genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032254.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43711324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  6  of  135  ( 16099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386265--2386308	23	1.9	23	86	9	63	25	9	2	63	1.35
2391660--2391694	15	2.3	15	90	0	52	34	20	37	8	1.83
2391657--2391697	21	2.0	21	95	0	73	34	19	36	9	1.85
2414725--2414756	10	3.1	11	86	13	50	40	0	6	53	1.26
2428585--2428626	22	1.9	22	85	0	57	59	11	0	28	1.33
2446528--2446562	18	1.9	18	88	11	54	17	8	2	71	1.23
2449336--2449395	24	2.5	24	83	5	77	70	18	5	6	1.29
2449348--2449394	12	3.9	12	88	0	76	68	17	6	8	1.37
2449385--2449427	21	2.1	20	82	4	50	69	16	2	11	1.28
2449346--2449485	36	4.0	35	74	14	101	65	18	6	9	1.42
2467779--2467809	14	2.2	14	94	0	53	64	0	3	32	1.09
2467790--2467839	23	2.2	23	85	0	64	66	4	0	30	1.10
2467796--2467840	23	2.0	23	90	0	72	62	4	0	33	1.15
2485314--2485361	6	8.0	6	100	0	96	0	50	16	33	1.46
2488075--2488311	108	2.2	108	84	4	309	44	19	17	17	1.87
2491302--2491336	13	2.7	13	86	0	52	68	2	2	25	1.17
2501095--2501140	24	2.0	24	86	4	67	50	15	6	28	1.69
2502643--2502704	3	21.7	3	75	9	58	66	0	33	0	0.92
2503268--2503335	31	2.2	31	84	7	86	25	8	16	50	1.73
2511569--2511602	9	3.8	9	88	0	50	70	0	2	26	1.01
2511569--2511610	18	2.6	16	85	11	50	73	0	2	23	0.94
2514202--2514251	3	16.7	3	91	8	84	0	30	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515345--2515369	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2518009--2518053	15	3.0	15	76	0	54	40	8	33	17	1.81
2522635--2522665	6	5.2	6	96	0	53	3	32	0	64	1.09
2531358--2531383	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
2533141--2533216	39	1.9	39	89	5	118	25	13	21	40	1.89
2533309--2533352	3	14.7	3	95	0	79	65	0	34	0	0.93
2542636--2542695	29	2.1	29	96	0	111	31	31	10	26	1.89
2542845--2542999	72	2.2	72	95	2	276	41	16	29	12	1.84
2542960--2543069	45	2.4	45	75	0	121	39	18	26	16	1.91
2543190--2543248	24	2.5	24	78	10	68	30	25	33	10	1.89
2549374--2549445	30	2.4	29	79	6	74	47	11	8	33	1.69
2555102--2555140	21	1.9	20	94	5	69	28	30	7	33	1.85
2562760--2562819	31	2.1	29	87	12	88	33	13	15	38	1.86
2567286--2568194	344	2.6	342	85	4	1188	30	18	23	26	1.98
2583674--2583706	17	1.9	17	100	0	66	36	15	0	48	1.45
2585571--2585613	21	2.0	23	86	9	63	16	9	6	67	1.40
2592794--2592847	6	9.3	6	82	11	60	3	11	0	85	0.73
2592792--2592847	22	2.4	24	82	5	80	3	10	0	85	0.71
2592795--2592850	27	2.0	28	89	3	87	7	10	0	82	0.85
2599236--2599265	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2603804--2603845	2	20.5	2	90	4	66	47	2	0	50	1.14
2608363--2608397	17	2.1	17	100	0	70	20	11	22	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617730--2617768	14	2.8	14	88	0	60	66	0	0	33	0.92
2627235--2627284	23	2.1	24	85	10	68	58	8	10	24	1.57
2632047--2632108	16	3.9	16	71	12	56	48	0	0	51	1.00
2635898--2635934	16	2.3	16	95	0	65	54	5	13	27	1.61
2637561--2637589	5	5.8	5	100	0	58	0	20	17	62	1.33
2642032--2642064	17	1.9	17	88	11	50	69	0	6	24	1.10
2644751--2644776	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2646706--2646730	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
2647135--2647172	14	2.5	15	83	12	51	60	0	0	39	0.97
2647223--2647261	20	2.0	20	94	0	69	5	41	0	53	1.23
2647272--2647502	113	2.0	113	92	0	381	31	17	6	44	1.75
2654283--2654519	87	2.7	87	79	10	221	54	8	7	29	1.58
2657469--2657567	49	2.0	49	100	0	198	45	6	4	44	1.47
2660172--2660217	4	11.0	4	81	9	56	30	2	19	47	1.61
2660175--2660227	22	2.7	18	74	20	52	32	1	18	47	1.60
