genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  118  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21189316--21189389	22	3.4	22	73	0	67	32	12	2	52	1.52
21189617--21189766	22	6.8	22	77	4	95	41	5	6	46	1.53
21189636--21189822	22	8.5	21	74	9	97	37	3	8	49	1.51
21189625--21189844	111	2.0	111	79	3	237	39	4	8	48	1.54
21189817--21189888	33	2.2	33	94	0	126	38	9	8	43	1.68
21190669--21190726	29	2.0	29	83	6	73	36	0	1	62	1.06
21190682--21190740	29	2.1	29	81	15	70	30	0	3	66	1.08
21190980--21191029	11	4.5	11	84	0	64	34	0	8	58	1.28
21190963--21191049	22	4.0	22	84	3	95	34	3	9	52	1.50
21191104--21191282	22	8.2	22	69	9	80	34	7	9	48	1.65
21191330--21191407	40	2.0	40	92	5	131	42	8	1	47	1.43
21191968--21192038	37	1.9	37	85	0	97	45	8	9	36	1.68
21192232--21192282	13	3.8	13	85	14	68	49	3	0	47	1.20
21192225--21192282	27	2.1	27	81	15	66	46	5	0	48	1.24
21193195--21193224	16	1.9	15	93	6	51	66	3	0	30	1.07
21193207--21193313	55	1.9	56	84	1	144	57	3	1	37	1.28
21195024--21195075	16	3.2	16	84	7	70	61	0	0	38	0.96
21197667--21197711	13	3.5	12	82	11	54	0	0	11	88	0.50
21197667--21197711	14	3.1	15	93	6	67	0	0	11	88	0.50
21197677--21197713	11	3.5	11	88	7	58	0	0	10	89	0.49
21197667--21197711	15	3.1	15	87	6	65	0	0	11	88	0.50
21198477--21198699	37	6.1	37	77	4	173	45	16	24	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21198510--21198737	74	3.1	74	82	3	246	47	15	21	15	1.82
21198526--21198758	111	2.1	110	81	4	263	45	15	22	16	1.84
21198610--21198756	37	4.0	37	73	7	127	47	13	21	17	1.82
21199002--21199349	37	9.4	36	73	9	193	47	16	20	15	1.82
21199002--21199349	74	4.7	74	73	9	235	47	16	20	15	1.82
21198991--21199311	110	2.9	110	77	6	274	47	18	19	14	1.83
21199007--21199422	147	2.8	148	77	7	337	48	16	19	15	1.82
21199284--21199369	38	2.3	37	84	6	127	51	12	19	16	1.76
21200098--21200330	33	7.2	32	70	13	93	34	14	18	32	1.91
21200182--21200308	65	2.0	65	84	4	168	36	15	15	32	1.90
21200222--21200331	31	3.5	31	76	6	87	36	16	14	32	1.89
21200959--21200992	15	2.2	16	89	5	52	11	2	2	82	0.89
21207657--21207767	29	3.9	27	71	13	89	17	4	31	46	1.67
21207657--21207809	59	2.7	58	82	6	168	20	3	28	46	1.69
21207908--21207948	14	2.9	14	79	13	57	12	0	29	58	1.34
21207908--21207974	28	2.4	27	85	5	80	16	0	26	56	1.40
21207908--21207974	14	4.8	13	71	10	53	16	0	26	56	1.40
21208111--21208156	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
21208358--21208401	22	2.0	21	82	4	52	52	4	0	43	1.22
21211425--21211698	133	2.0	136	94	3	484	45	11	22	20	1.83
21213442--21213469	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21213853--21213902	25	2.0	25	100	0	100	40	36	4	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21218150--21218204	25	2.2	25	96	3	103	36	36	3	23	1.73
21222854--21222890	14	2.7	15	88	12	53	21	2	0	75	0.92
21227817--21227881	21	3.1	21	86	0	85	35	9	9	46	1.68
21227962--21228036	21	3.5	22	75	7	66	38	2	6	52	1.42
21228281--21228344	22	2.9	22	83	0	74	42	6	1	50	1.37
21228315--21228374	22	2.7	22	89	5	86	43	3	8	45	1.50
21228391--21228645	118	2.2	119	87	2	370	41	8	6	43	1.62
21228710--21228767	21	2.7	23	78	13	68	43	5	1	50	1.35
21228757--21228888	43	3.0	43	75	13	126	34	5	8	51	1.55
21228759--21228884	64	1.9	66	83	3	166	34	4	8	52	1.53
21228730--21228913	22	8.5	22	72	12	94	36	5	5	51	1.51
21229228--21229376	22	6.8	22	79	3	102	40	5	6	46	1.53
21229247--21229366	11	10.9	11	70	7	55	40	5	5	50	1.46
21229247--21229433	22	8.5	21	75	11	99	37	3	8	50	1.51
21229247--21229386	66	2.1	66	80	7	160	40	5	5	49	1.48
21229428--21229499	33	2.2	33	94	0	126	38	9	8	43	1.68
