genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  37  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8151984--8152022	16	2.5	16	87	4	53	58	0	0	41	0.98
8155199--8155247	22	2.3	22	85	3	64	69	8	4	18	1.30
8155375--8155407	14	2.4	14	90	10	50	6	3	3	87	0.71
8157334--8157373	17	2.3	18	87	12	66	70	0	0	30	0.88
8157385--8157427	23	2.0	21	86	13	61	48	9	4	37	1.56
8157385--8157440	19	2.9	18	78	7	58	48	10	5	35	1.61
8157694--8157735	14	3.2	13	80	16	52	64	11	7	16	1.48
8157679--8157735	25	2.3	24	88	8	80	61	14	7	17	1.54
8158866--8158905	21	1.9	21	89	0	62	7	10	2	80	1.00
8158881--8158914	15	2.3	15	94	0	59	5	11	2	79	1.02
8158866--8158912	21	2.2	21	84	0	58	8	8	4	78	1.07
8158937--8159015	6	13.0	6	75	2	59	64	8	3	22	1.38
8158950--8159015	24	2.8	24	80	0	78	63	9	4	22	1.42
8159324--8159420	43	2.2	43	81	1	104	45	14	8	31	1.74
8159530--8159686	84	1.9	84	82	2	199	40	16	12	31	1.85
8159530--8159710	84	2.2	84	80	4	195	39	16	12	32	1.85
8160196--8160240	18	2.5	18	79	13	56	42	8	22	26	1.83
8161072--8161097	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
8161359--8161384	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
8166503--8166564	19	3.3	19	80	11	74	48	11	8	32	1.68
8166501--8166573	38	1.9	37	86	8	103	50	10	6	31	1.64
8166659--8166727	22	3.3	21	78	11	61	57	8	1	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8168017--8168095	6	13.0	6	75	2	68	67	7	2	22	1.29
8168030--8168095	24	2.8	24	83	4	80	66	7	3	22	1.31
8174579--8174625	24	2.0	24	82	0	58	4	19	0	76	0.95
8185370--8185396	10	2.7	10	100	0	54	33	7	0	59	1.25
8185419--8185477	19	2.8	20	80	12	66	25	3	5	66	1.28
8185926--8185985	27	2.2	28	90	3	95	35	1	0	63	1.05
8185938--8185979	21	2.0	21	90	4	68	33	2	0	64	1.07
8186103--8186129	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
8189298--8189326	15	1.9	15	100	0	58	48	10	6	34	1.64
8193082--8193127	20	2.3	20	88	7	67	17	39	6	36	1.76
8196691--8196743	26	2.2	26	86	10	76	50	5	0	43	1.25
8197467--8197504	19	2.0	19	94	0	67	39	10	13	36	1.79
8197800--8197834	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8198343--8199498	590	2.0	581	85	3	1543	40	9	17	33	1.81
8205859--8205894	18	2.0	18	89	10	56	61	11	5	22	1.50
8207916--8208025	7	16.7	7	71	14	74	43	39	1	15	1.57
8207923--8207992	20	3.6	20	75	5	63	47	38	0	14	1.44
8207917--8208022	13	8.2	13	75	12	76	43	38	1	16	1.58
8208089--8208159	32	2.2	31	83	14	90	29	14	5	50	1.65
8208175--8208224	17	3.0	16	82	8	55	58	2	6	34	1.34
8208176--8208224	16	2.9	16	80	16	55	59	2	6	32	1.34
8209120--8209164	20	2.2	20	84	11	56	13	28	28	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8211832--8211865	17	2.1	16	88	5	50	32	0	8	58	1.29
8212005--8212033	10	2.9	10	100	0	58	72	10	0	17	1.11
8212011--8212061	24	2.1	23	82	7	57	80	3	0	15	0.86
8212021--8212060	18	2.2	19	95	4	73	82	2	0	15	0.77
8212964--8213002	3	13.0	3	88	0	51	58	0	7	33	1.26
8213393--8213852	117	3.9	117	78	3	433	37	14	24	23	1.92
8213381--8213823	234	1.9	234	83	2	586	37	14	24	23	1.92
8223368--8223444	10	7.6	10	77	17	70	16	5	0	77	0.94
8223366--8223444	17	4.5	17	76	4	77	17	5	0	77	0.95
8223401--8223442	7	6.0	7	81	10	50	14	2	0	83	0.75
8223524--8223556	17	1.9	17	88	11	50	84	0	3	12	0.72
8224381--8224405	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8224440--8224486	3	16.0	3	86	4	69	65	2	2	29	1.15
8224737--8224799	28	2.2	28	88	0	99	30	1	6	61	1.30
8224752--8224810	27	2.1	28	81	9	68	30	1	8	59	1.37
8228840--8228897	3	19.0	3	96	3	107	65	1	0	32	1.03
