genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  56  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19437808--19437846	21	1.9	21	89	5	62	25	25	2	46	1.66
19444192--19444230	17	2.2	17	86	4	51	2	20	7	69	1.26
19444867--19444906	21	2.0	21	90	5	64	25	15	15	45	1.84
19447141--19447180	15	2.5	16	88	8	55	20	0	2	77	0.88
19447352--19447389	20	1.9	20	94	0	67	23	0	5	71	1.07
19447346--19447419	27	2.9	26	74	23	68	22	2	5	68	1.23
19447399--19447442	22	2.0	23	82	13	56	25	4	4	65	1.30
19447344--19447454	33	3.2	33	73	19	102	23	2	4	69	1.20
19447344--19447455	4	26.2	4	70	21	59	23	2	4	69	1.19
19455466--19455526	25	2.4	25	86	0	86	27	27	16	27	1.97
19462814--19462863	21	2.4	21	100	0	100	44	20	14	22	1.86
19471777--19471839	26	2.4	26	81	0	72	30	17	20	31	1.96
19471805--19471925	25	4.8	25	81	9	95	28	21	16	33	1.95
19475301--19475346	8	5.9	8	78	12	51	65	0	0	34	0.93
19475306--19475346	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
19475338--19475380	23	1.9	22	85	4	59	41	4	4	48	1.44
19479325--19479370	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
19480436--19480489	28	1.9	28	85	7	74	22	1	1	74	1.02
19489155--19489210	29	1.9	29	85	7	78	57	5	0	37	1.22
19492099--19492125	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19497350--19497386	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
19497332--19497388	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19497468--19497523	18	2.9	19	73	26	55	51	0	0	48	1.00
19497556--19497621	29	2.4	28	82	7	80	50	0	1	48	1.10
19501580--19501634	22	2.5	23	74	11	62	40	0	3	56	1.17
19506778--19506831	25	2.3	24	90	9	85	29	0	9	61	1.27
19509027--19509067	13	2.9	15	75	14	50	19	0	4	75	0.98
19521349--19521502	30	5.2	29	77	5	121	37	18	5	38	1.75
19521360--19521490	30	4.4	30	81	1	129	39	17	3	38	1.68
19532732--19532859	49	2.6	48	80	4	130	36	21	20	21	1.95
19532734--19532892	50	3.2	49	81	5	142	36	20	21	22	1.95
19533084--19533324	39	6.1	39	80	2	232	31	26	15	26	1.96
19533084--19533365	119	2.4	118	82	5	320	32	25	15	26	1.95
19533084--19533324	79	3.1	78	79	5	225	31	26	15	26	1.96
19533294--19533413	44	2.8	45	76	16	114	40	23	13	23	1.90
19534012--19534038	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
19533977--19534118	75	1.9	77	91	2	234	47	1	3	47	1.28
19534175--19534232	28	2.1	28	100	0	116	44	34	3	17	1.65
19535165--19535339	61	2.9	61	81	4	187	38	23	3	34	1.72
19535165--19535352	30	6.3	30	81	4	200	38	23	4	34	1.74
19548732--19549218	245	2.0	247	90	0	780	27	19	16	37	1.92
19551293--19551573	52	5.4	52	87	0	393	35	23	13	27	1.92
19557317--19557362	21	2.2	21	84	0	56	34	19	15	30	1.93
19557696--19557922	52	4.4	52	90	1	339	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19562076--19562573	139	3.6	139	97	0	933	31	23	18	25	1.97
19563305--19563358	27	2.0	28	85	3	74	35	3	9	51	1.52
19564726--19564773	23	2.0	26	88	12	75	62	10	10	16	1.53
19565154--19565206	24	2.3	23	81	15	65	45	3	0	50	1.19
19565154--19565209	23	2.4	24	85	11	73	46	3	0	50	1.19
19567860--19567886	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
19569415--19569476	15	4.4	14	72	13	56	3	17	1	77	0.98
19569415--19569474	14	4.4	13	80	14	59	3	16	1	78	0.97
19570090--19570154	31	2.1	31	82	5	78	58	9	4	27	1.49
19576312--19576384	21	3.5	21	78	12	60	30	16	24	28	1.96
19578849--19578899	21	2.4	21	83	0	66	23	13	27	35	1.93
19578866--19578919	21	2.6	21	81	0	54	25	14	24	35	1.94
19580078--19580110	15	2.1	16	88	5	50	9	12	45	33	1.73
19580218--19580303	34	2.5	34	82	0	91	32	22	23	22	1.98
19584655--19584689	18	1.9	18	94	0	61	42	25	5	25	1.77
19587104--19587135	9	3.6	9	95	0	55	65	6	0	28	1.16