21229611--21229653	11	3.9	11	81	0	50	44	2	2	51	1.27
21229608--21229665	22	2.5	22	86	5	80	41	1	3	53	1.28
21229680--21229758	22	3.6	21	70	16	63	34	6	3	55	1.43
21230611--21230660	11	4.5	11	84	0	64	34	0	8	58	1.28
21230594--21230680	22	4.0	22	84	3	95	34	3	9	52	1.50
21230736--21230914	22	8.2	22	69	9	80	34	7	9	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230963--21231052	41	2.2	40	90	2	135	38	8	4	47	1.55
21230980--21231050	22	3.4	21	71	26	69	35	11	4	49	1.58
21231602--21231672	37	1.9	37	85	0	97	45	8	9	36	1.68
21233761--21233819	27	2.1	28	93	3	102	30	11	18	38	1.87
21234684--21234735	16	3.2	16	84	7	70	61	0	0	38	0.96
21235474--21235503	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
21235476--21235503	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
21235469--21235511	17	2.5	17	76	0	59	48	0	4	46	1.22
21236637--21236679	3	15.0	3	83	9	54	69	0	2	27	1.00
21237102--21237331	30	7.9	29	78	8	209	46	32	3	17	1.65
21237130--21237332	59	3.5	59	84	3	241	47	32	3	16	1.65
21237193--21237336	14	9.9	14	71	16	89	48	32	2	16	1.58
21237130--21237332	30	6.9	29	79	8	214	47	32	3	16	1.65
21244598--21244814	30	7.3	30	73	14	148	47	29	1	20	1.60
21244697--21244824	14	8.9	14	71	13	55	48	30	1	19	1.58
21244755--21244824	21	3.3	21	76	11	61	50	31	0	18	1.48
21244718--21244797	7	10.9	8	71	18	50	45	32	0	22	1.53
21244682--21244865	101	1.8	101	81	6	230	46	30	2	19	1.64
21244838--21244895	21	2.7	20	74	12	53	46	32	1	18	1.60
21246073--21246143	16	4.8	16	68	26	50	46	0	0	53	1.00
21246064--21246143	26	2.8	28	75	21	85	48	0	0	51	1.00
21246203--21246271	29	2.4	27	83	9	93	55	1	2	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21246345--21246389	16	2.9	15	86	3	54	13	0	8	77	0.98
21249751--21249882	68	1.9	68	93	0	228	30	20	12	37	1.89
21250794--21250907	30	3.8	32	73	12	89	31	8	12	47	1.72
21250859--21250920	31	2.0	31	87	3	90	25	6	14	53	1.65
21251393--21251429	18	2.0	19	89	5	58	59	5	18	16	1.55
21251396--21251462	19	3.6	18	73	15	55	68	2	16	11	1.32
21252222--21252261	13	3.0	13	78	7	53	27	22	12	37	1.90
21252655--21252759	42	2.5	41	84	12	124	36	9	9	44	1.70
21252741--21253008	42	6.3	42	72	10	152	32	9	14	43	1.77
21252805--21253009	85	2.4	86	81	6	229	31	8	16	43	1.77
21252870--21253053	88	2.1	85	80	7	192	31	5	17	45	1.72
21252807--21253096	44	6.7	43	70	11	146	31	8	16	43	1.78
21253309--21253358	21	2.4	21	86	6	66	16	0	6	78	0.95
21257814--21258028	107	2.0	107	94	0	376	35	14	15	33	1.89
21260206--21260245	10	3.5	11	86	13	55	70	0	0	30	0.88
21260193--21260293	46	2.1	49	85	5	136	63	0	0	36	0.95
21260539--21260584	23	2.0	24	86	4	67	30	4	0	65	1.12
21260563--21260598	18	2.0	18	88	0	54	33	2	0	63	1.08
21262805--21262867	25	2.6	24	77	5	72	42	20	6	30	1.77
21262786--21262869	24	3.4	25	77	4	82	39	20	7	33	1.80
21264297--21264329	16	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
21264587--21264632	21	2.2	21	92	3	76	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21264584--21264635	21	2.7	19	80	13	70	50	0	0	50	1.00
21264623--21264654	16	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
21264625--21264678	22	2.5	22	87	0	63	64	0	0	35	0.94
21275375--21275492	61	1.9	61	85	0	164	48	22	11	17	1.80
21277429--21277481	22	2.4	21	78	12	52	52	9	0	37	1.34
21284791--21284870	25	3.2	25	62	10	65	37	11	7	43	1.69
21284789--21284884	49	2.0	48	97	2	183	36	12	6	44	1.67
21296962--21296987	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21298459--21298499	11	3.4	12	87	9	57	29	7	2	60	1.36
21299239--21299272	17	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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