genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   

This is table  117  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21027757--21027816	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
21028119--21028163	20	2.2	20	84	4	54	13	2	17	66	1.34
21028469--21028529	22	2.8	23	82	7	65	19	4	1	73	1.10
21028471--21028531	27	2.4	25	80	5	68	18	4	1	75	1.06
21028557--21028597	20	2.0	21	90	4	66	70	2	2	24	1.11
21028626--21028674	25	2.0	25	88	8	73	44	4	8	42	1.53
21028766--21028803	19	2.0	19	89	0	58	78	0	0	21	0.74
21028839--21029292	174	2.6	172	83	4	549	42	8	12	37	1.72
21036482--21036524	15	2.9	15	92	0	68	72	6	4	16	1.24
21036516--21036557	16	2.6	16	77	11	50	66	2	7	23	1.28
21036855--21036900	24	2.0	23	86	4	65	2	26	2	69	1.11
21042381--21042423	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
21044004--21044054	21	2.5	20	78	9	57	37	27	3	31	1.75
21046209--21046256	25	1.9	25	87	8	71	45	2	8	43	1.45
21050876--21050906	13	2.3	14	94	5	55	80	0	12	6	0.89
21050874--21050911	13	2.9	13	81	14	51	76	0	18	5	0.97
21051909--21051959	21	2.4	21	80	3	57	43	9	15	31	1.80
21051914--21051992	22	3.7	21	73	8	61	37	8	11	41	1.72
21051957--21052021	30	2.2	30	91	0	103	30	7	12	49	1.68
21052380--21052491	43	2.6	43	78	4	120	24	16	15	44	1.85
21052378--21052600	115	1.9	114	83	2	286	25	14	15	44	1.84
21052455--21052513	28	2.1	28	93	0	100	18	15	13	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21052480--21052697	43	5.1	43	78	6	226	26	15	17	40	1.89
21052409--21052563	71	2.2	71	85	3	204	23	15	15	45	1.84
21057667--21057706	21	1.9	22	85	10	57	17	7	17	57	1.62
21057763--21057825	33	1.9	33	83	0	81	49	4	0	46	1.23
21058831--21058873	18	2.4	18	80	7	52	44	2	2	51	1.27
21060301--21060341	21	2.0	22	85	9	59	14	9	21	53	1.70
21062408--21062439	15	2.1	15	100	0	64	12	28	15	43	1.83
21063510--21063566	28	2.0	28	93	0	96	38	8	22	29	1.85
21065689--21065748	2	29.5	2	83	3	75	46	3	3	46	1.35
21065704--21065747	16	2.8	16	100	0	88	45	0	4	50	1.22
21078995--21079026	17	1.9	17	93	6	57	3	25	0	71	1.00
21082236--21082267	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21089280--21089323	6	7.3	6	92	0	70	65	15	0	18	1.27
21089874--21089906	14	2.4	14	85	5	50	69	0	0	30	0.88
21089856--21089909	16	3.6	16	75	22	55	64	0	1	33	1.04
21090118--21090159	17	2.5	17	78	17	52	66	2	2	28	1.16
21093441--21093469	13	2.3	13	94	5	51	17	0	20	62	1.33
21093440--21093471	12	2.4	14	85	15	50	18	0	18	62	1.33
21093510--21093570	31	2.0	30	93	3	104	54	0	1	44	1.10
21093515--21093581	16	4.1	17	70	27	56	53	0	0	46	1.00
21094226--21094258	16	2.1	16	100	0	66	81	0	12	6	0.85
21099836--21099860	8	3.1	8	100	0	50	64	0	36	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21107740--21107985	136	1.8	136	88	0	375	38	10	7	43	1.67
21108216--21108256	17	2.4	16	80	11	55	34	0	0	65	0.93
21108570--21108618	20	2.5	21	77	12	59	0	32	0	67	0.91
21109147--21109198	16	3.2	16	82	15	54	69	1	0	28	0.99
21109461--21110199	43	16.8	44	77	8	567	46	14	12	26	1.80
21109461--21110182	131	5.5	131	75	9	523	46	14	12	26	1.80
21109461--21110198	88	8.4	88	78	6	642	46	14	12	26	1.80
21110288--21110321	17	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
21110715--21110799	42	2.0	42	86	6	118	38	16	10	34	1.83
21111820--21111861	17	2.5	17	75	24	52	9	11	0	78	0.96
21116380--21116439	25	2.3	26	78	21	72	40	6	5	48	1.51
21116081--21116475	205	1.9	206	79	9	446	35	8	6	50	1.58
21126710--21126734	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21130801--21130841	20	2.0	20	85	0	55	36	2	43	17	1.62
21130989--21131119	63	2.1	63	81	5	149	39	8	10	41	1.70
21131014--21131363	62	5.6	62	70	16	211	36	10	11	42	1.75
