genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  125  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22742789--22742878	43	2.1	43	82	2	108	40	10	3	46	1.54
22742719--22742990	22	12.6	22	72	13	118	37	7	5	50	1.53
22742939--22742988	11	4.6	10	83	14	55	36	6	2	56	1.36
22743321--22743450	63	2.1	63	80	2	145	36	6	9	47	1.62
22743303--22743470	22	7.8	22	74	5	101	36	7	10	45	1.67
22743505--22743614	44	2.5	44	81	7	118	40	8	0	50	1.38
22743533--22743604	22	3.3	22	75	5	67	40	8	1	50	1.41
22743543--22743620	22	3.6	21	69	19	52	38	8	1	51	1.42
22743741--22743884	22	6.6	21	66	15	60	34	9	6	50	1.61
22743794--22743919	64	2.0	64	87	4	182	32	10	7	50	1.64
22743834--22743936	22	4.7	22	79	7	93	33	11	7	46	1.69
22744909--22744940	14	2.4	14	94	5	57	40	0	3	56	1.15
22745777--22745825	14	3.6	14	77	2	55	57	0	0	42	0.99
22745777--22745829	28	2.0	26	88	7	79	52	0	0	47	1.00
22747501--22747534	17	2.0	17	88	0	50	58	2	0	38	1.13
22748524--22748819	159	1.9	159	83	7	386	41	14	8	35	1.77
22751193--22751226	9	3.8	9	96	0	59	11	2	0	85	0.71
22751244--22751408	41	4.0	41	89	0	240	44	18	12	24	1.85
22751819--22752002	25	7.7	25	75	12	147	35	14	13	36	1.85
22751816--22752026	46	4.5	46	83	4	235	34	15	14	36	1.88
22752415--22752759	71	4.7	71	69	12	232	31	20	9	38	1.85
22753456--22753536	13	6.7	11	72	19	56	8	14	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22753484--22753534	13	4.5	11	81	11	59	3	11	0	84	0.75
22753484--22753536	23	2.3	23	90	6	81	5	11	0	83	0.81
22753894--22753938	12	3.8	12	82	8	56	2	15	2	80	0.92
22753894--22753940	11	4.0	11	79	20	51	2	17	2	78	0.94
22757165--22757197	16	2.2	15	89	10	50	36	0	9	54	1.32
22757319--22757355	14	2.7	14	80	19	51	8	0	18	72	1.08
22757473--22757586	55	2.1	55	85	4	151	27	10	7	55	1.59
22762630--22762773	63	2.3	62	77	8	150	34	9	15	40	1.81
22763782--22763824	21	2.0	21	95	0	77	18	16	4	60	1.52
22764047--22764122	28	2.6	28	85	4	98	27	2	21	48	1.63
22764055--22764124	28	2.5	28	85	0	104	25	2	22	48	1.64
22764111--22764148	13	2.8	13	92	4	58	18	7	28	44	1.78
22767436--22767650	61	3.4	62	75	7	184	33	12	13	39	1.83
22767436--22767775	125	2.7	124	77	7	303	34	12	12	40	1.81
22767784--22767812	14	2.1	14	93	6	51	44	27	0	27	1.54
22771589--22771648	32	1.9	32	83	12	81	48	0	3	48	1.18
22771589--22771651	30	2.1	30	82	11	76	47	0	3	49	1.17
22773795--22773838	21	2.0	22	83	12	56	50	4	0	45	1.22
22780598--22780635	16	2.4	16	86	8	51	68	0	2	28	1.03
22780576--22780625	21	2.3	22	80	10	59	62	2	4	32	1.25
22780672--22780719	22	2.2	22	85	7	62	52	2	0	45	1.12
22780671--22780787	54	2.2	54	84	0	153	51	2	1	44	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22790027--22790261	125	1.9	125	88	3	357	27	14	20	37	1.91
22802166--22802400	125	1.9	125	90	1	373	26	13	21	37	1.91
22806075--22806108	5	6.8	5	86	0	50	0	14	23	61	1.33
22811613--22811872	126	2.1	126	97	0	486	34	9	17	39	1.81
22812262--22812385	60	2.0	62	85	3	171	45	12	4	37	1.62
22816689--22816734	17	2.8	16	77	9	56	65	2	0	32	1.05
22817816--22817895	21	3.8	21	81	3	97	28	18	18	33	1.95
22825021--22825134	31	3.8	29	72	16	81	50	4	8	36	1.54
22825029--22825134	30	3.5	28	70	22	72	50	4	7	37	1.52
22826453--22826983	59	8.8	58	83	11	630	33	12	8	45	1.73
22826441--22826979	183	2.9	180	90	4	814	33	12	7	46	1.71
22826782--22826817	18	1.9	19	88	5	56	30	2	2	63	1.22
22826449--22826986	241	2.2	237	87	8	759	33	12	8	45	1.72
22827430--22827475	20	2.3	20	92	3	76	23	21	28	26	1.99
22827530--22827597	31	2.2	31	86	5	93	27	22	22	27	1.99
22828385--22828491	1	107.0	1	89	0	151	3	0	2	93	0.41
22828581--22828738	80	1.9	84	86	10	229	34	22	17	25	1.96
