genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  9  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138048--2138181	68	2.0	68	83	0	169	33	21	14	29	1.94
2138394--2138435	18	2.3	19	80	16	52	38	7	7	47	1.58
2155991--2156017	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2160807--2160855	22	2.3	21	85	3	62	48	0	0	51	1.00
2161900--2161968	31	2.3	31	82	2	86	36	1	5	56	1.32
2167833--2167871	12	3.5	11	90	10	62	43	0	0	56	0.99
2167833--2167870	2	20.5	2	84	15	55	44	0	0	55	0.99
2172780--2172806	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2180085--2180139	23	2.3	24	80	17	62	49	0	1	49	1.11
2180078--2180153	25	3.0	25	75	12	75	48	0	1	50	1.09
2180310--2180348	18	2.2	19	90	9	64	61	0	2	35	1.10
2180638--2180664	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2196918--2196961	2	22.0	2	90	0	70	47	47	2	2	1.27
2198043--2198124	40	2.0	40	82	13	98	59	0	0	40	0.97
2198043--2198138	40	2.3	40	81	10	97	58	0	0	41	0.98
2198800--2198875	29	2.6	29	83	8	93	36	5	2	55	1.37
2213271--2213336	25	2.7	25	81	11	91	56	0	3	40	1.15
2214542--2214735	63	3.0	63	82	5	253	37	25	12	24	1.91
2214542--2214727	67	2.8	67	86	3	245	37	24	12	24	1.91
2216250--2216300	21	2.5	21	96	3	95	49	0	0	50	1.00
2216290--2216371	26	3.2	26	78	10	64	56	1	0	42	1.07
2216327--2216354	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217672--2217714	21	2.0	21	82	8	52	53	2	4	39	1.34
2217837--2217890	20	2.7	20	75	13	56	51	9	14	24	1.71
2223249--2223288	21	2.0	20	85	5	53	32	2	5	60	1.32
2225476--2225530	27	2.0	27	100	0	110	34	3	21	40	1.71
2228523--2228568	18	2.6	18	79	6	58	52	2	0	45	1.13
2228759--2228801	14	3.1	14	77	12	52	60	0	0	39	0.97
2228736--2228801	28	2.3	28	85	12	82	59	1	0	39	1.07
2231934--2231978	19	2.4	18	85	7	54	55	0	0	44	0.99
2233600--2233653	11	5.0	11	76	19	51	42	0	0	57	0.98
2244873--2244917	22	2.0	22	95	0	81	31	15	13	40	1.86
2245029--2245061	11	2.8	12	86	9	50	42	6	6	45	1.53
2253449--2253485	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2256855--2256890	16	2.2	17	90	5	56	47	0	0	52	1.00
2280751--2280818	30	2.2	31	87	10	95	47	0	0	52	1.00
2288856--2288882	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2290064--2290122	30	2.0	30	93	0	100	37	10	8	44	1.69
2302973--2303008	8	4.5	8	90	10	56	36	0	0	63	0.94
2302981--2303021	9	4.6	9	87	9	57	31	0	2	65	1.05
2302974--2303011	17	2.3	17	95	4	69	34	0	0	65	0.93
2303232--2303287	13	4.5	13	78	13	55	64	0	5	30	1.16
2303233--2303289	24	2.4	24	79	5	62	63	0	5	31	1.17
2303264--2303298	13	2.6	14	90	4	54	65	0	5	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305712--2305753	13	3.2	13	82	0	57	59	0	0	40	0.97
2308352--2308376	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2311601--2311628	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2316390--2316427	18	2.1	18	85	9	51	47	0	0	52	1.00
2317680--2317741	30	2.1	30	84	0	79	54	8	20	16	1.67
2319098--2319164	31	2.3	30	82	7	75	49	0	11	38	1.40
2324026--2324089	27	2.8	21	73	24	65	54	1	3	40	1.25
2325082--2325110	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
2327128--2327175	24	2.0	24	87	0	69	4	8	14	72	1.23
2332344--2332374	16	1.9	16	93	0	53	83	6	0	9	0.79
2334477--2334594	57	2.0	58	85	8	159	27	20	16	36	1.93
2334612--2334644	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
2360418--2360447	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
2360406--2360449	9	4.8	9	81	13	54	36	0	0	63	0.95
2360456--2360510	25	2.2	24	78	12	67	50	1	0	47	1.11
2360451--2360502	24	2.2	24	86	6	70	59	1	0	38	1.08
