genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  78  of  135  ( 16099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119945--26119990	25	1.9	25	86	8	69	34	4	6	54	1.46
26121781--26121837	21	2.7	21	78	10	62	57	8	17	15	1.63
26122128--26122266	61	2.4	59	83	11	180	53	10	15	21	1.71
26122284--26122323	19	2.1	19	95	0	71	22	7	0	70	1.12
26122285--26122322	10	3.9	10	89	6	60	18	7	0	73	1.06
26123543--26123627	31	2.8	29	74	8	80	37	9	11	41	1.74
26123769--26123849	29	2.7	29	86	5	99	48	11	7	33	1.67
26128343--26128474	47	2.7	48	82	3	158	29	25	17	28	1.97
26138405--26138527	28	4.2	29	75	11	83	36	4	26	32	1.75
26138379--26138745	87	4.2	85	77	11	300	35	4	26	33	1.78
26138436--26138762	29	11.2	29	72	13	190	35	3	26	34	1.74
26138407--26138762	59	6.1	58	74	11	255	35	4	26	34	1.76
26140647--26140725	17	4.6	17	80	0	95	53	3	2	40	1.33
26141093--26142052	209	4.6	209	87	1	1293	22	23	17	36	1.95
26141094--26142052	419	2.3	418	86	2	1327	22	23	17	36	1.95
26143137--26143225	17	4.9	17	74	15	70	55	4	3	37	1.37
26143144--26143219	34	2.3	32	77	8	80	55	5	3	35	1.41
26143158--26143225	34	2.0	34	88	0	100	55	5	4	33	1.44
26145215--26145407	50	3.8	50	80	6	228	36	13	12	36	1.83
26145207--26145407	101	2.0	101	86	3	280	37	13	12	36	1.82
26145910--26146009	36	2.8	35	84	6	128	40	23	12	25	1.88
26147378--26147456	17	4.6	17	83	0	104	54	2	2	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26147825--26148513	209	3.3	208	86	1	966	22	22	19	35	1.96
26148616--26148710	41	2.3	42	89	3	140	33	16	20	29	1.95
26148948--26149434	50	9.8	50	74	7	341	18	31	17	32	1.94
26148953--26149388	99	4.4	99	80	4	450	19	31	17	31	1.94
26150344--26150399	5	9.8	6	75	21	50	1	16	0	82	0.76
26150364--26150410	5	9.4	5	82	13	53	2	14	0	82	0.75
26150344--26150410	26	2.6	25	81	9	82	2	14	0	82	0.79
26150353--26150407	16	3.4	16	78	12	58	1	14	0	83	0.73
26150347--26150411	20	3.2	20	79	16	62	3	16	0	80	0.85
26155584--26155668	30	2.9	29	81	10	102	31	1	24	42	1.62
26155553--26155753	29	6.9	29	72	15	137	34	3	26	35	1.75
26155627--26155786	87	1.8	88	85	4	225	34	4	25	35	1.76
26155706--26155766	29	2.1	28	84	3	77	32	8	27	31	1.86
26155704--26155775	29	2.5	28	76	13	74	31	8	26	33	1.86
26155817--26155915	30	3.3	29	78	4	108	33	6	28	32	1.82
26157787--26157836	17	2.9	17	81	0	64	54	4	4	38	1.38
26157803--26157871	30	2.3	30	80	5	77	59	5	2	31	1.36
26157848--26157875	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
26159873--26160065	50	3.8	50	82	6	237	36	13	12	37	1.83
26159865--26160065	101	2.0	101	87	3	289	37	12	12	36	1.82
26160583--26160661	36	2.2	36	93	0	131	36	27	13	21	1.92
26163962--26163987	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26165960--26165989	14	2.1	14	93	0	51	30	6	20	43	1.77
26168546--26168579	5	6.4	5	87	12	50	17	2	0	79	0.86
26168546--26168580	17	2.1	16	94	5	61	17	2	0	80	0.84
26175090--26175129	5	8.4	5	83	10	57	17	2	0	80	0.83
26176775--26176814	21	1.9	21	89	0	62	20	25	22	32	1.98
26180225--26180312	23	3.8	23	80	4	88	39	17	13	29	1.88
26186431--26186474	23	2.0	22	86	4	61	43	0	11	45	1.40
26188072--26188254	90	2.0	91	96	1	341	33	22	20	22	1.97
26189095--26189145	23	2.2	23	82	6	59	33	3	9	52	1.53
26198105--26198148	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
26198100--26198154	23	2.4	24	78	9	60	36	1	12	49	1.52
26202277--26202301	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26214452--26214514	24	2.6	24	89	0	99	28	12	6	52	1.64
26218423--26218476	19	3.1	16	79	15	54	46	16	0	37	1.48
26219238--26219288	18	2.8	18	87	0	75	25	45	3	25	1.71
26221923--26221998	37	2.0	38	92	2	127	32	32	6	27	1.83
