genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21003930--21003973	11	4.0	11	93	0	70	63	4	0	31	1.14
21014329--21014403	25	3.0	25	84	2	78	32	25	17	25	1.97
21017323--21017386	32	2.0	32	93	0	110	51	10	20	17	1.75
21021117--21021153	20	1.9	18	89	10	56	62	2	8	27	1.37
21024850--21025041	43	4.5	42	78	8	181	27	27	11	33	1.92
21034576--21034614	18	2.1	19	85	9	53	41	0	15	43	1.46
21034900--21034928	14	2.0	15	93	6	51	3	20	0	75	0.94
21039167--21039530	195	1.9	196	88	2	554	26	27	17	28	1.98
21045051--21045096	24	1.9	24	82	8	58	63	6	26	4	1.38
21045203--21045256	18	3.1	18	83	5	65	16	11	14	57	1.65
21045203--21045256	17	3.1	17	86	2	63	16	11	14	57	1.65
21045822--21045879	21	2.9	21	82	12	77	79	0	20	0	0.74
21045832--21045875	15	2.8	16	83	10	56	75	0	25	0	0.81
21045822--21045879	10	5.6	10	72	8	53	79	0	20	0	0.74
21049426--21049460	17	2.1	17	89	10	54	42	42	2	11	1.55
21051405--21051431	14	1.9	14	100	0	54	25	22	0	51	1.48
21051643--21051683	21	2.0	21	90	0	64	26	31	17	24	1.97
21057409--21057542	49	2.7	50	83	5	175	27	17	34	20	1.95
21058856--21058904	25	2.0	25	87	0	71	34	0	14	51	1.43
21082767--21082808	18	2.3	19	83	4	50	30	2	0	66	1.04
21097530--21097574	21	2.1	21	84	8	56	68	2	28	0	1.01
21097530--21097579	24	2.0	25	84	3	66	68	2	30	0	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21107752--21107796	21	2.1	21	84	8	56	68	2	28	0	1.01
21107753--21107803	15	3.4	16	78	10	54	64	3	31	0	1.11
21113037--21113088	24	2.2	24	86	6	70	11	40	0	48	1.40
21115553--21115598	15	3.0	15	87	12	67	0	21	0	78	0.76
21124376--21124414	16	2.3	17	91	8	62	38	12	15	33	1.85
21125957--21125993	19	1.9	19	94	0	65	51	13	5	29	1.63
21132378--21132420	22	2.0	22	90	0	68	11	18	4	65	1.42
21136965--21136995	7	4.4	7	100	0	62	29	0	54	16	1.42
21141668--21141769	46	2.2	46	98	0	195	26	24	15	33	1.95
21141903--21141946	21	2.1	21	100	0	88	25	25	18	31	1.97
21148912--21148945	14	2.5	13	86	13	50	0	17	0	82	0.67
21149514--21149562	17	2.9	17	84	0	62	48	10	14	26	1.75
21151582--21151767	93	2.0	93	96	0	345	45	15	13	25	1.83
21153869--21153919	24	2.1	24	85	0	66	33	23	19	23	1.97
21166713--21167021	154	2.0	154	96	0	573	38	18	12	30	1.88
21171472--21171501	15	2.1	14	93	6	51	40	6	33	20	1.78
21174704--21174742	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
21187855--21187919	12	5.2	12	80	10	67	61	0	36	1	1.05
21192436--21192544	24	4.7	23	85	4	78	34	23	19	22	1.96
21192465--21192550	24	3.6	24	93	0	127	36	20	19	23	1.95
21198724--21198780	29	1.9	30	92	3	98	52	8	3	35	1.50
21215362--21215813	234	1.9	234	87	2	667	43	7	9	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21217943--21218015	34	2.2	34	87	7	105	9	19	2	68	1.30
21219178--21219317	48	2.9	48	81	0	190	21	29	15	33	1.94
21219177--21219329	72	2.1	72	90	0	243	22	28	15	34	1.94
21219178--21219317	24	5.8	24	83	0	172	21	29	15	33	1.94
21222319--21222368	18	2.8	18	87	0	73	34	10	12	44	1.75
21222704--21222902	72	2.7	71	90	3	317	23	6	17	53	1.67
21222894--21222943	18	2.8	18	87	0	73	34	10	12	44	1.75
21223279--21223534	72	3.6	72	91	0	424	22	6	16	55	1.63
21222319--21223468	575	2.0	575	99	0	2273	31	12	17	38	1.87
21225226--21225282	21	2.8	20	81	10	62	47	0	3	49	1.18
21230105--21230227	58	2.2	56	80	11	142	36	17	15	30	1.91
21230241--21230720	61	8.0	60	78	11	341	36	15	19	28	1.93
21230237--21230661	182	2.3	182	79	8	427	37	16	18	28	1.92
21230237--21230724	59	8.1	60	77	13	386	36	16	18	28	1.93
21230269--21230724	121	3.8	118	79	11	364	36	16	19	27	1.93
21232098--21232152	28	2.0	28	88	0	83	30	10	7	50	1.64
