genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   

This is table  41  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8742610--8742635	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
8742615--8742661	18	2.7	18	81	12	53	25	2	4	68	1.19
8745234--8745305	26	2.8	26	86	0	99	26	11	19	43	1.84
8747938--8747985	21	2.3	21	96	0	87	35	2	20	41	1.64
8757241--8757272	16	2.0	16	100	0	64	43	6	12	37	1.68
8759438--8759506	20	3.4	21	70	21	58	39	2	1	56	1.23
8759562--8759698	67	2.0	67	80	5	152	32	13	3	51	1.58
8759904--8759948	16	2.6	17	86	13	58	26	4	2	66	1.22
8760337--8760397	21	2.9	21	79	13	72	37	1	6	54	1.37
8760768--8761160	210	1.8	215	80	9	473	30	9	5	54	1.56
8762148--8762185	20	1.9	20	84	10	51	26	0	5	68	1.11
8763202--8763251	22	2.2	23	85	3	66	48	0	0	52	1.00
8767134--8767189	28	2.0	28	100	0	112	39	3	7	50	1.47
8768808--8768855	22	2.1	23	84	3	62	54	2	0	43	1.12
8770644--8770685	11	3.8	11	87	0	66	23	0	26	50	1.50
8770643--8770685	22	2.0	22	95	0	77	25	0	25	48	1.51
8770742--8770866	52	2.4	52	78	7	137	40	5	23	31	1.77
8772432--8772480	23	2.1	23	96	0	89	53	4	14	28	1.59
8773568--8773623	22	2.6	21	86	11	69	55	5	1	37	1.33
8775515--8775569	16	2.9	19	76	17	62	34	0	5	60	1.20
8775515--8775611	35	2.7	37	80	16	98	29	0	6	63	1.18
8775526--8775641	63	1.9	59	80	18	132	27	0	5	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776211--8776255	20	2.2	20	88	0	63	22	22	20	35	1.96
8776354--8776392	18	2.2	17	90	4	60	41	7	33	17	1.79
8778051--8778445	58	6.9	56	78	12	367	45	7	13	33	1.71
8778213--8778319	52	2.0	53	92	3	180	46	4	17	30	1.69
8783205--8783244	21	1.9	21	89	0	62	30	0	0	70	0.88
8783228--8783261	17	1.9	18	94	5	61	32	0	2	64	1.08
8786096--8786129	18	2.0	17	88	11	52	76	0	5	17	0.98
8787660--8787882	110	2.0	111	89	0	340	39	15	6	39	1.74
8794585--8794701	55	2.1	55	88	0	171	51	8	0	39	1.39
8796638--8796697	22	2.7	22	81	2	75	43	0	0	56	0.99
8796705--8796747	15	2.9	15	80	10	52	58	4	0	37	1.19
8796712--8796771	25	2.4	24	75	10	66	63	3	0	33	1.11
8812444--8812482	20	1.9	21	89	5	62	76	5	0	17	0.96
8812497--8812539	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
8812793--8812858	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
8813069--8813225	22	7.0	22	70	11	79	47	28	0	24	1.52
8813106--8813166	7	8.4	7	74	13	52	45	29	0	24	1.53
8813174--8813234	23	2.6	23	76	7	61	45	31	0	22	1.53
8813149--8813239	39	2.3	39	82	0	119	49	29	0	20	1.49
8813195--8813260	23	2.8	24	82	8	75	46	30	1	21	1.60
8813248--8813285	15	2.4	16	86	8	60	50	18	0	31	1.47
8813296--8813394	8	12.6	8	69	12	53	50	22	3	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8815111--8815175	4	15.8	4	80	6	58	23	1	6	69	1.20
8815868--8815914	20	2.4	20	85	3	60	31	0	4	63	1.13
8816544--8816574	16	1.9	16	93	0	53	16	3	19	61	1.48
8827032--8827088	26	2.1	27	81	15	66	80	1	14	3	0.92
8827030--8827088	13	4.5	13	74	18	52	81	1	13	3	0.90
8827039--8827102	26	2.7	23	77	13	65	79	3	14	3	0.97
8828311--8828446	70	1.9	70	80	5	159	23	22	10	43	1.84
8828310--8828474	70	2.4	69	77	9	156	22	22	11	43	1.85
8828421--8828496	35	2.2	35	85	4	100	19	23	9	47	1.78
8828557--8828633	34	2.2	35	88	2	111	19	20	10	49	1.77
8828827--8828997	35	4.9	35	78	2	157	22	22	11	43	1.85
8828827--8829001	69	2.5	69	75	4	183	23	22	10	42	1.85
8830752--8830801	3	16.7	3	76	15	50	66	2	2	30	1.14
8831037--8831093	8	7.6	8	77	13	50	52	29	0	17	1.45
8831037--8831070	15	2.2	16	94	5	61	55	26	0	17	1.42
8831038--8831131	15	6.3	15	73	15	54	48	27	1	22	1.57