2661556--2661628	38	1.9	38	91	0	119	35	10	10	42	1.75
2662249--2662321	29	2.5	28	78	12	76	39	10	8	41	1.70
2677059--2677140	43	1.9	43	82	5	103	30	24	15	29	1.96
2684155--2684220	31	2.1	31	83	5	80	45	15	6	33	1.70
2694127--2694167	17	2.5	16	84	7	55	36	0	2	60	1.10
2694131--2694170	19	2.1	19	85	4	53	35	0	5	60	1.19
2694177--2694216	22	1.9	21	85	10	55	42	2	0	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2699690--2699754	30	2.1	32	82	5	80	24	7	4	63	1.41
2709902--2709958	29	2.0	29	82	6	71	52	3	1	42	1.28
2712138--2712180	18	2.4	19	84	7	54	44	2	6	46	1.43
2713389--2713428	20	2.1	20	86	9	57	32	20	2	45	1.64
2715137--2715201	34	1.9	34	84	6	87	33	3	16	46	1.63
2718588--2718617	15	2.0	15	93	0	51	23	46	0	30	1.52
2720915--2720967	18	2.9	18	81	13	56	66	5	26	1	1.25
2727511--2727548	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2734327--2734352	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2740121--2740180	31	1.9	31	89	0	93	30	3	8	58	1.44
2743145--2743205	22	2.6	24	79	10	63	44	19	26	9	1.82
2743145--2743335	23	8.5	23	68	16	96	43	21	23	11	1.85
2743168--2743232	25	2.6	25	81	11	71	49	20	21	9	1.76
2758850--2758887	17	2.2	18	90	4	60	57	26	5	10	1.53
2761605--2761796	23	8.6	23	72	16	127	43	20	23	11	1.85
2761697--2761796	48	2.1	46	87	7	139	41	22	26	11	1.86
2765076--2765111	19	2.0	18	89	10	56	55	13	2	27	1.52
2765900--2765938	6	6.5	6	90	0	60	20	28	0	51	1.48
2765904--2765943	12	3.2	12	85	3	53	20	22	0	57	1.41
2766089--2766134	22	2.1	22	100	0	92	32	17	4	45	1.68
2766093--2766142	22	2.5	20	87	12	68	34	20	4	42	1.70
2771648--2771712	23	2.8	22	84	9	85	40	23	21	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2771648--2771744	23	4.1	23	81	12	83	41	21	24	12	1.88
2774873--2774915	21	2.2	19	84	16	52	44	0	18	37	1.50
2775015--2775050	15	2.4	15	90	0	54	33	22	2	41	1.68
2775720--2775762	17	2.8	15	77	19	52	48	0	0	51	1.00
2777749--2777788	20	2.0	20	95	0	71	77	5	2	15	1.04
2780296--2780348	23	2.2	24	86	10	72	22	1	5	69	1.19
2780296--2780353	24	2.4	23	86	11	73	22	1	6	68	1.22
2785557--2785604	18	2.8	17	75	6	51	43	0	4	52	1.20
2791681--2791715	18	2.0	18	88	5	54	17	11	60	11	1.59
2805095--2805135	15	2.7	15	81	11	57	31	2	0	65	1.05
2805090--2805141	19	2.8	18	78	18	54	32	1	0	65	1.04
2805077--2805135	30	2.0	29	83	9	75	32	1	1	64	1.13
2822972--2823013	10	4.2	10	84	6	50	28	2	0	69	1.01
2823309--2823388	31	2.6	30	84	5	90	42	1	3	52	1.27
2823308--2823399	30	3.1	29	77	4	76	41	2	4	52	1.33
2823437--2823514	29	2.6	30	82	8	79	47	1	2	48	1.23
2823575--2823638	31	2.1	30	82	5	76	45	12	6	35	1.67
2824173--2824210	17	2.2	17	86	9	51	26	2	0	71	1.00
2824309--2824333	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2828755--2828807	27	2.0	27	85	7	72	7	22	18	50	1.72
2865075--2865120	15	3.0	15	78	6	56	39	15	10	34	1.82
2874811--2874849	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889244--2889287	23	1.9	23	100	0	88	29	9	20	40	1.83
2897465--2897497	15	2.2	15	94	0	57	66	6	0	27	1.15
2897465--2897509	16	2.8	16	83	6	56	57	6	4	31	1.44
2900666--2900704	21	1.9	20	84	5	51	64	17	0	17	1.30
2903235--2903265	15	2.1	15	93	0	53	29	0	3	67	1.06
2912341--2912390	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
2913684--2913732	16	3.1	15	75	16	53	38	0	10	51	1.36
2914604--2914685	2	41.0	2	100	0	164	0	50	0	50	1.00
2915396--2915486	38	2.4	38	94	1	166	13	14	20	51	1.75
2923658--2923712	16	3.4	16	70	9	58	65	3	0	30	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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