19587602--19587791	97	2.0	93	84	11	244	35	15	18	30	1.92
19588030--19588063	16	2.1	17	88	5	52	11	2	47	38	1.55
19588048--19588426	29	12.8	29	77	8	266	35	3	27	33	1.74
19588048--19588382	29	11.4	29	79	6	307	36	2	25	34	1.72
19589876--19589970	17	5.5	17	80	5	109	54	3	1	41	1.23
19589880--19589935	29	1.9	29	85	7	78	53	1	1	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19589876--19589970	35	2.7	35	86	0	127	54	3	1	41	1.23
19589876--19589970	6	16.3	6	68	14	56	54	3	1	41	1.23
19590029--19590112	3	28.0	3	90	0	114	59	0	7	33	1.25
19595341--19595392	26	2.0	26	88	0	77	1	55	0	42	1.10
19597235--19597464	40	5.8	40	87	4	295	26	24	17	31	1.97
19597222--19597464	80	3.0	80	88	2	337	25	25	17	30	1.97
19597235--19597464	120	1.9	120	88	3	347	26	24	17	31	1.97
19601131--19601609	29	16.5	28	78	12	339	33	3	25	37	1.74
19601183--19601618	29	14.9	29	78	12	387	33	3	25	37	1.73
19601183--19601629	59	7.7	58	77	12	375	33	3	25	37	1.73
19611582--19611659	38	2.1	38	97	0	147	42	14	15	28	1.85
19612434--19612463	15	2.0	15	93	0	51	36	0	26	36	1.57
19615214--19615277	31	2.1	30	82	11	76	35	3	3	57	1.30
19615499--19615533	16	2.1	17	94	5	63	45	8	11	34	1.71
19615513--19615554	19	2.2	19	83	8	50	57	2	7	33	1.39
19619067--19619114	24	2.0	24	100	0	96	8	20	54	16	1.68
19619515--19619663	30	5.0	29	78	13	144	36	23	2	37	1.67
19619515--19619661	59	2.5	57	81	12	172	37	23	2	37	1.66
19624007--19624048	14	2.9	14	85	3	57	80	0	16	2	0.81
19624983--19625029	8	6.0	8	77	5	51	82	0	12	4	0.80
19624963--19625027	31	2.1	31	86	11	89	78	0	13	7	0.95
19624980--19625029	21	2.3	22	76	13	59	82	0	14	4	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19626592--19626733	48	2.9	49	82	6	148	40	16	21	21	1.91
19626473--19626846	172	2.2	173	86	4	515	40	16	20	22	1.91
19626767--19626931	85	2.0	84	82	1	204	38	16	22	23	1.93
19626896--19627073	76	2.3	76	85	0	239	40	17	16	25	1.90
19627056--19627255	48	4.4	47	79	13	204	37	15	24	23	1.93
19627099--19627265	85	2.0	85	91	2	273	36	17	22	23	1.95
19627096--19627750	209	3.1	210	86	1	915	39	17	19	23	1.93
19631617--19631648	16	2.0	16	93	0	55	46	40	0	12	1.42
19632714--19632954	30	8.1	29	82	7	245	36	23	0	39	1.58
19632717--19632953	60	4.0	59	82	10	270	37	22	0	40	1.58
19632728--19632968	59	4.1	59	79	6	238	38	21	0	39	1.57
19638512--19638645	55	2.4	56	82	2	162	38	23	14	23	1.92
19638512--19638663	28	5.5	28	77	9	150	36	24	14	24	1.93
19642347--19642400	26	2.1	26	100	0	108	25	14	3	55	1.56
19642767--19642795	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
19645403--19645443	19	2.2	19	86	0	55	34	0	0	65	0.93
19652578--19652699	10	12.8	9	70	17	77	61	0	4	33	1.21
19652560--19652631	18	3.7	19	73	17	60	68	2	2	26	1.17
19652581--19652653	28	2.6	28	79	14	80	60	1	2	35	1.20
19652580--19652684	47	2.2	49	81	6	126	60	0	3	34	1.21
19652619--19652670	19	2.6	21	82	8	56	59	0	1	38	1.08
19662394--19662434	9	4.3	9	87	9	55	53	0	2	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19663434--19663522	43	2.1	43	97	0	169	58	13	4	23	1.54
19664306--19664442	10	13.5	10	72	7	53	65	0	7	26	1.23
19664296--19664363	32	2.1	32	86	5	93	66	1	7	25	1.26
19664350--19664431	20	4.2	19	79	13	78	64	0	7	28	1.20
19664350--19664441	10	9.5	10	79	9	66	65	0	7	27	1.20
19664350--19664434	19	4.4	19	80	11	75	63	0	7	29	1.21
19664736--19664864	70	1.9	67	82	4	159	43	9	10	36	1.72
19665408--19665522	20	5.6	19	75	19	99	27	0	2	68	1.08
19665461--19665548	9	9.6	9	77	18	76	23	1	2	72	1.02
19665459--19665548	20	4.9	18	83	14	105	24	1	2	72	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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