genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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This is table  46  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16755509--16755811	78	3.9	78	76	6	247	23	30	19	26	1.98
16755629--16755923	115	2.5	115	77	6	290	24	30	19	25	1.98
16755509--16755811	156	1.9	155	83	5	389	23	30	19	26	1.98
16755668--16755923	115	2.2	116	82	2	318	25	31	19	24	1.98
16755587--16756004	193	2.2	194	84	3	538	24	31	19	24	1.98
16755785--16756064	78	3.6	78	84	0	330	25	31	18	25	1.98
16755701--16755956	115	2.2	116	78	4	264	24	31	19	25	1.98
16755513--16756052	271	2.0	271	83	4	685	24	30	19	25	1.98
16755513--16756064	39	14.2	39	69	14	223	24	30	19	25	1.98
16755785--16756064	156	1.8	154	88	1	425	25	31	18	25	1.98
16755782--16756096	78	4.1	77	77	8	282	25	31	18	24	1.98
16755790--16756104	156	2.0	154	84	3	400	25	31	18	24	1.98
16756902--16756926	11	2.3	11	100	0	50	28	28	12	32	1.92
16762031--16762140	57	1.9	58	88	1	168	37	10	15	36	1.83
16762404--16762430	6	4.5	6	100	0	54	66	0	14	18	1.25
16762933--16762993	30	2.0	30	96	0	113	39	0	9	50	1.35
16763005--16769159	656	9.4	656	96	0	11360	37	14	14	33	1.87
16773186--16773229	12	3.8	11	81	6	52	84	2	9	4	0.85
16773268--16773305	18	2.1	19	90	5	60	73	2	23	0	0.95
16774195--16774262	7	10.0	7	78	12	54	77	1	17	2	0.96
16774163--16774260	20	5.0	19	75	18	85	81	1	15	2	0.84
16774164--16774259	13	7.4	13	77	15	85	82	1	14	2	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16774149--16774262	40	2.9	39	78	15	119	79	0	14	4	0.93
16775204--16775644	50	8.9	50	73	5	304	34	17	30	17	1.94
16775884--16775981	41	2.4	41	83	8	121	33	20	13	32	1.91
16775971--16776533	39	14.4	39	72	5	341	24	31	18	24	1.98
16776244--16776554	156	2.0	156	87	3	448	25	31	18	24	1.97
16777365--16777389	11	2.3	11	100	0	50	28	28	12	32	1.92
16777692--16777717	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
16782468--16782577	57	1.9	58	88	1	168	37	10	15	36	1.83
16782841--16782873	6	5.5	6	100	0	66	66	0	15	18	1.25
16783376--16783436	30	2.0	30	96	0	113	39	0	9	50	1.35
16783448--16795334	656	18.1	656	97	0	22130	37	14	15	32	1.87
16795791--16795874	30	2.9	29	71	15	73	41	13	16	28	1.86
16795790--16795865	30	2.6	30	78	16	86	42	9	18	30	1.81
16795757--16795961	59	3.5	59	81	2	236	38	9	22	29	1.85
16795853--16795953	29	3.5	28	70	18	82	36	9	23	29	1.87
16795936--16796133	29	6.8	29	75	12	158	36	2	25	35	1.70
16795950--16796172	30	7.6	29	73	12	145	34	4	24	35	1.76
16795935--16796172	58	4.1	59	78	10	204	35	4	25	34	1.75
16797972--16798075	17	6.4	16	73	19	81	53	3	0	42	1.19
16797972--16798047	6	13.0	6	79	10	86	52	1	0	46	1.08
16797972--16798047	35	2.2	35	85	4	100	52	1	0	46	1.08
16797990--16798057	29	2.3	29	87	0	91	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16798003--16798075	23	3.2	23	78	7	85	54	5	0	39	1.23
16798479--16798843	172	2.1	172	87	1	518	21	21	18	38	1.93
16798649--16799088	209	2.1	209	93	0	754	23	22	17	37	1.94
16799030--16799167	37	3.4	37	68	21	105	24	24	15	34	1.95
16798971--16799167	86	2.3	86	98	0	376	24	24	15	35	1.94
16798381--16799101	381	1.9	374	82	4	871	23	21	18	36	1.95
16803443--16803480	16	2.2	17	86	9	51	65	0	13	21	1.26
16810965--16811251	29	9.8	29	64	17	110	34	8	25	31	1.86
16811233--16811466	30	8.0	28	77	10	141	35	1	23	40	1.63
16810983--16811280	118	2.5	118	79	3	332	34	8	24	32	1.85
16811021--16811284	59	4.5	59	83	1	307	34	7	26	31	1.83
16810993--16811382	118	3.3	118	78	5	294	34	6	25	33	1.81
16811352--16811487	30	4.5	30	84	5	159	36	0	18	44	1.55
16811324--16811487	60	2.8	61	79	6	176	35	0	18	45	1.55
16812950--16813036	6	15.0	6	75	11	83	54	2	1	42	1.20