2360547--2360645	6	16.7	6	69	14	53	49	4	1	45	1.27
2361028--2361066	19	2.1	19	85	4	53	51	5	2	41	1.38
2361182--2361278	41	2.4	39	83	11	126	53	1	0	45	1.07
2365151--2365194	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
2368880--2368938	25	2.4	25	88	0	82	33	18	28	18	1.95
2369174--2369217	22	2.0	22	86	0	61	43	11	9	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372796--2372837	21	2.0	21	81	13	50	47	9	16	26	1.77
2378069--2378253	86	2.2	86	92	0	307	50	2	4	42	1.35
2378776--2378826	21	2.5	21	84	9	61	58	0	0	41	0.98
2378783--2378829	20	2.4	20	83	13	62	55	0	0	44	0.99
2378820--2378878	22	2.6	24	76	12	63	61	1	0	37	1.07
2384769--2384794	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2384785--2384817	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
2385721--2385760	20	2.0	20	90	0	62	60	0	2	37	1.11
2385781--2385810	13	2.4	12	94	5	51	73	0	0	26	0.84
2385782--2385842	28	2.2	27	79	2	68	62	0	3	34	1.12
2386206--2386231	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2386638--2386672	15	2.3	15	85	0	52	48	0	2	48	1.16
2388879--2389658	379	2.0	381	95	1	1406	40	8	6	44	1.61
2389561--2389605	22	2.0	23	82	4	56	28	2	15	53	1.54
2391449--2391564	51	2.3	51	80	4	126	17	0	33	48	1.53
2391495--2391589	30	3.2	30	81	11	115	12	1	41	45	1.49
2391505--2391667	31	5.2	31	80	7	143	18	1	34	46	1.57
2391505--2391667	15	10.5	15	75	12	132	18	1	34	46	1.57
2391543--2391671	32	4.1	31	77	13	120	21	1	31	45	1.61
2391545--2391671	63	2.0	64	84	6	168	21	1	30	46	1.61
2391561--2391664	49	2.2	48	82	6	122	21	0	31	46	1.58
2394114--2394154	20	2.1	20	86	4	57	43	7	7	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395955--2396019	29	2.3	28	81	2	76	61	6	3	29	1.35
2396908--2397118	21	10.2	21	72	6	146	39	2	7	51	1.42
2397469--2397513	18	2.5	19	85	7	58	62	0	6	31	1.21
2399693--2399750	24	2.3	25	82	14	75	62	1	6	29	1.31
2410844--2410888	19	2.4	19	82	17	58	51	0	2	46	1.13
2410983--2411161	80	2.2	80	90	3	272	50	3	2	43	1.33
2411020--2411149	25	5.0	24	68	22	77	50	1	2	45	1.23
2422170--2422263	29	3.3	29	74	12	88	44	3	0	52	1.17
2422231--2422268	18	2.2	18	85	4	51	47	0	0	52	1.00
2429334--2429395	21	3.0	21	76	9	74	58	1	3	37	1.24
2431651--2431718	26	2.6	25	79	6	82	51	1	2	44	1.25
2431708--2431748	16	2.5	16	92	4	64	58	0	0	41	0.98
2431727--2431756	13	2.3	13	94	0	51	53	0	0	46	1.00
2431812--2431940	23	5.6	23	70	17	88	44	0	1	53	1.09
2431811--2431965	15	10.6	15	68	18	87	43	0	1	54	1.11
2431815--2431971	18	8.4	18	68	22	85	42	0	1	55	1.11
2431811--2431948	72	1.9	70	84	8	181	43	0	2	54	1.12
2432083--2432133	22	2.4	22	83	9	61	21	7	7	62	1.48
2440216--2440267	20	3.0	17	75	20	54	40	0	1	57	1.10
2453732--2453756	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2453682--2453810	64	2.0	64	96	0	240	30	17	3	48	1.66
2453744--2453869	52	2.4	52	81	0	126	30	19	4	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453652--2453863	116	1.8	116	82	0	271	30	21	4	43	1.73
2453896--2453937	22	1.9	22	90	0	66	57	19	0	23	1.41
2453896--2453938	11	3.9	11	87	0	59	55	20	0	23	1.43
2454177--2454231	25	2.2	25	87	6	76	21	38	5	34	1.77
2454891--2455031	52	2.7	52	84	2	167	30	20	6	42	1.77
2484095--2484168	12	6.1	12	74	13	55	32	0	0	67	0.91
2484103--2484174	25	2.8	25	80	14	85	31	0	0	68	0.90
2484109--2484174	6	11.0	6	74	18	57	31	0	0	68	0.90
2484109--2484175	18	3.7	18	77	13	75	32	0	0	67	0.91
2484083--2484193	43	2.7	40	78	14	125	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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