26223120--26223210	28	3.1	28	80	10	76	35	4	28	31	1.77
26223200--26223367	89	1.9	89	86	4	241	35	0	27	36	1.62
26223128--26223337	59	3.5	59	82	3	217	34	1	28	35	1.66
26223128--26223367	30	8.1	29	78	9	193	34	1	28	35	1.67
26230884--26231169	59	4.8	60	82	6	280	37	2	24	35	1.69
26230885--26231198	30	10.5	30	77	11	157	38	2	23	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26230956--26231213	89	2.9	88	80	6	245	39	2	22	34	1.69
26231085--26231213	30	4.4	30	73	14	81	41	5	20	31	1.75
26231566--26231598	17	2.0	17	94	5	59	0	21	0	78	0.75
26242242--26242275	17	2.1	17	88	5	52	50	14	0	35	1.44
26247628--26247656	14	2.0	15	93	6	51	0	48	0	51	1.00
26256107--26256139	15	2.2	15	100	0	66	27	18	27	27	1.98
26259078--26259140	29	2.2	29	79	0	72	31	23	6	38	1.80
26271379--26271426	24	2.0	24	100	0	96	33	16	16	33	1.92
26277896--26277938	21	2.1	21	95	4	79	53	23	9	13	1.69
26286495--26286894	199	2.0	199	100	0	800	32	17	21	29	1.95
26290191--26290241	11	4.5	11	72	18	50	17	19	13	49	1.80
26290192--26290243	17	2.9	18	97	2	97	17	19	11	51	1.75
26290192--26290241	6	8.7	6	77	14	52	18	20	12	50	1.78
26297938--26298117	29	6.2	29	70	11	109	35	16	17	30	1.93
26297922--26298072	58	2.6	58	78	5	135	33	14	18	33	1.91
26297967--26298117	58	2.6	58	78	5	144	35	15	17	30	1.92
26303204--26303240	6	6.2	6	93	0	56	62	0	21	16	1.33
26309436--26309476	12	3.5	12	78	18	50	0	34	2	63	1.08
26331247--26331293	24	2.0	24	87	4	69	8	14	4	72	1.24
26340237--26340306	26	2.7	26	86	6	99	27	17	24	31	1.97
26347451--26347656	26	8.1	26	84	3	233	24	18	27	28	1.98
26351074--26351147	38	2.0	38	86	2	105	32	14	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26352186--26352243	17	3.4	17	78	0	53	50	15	17	17	1.79
26354436--26354466	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
26355208--26355259	26	2.0	26	92	0	86	30	21	21	26	1.98
26355810--26355840	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
26356639--26356696	26	2.3	26	84	3	73	31	27	15	25	1.96
26357904--26357960	17	3.4	17	87	0	69	49	12	21	17	1.79
26357895--26357960	34	1.9	34	84	0	87	50	12	19	18	1.78
26368032--26368064	14	2.3	15	94	5	59	18	6	0	75	1.00
26369259--26369307	26	1.9	25	83	4	62	71	6	2	20	1.18
26369455--26369498	17	2.6	17	88	0	70	50	20	4	25	1.67
26374086--26374137	25	2.0	26	96	3	97	32	7	11	48	1.68
26384203--26384227	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
26390837--26390895	25	2.4	24	77	8	64	44	3	1	50	1.28
26390850--26390900	25	2.0	25	92	0	84	47	0	0	52	1.00
26391848--26391887	20	2.0	20	85	9	55	27	10	0	62	1.27
26399338--26399623	51	5.6	51	86	1	349	30	13	25	30	1.94
26406660--26406913	51	5.0	51	94	0	409	32	13	23	31	1.93
26407611--26407665	27	2.0	27	85	0	74	32	3	41	21	1.71
26420324--26420397	27	2.7	27	75	6	78	24	13	1	60	1.41
26420391--26420435	17	2.6	17	82	0	54	26	2	0	71	0.98
26422362--26422426	29	2.2	30	86	2	87	40	3	16	40	1.65
26422413--26422474	29	2.1	29	82	5	72	30	3	27	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26422455--26422677	29	7.7	29	85	4	263	32	5	26	35	1.80
26422455--26422647	86	2.2	86	87	2	262	31	6	26	35	1.81
26422645--26422862	58	3.7	57	73	12	176	36	4	24	34	1.76
26422671--26422746	30	2.6	29	77	4	89	35	3	26	34	1.75
26422645--26422866	29	7.6	29	70	10	112	36	4	25	33	1.76
26424455--26424529	24	3.1	23	72	20	64	53	2	0	44	1.14
26424468--26424521	18	3.1	18	84	10	76	57	1	0	40	1.09
26424468--26424511	17	2.6	17	89	7	63	59	2	0	38	1.10
26424469--26424529	7	8.7	7	73	20	56	57	1	0	40	1.08
26424963--26425635	39	17.3	39	70	12	183	24	19	31	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135