22828582--22828738	41	3.9	40	84	12	198	33	22	17	25	1.96
22831523--22831557	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
22832143--22832402	126	2.1	126	97	0	495	34	8	17	39	1.81
22832730--22833170	219	2.0	219	85	4	585	47	9	11	31	1.72
22836343--22837143	233	3.4	233	78	10	681	40	12	7	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22837194--22837257	26	2.4	28	78	10	78	51	1	7	39	1.40
22839250--22839328	21	3.7	21	83	3	95	30	18	16	34	1.94
22844208--22844239	12	2.7	12	95	0	55	21	0	56	21	1.43
22844803--22844827	12	2.1	12	100	0	50	16	8	40	36	1.77
22846451--22846565	31	3.8	29	72	15	90	49	4	9	36	1.55
22850643--22850680	17	2.2	18	86	9	53	42	2	2	52	1.29
22854193--22854225	16	2.2	16	89	10	52	36	3	0	60	1.12
22855141--22855189	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
22857563--22857620	27	2.2	26	84	9	73	36	6	0	56	1.26
22857641--22857665	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22858103--22858231	21	6.0	22	82	2	147	47	6	8	37	1.59
22858103--22858266	86	1.9	85	88	1	247	46	7	8	37	1.62
22858111--22858317	21	9.9	21	73	7	107	44	8	9	37	1.67
22859831--22860100	58	4.6	58	82	9	307	39	11	5	43	1.64
22859831--22860100	116	2.3	118	86	6	354	39	11	5	43	1.64
22862195--22862254	23	2.5	25	76	10	63	71	6	3	18	1.22
22862224--22862280	23	2.4	23	80	11	62	70	5	3	21	1.22
22862489--22862973	41	11.7	42	78	9	243	43	18	13	24	1.86
22862526--22862973	83	5.4	82	77	7	239	42	18	13	25	1.87
22862716--22862981	125	2.1	124	89	2	408	43	18	12	25	1.85
22862716--22862981	42	6.4	42	87	2	360	43	18	12	25	1.85
22864733--22864796	25	2.5	26	80	19	89	7	17	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22864733--22864813	25	3.3	23	77	17	76	7	16	0	76	1.00
22868879--22868970	29	3.1	30	68	16	84	41	8	6	43	1.61
22868793--22869180	58	6.7	57	86	5	449	38	12	6	43	1.68
22868852--22868942	27	3.2	27	65	17	67	38	14	6	40	1.72
22868878--22868973	31	3.2	31	66	16	85	41	8	6	43	1.60
22871300--22871355	23	2.4	23	79	11	60	71	1	3	23	1.11
22871532--22871596	26	2.5	26	89	0	94	49	6	9	35	1.60
22872683--22872768	30	2.8	31	82	7	104	48	2	9	39	1.48
22873110--22873174	31	2.1	31	88	2	96	50	1	6	41	1.36
22873118--22873238	30	4.2	28	77	12	111	54	2	4	38	1.35
22874123--22874163	11	3.7	11	80	0	55	48	0	0	51	1.00
22880144--22880199	20	2.8	21	76	13	64	50	8	5	35	1.57
22880144--22880200	19	2.9	19	72	12	53	49	8	5	36	1.57
22881665--22881742	40	2.0	40	97	0	147	26	14	15	43	1.85
22888784--22888823	7	5.7	7	85	8	55	10	2	0	87	0.63
22888784--22888822	14	2.8	14	85	14	62	10	2	0	87	0.65
22888790--22888881	16	5.7	15	72	16	53	19	2	3	75	1.05
22888842--22888888	11	4.3	11	78	8	51	21	4	2	72	1.12
22888790--22888886	15	6.1	16	74	14	60	18	3	3	75	1.07
22889518--22889593	30	2.3	35	86	10	108	50	3	0	46	1.20
22889681--22889726	15	3.1	15	87	6	58	45	2	0	52	1.13
22889757--22889798	18	2.5	17	81	11	50	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22889848--22889915	32	2.2	31	82	14	88	50	4	2	42	1.37
22889852--22889927	30	2.5	31	76	18	79	51	3	3	40	1.39
22890722--22890767	23	2.0	23	95	0	83	36	8	28	26	1.86
22891400--22891448	24	2.0	24	88	0	71	30	2	2	65	1.15
22891409--22891450	11	3.6	11	81	12	57	30	0	0	69	0.89
22892570--22892704	30	4.6	29	71	14	98	41	6	0	51	1.33
22892690--22892919	110	2.1	110	97	0	433	52	4	4	39	1.41
22893368--22893425	29	2.0	29	100	0	116	37	6	13	41	1.72
22900050--22900125	23	3.3	23	71	14	68	61	2	1	34	1.18
22901861--22902101	81	3.0	81	90	0	356	26	31	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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