21232707--21232738	12	2.8	12	95	4	57	62	0	6	31	1.20
21235195--21235231	19	2.0	19	94	5	67	16	32	16	35	1.91
21242256--21242415	41	3.9	40	85	4	221	35	16	26	21	1.95
21242711--21242799	29	3.0	29	75	14	83	39	14	13	32	1.85
21245454--21245530	25	3.0	25	81	7	93	35	12	10	41	1.78
21248828--21248900	21	3.5	21	75	0	74	31	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21251376--21251426	19	2.7	19	93	0	84	25	29	7	37	1.84
21253983--21254210	41	5.5	41	85	1	303	34	12	27	25	1.92
21253983--21254239	82	3.1	80	80	10	268	35	11	27	26	1.90
21253983--21254239	123	2.1	121	83	5	318	35	11	27	26	1.90
21257037--21257083	11	3.4	14	86	13	55	57	0	0	42	0.98
21257061--21257137	38	2.0	38	92	0	127	45	0	1	53	1.08
21258247--21258327	20	4.0	20	75	18	87	53	0	0	46	1.00
21258244--21258329	39	2.3	38	88	8	122	51	0	0	48	1.00
21258265--21258333	11	5.9	11	69	24	52	53	0	0	46	1.00
21260713--21260875	41	4.0	41	92	0	254	33	10	26	29	1.90
21260731--21260913	41	4.5	39	82	10	154	35	8	26	28	1.86
21260723--21260913	82	2.3	81	85	5	233	35	8	27	28	1.87
21263673--21263724	19	2.7	19	85	8	70	32	0	1	65	1.04
21266109--21266615	57	9.0	57	74	12	247	44	20	18	15	1.86
21266069--21266341	114	2.4	114	81	7	310	44	18	18	18	1.87
21266338--21266608	114	2.4	114	94	0	452	45	22	18	13	1.84
21267888--21268181	147	2.0	147	89	0	444	37	17	11	34	1.85
21268672--21268715	18	2.5	17	82	7	52	36	0	0	63	0.95
21269289--21269337	16	3.2	16	83	11	59	4	28	0	67	1.09
21274433--21274536	37	2.8	37	82	4	129	28	31	18	21	1.96
21274566--21274649	37	2.2	37	89	2	123	29	25	14	30	1.95
21274552--21274649	38	2.6	38	85	4	137	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21274633--21274692	26	2.3	26	91	0	93	30	20	25	25	1.99
21279118--21279210	37	2.5	38	82	5	118	29	31	18	21	1.97
21279237--21279330	38	2.5	38	74	8	93	30	25	12	30	1.93
21283523--21283591	30	2.3	30	82	0	75	31	5	10	52	1.59
21283962--21284017	10	5.5	10	85	12	78	16	32	0	51	1.44
21283962--21284011	22	2.5	19	87	12	73	18	32	0	50	1.47
21283962--21284017	22	2.7	19	82	12	67	16	32	0	51	1.44
21284183--21284278	17	5.8	16	70	17	54	34	1	0	64	1.01
21284171--21284278	48	2.2	49	85	4	148	32	1	0	65	1.03
21284165--21284258	21	4.5	21	72	11	77	30	1	0	68	0.97
21286006--21286050	18	2.5	18	77	0	54	26	37	6	28	1.82
21300468--21300511	23	2.0	22	86	4	61	52	2	0	45	1.13
21305432--21305464	15	2.2	15	94	0	57	9	21	39	30	1.84
21309260--21309370	24	4.6	24	86	0	159	39	16	26	18	1.91
21326368--21326404	15	2.5	15	100	0	74	29	24	5	40	1.77
21334083--21334123	21	2.0	21	90	0	64	39	9	4	46	1.58
21348121--21348169	24	2.0	24	88	7	73	63	0	36	0	0.95
21349148--21349197	8	6.6	8	75	13	52	86	0	12	2	0.67
21349148--21349197	9	5.4	9	77	17	50	86	0	12	2	0.67
21349149--21349197	14	3.4	14	77	11	55	85	0	12	2	0.68
21357284--21357320	10	3.5	11	82	17	51	64	0	32	2	1.07
21357281--21357333	15	3.5	15	82	12	56	64	0	32	3	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21359833--21359879	24	2.0	24	87	8	69	27	14	8	48	1.73
21362411--21362453	20	2.2	20	100	0	86	18	23	27	30	1.98
21371447--21371499	9	5.9	9	76	14	56	66	3	0	30	1.10
21371466--21371505	9	4.3	10	87	12	59	67	7	0	25	1.16
21372083--21372194	31	3.7	31	73	21	101	25	18	10	44	1.82
21372134--21372214	31	2.6	30	86	5	99	28	18	9	43	1.82
21372077--21372269	89	2.1	91	83	3	239	25	17	11	45	1.82
21375372--21375462	37	2.6	35	81	10	105	46	1	2	50	1.20
21375419--21375471	17	3.1	17	72	8	54	39	3	1	54	1.29
21378858--21378891	17	1.9	18	88	5	52	32	2	23	41	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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