genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  119  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21299308--21299434	32	4.0	30	76	15	105	55	4	2	37	1.34
21299408--21299467	24	2.5	24	73	21	63	45	8	0	46	1.33
21312123--21312177	28	2.0	28	100	0	110	23	3	43	29	1.71
21313182--21313225	20	2.2	20	92	8	72	52	0	0	47	1.00
21319006--21319037	3	10.7	3	100	0	64	34	0	34	31	1.58
21322438--21322467	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
21322440--21322469	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
21323460--21323668	107	1.9	108	92	2	350	42	6	4	46	1.51
21328609--21328651	7	6.1	7	78	10	52	30	2	0	67	1.03
21330268--21330383	59	2.0	59	96	1	216	31	16	17	34	1.92
21333365--21333390	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21334194--21334257	27	2.4	28	78	7	78	51	1	1	45	1.20
21334453--21334485	14	2.4	14	85	14	50	66	6	0	27	1.15
21339045--21339094	25	2.0	25	84	11	66	46	8	2	44	1.44
21339330--21339371	20	2.1	20	86	0	57	45	0	0	54	0.99
21339923--21339979	30	1.9	30	85	0	78	45	0	1	52	1.11
21340939--21341010	29	2.4	29	74	2	81	40	2	1	55	1.23
21341488--21341540	23	2.5	22	90	9	83	47	0	0	52	1.00
21347129--21347159	16	1.9	16	93	0	53	25	16	16	41	1.88
21348186--21348214	14	2.1	14	100	0	58	27	0	0	72	0.85
21350366--21350422	28	2.0	28	100	0	114	17	17	19	45	1.86
21359062--21359091	14	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21359070--21359112	21	2.1	21	91	4	70	41	0	0	58	0.98
21359078--21359121	21	2.1	21	82	0	52	47	0	0	52	1.00
21359701--21359956	110	2.4	104	77	11	293	50	8	7	33	1.62
21359744--21359941	110	1.8	110	86	4	294	50	7	8	33	1.60
21360525--21360747	104	2.2	104	80	5	247	50	8	6	34	1.59
21359445--21361062	803	2.0	806	94	1	2823	49	9	7	34	1.63
21368309--21368349	17	2.6	16	84	7	57	41	4	2	51	1.36
21368830--21368907	30	2.4	33	83	10	90	29	7	2	60	1.38
21377371--21377450	42	2.0	40	82	9	99	52	1	0	46	1.08
21378630--21378686	29	1.9	29	85	3	78	63	0	1	35	1.05
21385298--21385361	30	2.1	30	82	5	76	31	43	7	17	1.77
21388512--21388550	17	2.2	18	86	4	53	30	0	2	66	1.05
21388554--21388618	20	3.3	21	79	16	68	52	0	0	47	1.00
21388589--21388614	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21395142--21395197	25	2.3	25	79	14	64	21	12	5	60	1.51
21402306--21402346	17	2.5	16	84	7	55	60	21	2	14	1.45
21402977--21403016	20	2.0	20	85	5	53	47	2	0	50	1.14
21404312--21404345	17	2.0	17	88	11	52	47	0	0	52	1.00
21404551--21404607	16	3.6	16	87	0	78	42	14	8	35	1.76
21404999--21405244	30	8.0	29	70	18	99	39	13	2	44	1.57
21405006--21405244	126	1.9	125	89	3	334	40	12	2	44	1.56
21405079--21405274	66	3.0	66	68	19	176	41	12	3	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21405518--21405548	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21419952--21419997	24	1.9	24	86	0	65	54	0	2	43	1.12
21430736--21430788	27	2.0	26	85	10	72	39	3	11	45	1.58
21432690--21432757	36	1.9	35	82	14	86	50	4	0	45	1.22
21433905--21434680	308	2.5	308	92	3	1274	23	8	23	44	1.80
21435925--21435956	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
21438025--21438079	24	2.3	24	90	0	83	45	5	5	43	1.50
21441473--21441516	18	2.3	18	80	11	52	52	2	2	43	1.26
21441806--21441847	11	3.9	11	81	6	50	38	4	0	57	1.20
21441860--21441910	21	2.5	21	93	6	88	49	0	0	50	1.00
21441981--21442016	16	2.2	16	90	0	54	69	2	0	27	1.02
21442752--21442793	19	2.2	19	95	0	75	28	0	0	71	0.86
21442797--21442877	33	2.5	32	75	15	85	55	1	1	41	1.15
21449243--21449326	43	2.0	43	95	0	150	45	17	7	29	1.75
21452021--21452060	10	3.8	11	87	9	57	30	5	0	65	1.14
21452029--21452057	11	2.7	11	94	5	51	27	0	0	72	0.85