8231792--8231836	7	6.4	7	89	0	72	46	0	40	13	1.43
8232678--8233066	187	2.1	189	79	10	433	48	7	9	34	1.63
8244712--8245012	43	6.9	44	77	7	245	25	13	15	45	1.83
8244705--8245013	132	2.3	129	82	4	350	25	14	15	44	1.85
8245691--8245723	16	2.1	16	88	5	50	72	0	24	3	0.98
8245689--8245722	17	2.0	17	94	0	59	73	0	23	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8245687--8245722	18	1.9	18	88	5	54	72	0	25	2	0.98
8246071--8246555	167	2.9	167	78	12	447	44	8	9	37	1.68
8249775--8249857	28	3.0	28	85	0	112	24	8	15	51	1.71
8252525--8252580	24	2.3	24	96	0	103	51	14	10	23	1.73
8255647--8255697	4	12.5	4	76	12	50	29	3	1	64	1.22
8255647--8255717	37	1.9	36	88	2	106	33	4	2	59	1.31
8256070--8256118	22	2.1	24	85	14	68	48	0	0	51	1.00
8259572--8259629	28	2.1	28	83	6	73	51	5	1	41	1.34
8259575--8259688	58	1.9	58	82	5	140	57	4	2	35	1.32
8259604--8259665	32	1.9	33	90	6	101	64	1	1	32	1.13
8259790--8259857	17	4.0	17	78	0	73	57	4	1	36	1.28
8259797--8259865	9	7.8	9	74	8	61	57	2	1	37	1.22
8260089--8260157	35	2.0	35	88	0	102	40	5	2	50	1.41
8260205--8260238	17	1.9	18	88	5	52	20	5	2	70	1.21
8261607--8261667	30	2.0	31	84	9	81	52	0	0	47	1.00
8261615--8261679	21	3.2	20	80	6	69	56	0	0	43	0.99
8263333--8263374	14	3.0	14	80	10	50	52	0	0	47	1.00
8263945--8264016	24	2.9	24	78	14	76	62	0	1	36	1.04
8263945--8264016	25	2.9	25	78	14	78	62	0	1	36	1.04
8264031--8264355	162	2.0	161	99	0	641	36	25	7	31	1.83
8265274--8265310	19	1.9	19	94	0	65	40	0	0	59	0.97
8265277--8265323	23	2.0	23	84	8	60	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8266617--8266659	22	1.9	22	85	4	59	53	0	0	46	1.00
8268705--8268747	22	1.9	23	90	4	70	46	0	0	53	1.00
8275717--8275759	14	3.0	14	78	15	52	58	0	4	37	1.19
8277907--8277935	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8279376--8279410	17	2.1	17	88	0	52	37	8	2	51	1.47
8281660--8281708	17	2.6	20	78	15	59	46	10	6	36	1.63
8281931--8282136	40	5.1	41	82	9	237	50	12	6	30	1.65
8281931--8282230	61	5.0	62	78	12	261	51	11	6	31	1.62
8281931--8282232	41	7.4	40	80	10	255	51	11	5	31	1.62
8282008--8282230	102	2.2	101	89	4	344	52	11	5	30	1.59
8282197--8282284	34	2.7	32	78	13	90	53	10	4	31	1.55
8282263--8282356	21	4.6	20	82	4	98	52	8	7	31	1.60
8282262--8282337	20	3.8	20	80	3	89	51	6	9	32	1.60
8282344--8282405	32	1.9	33	86	3	90	51	8	4	35	1.53
8282344--8282417	16	4.3	16	70	17	51	50	9	6	33	1.61
8282380--8282417	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
8286696--8286724	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8288971--8289184	73	3.0	73	77	8	233	53	13	16	16	1.73
8289147--8289488	73	4.7	73	76	11	290	54	11	16	16	1.70
8289002--8289472	37	12.9	37	69	13	192	54	12	16	16	1.71
8288966--8290068	36	30.5	35	68	13	206	54	13	15	16	1.71
8289147--8289718	73	7.8	72	73	11	288	55	12	16	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8289208--8289964	36	20.8	36	69	10	211	55	12	15	16	1.70
8289208--8289714	146	3.4	144	74	10	400	55	12	15	16	1.69
8289389--8289747	186	1.9	186	82	3	454	55	13	15	15	1.69
8289733--8289965	73	3.3	71	73	13	201	55	13	15	16	1.70
8289877--8290097	36	6.1	36	70	10	146	54	16	14	14	1.71
8290404--8290548	34	4.4	34	76	14	115	31	11	20	36	1.88
8290467--8290553	32	2.6	33	79	13	99	34	16	16	33	1.91
8290328--8290693	201	1.8	200	81	9	460	33	12	18	35	1.89
8290840--8291112	34	8.1	33	70	11	128	31	14	20	33	1.92
8291359--8291397	17	2.3	17	100	0	78	30	15	28	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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