16812970--16813046	23	3.3	23	83	8	86	58	3	0	37	1.17
16812950--16813030	17	4.7	17	86	3	108	54	2	1	41	1.21
16812981--16813046	23	2.9	22	86	4	87	56	4	0	39	1.20
16813359--16813987	209	3.0	208	90	0	979	23	22	17	36	1.94
16816190--16816214	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
16818568--16818604	16	2.2	17	90	9	58	67	0	13	18	1.23
16826028--16826296	59	4.6	59	82	5	242	37	7	23	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16826078--16826268	29	6.5	30	70	17	141	39	6	21	31	1.80
16826076--16826356	59	4.8	59	82	6	297	37	7	24	31	1.83
16826066--16826328	118	2.2	118	81	5	343	36	7	25	31	1.83
16826224--16826420	87	2.2	88	76	10	190	37	5	24	32	1.78
16826346--16826457	30	3.8	29	85	5	154	36	0	25	37	1.62
16826346--16826457	58	1.9	59	88	1	172	36	0	25	37	1.62
16828275--16828310	16	2.3	15	86	9	54	19	5	11	63	1.46
16828309--16828427	17	7.4	16	71	21	81	55	3	0	40	1.22
16828309--16828399	6	16.0	6	75	13	77	54	2	1	41	1.19
16828309--16828395	35	2.4	37	84	9	117	54	2	1	42	1.20
16828328--16828409	12	6.8	12	73	13	60	58	3	0	37	1.16
16830689--16830728	20	2.0	20	95	0	71	17	10	27	45	1.80
16838258--16838321	24	2.7	23	75	2	65	28	10	18	42	1.84
16840366--16840433	18	3.6	19	76	13	61	60	2	1	35	1.21
16856838--16856884	20	2.3	20	82	7	60	53	10	0	36	1.36
16861532--16861565	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
16861679--16861736	31	1.9	30	82	10	73	60	1	0	37	1.07
16862603--16862645	22	2.0	22	85	0	59	58	9	11	20	1.61
16862632--16862672	22	1.9	21	85	5	55	53	17	17	12	1.72
16876201--16876237	17	2.2	17	100	0	74	10	21	0	67	1.21
16878988--16879017	13	2.3	13	94	0	51	46	6	3	43	1.46
16880085--16880136	17	3.1	17	81	10	63	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16881757--16881803	15	3.1	15	76	11	51	29	0	2	68	1.02
16881808--16881851	23	1.9	23	81	9	54	34	4	4	56	1.40
16884001--16884050	21	2.4	21	83	9	68	48	14	8	30	1.72
16884335--16884456	61	2.0	61	98	0	235	38	22	18	19	1.93
16896024--16896054	8	3.9	8	100	0	62	0	38	12	48	1.42
16896958--16896999	18	2.3	19	87	4	59	76	2	7	14	1.10
16903993--16904043	20	2.5	20	100	0	102	49	0	3	47	1.20
16907112--16907149	15	2.5	15	95	0	67	89	0	7	2	0.57
16915836--16915878	12	3.7	11	81	9	50	48	16	16	18	1.81
16915836--16915891	24	2.4	23	84	3	67	48	16	17	17	1.82
16916428--16916497	29	2.3	29	85	4	86	32	1	17	48	1.56
16916682--16916761	29	2.6	30	80	5	81	47	12	6	33	1.66
16917606--16917713	27	3.9	26	73	17	83	26	15	11	46	1.80
16917710--16917767	29	1.9	30	83	13	75	34	5	6	53	1.50
16917787--16917954	85	2.0	85	98	0	327	44	11	13	29	1.80
16918235--16918273	14	2.7	15	80	11	55	53	5	5	35	1.45
16918603--16918659	17	3.4	16	73	20	53	45	1	1	50	1.22
16918601--16918659	15	3.5	16	74	17	57	47	1	1	49	1.21
16918724--16918792	28	2.5	26	76	15	68	53	1	2	42	1.24
16918784--16918894	60	2.0	52	81	13	123	51	0	1	46	1.11
16929906--16929940	18	1.9	18	88	11	54	68	0	11	20	1.20
16931152--16931193	19	2.2	20	87	12	61	23	0	4	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16949559--16949878	59	5.4	59	90	2	484	33	4	30	32	1.76
16949559--16949878	117	2.7	118	90	1	500	33	4	30	32	1.76
16949559--16949878	176	1.8	177	90	2	518	33	4	30	32	1.76
16950583--16950641	6	9.8	6	73	14	50	5	18	1	74	1.09
16950649--16950695	24	2.0	24	83	8	60	31	21	2	44	1.64
16950998--16951043	19	2.3	20	82	10	60	47	4	0	47	1.21
16951011--16951052	19	2.2	19	83	8	50	42	4	2	50	1.36
16951047--16951076	15	2.0	15	93	0	51	36	0	3	60	1.14
16951760--16951848	6	15.0	6	77	22	91	52	0	2	44	1.13
16951781--16951831	11	4.8	11	78	9	61	54	0	3	41	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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