21131029--21131338	126	2.5	127	80	9	307	36	11	10	41	1.76
21131122--21131390	126	2.1	126	80	11	293	35	11	11	41	1.78
21131401--21131615	62	3.4	62	74	12	193	36	13	10	39	1.79
21131401--21131674	64	4.3	62	75	12	207	36	12	12	39	1.80
21131400--21131705	64	4.8	65	73	14	174	35	12	11	40	1.78
21139480--21139544	34	1.9	33	81	9	78	73	3	6	16	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21140686--21140788	28	3.6	28	70	18	68	50	28	2	18	1.61
21140686--21140789	14	7.3	14	67	15	52	50	28	2	18	1.61
21147624--21147657	15	2.2	16	89	5	52	82	2	2	11	0.89
21148285--21148344	31	1.9	31	82	0	75	38	15	15	31	1.88
21148286--21148398	32	3.6	31	75	10	95	31	15	16	36	1.90
21148748--21148850	41	2.4	44	82	9	126	32	19	14	33	1.92
21149126--21149165	21	1.9	21	94	0	71	37	22	15	25	1.93
21149196--21149616	37	11.4	37	74	8	241	15	19	16	48	1.82
21149280--21149593	110	2.8	110	77	6	285	15	20	17	46	1.84
21149269--21149611	147	2.3	147	79	5	334	15	20	16	48	1.82
21149620--21149824	109	1.9	109	81	4	252	24	18	16	40	1.90
21149887--21150106	74	3.0	74	83	2	255	15	22	15	46	1.83
21149858--21150139	111	2.6	110	81	4	282	15	23	15	45	1.84
21149917--21150116	37	5.4	37	77	3	179	15	24	15	45	1.84
21149937--21150139	110	1.8	111	81	3	257	13	24	16	45	1.83
21149991--21150139	37	4.1	37	76	8	160	12	25	18	44	1.84
21150902--21150943	15	3.0	14	89	6	59	90	9	0	0	0.45
21151858--21151920	21	3.0	21	76	13	67	65	6	1	26	1.26
21151858--21151920	23	3.0	20	72	17	56	65	6	1	26	1.26
21152038--21152067	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
21152290--21152338	22	2.2	22	85	7	64	53	38	0	8	1.31
21154289--21154339	2	26.0	2	84	15	63	47	0	3	49	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21159082--21159153	26	2.7	28	75	18	73	45	0	4	50	1.21
21159101--21159144	17	2.6	17	89	3	63	47	0	2	50	1.13
21159721--21159760	11	3.6	11	93	0	71	22	0	27	50	1.50
21159787--21159943	52	3.0	52	88	1	226	38	7	26	26	1.83
21160429--21160543	31	3.7	31	88	2	169	27	18	26	26	1.98
21160537--21160625	25	3.6	25	68	8	65	37	4	33	24	1.76
21160537--21160607	24	2.9	25	71	12	65	38	5	32	23	1.78
21160664--21160700	18	2.0	19	89	5	58	32	13	35	18	1.90
21160872--21160911	11	3.6	11	89	0	62	25	0	25	50	1.50
21160938--21161094	52	3.0	52	88	0	215	40	9	24	25	1.85
21162360--21162393	17	1.9	18	88	5	52	44	8	0	47	1.34
21163961--21163987	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21165798--21166594	404	2.0	398	82	5	953	39	11	23	25	1.89
21166815--21166860	23	2.0	22	88	12	67	23	0	8	67	1.18
21166817--21166875	29	2.1	28	81	9	66	28	0	8	62	1.24
21167748--21167776	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21170029--21170073	21	2.1	21	84	8	56	20	2	0	77	0.87
21170021--21170072	26	2.0	27	81	11	63	19	3	0	76	0.93
21170034--21170081	15	3.2	14	82	8	51	22	2	0	75	0.91
21183210--21183254	14	3.1	15	81	12	58	20	2	2	75	1.01
21183209--21183254	20	2.3	20	85	7	58	19	2	2	76	1.00
21183214--21183260	15	3.2	14	84	6	58	21	2	2	74	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21183246--21183279	18	1.9	18	88	5	52	26	5	5	61	1.42
21188218--21188269	21	2.5	21	90	0	77	32	7	9	50	1.64
21188218--21188269	10	5.0	10	76	6	50	32	7	9	50	1.64
21188350--21188424	21	3.5	22	75	7	66	38	2	6	52	1.42
21188668--21188731	22	2.9	22	83	0	74	42	6	1	50	1.37
21188702--21188756	22	2.5	22	90	0	83	36	3	7	52	1.47
21188778--21189013	119	2.0	119	91	1	384	40	9	7	42	1.66
21189097--21189156	21	2.7	23	80	12	72	43	5	1	50	1.34
21189097--21189285	22	8.7	22	76	10	111	37	5	5	50	1.50
21189119--21189277	65	2.4	67	82	5	191	35	5	6	52	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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