8831086--8831191	46	2.3	46	83	0	131	47	27	2	22	1.65
8831053--8831174	23	5.4	23	81	4	106	49	27	1	21	1.59
8831086--8831191	23	4.6	23	81	0	104	47	27	2	22	1.65
8833676--8833703	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
8834391--8834437	15	3.1	15	78	0	58	46	2	2	48	1.25
8835590--8835631	11	3.7	11	82	17	59	54	2	7	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835588--8835635	23	2.1	23	96	0	87	54	4	6	35	1.45
8844626--8844669	22	2.0	22	91	8	72	45	15	6	31	1.73
8855986--8856082	34	2.8	33	83	9	97	37	12	6	44	1.67
8856011--8856086	34	2.2	34	88	4	109	35	13	7	43	1.73
8856024--8856099	34	2.2	34	83	4	91	36	10	10	42	1.74
8856699--8856781	34	2.4	34	80	4	87	46	9	10	32	1.71
8857336--8857380	19	2.3	20	92	3	74	53	0	0	46	1.00
8864281--8864637	184	1.9	185	81	5	436	31	6	19	43	1.75
8865015--8865291	143	1.9	143	86	1	394	27	15	22	34	1.95
8867576--8867920	171	2.0	171	92	1	575	30	13	8	46	1.74
8886415--8886508	31	3.1	30	79	8	111	44	3	13	38	1.60
8890102--8890139	20	1.9	20	84	10	51	57	10	10	21	1.61
8898280--8898422	8	17.8	8	68	11	69	16	1	27	54	1.51
8898304--8898340	17	2.1	18	90	5	58	16	0	21	62	1.33
8898301--8898442	16	8.9	15	70	17	83	17	0	26	55	1.47
8898280--8898389	32	3.4	32	76	9	107	17	1	26	54	1.53
8898280--8898442	8	20.4	8	66	18	65	16	1	26	55	1.48
8899170--8899237	26	2.7	25	82	8	75	19	14	2	63	1.43
8899170--8899270	25	4.2	25	76	12	93	17	12	4	64	1.45
8899192--8899292	22	4.4	22	79	15	82	15	9	7	66	1.43
8899192--8899270	26	3.2	26	77	15	87	15	11	5	68	1.36
8901097--8901136	21	2.0	21	85	5	55	30	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8901523--8901720	70	2.8	69	76	4	200	46	9	21	22	1.79
8901671--8901764	35	2.7	34	77	6	107	51	9	18	21	1.74
8901665--8901825	70	2.3	70	78	4	164	47	8	21	22	1.77
8913491--8913667	8	22.1	8	73	12	105	17	1	29	51	1.53
8914363--8914391	14	2.0	15	93	6	51	0	6	3	89	0.57
8914409--8914505	30	3.5	27	82	9	115	17	13	4	64	1.42
8914427--8914519	30	3.2	29	72	9	82	17	16	5	61	1.52
8914530--8914694	22	7.5	22	75	7	122	18	11	5	64	1.45
8914769--8914835	23	3.2	19	72	25	55	0	23	0	76	0.79
8914772--8914834	9	6.9	9	77	15	67	0	23	0	76	0.79
8914769--8914834	29	2.3	29	87	7	91	0	24	0	75	0.80
8914770--8914841	9	7.3	9	73	14	54	1	22	0	76	0.86
8914959--8914999	15	2.8	14	85	10	55	0	21	0	78	0.76
8915446--8916005	286	2.0	286	89	0	852	28	7	24	38	1.83
8919455--8919537	27	3.1	26	78	13	87	68	7	9	14	1.37
8920566--8920615	26	1.9	26	87	0	73	52	4	8	36	1.50
8921091--8921120	15	1.9	16	93	6	53	50	0	10	40	1.36
8929114--8929153	2	19.5	2	89	5	62	45	2	2	50	1.28
8929665--8929707	17	2.4	18	81	14	54	62	2	0	34	1.08
8930717--8930747	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
8933577--8933619	17	2.4	17	88	7	59	79	2	13	4	1.00
8933618--8933687	3	24.0	3	76	5	72	64	1	5	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8933590--8933647	19	2.9	19	78	14	55	77	0	8	13	0.98
8934280--8934867	117	5.0	116	78	5	542	38	13	24	23	1.91
8934250--8934867	234	2.6	234	79	5	683	38	13	24	23	1.91
8934998--8935155	41	3.9	41	76	7	135	37	17	11	33	1.85
8935000--8935155	82	1.9	82	85	7	219	37	17	11	33	1.86
8946125--8946165	14	2.9	14	96	0	73	17	7	0	75	1.02
8946249--8946316	6	12.0	6	82	6	54	72	4	1	22	1.11
8946208--8946316	5	20.8	5	75	15	64	72	4	2	20	1.15
8946250--8946316	11	6.0	11	76	10	64	73	4	1	20	1.09
8946257--8946323	29	2.3	29	84	5	82	76	4	2	16	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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