7	5.3	7	86	6	56	25	25	13	36	1.93
29234334--29234375	13	3.2	13	89	3	57	26	23	11	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29242102--29242340	58	4.1	56	82	8	198	34	3	25	36	1.74
29242200--29242453	92	2.8	90	80	10	252	37	1	22	38	1.66
29242075--29242445	30	12.6	30	75	12	200	35	2	24	36	1.71
29244114--29244154	6	7.0	6	83	5	57	53	2	0	43	1.13
29244120--29244152	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
29244706--29245168	39	11.6	39	73	12	325	25	19	32	23	1.97
29244659--29245169	78	6.4	78	79	7	463	25	19	31	23	1.98
29244659--29245169	164	3.2	159	81	3	555	25	19	31	23	1.98
29256960--29257001	23	1.9	21	85	9	57	30	0	7	61	1.22
29257732--29257868	29	4.7	29	80	4	132	37	24	0	37	1.61
29257732--29257875	30	4.9	29	78	8	130	37	22	0	38	1.60
29257732--29257875	59	2.4	58	82	8	166	37	22	0	38	1.60
29258041--29258081	14	2.9	14	77	22	50	65	4	9	19	1.40
29258174--29258562	59	6.6	59	74	10	174	38	2	24	33	1.70
29258181--29258562	30	12.9	29	74	11	224	39	2	24	34	1.69
29261454--29261482	12	2.4	12	100	0	58	65	0	34	0	0.93
29266764--29266811	20	2.4	20	86	6	62	12	31	31	25	1.92
29266757--29266841	7	12.4	7	69	17	54	14	25	28	31	1.94
29268237--29268286	21	2.4	21	89	0	82	28	14	30	28	1.95
29275018--29275088	9	7.9	9	85	4	72	40	0	33	25	1.56
29275035--29275085	3	17.0	3	91	0	84	37	0	31	31	1.58
29280848--29280899	25	2.1	25	88	0	77	55	0	11	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29282843--29282880	20	1.9	20	94	0	67	47	15	0	36	1.46
29283439--29283551	35	3.2	35	64	16	97	55	3	18	22	1.57
29283420--29283561	71	2.0	71	100	0	284	54	2	21	21	1.57
29283617--29283674	22	2.6	22	88	2	80	17	0	43	39	1.49
29283623--29283696	22	3.4	22	84	0	76	13	0	47	39	1.43
29283954--29283998	24	2.0	24	82	8	58	33	8	26	31	1.87
29285634--29285673	19	2.1	19	100	0	80	17	15	25	42	1.88
29291214--29291558	26	13.3	26	88	0	492	29	20	16	33	1.95
29300470--29300494	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
29302354--29302519	91	1.8	91	90	0	269	37	22	14	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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