21454355--21454402	2	24.0	2	78	0	51	41	4	6	47	1.48
21459075--21459179	52	2.0	52	83	0	129	27	25	8	38	1.85
21459204--21459235	11	2.9	11	90	0	55	46	28	0	25	1.53
21461535--21461565	14	2.2	14	94	0	53	6	0	67	25	1.14
21462738--21462772	12	2.8	12	91	4	52	42	5	0	51	1.25
21463973--21464008	15	2.3	15	90	4	54	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21464276--21464318	16	2.8	15	83	13	52	37	2	0	60	1.10
21468036--21468103	4	16.8	4	78	17	61	51	1	1	45	1.19
21468036--21468110	34	2.1	36	85	9	102	50	2	2	44	1.30
21468685--21468724	20	2.0	20	85	9	55	45	2	0	52	1.14
21469005--21469053	14	3.4	14	75	5	53	46	2	2	48	1.25
21474355--21474381	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21476338--21476452	57	2.0	56	91	1	185	33	11	18	37	1.86
21480832--21480875	22	1.9	23	86	9	63	36	2	4	56	1.32
21481225--21481269	22	2.0	22	91	0	72	22	8	22	46	1.79
21484102--21484169	24	2.9	23	78	17	77	50	1	0	48	1.10
21485513--21485586	26	2.8	26	82	12	80	50	10	1	37	1.46
21485513--21485586	27	2.8	27	78	15	75	50	10	1	37	1.46
21491541--21491782	89	2.7	88	80	6	263	38	16	10	33	1.83
21491848--21491903	21	2.8	19	77	20	60	23	0	7	69	1.12
21491956--21491998	20	2.1	21	87	12	63	60	0	4	34	1.17
21499083--21499118	19	1.9	18	88	5	54	52	8	2	36	1.46
21499205--21499245	19	2.0	22	86	13	61	34	2	0	63	1.08
21506552--21506583	8	4.0	8	95	0	55	15	9	0	75	1.05
21507721--21507772	3	17.7	3	76	11	54	73	1	0	25	0.94
21507996--21508153	44	3.6	44	77	11	135	44	12	9	32	1.75
21507919--21508153	44	5.4	43	74	11	131	43	11	10	34	1.75
21508128--21508293	83	2.0	84	89	1	253	43	15	9	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21511280--21511314	6	6.0	6	93	6	63	34	0	0	65	0.93
21511280--21511314	17	2.0	17	94	5	61	34	0	0	65	0.93
21516323--21516359	18	2.1	18	90	10	58	64	0	0	35	0.94
21524917--21524999	32	2.6	31	76	12	89	46	0	2	50	1.14
21525564--21525629	9	7.2	9	73	13	55	78	4	3	13	1.02
21526339--21526365	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21528677--21528729	28	1.9	27	88	3	79	45	0	1	52	1.11
21530950--21531061	44	2.6	43	85	5	154	48	16	8	26	1.74
21531714--21531796	22	3.8	22	75	12	80	33	18	15	32	1.92
21531704--21531827	44	2.8	44	80	2	142	32	17	19	30	1.95
21531742--21531817	22	3.5	22	73	7	73	32	18	19	28	1.96
21531710--21531833	22	5.6	22	68	14	67	34	16	19	29	1.94
21532027--21532060	18	2.0	18	88	11	54	32	14	5	47	1.69
21536163--21536252	41	2.2	41	85	0	117	36	12	17	33	1.87
21536727--21536784	22	2.6	22	86	8	73	56	5	8	29	1.51
21541240--21541446	59	3.5	58	81	9	242	38	11	5	44	1.64
21541236--21541466	60	3.9	60	77	11	212	38	10	5	45	1.62
21542689--21542797	4	27.5	4	75	9	98	22	3	5	68	1.26
21542813--21542949	60	2.3	60	85	6	181	47	10	8	33	1.68
21544280--21544322	21	2.0	23	86	9	63	58	0	0	41	0.98
21546388--21546447	33	1.9	30	83	10	75	48	0	5	46	1.24
21546456--21546514	24	2.7	21	75	14	55	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21546472--21546550	24	3.2	24	80	8	95	46	0	3	49	1.19
21546521--21546616	19	5.6	16	69	20	52	50	2	1	46	1.20
21546636--21546738	15	7.6	15	70	18	57	40	0	3	55	1.18
21546637--21546719	23	3.8	23	80	15	113	40	0	3	55	1.17
21546636--21546733	41	2.5	38	88	5	142	40	0	4	55	1.19
21546659--21546785	56	2.3	55	85	8	177	41	2	3	51	1.33
21546700--21546816	33	3.6	33	72	20	84	42	3	3	50	1.36
21546792--21546831	18	2.3	17	91	4	62	47	0	0	52	1.00
21546942--21546994	22	2.5	21	78	3	61	32	3	3	60	1.32
21546942--21547001	21	2.8	21	82	2	66	33	3	5	58	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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